BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482468
Length=2097
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G35030.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3275 0.0
> AT2G35030.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr2:14760869-14763077 REVERSE LENGTH=2209
Length=2209
Score = 3275 bits (1773), Expect = 0.0
Identities = 1991/2099 (95%), Gaps = 4/2099 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TAGCTGATGCAATCTCGCGCATTGTCGCGCCTGAGAAGTTACTACAGAAGATCATCGGTA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 109 TAGCTGATGCAATCTCGCGCATTGTCGCGCCTGAGAAGTTACTACAAAAGATCATCGGTA 168
Query 61 ATTCCCATCTCAGACAATGAACGATCCGTGCAACTACGTAATCTCGTACGTTCGATTTAC 120
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 169 TTTCCCAGCTCAGACAATGACCGATCCGTGCAACTATTTAATCTCGTACGTTCGATTTAC 228
Query 121 TCTTCCAGCTCGAA-ACCACGTGTGCCACGACCCGAATGGCTGATTGGGAAGCTGTGCAA 179
||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 229 TCTTCCAGCTC-AAGACCACGTGTGCCACAACCCGAATGGCTGATTGGGGAGCTGTGCAA 287
Query 180 AGTAGGTAAACTTGCAGAAGCACGCAAACTGTTCGACGGATTGCCTGAGAGAGATGTGGT 239
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 AGTAGGTAAAATTGCAGAAGCACGCAAACTGTTCGACGGATTGCCTGAGAGAGATGTGGT 347
Query 240 CACATGGACGTATGTGATTACTGGGTATATTAAGTTAGGGAATATGAGAGAAGCTAGGGA 299
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 348 CACATGGACGCATGTGATTACTGGGTATATTAAGTTAGGGGATATGAGAGAAGCTAGGGA 407
Query 300 ATTGTTTGATAGGGTTGATTCTAGGAAAAATGTTGTGACTTGGACAGCCATGGTTAGTGG 359
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 ATTGTTCGATAGGGTTGATTCTAGGAAAAATGTGGTGACTTGGACAGCCATGGTTAGTGG 467
Query 360 GTACTTGAGATCTAAGCAGCTTTCTGTAGCTGAGATGCTTTTCCAGGAAATGCCGGAGAG 419
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 468 GTACTTGAGATCTAAGCAGCTTTCTATAGCTGAGATGCTTTTTCAGGAAATGCCTGAGAG 527
Query 420 AAATATAGTTTCTTGGAATACTATGATTGATGGGTATGCTCAGAGCGGGAGAATTGATAA 479
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 528 AAATGTAGTTTCTTGGAATACTATGATTGATGGGTATGCTCAAAGTGGGAGAATTGATAA 587
Query 480 AGCCCTGGAACTGTTTGATGAAATGCCTGAGAGAAACATTGTTTCTTGGAACTCAATGAT 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 588 AGCCCTGGAACTGTTTGATGAAATGCCTGAGAGAAACATTGTTTCTTGGAACTCAATGGT 647
Query 540 TAAAGCGCTGGTGCAGCGTGGGAGGATAGATGAGGCGATGAATCTATTCGAAAGAATGCC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 TAAAGCGCTGGTGCAGCGTGGGAGGATAGATGAGGCGATGAATCTATTCGAAAGAATGCC 707
Query 600 TATAAAGGATGTCATTTCATGGACAGCTATGGTCGATGGGTTGGCAAAGAACGGTAAGGT 659
|| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 708 TAGAAGGGATGTCGTTTCATGGACTGCTATGGTCGATGGATTGGCAAAGAACGGTAAGGT 767
Query 660 AGATGAAGCGAGACGACTTTTCGATTGTATGCCTGAGAGAAATATCATTTCTTGGAATGC 719
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 AGATGAAGCGAGACGACTTTTTGATTGTATGCCTGAGAGAAATATCATTTCTTGGAATGC 827
Query 720 TATGATCACAGGTTATACATATAACAATAGGATAGACGAAGCTGACCAACTCTTTCAAGT 779
||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 AATGATCACAGGTTATGCACAAAACAATAGGATAGACGAAGCTGACCAACTCTTTCAAGT 887
Query 780 GATGCCAGAGAGGGACTTTGCTTCATGGAATACGATGATCACAGGATTTATACGGAATAG 839
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 GATGCCGGAGAGGGACTTTGCTTCATGGAATACAATGATCACAGGATTTATACGGAATAG 947
Query 840 GGAAATTAACAGGGCATGTGGTTTATTCGACCGGATGCCTCAAAAGAATGTTATTTCCTG 899
|||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 948 GGAAATGAACAAAGCATGTGGTTTATTTGACCGGATGCCTGAAAAGAATGTCATTTCCTG 1007
Query 900 GACCGCGATGATTACAGGATACGTCGAGAATAAAGAAAACGAAGAGGCGCTTAAAGTTTT 959
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1008 GACCACGATGATTACAGGATATGTCGAGAATAAAGAGAACGAAGAGGCACTTAATGTTTT 1067
Query 960 CTCAAAGATGTTAAGGGATGGCTGTGTTAAGCCTAATGTAGGAACTTATGTGAGCATTTT 1019
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 CTCAAAGATGTTAAGGGATGGCAGTGTTAAGCCTAACGTAGGAACTTATGTGAGCATTTT 1127
Query 1020 AAGCGCCTGTAGTGACTTGGCTGGGCTTGTGGAAGGGCAGCAGATTCACCAGTTGATATC 1079
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 AAGCGCCTGTAGTGACTTGGCTGGGCTTGTAGAAGGGCAGCAGATTCACCAGTTGATATC 1187
Query 1080 TAAGTCGGTCCACCAAAAGAATGAAGTTGTGACTTCAGCGCTTATTAACATGTACTCGAA 1139
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1188 TAAGTCGGTCCACCAAAAGAACGAAATTGTGACTTCAGCGCTTCTTAACATGTACTCGAA 1247
Query 1140 ATCCGGTGAACTGATTGCTGCGAGGAAGATGTTCGATAACGGACTGGTATGCCAACGGGA 1199
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1248 ATCCGGTGAACTGATTGCTGCTAGGAAGATGTTCGATAATGGACTGGTATGCCAGCGGGA 1307
Query 1200 TTTGATATCATGGAACAGTATGATTGCGGTTTATGCACACCACGGGCATGGGAAGGAAGC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 TTTGATATCATGGAACAGTATGATTGCGGTTTATGCACATCACGGGCATGGGAAGGAAGC 1367
Query 1260 AATTGAAATGTACGATCAGATGCGGAAACACGGGTTCAAACCTAGTGAGGTTACCTATCT 1319
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1368 AATTGAAATGTATAACCAGATGCGGAAACACGGGTTCAAACCTAGTGCGGTGACCTATCT 1427
Query 1320 TAACTTGCTATTTGCTTGCAGCCACGCCGGACTGGTAGAAAAAGGAATGGAGTTCTTTAA 1379
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 GAACTTGCTATTTGCGTGCAGCCATGCCGGACTGGTAGAGAAAGGAATGGAGTTCTTTAA 1487
Query 1380 GGAGCTTGTGAGAGACAAGTCACTTCCTCTGCGAGAAGAGCACTATACGTGTCTTGTGGA 1439
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 GGATCTTGTGAGAGACGAGTCACTTCCTCTGCGAGAAGAGCACTATACGTGTCTTGTGGA 1547
Query 1440 TCTCTGCGGTCGTGCGGGTAGATTAAAAGATGTTTTAAATTTCATCAACCGTGATGACGC 1499
||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1548 TCTCTGCGGTCGTGCTGGTAGATTGAAAGATGTTACAAATTTTATCAACTGTGATGACGC 1607
Query 1500 TAGGCTATCAAGATCGTTCTATGGAGCGATCTTATCCGCTTGTAATGTTCACAGTGAAGT 1559
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1608 TAGGCTGTCAAGATCGTTCTATGGAGCGATCTTATCCGCTTGTAATGTTCACAATGAAGT 1667
Query 1560 GAGTATTGCTAAGGAGGTGGTGAAGAAGGTATTAGAAACAGGGTCGGATGATGCTGGGAC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 GAGTATTGCTAAGGAGGTGGTGAAGAAGGTATTAGAAACAGGGTCGGATGATGCTGGGAC 1727
Query 1620 TTATGTAATGATGTCTAATATATATGCGGCGAACGGGAAAAGGGAAAAAGCTGCAGAGAT 1679
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1728 TTATGTATTGATGTCTAATATATATGCGGCGAACGGGAAAAGGGAAGAAGCTGCAGAGAT 1787
Query 1680 GAGAATGAAGATGAAAGAGAAAGGGTTGAAGAAACAGCCGGGTTGCAGTTGGGTTAAGAT 1739
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1788 GAGAATGAAGATGAAGGAGAAAGGGTTGAAGAAGCAGCCGGGTTGCAGTTGGGTTAAGGT 1847
Query 1740 CGGGAATCAGA-CGCATCTTTTTGTTGTTGGAGATAAGTCACATCCTCAGTTTGAAGCCT 1798
||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 GGGGAAGCAGAAC-CATCTTTTTGTTGTTGGAGACAAGTCACATCCTCAGTTTGAAGCCT 1906
Query 1799 TGGATTCGATAGTATCCGATCTTCGCAACAAAATGAGAAAGAACAAGAACATGACCTCAG 1858
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1907 TGGATTCGATATTATCCGATCTTCGCAACAAAATGAGAAAGAACAAGAACGTGACTTCAG 1966
Query 1859 AAGCGGAAGAAGATGAGTTCTTGGTTCTTTGAATTCCTTCTGCATACCGGAGATGTATTC 1918
| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1967 ATGCGGAAGAAGCTGAGTTCTTGGTTATTTGAATTCCCTCTGCATAGCGGAGATGTATTC 2026
Query 1919 AGACTCCTTGGTATAAGATCGGTGAACGGATTTATTCAAGCCATTTGGTGTTGGACTAAA 1978
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2027 AGACTCCTCGATATAAGATCGGTGAACGGATTTATTCAAGGCATTTGGTGTTGGACTAAG 2086
Query 1979 CAATTCATCTGCCCGAAGTATCATGACGAGAAGGACATGATATGACACAGCTTGCAGGAG 2038
||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2087 CAATTCAACTGCCCGAAGCATCTTGACGATAAGGATATGATATGACGTAGCTTGCAGGAG 2146
Query 2039 ATTTTCTGTTTGTAGTTAGTTGGCTTAGAAAATGCAACTGATACGTCTTAGCCTTATAG 2097
||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2147 ATTTTCTGTTTGTAGTTTGTTGGCATATAAAATGCAATTGATACATCTTAGCCTTATAG 2205
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103965328695
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5