BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482526
Length=1923
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G35650.1 | Symbols: ATCSLA07, CSLA07, ATCSLA7, CSLA7 | cellu... 3038 0.0
> AT2G35650.1 | Symbols: ATCSLA07, CSLA07, ATCSLA7, CSLA7 | cellulose
synthase like | chr2:14985488-14988357 FORWARD LENGTH=1978
Length=1978
Score = 3038 bits (1645), Expect = 0.0
Identities = 1818/1900 (96%), Gaps = 17/1900 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 AGAG-ACCAGAGATTATCGACCACGAAGCAGCAGACGATTCGTGGAAGAGACTTGGAGAG 86
|||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 AGAGAACCAGAGATTATCGAACACGAAGCAGAAGACGATTCGTGGAAGAGACTTGGAGAG 126
Query 87 -ATATTTCCCAATGTCTCCTCTCCCAATCTTCCATCGTCTTCCTCACGCCACGTTCTCTT 145
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 AATATTTCTCAATGTCTCCTCTCCCAATCTTCCATCGTCTTCCTCACGCCACGTTCTCTT 186
Query 146 CCTTTCTCCTCTCACTGTCTCAAGTTGGAAGTTCTAAAACATCAGTGGCATTCCTCAATG 205
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 CCTTTCTCCTCTCACTGTCTCAAGCTGGAAGTTCTAAAACATCAGTGGCATTCCTCAATG 246
Query 206 CCTTCAAATCGGACGATATCATTGCTCGAATTGGACTATGGTGGCAGCTAATAAGGGCTG 265
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 247 CCTTCAAATCAGAAGATATCATTGCTCGAATTGGACTATGGTGGCAGCTTATAAGGGCTG 306
Query 266 TTGTACTTGTACCTGTCTTCAAGTTCCTGGTGGC-TCTATGTTTGGTCATGTCTGTCATG 324
||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 TTGTAGTTGTACCTGTCTTCAAGTTCCTGGT-GCTTCTATGTTTGGTCATGTCTGTCATG 365
Query 325 TTCTTCGTAGAGGTTATGTACATGGGAATCGTCGTTTTGTATGTCAAGTTGTTCAAGAGA 384
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 366 TTCTTCGTTGAGGTTATGTACATGGGAATCGTTGTTTTGTATGTCAAGCTGTTCAAGAGA 425
Query 385 AAACCAGAGAAAATTTACAAATGGG-AGCCTATGGAGGATGATGTTGAGTGTGGCAGTGC 443
|| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 AAGCCAGAGAAATTTTACAAATGGGAAGCC-ATGGAGGATGATGTTGAGTGTGGCAGTGC 484
Query 444 AAGCTACCCTATGGTTCTTGTGCAAATTCCTATGTACAATGAAAAAGAGGTTTGTGAGCA 503
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 AAGCTACCCTATGGTTCTTGTGCAGATACCTATGTACAATGAAAAAGAGGTTTGTGAGCA 544
Query 504 ATCAATTGCAGCTGCTTGTAAAGTTTCATGGCCATCGAATCGTATAATAATTCAAGTGCT 563
||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 ATCTATTGCAGCTGCTTGCAAAATCTCATGGCCATCGAATCGTATAATAATTCAAGTGCT 604
Query 564 TGATGATTCCACGGATCCAGCCAGTAAGGAATTGGTGAAAAGGGAGTGTGATAGATGGTC 623
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 605 TGATGATTCCACGGATCCAGCCAGTAAGGAGTTGGTGAAAAAGGAGTGTGACAGATGGTC 664
Query 624 GAAAGAAGGTGTCAACATAACGTTTGAGATAAGGGACAACAGGAACGGATACAAAGCTGG 683
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TAAAGAAGGTGTCAACATAACGTTTGAGATAAGGGACAACAGGAACGGATACAAAGCTGG 724
Query 684 TGCGCTGAGAGAAGGAATGAAGCATAGCTATGTGAAGCAGTGTGACTATGTTGCTATCTT 743
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 725 TGCGTTGAGAGAAGGAATGAGGCATAGCTATGTGAAGCAGTGTGATTATGTTGCTATCTT 784
Query 744 TGATGCTGATTTCCAGCCTGATCCTGACTTCCTCCACCGCACTGTTCCTTTCTTAATTCA 803
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 785 TGATGCTGATTTCCAGCCTGATCCTGACTTCCTCCACCGCACTGTTCCATTCTTAATTCA 844
Query 804 CAATCCCAAGTTAGCACTTGTACAAGGCCGGTGGGAGTTTGTGAACGCGGGTCAATGCAT 863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 CAATCCCAAGTTAGCACTTGTACAAGGCCGGTGGGAGTTTGTGAACGCGGGTCAATGCAT 904
Query 864 GATGACGAGATTACAGGAGATGTCTCTGAGTTACCACTTTACAATAGAGCAGCAAGTTGG 923
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 GATGACGAGATTACAGGAGATGTCTCTAAGTTACCACTTTACAATAGAGCAGCAAGTTGG 964
Query 924 ATCTTCAACATTTGCCTTCTTTGGGTTCAACGGAACTGCTGGCGTCTGGAGAATCTCAGC 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 ATCTTCAACATTTGCCTTCTTTGGGTTCAACGGAACTGCTGGCGTCTGGAGAATCTCAGC 1024
Query 984 ATTGAATGAGTCTGGGGGATGGAATGACCAGACAACGGTAGAAGATATGGACTTAGCTGT 1043
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1025 ATTGAATGAGTCCGGGGGATGGAATGACCAGACAACAGTAGAAGACATGGATTTAGCTGT 1084
Query 1044 ACGGGCTACACTGAGAGGCTGGAAGTTTCTATATATCGATGATCTCAAGGTAAAAAGTGA 1103
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 ACGAGCTACACTGAGAGGCTGGAAGTTTCTATATATCGATGATCTCAAGGTAAAAAGTGA 1144
Query 1104 GTTACCTTGTTCATTCAAAGCCCTGCGTAACCAGCAGCATCGATGGACTTGTGGCCCTGC 1163
|||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1145 GTTACCTTGTTCCTTCAAAGCTCTGCGTAGCCAGCAGCATCGATGGACTTGCGGCCCTGC 1204
Query 1164 CAATCTATTCAGGAAAATGGCTGTACAAATATTAAGAAGCGAGAATGTTTCTCTATGGAA 1223
|||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1205 CAATCTTTTAAGGAAAATGGCTGGACAAATAATAAGAAGCGAGAATGTATCTCTATGGAA 1264
Query 1224 GAAGTTGTATATGTTGTACAGCTTCTTCTTCATGCGCAAGGTCGTGGCTCACACCCTCAC 1283
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1265 GAAGTGGTATATGTTGTACAGCTTCTTCTTCATGCGCAAGATCGTGGCTCACATCCTCAC 1324
Query 1284 ATTCTGCTTCTACTGTGTTATCTTGCCAGCAACTGTATTGTTCCCAGAAGTCACAGTTCC 1343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 ATTCTGCTTCTACTGTGTTATCTTGCCAGCAACTGTATTGTTCCCAGAAGTCACAGTTCC 1384
Query 1344 GAAATGGGCTGCATTTTATCTCCCTTCTTTGATCACTCTCTTAATCGCAATCGGTAGACT 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1385 GAAATGGGCTGCATTTTATCTCCCTTCTTTGATCACTCTCTTAATCGCAATTGGTAGACT 1444
Query 1404 AAGATCAATCCACCTTTTGGCATTCTGGGTTCTGTTTGAGAATGCAATGTCCCTGCTACG 1463
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1445 AAGATCAATCCACCTTTTGGCTTTCTGGGTTCTATTTGAGAATGCAATGTCCCTGCTAAG 1504
Query 1464 AGCAAAGGCTCTGGTCATGGGCTTGTTAGAAACAGGAAGAGTACAAGAATGGGTTGTGAC 1523
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 AGCAAAGGCTCTGGTCATGGGCTTGTTCGAAACAGGAAGAGTACAAGAATGGGTTGTGAC 1564
Query 1524 GGAGAAATTAGGTGATACTCTGAAGACGAAGCTGATTCCACAAGTGCCTAACGTCAAATT 1583
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1565 GGAGAAGTTAGGTGATACTCTCAAGACGAAGCTGATTCCACAAGTTCCTAACGTCAGATT 1624
Query 1584 CAGAGAGAGGGTGTATTTGCTGGAGCTATTGGTTGGAGTGTACCTGTTATTCTGCGGAAT 1643
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 CAGAGAGAGGGTGCATTTGCTGGAGCTATTGGTTGGAGCGTACCTGTTATTCTGCGGAAT 1684
Query 1644 CTACGACATCGTTTATGGGAAGAACACACTCTATGTGTACCTTCTGTTTCAGTCAGTGGC 1703
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 CTACGACATCGTCTATGGGAAGAACACACTCTATGTGTACCTTCTGTTTCAGTCAGTGGC 1744
Query 1704 CTTCTTCGTTGTTGGTTTTGGATTTGTAGGAAAATATGTTCCTGCTTCCTCTTACTTAGC 1763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 CTTCTTCGTTGTTGGTTTTGGATTTGTAGGAAAATATGTTCCTGCTTCCTCTTACTTAGC 1804
Query 1764 ATAGGATAGATCAAAGAGTCTCAATATGTTTCAGAAGGtttttttttGTTGATATCATAT 1823
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||
Sbjct 1805 ATAGGATAGATCATAGAGTCTCAATATGTTTCAGAAGGTTTTTTGTT-T-GATGTCATAT 1862
Query 1824 TGAGAACAATGCCTATATACTACTCTAGTACTCTCCATTTGTATTAACACTTGAGTGTCT 1883
|||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1863 TGAGAACAATGCCTATATACTACTCT----C-C---ATTTGTATTAACACTTGAGTATCT 1914
Query 1884 GTAAACAACGAAGCTCAAATGTGACCAATAT-Attttttt 1922
|||| |||||||||||| |||||| | |||| ||||||||
Sbjct 1915 GTAACCAACGAAGCTCAGATGTGATCGATATTATTTTTTT 1954
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95230433865
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5