BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482807
Length=2408
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G38010.2 | Symbols: | Neutral/alkaline non-lysosomal cerami... 3869 0.0
> AT2G38010.2 | Symbols: | Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase
| chr2:15906862-15909931 FORWARD LENGTH=2443
Length=2443
Score = 3869 bits (2095), Expect = 0.0
Identities = 2268/2354 (96%), Gaps = 2/2354 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 TACTTAATCGGAGTCGGAAGCTATGACATCACTGGTCCAGCCGCTGATGTCAACATGATG 114
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 76 TACTTAATCGGAGTCGGAAGCTATGACATCACTGGTCCTGCCGCTGATGTCAACATGATG 135
Query 115 GGCTACGCAAACTCCGATCAAATCGCTTCCGGGATTCATTTCCGGTTACGAGCTCGTGCC 174
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 136 GGCTACGCAAACTCAGATCAAATCGCTTCCGGTATTCATTTCCGGTTACGAGCTCGTGCC 195
Query 175 TTCATCGTCGCTGAGCCCCAAGGTAACCGCGTCGCATTTGTCAATCTCGACGCTTGTATG 234
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 TTCATCGTCGCTGAGCCTCAAGGTAACCGCGTCGTGTTTGTCAATCTCGACGCTTGTATG 255
Query 235 GCTTCTCAAATCGTCACAATCAAAGTTCTTGAGCGTCTCAAAGCAAGGTATGGTGAGCTT 294
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 GCTTCTCAAATCGTTACAATCAAAGTTCTTGAGCGTCTCAAAGCAAGGTATGGTGAGCTT 315
Query 295 TACACAGAGAAGAATGTAGCAATAAGTGGAATTCATACGCATGCTGGACCTGGAGGATAT 354
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 316 TACACAGAGAAGAATGTAGCAATAAGTGGAATTCACACACATGCTGGACCAGGAGGATAT 375
Query 355 CTTCAATACGTCACATATATTGTGACGTCTCTTGGATTTGTTCGTCAATCTTTTGATGTT 414
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 376 CTTCAATACGTCACATATATTGTGACGTCTCTTGGATTTGTTCGTCAATCTTTTGACGTT 435
Query 415 GTTGTTAACGGCATTGAGCAAAGCATTGTTCAGGCACACGAAAGCCTCCGTCCTGGTTCT 474
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 436 GTTGTTAACGGCATTGAGCAAAGCATTGTCCAAGCACACGAAAGCCTACGTCCTGGTTCT 495
Query 475 GCTTTTGTTAACAAAGGGGATCTTTTGGATGCTGGTGTGAATCGAAGTCCGAGTTCTTAT 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 GCTTTTGTTAACAAAGGGGATCTTTTGGATGCTGGTGTGAATCGAAGTCCGAGTTCTTAT 555
Query 535 CTGAACAATCCTGCAGCTGAGAGGAGTAAATATAAGTATAATGTTGATAAAGAAATGACG 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 556 CTGAACAATCCTGCAGCTGAGAGGAGTAAATATAAGTATGATGTTGATAAGGAAATGACT 615
Query 595 CTTGTTAAGTTTGTTGATTCTCAGTTGGGGCCTATTGGTAGTTTTAACTGGTTTGCTACT 654
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 CTTGTTAAGTTTGTTGATTCTCAGTTGGGACCTACTGGTAGTTTTAACTGGTTTGCTACT 675
Query 655 CATGGGACTTCCATGAGCCGGACTAACTCGTTGATTAGTGGAGATAATAAAGGCGCTGCA 714
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 676 CATGGGACTTCCATGAGTCGGACTAACTCGTTGATTAGTGGAGATAACAAAGGCGCTGCA 735
Query 715 GCGCGGTTTATGGAGGATTGGTTTGAGAATGGACAGAAGAATTCTGATAG-TTTAAGAAA 773
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||
Sbjct 736 GCTCGGTTTATGGAGGATTGGTTTGAGAATGGACAGAAGAATTCTGTTAGCTCT-AGAAA 794
Query 774 TATCCCTCGGAGAGTATCAAGCATTGTTTCTGATTTCAGTAGAAACCGTGAGTTAAATCC 833
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 795 CATCCCTCGGAGAGTATCAACCATTGTTTCTGATTTCAGTAGAAACCGTGAGTCATATCC 854
Query 834 TTTCATTGAGTTACCTAATGTAGCAACTCTCTACATTGCAGTTGCAGCGAGACTGATGTG 893
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 855 TTTCCTTGAGTTACCTAATGTAGCAATTCTCTACATTGCAGTTGCAGAGAGACTGATGTG 914
Query 894 GAAAGTTATGgttttgtttttgtttgtttCAGAGAGTAGACTTTTGGATATTGCAGCTAC 953
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 915 GAAAGTTATGGTTTTGTTTTACTTTGTTTCAGAGAGTAGACTTTTGGATATTGCGGCTAC 974
Query 954 TTATAAGTCCTCTAGAGGACATTCTGTGGATAAGTCCCTTGATGTTAAAACCCGAGTAAG 1013
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 TTATAAGTCATCTAGAGGACATTCTGTGGATAAGTCCCTTGATGTTAAAACCCGAGTAAG 1034
Query 1014 AAACACTTCGAAGCGTAAATTTGTCTCTGCCTTCTGTCAATCAAACTGTGGTGACGTGAG 1073
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1035 AAACGGTTCGAAGCGTAAATTTGTCTCTGCCTTCTGTCAATCAAACTGTGGTGATGTGAG 1094
Query 1074 TCCAAATACTCTTGGTACATTTTGCATTGACACTGGACTGCCTTGTGATTTCAATCATAG 1133
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1095 TCCAAATACTCTTGGTACCTTTTGCATTGACACTGGACTGCCTTGTGATTTCAATCACAG 1154
Query 1134 TACTTGCAATGGAAAGAACGAGTTGTGCTATGGCCGTGGTCCGGGCTACCCTGATGAATT 1193
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 TACCTGCAATGGACAGAACGAGTTGTGCTATGGCCGTGGTCCGGGCTACCCTGATGAATT 1214
Query 1194 TGAGAGTACACGTATCATTGGAGAAAAGCAATTCAAAATGGCAGTAGAACTTTTTAATAA 1253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 1215 TGAGAGTACACGTATCATTGGAGAAAAGCAATTCAAAATGGCTGTGGAACTTTTTAACAA 1274
Query 1254 AGCTACAGAGAAGCTGCAGGGAAAAATTGGTTACCAACATGCGTATCTAGATTTCTCAAA 1313
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1275 AGCTACAGAGAAGCTGCAGGGGAAAATTGGTTACCAACATGCGTATCTAGATTTCTCGAA 1334
Query 1314 TCTTGATGTCACAGTTCCTAAAGCAGGCGGCGGCTCTGAGACAGTTAAGACATGTCCAGC 1373
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1335 TCTTGATGTCACAGTTCCTAAAGCAGGCGGTGGCTCTGAGACGGTTAAGACATGTCCAGC 1394
Query 1374 TGCAATGGGGTTTGGTTTTGCTGCTGGAACAACTGATGGTCCAGGTGCTTTTGATTTCAA 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 TGCAATGGGGTTTGGTTTTGCTGCTGGAACAACTGATGGTCCAGGTGCTTTTGATTTCAA 1454
Query 1434 ACAAGGAGATGATAAGGGTAATGTGTTTTGGAGACTAGTGAGGAATGTGTTGAGAACTCC 1493
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1455 ACAAGGAGATGATCAGGGTAATGTGTTTTGGAGACTAGTGAGGAATGTGTTAAGAACTCC 1514
Query 1494 TGGTCCAGAACAGGTCCAATGCCAAAAACCAAAACCCATTTTACTTGACACTGGTGAGAT 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 TGGTCCAGAACAGGTCCAATGCCAAAAACCAAAACCCATTTTACTTGACACTGGTGAGAT 1574
Query 1554 GAAAGAACCATATGACTGGGCGCCTTCAATTCTTCCGATTCAGATACTTCGCGTTGGCCA 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1575 GAAAGAACCATATGACTGGGCGCCTTCAATTCTTCCGATTCAGATACTTCGCATTGGCCA 1634
Query 1614 ATTAGTCATCCTCAGTGTCCCCGGAGAATTCACAACAATGGCTGGAAGACGTCTCCGTGA 1673
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 ATTAGTCATCCTCAGTGTTCCCGGAGAGTTCACAACAATGGCTGGAAGACGTCTCCGTGA 1694
Query 1674 TGCTATCAAGTCTTTTCTCATCTCTTTGGACCCCAAGGAATTCAGCAACAACATGCATGT 1733
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 CGCTATCAAGTCTTTTCTCATTTCTTCGGACCCCAAGGAATTCAGCAACAACATGCATGT 1754
Query 1734 CGTAATCGCAGGTCTCACCAACACATATTCTCAGTACATCGCCACTTTCGAAGAGTACGA 1793
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 CGTAATCGCAGGTCTCACCAACACCTATTCTCAGTACATCGCCACTTTCGAAGAGTACGA 1814
Query 1794 GGTTCAAAGATACGAGGGAGCTTCAACGCTATATGGACCACACACACTCACTGCTTATAT 1853
|||||||||||||||||| || |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 GGTTCAAAGATACGAGGGCGCCTCAACGTTATACGGACGACACACACTCACTGCTTATAT 1874
Query 1854 CCAAGAGTTCAAGAAACTAGCCACAGCTTTGGTTAACGGTCTAACACTCCCACGTGGTCC 1913
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 CCAAGAGTTCAAGAAACTAGCCACAGCTTTAGTTAACGGTCTAACACTCCCACGTGGTCC 1934
Query 1914 GCAACCGCCTGACCTTTTAGACAAACAGATTAGTTTACTATCCCCTGTAGTCGTAGACTC 1973
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1935 GCAACCTCCTGACCTTTTAGACAAACAGATCAGTTTACTATCCCCTGTGGTTGTAGACTC 1994
Query 1974 GACTCCTCTAGGAGTCAAATTCGGTGACGTCAAAGCTGATGTACCTCCAAAGTCAACTTT 2033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1995 AACTCCTCTAGGAGTCAAATTCGGTGACGTCAAAGCTGATGTACCTCCAAAGTCAACGTT 2054
Query 2034 CAGGAGAGGTCAACAAGTTAACGCAACGTTTTGGTCGGGATGTCCTCGAAACGATTTGAT 2093
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2055 CAGGAGAGGTCAACAAGTTAACGCAACGTTTTGGTCAGGATGTCCTCGAAATGATTTGAT 2114
Query 2094 GACGGAAGGATCATTCGCTGTGGTGGAGACGCTGCGTGAGGGAGGGAAATGGGTTCCAGT 2153
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2115 GACTGAAGGATCATTCGCTGTGGTGGAGACGCTGCGTGAGGGAGGGAAATGGGCTCCGGT 2174
Query 2154 GTACGATGACGATGACTTCAGTTTGAAGTTTAAGTGGTCAAGACCGGCAAAGCTAAGCTC 2213
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 2175 GTATGATGACGATGACTTCAGTTTGAAGTTCAAGTGGTCGAGACCGGCAAAGCTGAGTTC 2234
Query 2214 GGAGAGCCAAGCCACGATTGAGTGGAGGGTACCGGAATCTGCGGTAGCGGGAGTTTATAG 2273
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2235 GGAGAGCCAAGCCACGATTGAGTGGAGGGTACCGGAATCTGCGGTAGCCGGAGTTTATAG 2294
Query 2274 AATAAGACATTATGGAGCTTCTAAGTCCTTGTTTGGATCCATTAGTAGCTTCTCTGGTTC 2333
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 AATAAGACATTATGGAGCTTCTAAGTCGTTGTTTGGATCCATTAGTAGCTTCTCTGGTTC 2354
Query 2334 TTCTAGCGCCTTTGTAGTTGTATGACATACTATTGTATACTTTATGAAATAAAAAGAGAA 2393
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2355 TTCTAGTGCCTTTGTAGTTGTATGACATACTATTGTATACTTTATGAAACAAAAAGAGAA 2414
Query 2394 GAAAAGAGATTTGA 2407
||||||||||||||
Sbjct 2415 GAAAAGAGATTTGA 2428
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119577698190
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5