BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482295
Length=2080
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G33490.1 | Symbols: | hydroxyproline-rich glycoprotein fami... 3365 0.0
> AT2G33490.1 | Symbols: | hydroxyproline-rich glycoprotein family
protein | chr2:14183552-14187869 FORWARD LENGTH=2075
Length=2075
Score = 3365 bits (1822), Expect = 0.0
Identities = 2005/2090 (96%), Gaps = 25/2090 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAAACCTCTCTCCGACGGTTACGAGGTGTGCTTCATAAGCATGAATCTAAAGACCGG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAAACCTCTCTCCGACGGTTACGAGGTGTGCTTCACAAGCATGAATCTAAAGACCGG 60
Query 61 AGAGATCTTCGAGCTCTGGTTCAGAAAGACGAGCTTGCCCAAGCTTCGCAGGACGTAGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 AGAGATCTTCGAGCTCTGGTTCAGAAAGATGAGCTTGCCCAAGCTTCTCAGGACGTAGAA 120
Query 121 GACATGAGAGATTGCTATGATAGCTTGCTCAATGCCGCTGCTGCTACTGCCAATAGTGCA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GACATGAGAGATTGCTATGATAGCTTGCTCAATGCCGCTGCTGCTACTGCCAATAGTGCT 180
Query 181 TATGAATTTTCTGAATCTTTGCGAGAACTAGGTGCTTGTCTTCTTGAGAAAACTGCGCTA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TATGAATTTTCTGAATCTTTGCGAGAACTAGGTGCTTGTCTTCTTGAGAAAACTGCGCTA 240
Query 241 AATGATGATGAAGAAAGTGGTAGAGTGTTGATTATGCTGGGAAAATTGCAGTTTGAATTG 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 AATGATGATGAAGAAAGTGGTAGAGTGTTGATTATGCTGGGAAAGTTGCAGTTTGAATTG 300
Query 301 CAAAAACTTGTTGATAAATATGTGAGTTCTCATATTTTCCAAACAATTACAATCCCCTCA 360
||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 CAAAAACTTGTTGATAAATATC-G--TTCTCATATTTTTCAAACAATCACAATCCCCTCA 357
Query 361 GAGTCACTTCTAAATGAACTCCGCATAGTTGAGGAGATGCAGCGGCTTTGTGATGATAAA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 358 GAGTCACTTCTAAATGAACTCCGCATAGTTGAGGAGATGCAGCGGCTTTGTGATGAGAAA 417
Query 421 AGGAATGTTTATGAAGGCATGCTTACAAGACAAAGAGAGAAAGGGAGATCAAAGGGTGGG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AGGAATGTTTATGAAGGCATGCTTACAAGACAAAGAGAGAAAGGGAGATCAAAGGGTGGG 477
Query 481 AAAGGAGAAACTTTTTCGACACAGCAACTACAAGAAGCTCATGATGAATATGAAAACGAG 540
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 478 AAAGGAGAAACTTTTTCGCCACAGCAACTACAAGAAGCTCATGATGATTATGAAAACGAG 537
Query 541 ACGACTTTATTTGTTTTCCGTTTAAAATCCCTGAAACAAGGACAAACACGTAGTCTTTTG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 538 ACGACTTTATTTGTTTTCCGTTTAAAATCCCTGAAACAAGGGCAAACACGTAGTCTTTTG 597
Query 601 ACTCAGGCAGCACGGCACCATGCAGCACAGTTATGCTTCTTCAAGAAGGCTCTTAATTCC 660
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 598 ACTCAGGCAGCAAGGCACCATGCAGCACAGTTATGCTTCTTCAAGAAGGCTCTTAGTTCC 657
Query 661 CTTGAAGAAGTGGACCCACATGTACAGATGGTAACCGAGTCACAGCATATTGATTACCAT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTTGAAGAAGTGGACCCACATGTACAGATGGTAACCGAGTCACAGCATATTGATTACCAT 717
Query 721 TTCAGCGGATTAGAAGATGATGATGGGGATGATGAAATAGAAAACAATGAGAACGATGGT 780
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TTCAGCGGATTAGAAGATGATGACGGGGATGATGAAATTGAAAACAATGAGAACGATGGT 777
Query 781 TCTGAGGTGCATGATGATGGAGAGTTGAGTTTTGAATATAGAGTTAATGACAAGGACCAA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TCTGAGGTGCATGATGATGGAGAGTTGAGTTTTGAATATAGAGTTAATGACAAGGACCAA 837
Query 841 GATGCGGATTCTTCAGTTGGTGGCTCCTCAGAGTTGGGTAACTCAGACATCACATTTCCA 900
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GATGCGGATTCTTCAGCTGGTGGCTCCTCAGAGTTGGGTAACTCAGACATCACATTTCCA 897
Query 901 CAAATTGCAGGACCATATACTGCACAGGAAAATGAGGAAGGAAACTACAGGAAATCTCAT 960
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 898 CAAATTGGAGGACCATATACTGCACAGGAAAATGAGGAAGGAAATTACAGAAAATCTCAT 957
Query 961 TCGTTTAGGAGAGATGTTAGGGCAGTGAGCCAATCAGCACCGCTTTTTCCCGAGAACCGC 1020
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 958 TCGTTTAGGAGAGATGTAAGGGCAGTGAGCCAATCAGCACCACTTTTTCCCGAGAACCGC 1017
Query 1021 ACAACTCCTCCTTCAGAGAAGCTGTTACGGATGCGATCAACTCTGACACGGAAATTTAAC 1080
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1018 ACAACTCCTCCTTCAGAAAAGCTGTTACGGATGCGATCAACTCTGACACGGAAATTCAAC 1077
Query 1081 ACTTATGCATTGCCAACACCTGTGGAAACAACGAGAAGTCCCTCATCTACTACAAGTCCA 1140
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 ACTTATGCATTGCCAACTCCTGTGGAAACAACGAGAAGTCCCTCATCTACTACAAGTCCA 1137
Query 1141 GCTAACAAAAACGTGGGCTCATCTAATCCTACAAAGGCAATTACAAAACAGATTTGGTAT 1200
| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1138 GGTCACAAAAACGTGGGGTCATCTAATCCTACAAAGGCAATTACAAAGCAGATTTGGTAT 1197
Query 1201 TCATCCCCACTGGAAACTCGTGGACCTGCAAAGGTTTCATCAAGATCAATGGTAGCCTTG 1260
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TCATCCCCACTTGAAACTCGCGGACCTGCAAAGGTTTCCTCAAGATCAATGGTAGCCTTG 1257
Query 1261 AAAGAACAAGTCCTGAGAGAGAGTAACAAGAATACATCTCGGTTGCCTCCGCCTTTAGCA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AAAGAACAAGTCCTGAGAGAGAGTAACAAGAATACATCTCGGTTGCCTCCGCCTTTAGCA 1317
Query 1321 GATGGACTCTTGTTTTCTCGTCTCGGTACACTTAAGAGACGATCCTTCTCTGGTCCACTG 1380
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GATGGACTCTTGTTCTCTCGTCTCGGTACACTCAAGAGACGATCCTTCTCTGGTCCACTG 1377
Query 1381 ACAAGTAAACCATTACCTAACAGGCCTCTCTCTACAACATCTCACTTATACTCTGGTCCG 1440
||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 ACAAGTAAACCGTTACCGAACAAGCCTCTCTCTACAACATCTCACTTATACTCTGGTCCG 1437
Query 1441 ATCCCAAGGAATCCAGTTTCCAAGCTGCCAAAAGTGTCATCATCTCCAACTGCTTCCCCT 1500
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ATCCCAAGGAATCCAGTTTCTAAATTGCCAAAAGTGTCATCATCTCCAACTGCTTCCCCT 1497
Query 1501 ACATTTGTCTCAACCCCAAAAATAAGTGAGCTCCATGAGCTTCCTAGACCACCACCAAGA 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 ACATTTGTCTCAACCCCAAAAATAAGTGAGCTCCATGAGCTTCCTAGACCACCACCAAGA 1557
Query 1561 AGCTCTACAAAGTCCTCTAGGGAATTGGGATATTCAGCTCCCTTGGTTTCGAAGAGCCAA 1620
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1558 AGCTCTACTAAGTCCTCTAGGGAATTGGGATATTCAGCTCCCTTGGTTTCGAGGAGCCAA 1617
Query 1621 TTGCTTAGTAAACCTCTTATTACAAATTCAGCTTCTCCTCTCCCTATACCACCTGCAATC 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TTGCTTAGTAAACCTCTTATTACAAATTCAGCTTCTCCTCTTCCTATACCACCTGCAATC 1677
Query 1681 ACTCGTAGCTTCTCTATACCTACTAGCAACCTTAGGGCGTCAGATTTAGATATGTCTAAG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 ACTCGTAGCTTCTCTATACCTACTAGCAACCTTAGAGCATCAGATTTAGATATGTCTAAG 1737
Query 1741 ACAAGTCTGGGCACTAAAAAGTTAAGCACTGCCTCGCCTCCTTTAACCCCAATGTCATTG 1800
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ACAAGTCTGGGCACTAAAAAGTTAGGCACTCCCTCGCCTCCTTTAACCCCAATGTCATTG 1797
Query 1801 ATCCATCCACCGCCACAGGCTCTTCCAGAGCGTGCAGACCACCTAATGATGTCCAAAGAA 1860
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1798 ATCCATCCACCGCCACAGGCTCTTCCCGAACGTGCAGACCACCTAATGATGTCCAAACAA 1857
Query 1861 GAGAGGAGGATTTAAGATGTAAGATGT------TT-GTAGCTGCCTAAAAACTGTAGGAG 1913
||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GAGAGGAGGATTTAAGATGTAAGGTGTAAGACGTTTGTAGCTGCCTAAAAACTGTAGGAG 1917
Query 1914 GAAGGCATTCCCTATAGTTGCAGATATATGTAAATATCCTCCCATTTTTAGTTTCACCGA 1973
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||
Sbjct 1918 GAAGGCATTCCCTATAGTTGCAGATATATGTAAATATCCTCCAATTTTTAGTCTCATGGA 1977
Query 1974 TGATCTTAGTTTTATATCACATATAGTTGTAGATCGATCCCTGTTTTGAGAATGATGACA 2033
||||||||||| ||||| ||||||||| || | ||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1978 TGATCTTAGTTGTATATTACATATAGTAGT---T-GATCCCT-TTT-GAGAATGATGACA 2031
Query 2034 ACaaaaaaaTAGAGGCAAACAT--TTA-TAAATAATTGCCTCAGGAATTT 2080
| ||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 2032 A-AAA----TAGAGGCAAACAGAGTTAATAA-TAATTGCCTGAGGAATTT 2075
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103111919430
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5