BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482284
Length=1741
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G33410.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) fami... 2784 0.0
> AT2G33410.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family
protein | chr2:14155871-14157762 FORWARD LENGTH=1756
Length=1756
Score = 2784 bits (1507), Expect = 0.0
Identities = 1671/1748 (96%), Gaps = 19/1748 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACCCAATTGGCCGCTATTTTCCAAAGTGtttttttttttttttttttttCTCCCTTCTC 60
|||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | | |||| ||||||
Sbjct 1 AACCCAATTGGCCGCTATTTTCCAAAGT-CTGTTTATTTTTTTAATCTCTCTCTCTTCTC 59
Query 61 TCTCACCCAATTTCACAAACCCGAAACCCTAATTTTCTCGGGACACTGAAATTTTTACAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TCTCACCCAATTTCACAAACCCGAAACCCTAATTTTCTCGGGACACTGAAATTTTTACAG 119
Query 121 CTTCTTCTTTCCTCTTCTTCACCGGGGAGATTTGTCGGT-CTTGAATCTGGGGTTTTTGG 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||
Sbjct 120 ---CTTCTTTCCTCTTCTTCACCGGGGAGATTTGTCGGTAC-TAAATCTAGGGTTTTTGG 175
Query 180 GTATCAACGGAGGGTTG-A-AGAGAGAAAATTCCTCACAATGGAATCAGATCAGGGAAAG 237
|||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 176 GTATCACCGGAGGGTTGAAGAGAGAGAAAAAAACTCACAATGGAATCAGATCAGGGAAAG 235
Query 238 CTATTTATCGGCGGGATTTCATGGGATACCGACGAGAATCTTCTGAGAGAGTACTTCAGC 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 CTATTTATCGGCGGGATTTCATGGGATACCGACGAGAATCTTCTGAGAGAGTACTTCAGC 295
Query 298 AATTTCGGCGAGGTTTTGCAGGTCACTGTTATGCGAGAGAAAGCTACTGGTCGTCCCAGA 357
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 296 AATTTCGGCGAGGTTTTGCAGGTCACTGTTATGCGAGAGAAAGCTACTGGTCGTCCTAGA 355
Query 358 GGATTCGGATTCGTAGCATTCTCGGATCCCGCTGTTATTGATAGGGTTCTTCAGGACAAG 417
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 GGATTCGGATTCGTCGCATTCTCGGATCCTGCTGTTATTGATAGGGTTCTTCAGGACAAG 415
Query 418 CACCATATTGATAATAGAGATGTTGATGTGAAGAGAGCAATGTCTAGAGAAGAGCAGAGT 477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 416 CACCATATTGATAATAGAGATGTTGATGTGAAGAGAGCAATGTCTAGAGAGGAGCAGAGT 475
Query 478 CCTGCTGGGAGATCAGGGAATTTTAATGCTTCTAGGAATTTTGATAGTGGAGCTAACGTG 537
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 CCTGCTGGGAGATCAGGGACTTTTAATGCTTCTAGGAATTTTGATAGTGGAGCTAACGTG 535
Query 538 AGGACTAAGAAGATATTCGTGGGAGGTTTGCCTCCTGCATTAACATCAGATGAATTTCGG 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 AGGACTAAGAAGATATTCGTGGGAGGTTTGCCTCCTGCATTAACATCAGATGAATTTCGG 595
Query 598 GCTTACTTTGAGACTTATGGTCCTGTGAGTGATGCAGTCATTATGATTGATCAGACTACA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GCTTACTTTGAGACTTATGGTCCTGTGAGTGATGCAGTCATTATGATTGATCAGACTACA 655
Query 658 CAGCGTCCTCGAGGATTTGGGTTTGTTTCTTTTGACTCTGAAGATTCGGTTGACCTTGTT 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 CAGCGTCCTCGAGGATTTGGGTTTGTTTCTTTTGATTCTGAAGATTCGGTTGACCTTGTT 715
Query 718 TTACATAAGACTTTCCACGATTTGAATGGTAAACAAGTAGAAGTTAAACGGGCTCTTCCT 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 716 TTACATAAGACTTTCCACGATTTGAATGGTAAACAAGTCGAAGTTAAAAGAGCTCTTCCT 775
Query 778 AAAGATGCTAACCCTGGAGTAGCCAgtggtggtggtcgtggcagtggtggagctggaggg 837
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AAAGATGCTAACCCTGGAATAGCCAGTGGTGGTGGTCGTGGCAGTGGTGGAGCTGGAGGG 835
Query 838 tttccggtctatggtggttctggtggtagtggCTATGAGGGTCGTGTGGATTCCAGTAGA 897
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 836 TTTCCGGGCTATGGTGGTTCTGGTGGAAGTGGCTATGAGGGTCGTGTGGATTCTAATAGA 895
Query 898 TACATGCAGCCGCAAAACACTGGAAGTGGTTATCCTCCTTATGGTGCTTCTGGGTATGGT 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 896 TACATGCAGCCGCAAAACACTGGAAGTGGTTATCCTCCTTATGGTGGTTCTGGGTATGGT 955
Query 958 ACTGGTTATGGTTATGGAAGCAATGGCGTAGGTTATGGGGGTTTTGGTGGGTATGGAAAT 1017
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 956 ACTGGTTATGGTTATGGAAGCAATGGTGTAGGTTATGGGGGTTTTGGTGGGTATGGCAAT 1015
Query 1018 CCAGCTGGTGCGCCTTATGGGAATCCTGGTGTCCCTGGAGCTGGGTTTGGAAGTGGTCCA 1077
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 CCAGCTGGTGCGCCTTATGGGAATCCTAGTGTCCCTGGAGCTGGGTTTGGAAGTGGTCCA 1075
Query 1078 AGAAGTTCATGGGGCGCTCAAGCACCATCGGGTTATGGGAATGTGGGATATGGAAATACA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1076 AGAAGTTCATGGGGCGCTCAAGCACCATCGGGTTATGGGAATGTGGGATATGGAAATGCA 1135
Query 1138 GCTCCGTGGGGTGGTTCTGCTC--CC-GGTTCGGCAGTGATGGGTCAAGCTGGTGCATCT 1194
||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GCTCCGTGGGGTGGTTCTGGTGGTCCTGGTTCAGCAGTAATGGGTCAAGCTGGTGCATCT 1195
Query 1195 GGAGGTTATGGCAGTCAAGGTTATGGCTACGGTGGAAATGATTCCTCTTACGGGACTCCA 1254
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 GCAGGTTATGGCAGTCAAGGTTATGGCTATGGTGGAAATGATTCCTCTTACGGGACTCCA 1255
Query 1255 TCTGCCTATGGTGCAGTAGGTGGGCGATCTGGCAATATGCCTAACAGCCATGGCGGCGGT 1314
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1256 TCTGCCTATGGTGCAGTAGGGGGGCGATCTGGGAATATGCCTAACAACCATGGTGGCGGT 1315
Query 1315 GGCTATGCGGATGCTTCAGATGTCTCTGGAGGTTATGGGAATCACCAAGGGAACAACGGG 1374
|||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GGCTATGCGGATGCTTTAGATGGCTCTGGAGGCTATGGGAATCACCAAGGGAACAACGGG 1375
Query 1375 CAAGCTGGTTATGGCGGAGGTTATGGAAGTGGTAGGCAAGCTCAACAACAGTGATTGAAG 1434
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 CAAGCTGGTTATGGTGGAGGTTATGGAAGTGGTAGGCAAGCTCAACAACAGTGATTGAAG 1435
Query 1435 AAGAAAGACTACTACAATGTGGTTTTATCGCTGACCTTGAAACCTCCT-CTTTCCGCCTT 1493
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1436 AAGAAATACTACTAGAATGTGGTTTTATCGCTGACCTTGAAACCTCCTGCTTTCCGCCTT 1495
Query 1494 AATGATGTCACGTCTGGGGCGGTTTGACCAGGAGGTCGACCTACGCTGGATTATCTCTTT 1553
|| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AACCATGTCACGTCTTTGGCGGTTAGACCAGGAGGTGGACCTACGCTGGATTATCTCTTT 1555
Query 1554 TGTTAGTTTCTCAATAAGTTGTTTTCAGGCAATTCCGGATACTGCTAGTATTTCCTATCA 1613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||
Sbjct 1556 TGTTAGTTTCTCAATAAGTTGTTTTCAGGCAATTCCGGATACT---A-T-TT-CCTATCA 1609
Query 1614 AGTTGTAGTTTTTAAGTTTGCGTGCTTATTTATATTTGTCGCTTTGGAATGGTTTTCTTT 1673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 AGTTGTAGTTTTTAAGTTTGCGTGCTTATTTATATTTGTCGCTTTGGAATGGTTTTCTTT 1669
Query 1674 CTCTATTATCCTCCTAGTGTTTGTGTTCAACGATACATCCTCCAGATTATCATTATTCAT 1733
|||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 CTCTGTTATCCTC-TAGTGTTTGTGTTTAACGATACATCCTCCAGATTATCATTATTCAT 1728
Query 1734 CTTCCTTT 1741
|| |||||
Sbjct 1729 CTCCCTTT 1736
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86093934675
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5