BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482562
Length=3370
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G35920.1 | Symbols: | RNA helicase family protein | chr2:15... 5297 0.0
> AT2G35920.1 | Symbols: | RNA helicase family protein | chr2:15075597-15080812
FORWARD LENGTH=3371
Length=3371
Score = 5297 bits (2868), Expect = 0.0
Identities = 3216/3383 (95%), Gaps = 27/3383 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 Gtttctccacgcttcgctttctccttccattttcttccaaactctctccgcttccttctc 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1 GTTTCTCCACGCTTCGCTTTCTCCTTCCATTTTCTTCCAAACTCTCTCCGCTTCGTCCTC 60
Query 61 tctttcACACAGCCGCTATGCCTCCTCACGGTCCTAATTCTCAAGGTGGTCGTCGAGGTG 120
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 TCTTTCACACCGCCGCTATGCCTCCTCACGGTCCTAATTCTCAAGGTGGTCGTCGAGGCG 120
Query 121 GAGGT-TTCTCCTCCGGTCGTGC-TGGAGGTCGC--C-GTGGTGGACGCGGCGGCGGCGG 175
||||| | |||||||||||| | ||| || ||| | | || || || ||||| || ||
Sbjct 121 GAGGTCAT-TCCTCCGGTCGT-CGTGGTGGACGCGGCGGCGGCGGTCGTGGCGGTGGTGG 178
Query 176 TCGTGG-CGGCGGGGAACAGCGATGGTGGGATCCGGTGTGGAGAGCTGAGCGTTTGCGTC 234
| | || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 179 TGGCGGCCGG-GGGGAACAGCGATGGTGGGATCCTGTGTGGAGAGCTGAGCGTTTGCGCC 237
Query 235 AGCAACAAGTTGAGATGGAAGTTCTTGATGAGAATGAATGGTGGAACAAGATTGAGCAAT 294
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 AGCAACAAGCTGAGATGGAAGTACTTGATGAGAATGAATGGTGGAACAAGATTGAGCAAT 297
Query 295 GGAAAACAGGAGGAGAACAAGAGTTGCTAATTAAGCGCAATTTTAGCCGTGGAGATCAGC 354
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GGAAAACAGGAGGAGAACAAGAGATGCTAATTAAGCGTAATTTTAGCCGTGGAGATCAGC 357
Query 355 AAACGCTTTCGGATATGGCTTTTCAGATGGGTCTTTACTTCCATGCATACAATAAAGGGA 414
|||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 358 AAACACTTTCTGATATGGCTTTGCAGATGGGTCTTTACTTTCATGCGTACAATAAAGGGA 417
Query 415 AGGCTCTTGTAGTTAGCAAAGTTCCTTTGCCAGATTATCGAGCGGATCTTGATGAACGAC 474
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 418 AGGCTCTTGTTGTTAGCAAAGTTCCTTTACCAGATTATCGAGCGGATCTTGATGAACGGC 477
Query 475 ATGGATCCACTCAGAAAGAGATTAAAATGTCCACAGAGACTGAGAGAAAACTTGGAAGTC 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATGGATCCACTCAGAAAGAGATTAAAATGTCCACAGAGACTGAGAGAAAACTTGGAAGTC 537
Query 535 TTCTGAAAACAACACAAGAATCAGGGTCTTCTAGTGCCTCTGCTTCACCATTTAATGGTC 594
|| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||| | ||
Sbjct 538 TTTTGAAAACAACACAAGAATCAGGGTCCTCTGGTGCCTCTGCTTCAGCTTTTAACGATC 597
Query 595 AACAGGATCGTACAGCAACTCTTGGCTTGAAAAGACCTGAATCTGCTTCCAACTTGCCGG 654
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 598 AACAGGATCGTACTTCAACTCTTGGCTTGAAAAGACCTGATTCTGCTTCCAAATTGCCGG 657
Query 655 ATTCTCTTGAGAAAGAAAAATTCAGTGTTGCACTTAAGGAAAGGCAGGAAAAGCTAAAGG 714
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 658 ATTCTCTTGAGAAAGAAAAATTCAGTTTTGCACTCAAGGAAAGGCAGGAAAAGCTTAAGG 717
Query 715 CAACTGAGAGTGTAAAAGCACTTCATGCTTTCAGAGAAAAGCTACCTGCTTTTAAAATGA 774
||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CAACTGAGAGTGTAAAAGCACTTAAAGCGTTCAGAGAAAAGCTACCTGCTTTTAAAATGA 777
Query 775 AAGAGGGGTTTCTTAACTCTGTTTCAGAAAATCAGGTATTGGTAGTTTCAGGAGAGACCG 834
|||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AAGAGGAGTTTCTTAACTCTGTTTCACAAAACCAGGTATTGGTAGTTTCAGGAGAGACCG 837
Query 835 GGTGTGGTAAAACAACACAACTTCCTCAATTTTTATTGGAAGAAGAAATATCATCCCTAA 894
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GGTGTGGTAAAACAACACAGCTTCCTCAATTTATATTGGAAGAAGAAATATCATCCCTAA 897
Query 895 GAGGTGCTGATTGCAACATAATTTGCACTCAACCTCGACGTATATCTGCCATATCTGTTG 954
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 898 GAGGTGCTGATTGCAACATAATTTGCACTCAACCTCGACGTATATCGGCCATATCTGTTG 957
Query 955 CTTCTCGTATATCTGCTGAAAGAGGTGAATCCATTGGTGAATCTGTGGGTTATCAGATTC 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CTTCTCGTATATCTGCTGAAAGAGGTGAATCCATTGGTGAATCTGTGGGTTATCAGATTC 1017
Query 1015 GTCTAGAATCAAAGCGTTCTGATCAAACACGATTGCTATTTTGCACTACTGGTGTTTTAC 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GTCTAGAATCAAAGCGTTCTGATCAAACACGATTGCTATTTTGCACTACTGGTGTTTTAC 1077
Query 1075 TTCGGCGGCTGATTGAGGATCCCAATTTAACTAACGTAAGCCATTTGCTCGTGGATGAGA 1134
| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TCCGGCGGCTGATTGAGGATCCTAATCTAACTAACGTAAGCCATTTGCTCGTGGATGAGA 1137
Query 1135 TTCACGAGAGAGGCATGAATGAAGATTTTCTACTAATCATACTACGTGATCTCCTTCCTC 1194
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1138 TTCACGAAAGAGGCATGAATGAAGATTTTCTACTAATCATACTACGCGATCTCCTTCCTC 1197
Query 1195 GACGCCCGGATTTGCGTCTTATTCTGATGAGTGCTACGATTAACGCTGACATGTTCTCAA 1254
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GACGCCCAGATTTGCGTCTTATTCTGATGAGTGCTACGATTAACGCTGACATGTTCTCAA 1257
Query 1255 CATACTTTGGGAACTCTCCCACTATGCACATCCCGGGGTTCACATTCCCTGTGGCAGAGT 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1258 CATACTTTGGGAACTCTCCCACTATGCACATCCCGGGTTTCACATTTCCTGTGGCAGAGT 1317
Query 1315 TATTCCTAGAAGATGTACTGGAGAAAAGTCGTTATAGTATTAAGTCGTCTGACTCAGGGA 1374
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1318 TATTCCTAGAAGATGTATTGGAGAAAAGTCGTTATAATATTAAGTCGTCTGACTCGGGGA 1377
Query 1375 ATTATCAAGGTAATTCGAGAGGTAAAAGAAGAGACTCAGAATCCAAGAAAGATGACCTGA 1434
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1378 ATTATCAAGGTAGTTCGAGAGGTAGAAGAAGAGAATCAGAATCCAAGAAAGATGATCTGA 1437
Query 1435 CTACTCTTTTCGAGGATATTGACATCAATTCTCACTATAAAAGTTATAGCTCGACCACAA 1494
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1438 CTACTCTTTTTGAGGATATTGACATCAATTCTCACTATAAAAGTTATAGCTCGGCCACAA 1497
Query 1495 GGAATTCTCTCGAAGTATGGTCTGGTGCACAGATTGATGTGGATCTGGTGGAGGCAACAA 1554
| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GAAATTCTCTTGAAGCATGGTCTGGTGCACAGATTGATGTGGATCTGGTGGAGGCAACAA 1557
Query 1555 TTGAATATATTTGTCGTCTTGAAGGTGGTGGGGCGATTCTTGTCTTCCTTACTGGCTGGG 1614
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TTGAACATATTTGTCGTCTTGAAGGTGGTGGGGCGATTCTTGTCTTCCTTACTGGCTGGG 1617
Query 1615 ATGAGATTTCAAAACTGCTTGAGAAAATTAATGGGAACAACTTGCTTGGAGATTCTAGCA 1674
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1618 ATGAGATTTCAAAACTGCTTGAAAAAATTAACATGAACAACTTTCTTGGAGATTCGAGCA 1677
Query 1675 AGTTCTTAGTTCTTCCTCTACATGGTTCAATGCCGACAGTTAATCAACGTGAAATTTTTG 1734
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AGTTCTTAGTTCTTCCTTTACATGGTTCAATGCCGACGGTTAATCAACGTGAAATTTTTG 1737
Query 1735 ACTGTCCACCTCCTAACAAACGGAAAATAGTTTTGGCTACAAACATTGCCGAGAGTAGTA 1794
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ACCGTCCACCTCCTAACAAACGGAAAATAGTTTTGGCTACAAACATTGCCGAGAGTAGTA 1797
Query 1795 TTACAATTGATGATGTTATATATGTTGTGGATTGTGGTAAAGCAAAGGAAACTAGCTATG 1854
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TTACAATTGATGATGTTGTATATGTTGTGGATTGTGGTAAAGCAAAGGAAACTAGCTATG 1857
Query 1855 ATGCTTTGAACAAGGTGGCATGTCTCTTGCCATCATGGATTTCAAAGGCTTCAGCGCACC 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1858 ATGCTTTGAACAAGGTGGCATGTCTCTTGCCATCATGGATATCAAAGGCTTCAGCTCACC 1917
Query 1915 AGAGACGAGGTCGTGCTGGACGTGTTCAAGCTGGATTTTGTTATAGGTTGTATCCAAAAG 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 AGAGACGAGGTCGTGCTGGACGTGTTCAAGCTGGAGTTTGTTATAGGTTGTATCCAAAAG 1977
Query 1975 TTATCTATGATGCTTTTCCACAGTATCAATTACCAGAAATCATACGGACTCCATTGCAAG 2034
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1978 TTATCTATGATGCTTTTCCACAGTATCAGTTACCAGAAATCATACGGACTCCATTACAAG 2037
Query 2035 AGCTATGCCTGCATATCAAAAGTTTGCAAGTTGGATCCATAGGATCATTCTTGGCAAAGG 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2038 AGCTATGCCTGCATATCAAAAGTTTGCAAGTTGGATCTATAGGCTCATTCTTGGCAAAGG 2097
Query 2095 CACTGCAGCCACCAGATGCACTTGCTGTTGAGAATGCTATTGAACTTCTCAAAACAATTG 2154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CACTGCAGCCACCAGATGCACTTGCTGTTGAGAATGCTATTGAACTTCTCAAAACAATTG 2157
Query 2155 GGGCTTTAAATGACATGGAAGAGCTTACACCCCTTGGTCGGCATCTTTGCACTCTACCCG 2214
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GGGCTTTAAATGACGTGGAAGAGCTTACACCCCTTGGTCGGCATCTTTGCACTCTACCCG 2217
Query 2215 TGGACCCAAATATAGGAAAGATGCTTCTGATTGGAGCTATCTTCCAGTGCGTCAATCCTG 2274
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 TGGACCCAAATATTGGAAAGATGCTTCTGATTGGAGCTATCTTCCAGTGCGTCAATCCTG 2277
Query 2275 CTTTGACAATCGCCGCTGCTCTGGCATATCGTAGCCCATTTGTCTTACCATTAAATAGGA 2334
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 CTTTGACAATCGCTGCTGCTCTGGCGTATCGTAGCCCATTTGTCTTACCATTAAATAGGA 2337
Query 2335 AAGAGGAAGCCGATGAAGCCAAAAGATATTTTGCTGGTGATTCCTGCAGTGATCACATTG 2394
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 AAGAGGAAGCTGATGAAGCCAAACGATATTTTGCTGGTGATTCCTGCAGTGATCACATTG 2397
Query 2395 CTCTTCTTAAGGCATATGAGGGATATCGGGATGCAAAGCGTGGTGGAAACGAAAAAGATT 2454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 CTCTTCTTAAGGCATATGAGGGATATCGGGATGCAAAGCGTGGTGGAAACGAAAAAGATT 2457
Query 2455 TTTGTTGGCAAAACTTTCTTTCCCCTGTAACTCTAAGGATGATGGAAGATATGAGAAACC 2514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2458 TTTGTTGGCAAAACTTTCTTTCCCCTGTAACTCTAAGGATGATGGAGGATATGAGAAACC 2517
Query 2515 AGTTTCTTGATCTTCTATCAGATATAGGGTTCGTAGACAAATCAAAGCCAAATGCATACA 2574
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 AGTTTCTTGATCTTCTATCAGATATAGGGTTTGTAGACAAATCAAAGCCAAATGCATACA 2577
Query 2575 ACCAATATAGCCACGATATGGAGATGATAAGCGCGGTTCTGTGTGCGGGGCTGTACCCAA 2634
||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2578 ACCAATATAGCTACGATATGGAGATGATAAGTGCGGTTCTATGTGCGGGGCTGTACCCAA 2637
Query 2635 ATGTTGTCCAATGCAAAAGAAGAGGGAAGCGCACTGTGTTCTACACTAAAGAGTTGGGTA 2694
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2638 ATGTTGTCCAATGCAAAAGAAGAGGGAAGCGCACTGCGTTCTATACTAAAGAGCTGGGTA 2697
Query 2695 AAGTTGATATTCACCCTGGATCTGTCAACGCAAGAGTGAATCTCTTCTCGTTGCCGTACT 2754
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2698 AAGTTGATATCCACCCTGGATCTGTCAACGCAAGAGTGAATCTCTTCTCTTTGCCGTACT 2757
Query 2755 TGGTCTACAGCGAAAAGGTGAAGACAACAAGTGTTTATATCCGAGACTCGACAAACATAT 2814
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2758 TGGTCTACAGCGAAAAGGTGAAGACGACAAGTGTTTATATCCGAGACTCGACAAATATAT 2817
Query 2815 CAGATTATGCACTTCTTATGTTTGGTGGCAATCTTATGCCAAGCAAAACCGGGGAAGGTA 2874
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 CAGACTATGCACTCCTTATGTTTGGTGGCAATCTTATCCCAAGCAAAACCGGGGAAGGTA 2877
Query 2875 TAGAGATGTTGGGAGGGTATCTCCATTTCTCAGCCTCAAAGAACGTCTTGGAACTGATAC 2934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2878 TAGAGATGTTGGGAGGGTATCTCCATTTCTCAGCCTCGAAGAACATCTTAGAACTGATAC 2937
Query 2935 AGAGATTGCGGGGAGAGGTGGACAAGCTGCTGAATAAGAAGATAGAGGATCCGAGTTTGG 2994
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 AGAGATTGAGGGGAGAGGTGGACAAGCTACTGAATAAGAAGATAGAGGATCCGAGTTTGG 2997
Query 2995 ACATAACGGTGGAGGGGAAAGGAGTGGTCTCAGCTGTGGTGGAGTTGTTACGTAGCCAAA 3054
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 ACATAACAGTGGAGGGGAAAGGAGTGGTCTCAGCTGTGGTGGAGTTGTTACGTAGCCAAA 3057
Query 3055 A-CATTAGGTATTAAGCAAAATGCCAGTGAGTCTTATCTTAGTGTAGAGGAATTAGGAAA 3113
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||
Sbjct 3058 AACATTAGGTATTAAGCAAAATTCCAGTGAGTCTTATCGTAGTGTAGAGGGATTAAGAAA 3117
Query 3114 CCTTAGTTATTGGTAAACGAGGTCAATAGTTGGGACTCCAAACTCTGCTAAAATTTTAAA 3173
| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||| || || ||||
Sbjct 3118 CGTTAGTTATTGGAAAACGAGGTGAATAG-----ACTTTAAACTCTGCTTAAGTTATAAA 3172
Query 3174 AGGTAATACAAGTTGTAGTTTTAGAGCTGTTCACATTTGTTTCGGTTAGGCCCGAGTTTT 3233
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 AGGTAATACAAGTTGTAATTTTAGAGCTGTTCCCATTTGTTTCGGTTAGGCCCGAGTTTT 3232
Query 3234 GTAGT----ATCATCTCATTTCCCATTGCAGGCTTGCAGCTACCTTTCTTTCTTTGTGGT 3289
||||| ||||||| ||||||||||||| || | || |||||||||||||||||
Sbjct 3233 GTAGTGGTGATCATCTTATTTCCCATTGCAT-CT---ATCTTTCTTTCTTTCTTTGTGGT 3288
Query 3290 TATAATGTTTAAGTTGGAATGAAAACAAACATTTGTTTATGCTT--AGCAATTTCGTCTC 3347
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 3289 TATAATGTTTATGTTCAAATGAAAACAAACATTTGTTTCTGCTTTTAGCAATTTCGTCTC 3348
Query 3348 GTCTTTCAATGCCAATTGCTTAC 3370
|||| |||||||||||||||||
Sbjct 3349 GTCT--CAATGCCAATTGCTTAC 3369
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167708090449
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5