BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482627
Length=2782
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G36480.3 | Symbols: | ENTH/VHS family protein | chr2:153025... 2071 0.0
> AT2G36480.3 | Symbols: | ENTH/VHS family protein | chr2:15302567-15306274
REVERSE LENGTH=2661
Length=2661
Score = 2071 bits (1121), Expect = 0.0
Identities = 1359/1468 (93%), Gaps = 40/1468 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1069 TTTTCTTCTATTAATGCAACCTCTACTGCAGCTAGAAAGGGAATTCAGCCTCAACCTAGG 1128
|||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1054 TTTTCTTCTACCAATGCAACCTCGACTGCAACTAGAAAGGGAATTCAGCCTCAACCAAGG 1113
Query 1129 GTTGCCAGCTCTGGAATTTTGCCAAGCTCAGGATCTGGGTCAGATAGACAGTCGCCTTTA 1188
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1114 GTTGCAAGCTCTGGAATTTTGCCAAGCTCAGGATCTGGGTCAGATAGACAATCGCCTTTA 1173
Query 1189 CATGATTCAACTTCTAAACAGAATGTGACCAAGCAAGATGTTAGAAGAGCTCACTCCCTC 1248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1174 CATGATTCAACTTCTAAACAGAATGTGACCAAGCAAGATGTTAGAAGAGCTCACTCACTC 1233
Query 1249 CCTCAACGTGATCCTAGGGCTTCCCGGTTTCCAGC--AA-AAAATGTTCCCAGGGATGAC 1305
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1234 CCCCAACGTGATCCTAGGGCTTCCCGGTTTCCAGCAAAACAAAATGTTCCCAGGGATGAC 1293
Query 1306 TCTGTACGGATCCCATCTTCAAGTAGTCAGTTTAAAAACACAAATATGCGTGAACTACCT 1365
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 1294 TCTGTACGGCTCCCATCTTCAAGTAGTCAGTTTAAAAACACAAATATGCGTG-A--A-C- 1348
Query 1366 GATGCATCTCAAGTGGAAATCTTTGACTCTAAGTTGGCAGCTGAAAATGCTCCAGGCCTA 1425
| | | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1349 --T--A-C-C-AGTGGAAATCTTTGACTCTAAGTCAGCAGCTGAAAATGCCCCAGGCCTT 1401
Query 1426 ACTATTGCCTCAGAAGCTACAGGACAACCCAACATGAGTGATTTGCTGGAAGCTGTCATG 1485
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1402 ACTCTTGCCTCAGAAGCTACAGGACAACCCAACATGAGTGATTTGCTAGAAGCTGTCATG 1461
Query 1486 AAGAGTGGAATCCTTTCTAATAATTCAACACATGGTGCGATCAAGGAGGAAATTTCTCAG 1545
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1462 AAGAGTGGAATCCTTTCTAATAATTCAACATGTGGTGCGATCAAGGAGGAAA---GTCAT 1518
Query 1546 GATGAGGTTAACCCAGGGGCACTAACCCTATCAGCGGCCTCTAAGCCTAAGAATTTGCCA 1605
|||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |
Sbjct 1519 GATGAGGTCAACCCGGGGGCACTAACCCTGCCAGCAGCCTCTAAGCCTAAG-A-----C- 1571
Query 1606 TCAGCATTGCCAATTTCAGTGGCTGGTGACAATTTATTAGCTCGTTTAAAAGTTGAACAA 1665
| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 T-----TTGCCAATTTCATTGGCTACTGACAATTTATTAGCTCGTTTAAAAGTTGAACAA 1626
Query 1666 TCCTCCGCACCACTTGTCTCATGTGCAGCGTCTCTTACTGGCATCACATCAGTACAAACG 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1627 TCCTCCGCACCACTTGTCTCATGTGCAGCGTCTCTTACTGGCATCACCTCAGTACAAACG 1686
Query 1726 TCAAATGAGAATAGTAAGGCCTCAGATCCTCTTTCATGCCTCTTGAGCTCCTTAGTTTCA 1785
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1687 TCAAAAGAGAAAAGTAAGGCCTCAGATCCTCTTTCATGCCTCTTAAGCTCTTTAGTTTCG 1746
Query 1786 AAGGGCTTGATATCTGCTTCAAAGACAGAGCAGCCAGCGGCTCCTTCCATAACGCAGGAA 1845
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 AAGGGCTTGATATCTGCTTCGAAGACAGAGCTGCCATCGGCTCCTTCCATAACGCAGGAA 1806
Query 1846 CATAGTCCTGATCATTCCACCAATAGCTCTATGTCTGTATCTGTGGTTCCATCAGATGCT 1905
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1807 CACAGTCCTGATCATTCCACCAATAGCTCTATGTCTGTATCTGTGGTTCCAGCAGATGCT 1866
Query 1906 CAACCATCTGTTCTGGTGAAGAAGGGGCCATCCACTGCCCCTAAGGTAAAAGGGTTAACT 1965
|| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1867 CAGCCATCTGTTTTGGT---GAAGGGGCCATCTACTGCCCCTAAGGTAAAAGGGTTAGCT 1923
Query 1966 G---CATCTGAGACATCAAAATCTGAACCTGAGGACCTCATAGGATTGAAGTTTAGGGCA 2022
| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 GCACCATCTGAAACATCAAAATCTGAACCCAAGGACCTCATAGGATTGAAGTTTAGGGCG 1983
Query 2023 GACAAAATCCGTGAACTTCACCCCTCTGTCATTAGTAGTCTCTTTGATGATCTTCCACAT 2082
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||
Sbjct 1984 GACAAAATCCGTGAACTTCACCCTTCGGTCATTAGTAGTCTATTCGATGACCTTCCCCAT 2043
Query 2083 CTCTGCACCTCCTGCGGCGTTCGCCTTAAACAAAAGGAAGAACTTGATAGGCACATGGAG 2142
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 CTCTGCACCTCCTGCAGCGTTCGCCTTAAACAAAAGGAAGAACTTGATAGGCACATGGAG 2103
Query 2143 TTGCATGATAAG-AGTAAGGGCGAGTTAAGTGGCAAAAACAGTAAATGTAGGGTTTGGTT 2201
||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 CTGCATGATAAGAAG-AAGCTCGAGTTAAGTGGCACAAACAGTAAATGTAGGGTTTGGTT 2162
Query 2202 TCCAAAGGTTGAAAACTGGATTGCAGCAAAAGCTGGG-GAGTTAGAACCTGAAGATGAGG 2260
|||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2163 TCCAAAGGTTGATAACTGGATAGCAGCAAAAGC-GGGAGAGTTAGAACCTGAATATGAAG 2221
Query 2261 AAGTTCTGAGTGAACCTGAGAGTGCTATTGAGGATGGTCCAGCCGTAGCTGCTGATGAGA 2320
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2222 AAGTTCTGAGTGAACCTGAGAGTGCTATTGAGGATTGTCAAGCCGTAGCTGCTGATGAGA 2281
Query 2321 CCCAATGCGCATGTATATTATGTGGAGAAGTTTTTGAGGATTTTTTCAGTCAAGAAATGG 2380
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2282 CCCAATGCGCATGTATATTATGTGGAGAAGTATTTGAGGATTATTTCAGTCAAGAAATGG 2341
Query 2381 CTCAATGGATGTTCAAGGGAGCTTCTTACCTGACCAATCCTCCAGCCAACAGTGAGGCCA 2440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2342 CTCAATGGATGTTCAAGGGAGCTTCTTACCTGACCAATCCTCCAGCCAACAGTGAGGCCA 2401
Query 2441 GTGGTCCTATCGTCCATACAGGTTGTCTGACCACGAGTTCATTACAGAGCTTGGAAGTTG 2500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2402 GTGGTCCTATCGTCCATACAGGTTGTCTGACCACGAGTTCATTGCAGAGCTTGGAAGTTG 2461
Query 2501 GAAATGCAATCAAGGAGGAAATTGTTGA 2528
||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2462 GAATTGCAATCAAGCAGGAAATTGTTGA 2489
Score = 1668 bits (903), Expect = 0.0
Identities = 971/1002 (97%), Gaps = 11/1002 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCAGGTACCAAGTGATCAGAAGCTGCCAACACTGTACCTGTTAGACAGCATTGTGAAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCAGGTACCAAGTGATCAGAAGCTGCCAACACTGTACCTGTTAGACAGCATTGTGAAG 60
Query 61 AACATCGGAAGGGATTACATCAAGTACTTTGGTGCCAGGCTGCCTGAGGTTTTTGTTAAG 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACATCGGAAGGGATTACATTAAGTACTTTGGTGCCAGGCTGCCTGAGGTTTTTGTTAAG 120
Query 121 GCTTACAGGCAAGTTGACCCTCCTATGCATTCTAACATGCGGCATCTTTTTGGAACCTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTTACAGGCAAGTTGACCCTCCTATGCATTCTAACATGCGGCATCTTTTTGGAACCTGG 180
Query 181 AAAGGAGTCTTTCATCCGCAAACACTTCAGCTTATTGAGAAAGAACTTGGCTTTAATGCT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAGGAGTCTTTCATCCGCAAACACTTCAGCTTATTGAGAAAGAACTTGGCTTTAATGCT 240
Query 241 AAAAGTGATGGTTCAGCAGCTGTTGTATCCACAGCCAGAGCTGAGCCGCAATCTCAGCGC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAAAGTGATGGTTCAGCAGCTGTTGTATCCACAGCCAGAGCTGAGCCGCAATCTCAGCGC 300
Query 301 CCACCACATAGCATCCATGTGAATCCCAAGTATCTAGAAAGGCAGCGCCTTCAGCAGTCG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCACCACATAGCATCCATGTGAATCCCAAGTATCTAGAAAGGCAGCGCCTTCAGCAGTCG 360
Query 361 GGACGGACAAAAGGAATGGTTACTGATA-CACCAGAGATCGCACCCAATTTGACTAGGGA 419
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGACGGACAAAAGGAATGGTTACTGATGTC-CCAGAGACCGCACCCAATTTGACTAGGGA 419
Query 420 TTCAGATAGACTGGAGAGAGTTTCAAGCATAGCATCTGGAGGCTCGTGGGTAGGTCCAGC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTCAGATAGACTGGAGAGAGTTTCAAGCATAGCATCTGGAGGCTCGTGGGTAGGTCCAGC 479
Query 480 TAAA--AC----CATTCGGCGACCTCAAAGAGATTTACTTAGTGAACCCCTCTACGAGAA 533
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TAAAGTAAATAACATTCGGCGACCTCAAAGAGATTTACTTAGTGAGCCCCTCTACGAGAA 539
Query 534 AGATATCGAGTCAATAGCAGGGGAATATGATTATGCTTCTGATCTACCCCATAACTCTAG 593
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 540 AGATATCGAGTCAATAGCAGGGGAATATGATTATGCTTCTGATCTACCACATAACTCTAG 599
Query 594 ATCGGTGATTAAGAAAGTTGGTTCAACGATGATTACTGATGACGGATGTGAGAAACAATG 653
||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATCGGTGATTAAGAATGTTGGTTCAA-G--GATTACTGATGACGGATGTGAGAAACAATG 656
Query 654 GTATGGAGCTATGAGCAGGGGTCCTGATCTGATTTCTGACCAAAGGGATGGGTTACATAC 713
||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 657 GTACGGAGCTACGAACAGGGATCCTGATCTGATTTCTGACCAAAGGGATGGGTTACATTC 716
Query 714 CAAAAGCAGAACTTCCAACTATGCTACGGCGAGACTAGCAAATTTGGAATCAAGTGGTCC 773
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 717 CAAAAGCAGAACTTCCAACTATGCTACGGCTAGAGTAGAAAATTTGGAATCAAGTGGTCC 776
Query 774 CAGTATAAATATAGGTGTGCCTTGTGATAGTTGGAAAAACTCTGAGGAAGAAGAGTTTAT 833
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CAGTAGAAATATAGGTGTGCCTTATGATAGTTGGAAAAACTCTGAGGAAGAAGAGTTTAT 836
Query 834 GTGGGACATGCACTCAAGGTTATCCGAAACTGATGTAGCTACTATCAACCCAAAGAACGA 893
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GTGGGATATGCACTCAAGGTTATCCGAAACTGATGTAGCCACTATCAACCCAAAGAACGA 896
Query 894 GCTTCATGCACCAGATGAATCAGAGAGACTGGATTCTGAAAACCACCTCTTAAAACGACC 953
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 GCTTCATGCACCAGATGAATCAGAGAGACTGGAATCTGAAAACCACCTCTTAAAACGACC 956
Query 954 AAGGTTTTCAGCTCTCGACCCAAGGTTTGACCCAGCGAATTC 995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AAGGTTTTCAGCTCTCGACCCAAGGTTTGACCCAGCGAATTC 998
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138209927965
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5