BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482052
Length=3094
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G31260.1 | Symbols: APG9, ATAPG9 | autophagy 9 (APG9) | chr2... 4955 0.0
> AT2G31260.1 | Symbols: APG9, ATAPG9 | autophagy 9 (APG9) | chr2:13322021-13327400
REVERSE LENGTH=3239
Length=3239
Score = 4955 bits (2683), Expect = 0.0
Identities = 2977/3115 (96%), Gaps = 35/3115 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTCTTTTCAACTTCTTCATCGAGTTTT-CACTGCCC-TAGCCTCGGAATTTGA-TC 57
|||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||| | |||||| ||
Sbjct 111 TCTTGTCTTTTCAACTTCTTCATCGAATTTTCCATTGCCCATAGCCTCTGTATTTGATTC 170
Query 58 CGTCCTTCTTTAAAGCTTCGGCT-TGTAAGACAATTAAATCTTGCTAGCTGCTTGTAGAC 116
| ||||||| ||||||||||| | | ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||
Sbjct 171 C-TCCTTCTCTAAAGCTTCGGATAT-TAAGACAATTATATCTTCCTAGCTGCTTATAGAC 228
Query 117 CTTCGCTTTCTAATTGCTGTTCCTTTCGTGGGTCGCTGGATTTGTAGCTGCATTCTCATT 176
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 229 CTTCGCTTTCTAATTGCTGTTCCTTTCGTGGGTCTCTGGATTTGTAGTTGCATTCTCATT 288
Query 177 GGGCACTACACGTTCTTCCAATTTCCACGAGGTAAGCAGGGAATGGACCGGCTGTTTTGG 236
| ||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 GCGCACTACACTTTCTTCAAATTTCCGCGTGGTAAGCAGGGAATGGACCGGCTGTTTTGG 348
Query 237 CCAATCGTCCGTGTTTACAAATGATGAGCAGTGGGCATAAGGGTCCAAATGTACGTAACT 296
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 CCAATCGTCTGTGTTTACAAATGATGAGCAGTGGGCATAAGGGTCCAAATGTACGTAACT 408
Query 297 TTTTTAAATGGCAACGTGGTGAATCATCATCGTCTTTGACTACCGGATTGCTTCATAATG 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 409 TTTTTAAATGGCAACGTGGTGAATCATCATCGTCTTTGACTACTGGATTGCTTCATAATG 468
Query 357 AGTCACACGAGATTGAGCTATCTAACTACGGAGGAATACCAAGTCCTGGTAGTGAGAGCC 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 469 AGTCACACGAGATTGAGCTATCTAACTACGGAGGAATACCAAGTCCTGGTAGTGAGAGCC 528
Query 417 CATCGGGACTTCTTAATGGAGAGAGTTTAAATGTTCAACCAATTGCTGATTTGGATCTTT 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 CATCGGGACTTCTTAATGGAGAGAGTTTAAATGTTCAACCAATTGCTGATTTGGATCTTT 588
Query 477 TTGTTGAAAGGCTCTACAGCTACTATAGAGACAAAGGCCTTTGGTGTATTATCGTAAAGT 536
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 589 TTGTCGAAAGGCTCTACAGCTACTACAGAGACAAAGGACTTTGGTGTATTATAGTAAAGT 648
Query 537 GGGCTGTTGAACTTCTAAGTCTGGGCTTCATCATATGCTTCTCTGGGTTTTTCTTGCTGT 596
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 GGGCTGTTGAGCTTCTAAGTCTGGGCTTCATCATATGCTTCTCTGGGTTTTTCTTGCTGT 708
Query 597 ATGTTGATTGGAATGGTCTTCAGAATGCAAAATGTGGAATGGATGCAGTTGAATCAGGAA 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 ATGTTGATTGGAATGGTCTTCAGAATGCAAAATGTGGAATGGATGCAGTTGAATCAGGAA 768
Query 657 CTAAGCCATGTGATCTTGTAAAAGAAGCTATCCATCCGCATCCTTTATCTCCTTTCACGC 716
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 769 CTAAACCATGTGATCTTGTCAAAGAAGCTATCCATCCGCATCCTTTATCCCCTTTCACGC 828
Query 717 TCACAACTGCTATAATTGTTGGATATTTGGCCCTCTTCTCTGTGTACTGGCTCTTCTGCT 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 TCACAACTGCTATAATTGTTGGATATTTGGCCCTCTTCTCTGTGTACTGGCTCTTCTGCT 888
Query 777 TCTTAAGGTTTTTTGCCCAACTGAAAGATACTTTGGACTTTCGGCACTTTTATTACAACA 836
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TCTTAAGGTTTTTTGCCCAGTTGAAAGATACTTTGGACTTTCGGCACTTTTATTACAACA 948
Query 837 ATCTCCATGTCACAGACAATGAAATCCTTACTATGCCATGGGCAACAGTCCTTGAGAAGG 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 ATCTCCATGTCACAGACAATGAAATCCTTACTATGCCATGGGCAACAGTCCTTGAGAAGG 1008
Query 897 TTGTTCAGTTACAAAGCTCACAATGTCTTTGTGTGGTTAAGGATCTTTCTGCTCATGATA 956
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 TTGTTCAGTTACAAAGCTCACAATGCCTTTGTGTGGTTAAGGATCTTTCTGCTCATGATA 1068
Query 957 TGGTTATGCGCCTTATGCGGAAAGAAAACTACTTGATTGGAATGCTCAACAAAGGTTTGC 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 TGGTTATGCGCCTTATGCGGAAAGAAAACTACTTGATTGGAATGCTCAACAAAGGTTTGC 1128
Query 1017 TTTCTTTCCCAATCTCTCATTGGATCCCTGGTGCTGGTCCAGCAGTCAAATCTGCACCAG 1076
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1129 TTTCTTTCCCAATTTCCCATTGGATCCCTGGTGCTGGTCCAGCAGTCAAATCCGCACCAG 1188
Query 1077 ATGGGACACAGTATCACCTTGTATTGACAAAGACCCTTGAGTGGACCCTTAACTGGTGCA 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 ATGGGACACAGTATCACCTTGTATTGACAAAGACCCTTGAGTGGACCCTTAACTGGTGCA 1248
Query 1137 TATTGCAGAGCATGTTTGACTGCAATTTTCGTGTTAGAAGGGACTTTGTTTCAAATCCTA 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 TATTGCAGAGCATGTTTGACTGCAATTTTCGTGTTAGAAGGGACTTTGTTTCAAATCCTA 1308
Query 1197 CAACATTGAAGAAACGACTATTTGTGGTTGGGCTTGCTATGCTTCTGCTGTCACCGTTTC 1256
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 CAACACTGAAGAAACGACTATTTGTGGTTGGGCTTGCTATGCTTCTGCTGTCACCGTTTC 1368
Query 1257 TTGTCATCTTTATGTTGGTGTATTTATTCCTAAGGCATGCTGAACAGTTCTACAATCATC 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 TTGTCATCTTTATGTTGGTGTATTTATTCCTAAGGCATGCTGAACAGTTCTACAATCATC 1428
Query 1317 CAAGCACTGCATCTTCTCGAAGATGGTCCAATTTGTCAAAGTGGCTCTTCAGGGAATTCA 1376
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 CAAGTACTGCATCTTCTCGAAGATGGTCCAATTTGTCAAAGTGGCTCTTCAGGGAATTCA 1488
Query 1377 ATGAGGTTGACCATTTATTCAAGCATCGGATTAATAGCAGTGTAGTACACGCATCCGAAT 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1489 ATGAGGTTGACCATTTATTCAAGCATCGGATTAATAGCAGTGTAGTACATGCATCCGAAT 1548
Query 1437 ATCTAAAGCAATTCCCCTCGCCGATCATCTCCATTATTGCAAAGTTTGTCTCGTTTGTTT 1496
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 ATCTAAAGCAATTTCCCTCGCCTATCATCTCCATTATTGCAAAGTTTGTCTCGTTTGTTT 1608
Query 1497 CTGGCGGCTTTGCTGCTGTCTTAATCATCATTGCGTTTCTCGAAGAATCTCTACTAGAGG 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1609 CTGGCGGCTTTGCTGCTGTCTTAATCATCATTGCGTTTCTTGAAGAATCTCTACTTGAGG 1668
Query 1557 GCCATATATTCGGCCGCAATCTGTTTTGGTATGCTGCTGTTTTTGGAACAATTACAGCTA 1616
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 GACATATATTCGGCCGCAATCTGTTCTGGTATGCCGCTGTTTTTGGAACAATTACAGCTA 1728
Query 1617 TTAGCAGGGCTGCCATTTCCGATGAACTTTTGGTCCTCGACCCAGTAGGAACTATGTCTT 1676
|||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 TTAGTAGAGCTGCCATATCGGATGAACTTTTGGTCCTCGACCCAGTAGGAACTATGTCTT 1788
Query 1677 TGGTGGTCCAACACACTCATTATATGCCTAAGAGATGGCGTGGTAAGGAAAACAAGGATG 1736
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1789 TGGTGGTCCAAAACACTCATTATATGCCTAAGAGATGGCGTGGAAAGGAGAACAAGGATG 1848
Query 1737 ATGTCCGCTTGGAGTTAGAGACTCTGTTTCAGTATACTGGAATGATGCTATTGGAGGAGA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 ATGTCCGCTTGGAGTTAGAGACTCTGTTTCAGTATACTGGAATGATGCTATTGGAGGAGA 1908
Query 1797 TAGCTTCGATCTTCATCACACCATTTTTGCTGATGTTTGTAGTGCCAAAGCGGGTGGATG 1856
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TAGCTTCAATCTTCATCACACCATTTTTGCTGATGTTTGTCGTGCCAAAGCGGGTGGATG 1968
Query 1857 ACATCTTGCAATTCATCAAGGATTTCACAGTTGATATTGAAGGTGTAGGCCATGTTTGCA 1916
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 ACATCTTGCAATTCATTAAGGATTTCACAGTTGATATTGAAGGTGTAGGCCATGTTTGCA 2028
Query 1917 GCTTTAGTGCCTTCTACTTTGAGAATCATGGAAATATCAAATATGGTTCACCACATAATG 1976
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 GCTTTAGTGCTTTCTACTTTGAGAACCATGGAAATATCAAATATGGTTCACCACATAATG 2088
Query 1977 CAACTCGTCGTGAGCAGAGAAGCTCACAAGGGAAAATGGAGAAATCATTCTTGAGTTTCC 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 CAACTCGTCGTGAGCAGAGAAGCTCACAAGGGAAAATGGAGAAATCATTCTTGAGTTTCC 2148
Query 2037 AGAGTAGTTATCCTTCTTGGGAGTCAGATTCTCTTGGGAAGCAGTTTCTGTCAAATCTCA 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 AGAGTAGTTATCCTTCTTGGGAGTCAGATTCTCTTGGGAAGCAGTTTCTGTCAAATCTCA 2208
Query 2097 GAACTTTCAGGGACCGAAAGCTTCATGAAATCAACACAAGACACTCATGTTCTCCTAGTA 2156
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2209 GAACTTTCCGGGACCGAAAGCTTCATGAAATAAACACAAGACACTCAT---CTCCTAGTA 2265
Query 2157 GGGCGTGGCGAGAAAGCACTACCACC---GCTTTATACAGAGACATTCCAAGAAATCCGC 2213
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 GGGCGTGGCGAGAAAGCACTAATACCCCTGCTTTATACAGAGACATTCCAAGAAATCCGC 2325
Query 2214 TTGCGAGCGGCAATCACACCGATTCCATGTGGCTTATTGATCCAGATCAGAGGAATCATC 2273
||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2326 TTGCGAGCGGCAATCACACTGATTCAATGTGGCTGATTGATCCAGATCAGAGGAATCATC 2385
Query 2274 CTTATCTTCTTGACTGGTATTACACTTCACAGGCTCACAACAGAACTGATCACCCGGCAG 2333
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2386 CTTATCTTCTTGACTGGTATTACACTTCTCAGGCTCACAACAGAACTGATCACCCAATAG 2445
Query 2334 AGAGAGTGAACGAAATCTTAACTGCAAATCAGAACGCTACAGATTGTTGGCCTCCTGATT 2393
|||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 AGAGAGCAAATGAAATCTTAACCGCAAATCAGAACGCTACAGATTGTTGGCCTCCTGATT 2505
Query 2394 TGGGAATCCGTGGTGAAGATAGCAGAGATCTTCTCAACATGGAGGCAAGCACATCAGGTC 2453
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 TGGGAATCCGTGGTGAAGATAGCAGAGATCTGCTCAACATGGAGGCAAGCACATCAGGTC 2565
Query 2454 AGTTCTTCAGAGAGAGCATTCTGCGCCATGACCAACCGGAGGGAGAGGAAAGTTATGGGA 2513
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2566 AGTTTTTCAGAGAGAGCATTCTGCGCCATGACCAACCCGAGGGAGAGGATAGTTATGGGA 2625
Query 2514 ATCAGCATCCTCTTGATGGTAGGAGCCAGTGGTGGGGAAGAGGCAACCGCTCTCACATCG 2573
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2626 GTCAGCATCCTCTTGATGGTAGGAACCAGTGGTGGGGAAGAGGCAACCACTCTCAGATCA 2685
Query 2574 GCACATCTCATCCCACAACCACCAATAGCTTCATTGAGCCACCTGATTTTATAAACCGCT 2633
||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2686 GCACAGCTCATCCCGCAACCACCAATAGCTTCATCGAGCCACCTGATTTTATAAACCGCT 2745
Query 2634 ACACAGCAGGAAACTTATTAGACAACTCATGGAGTagaagaagcattgaagaagaagatg 2693
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2746 ACACAGCAGGAAACTTATTAGACAACTCTTGGAGCAGAAGAAGCATAGAAGAAGAAGATG 2805
Query 2694 aagaac--------t-ggattgggaagagaacgcaagaagaaagTTGTCGAGAACCACAT 2744
||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2806 AAGAAGAAGAAGAATTGGATTGGGAAGAGAATGCAAGAAGAAATTTGTCGAGAACTACAT 2865
Query 2745 TCATGGACGATAACGATATTGAAGCTGGGATTGATCTCCATTTCGACGATGTATATAGTT 2804
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2866 TCATGGACGATAACGATATCGAAGCTGGGATTGATCTCCATTTCGACGATGTATATAGTT 2925
Query 2805 CAAGACCTCAAGAAACTTCAACATGAAGCACCACATTACGGTGAACAACAATGAAttttt 2864
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2926 CAAGACCTCAAGAAACTTCAACATCAAGCACCACATTACGGTGA-CAACAATGAATTTTT 2984
Query 2865 ttGATTCAAAGTTGTTTCTTTGTTTTGTATTTTT-ATGGTGGATGAAGAAGGAAGATAAA 2923
|||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985 TTGATTCAAAGTTGTTTCTTTGTTCAGTCTTTTTTATGGTGGATGAAGAAGGAAGATAAA 3044
Query 2924 AGAGATGCTTT-GTAGAAAAGTGTTCTCTGGATTTGGaaaaaaa--TGTGGGAATAATAA 2980
||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3045 AGAGATGCTTTTGTAGAAA-GTGTTCTCTGTATTTGGAAAAAAAAATGTGGGAATAATAA 3103
Query 2981 CATGTTTCTCtt-ttttttttctttttcttttttCTTGGTTATGTTTCAAGCTAACATTA 3039
|| || |||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||
Sbjct 3104 CAAGTCTCTCCTCTTTTTTTT-TTTTTCTTT------GGTTATGTTTCATCCTAACAATA 3156
Query 3040 CATGCAATTCTTTATTGTTGTGTATATAAATTAGGTCCTTAAAAATGGTATTTTT 3094
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3157 CATGCAATTCTTTATTGTTGTGTATATAAAATAGGTCCTTAAAAATGGTGTTTTT 3211
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 153862014181
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5