BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482874
Length=2123
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G38650.1 | Symbols: GAUT7, LGT7 | galacturonosyltransferase ... 3439 0.0
> AT2G38650.1 | Symbols: GAUT7, LGT7 | galacturonosyltransferase
7 | chr2:16161808-16165775 REVERSE LENGTH=2160
Length=2160
Score = 3439 bits (1862), Expect = 0.0
Identities = 2051/2139 (96%), Gaps = 26/2139 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAAGCAAAGGGGAAAGAGACGATGCGATCGGGCTAAGTGCAGAAACACTTACACTTCTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 32 AAAAGCAAAGGGGAAAGAGACGATGCGATCGGGCTAAGTGCAGAAACACTTATACTTGTG 91
Query 61 CATTCTG---CA-AACACACAGAGAGTGAATTTGGCATCGTTAACGAGAGTGTGGTTTGA 116
||||||| || |||||||| | || ||| | ||| |||||||| || |||||
Sbjct 92 CATTCTGCAACACAACACACACACAGAGAA--T----TCG---ACGAGAGTATGATTTGA 142
Query 117 GTGTATC--G---AG-GAGTG--A-T-AGAGAGAGATCGTTGGCAACGTTTTGGGGATCC 166
||||||| | || ||| | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 GTGTATCGAGAACAGAGAGAGACATTGATAGAGAGATCGTTGGCAACGTTTTGGGGATCC 202
Query 167 AATGCGTTCGTAATT-GGAAAGACATTTCATTCAATTCTAAATCGGGAATATGAAAGGCG 225
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 203 AATGCGTTCGTAATTGGGAAAGACATTTCATTCAATTCTAAATCGGGAATATGAAAGGCG 262
Query 226 GAGGCGGTGGTGGAGGAGGTGGCGGCGGAGGAAAACGCCGGTGGAAAGTTCTGGTTATTG 285
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 263 GAGGCGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGCGGAGGAAAACGCCGGTGGAAAGTTCTGGTGATTG 322
Query 286 GAGTTTTGGTTCTTGTTATTCTTTCTATGCTTGTTCCTCTTGCTTTCTTGCTCGGTCTTC 345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 323 GAGTTTTGGTTCTTGTTATTCTTTCTATGCTTGTTCCTCTTGCTTTCTTACTCGGTCTTC 382
Query 346 ACAATGGCTTTCACTCTCCTGGATTTGTCACTGTTCAACCGGCTTCTTCTTTTGAGAGCT 405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 383 ACAATGGCTTTCACTCTCCTGGATTTGTCACTGTTCAACCGGCTTCTTCATTTGAGAGCT 442
Query 406 TTACCAGAATCAATGCTACCAAACACACTCAGAGAGATGTATCTGAACGGGTCGATGAGG 465
||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 443 TTACCAGAATCAATGCTACTAAGCATACACAGAGAGATGTATCCGAACGGGTCGATGAGG 502
Query 466 TTCTTCAAAAAATCAATCCAGTTCTTCCCAAGAAAAGTGACATAAACGTGGGTTCCAGAG 525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 TTCTTCAAAAAATCAATCCAGTTCTTCCCAAGAAAAGCGACATAAACGTGGGTTCCAGAG 562
Query 526 ATATGAATGTGACAAGCGGCACTGATTCTaaaaaaaGAGGATTACCAGTGTCCCCAACTG 585
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 ATGTGAATGCAACAAGCGGCACTGATTCTAAAAAAAGAGGATTACCAGTGTCCCCAACTG 622
Query 586 TTGTTGCCAACCCAAGCCCTGCAAATAAAACAAAATCTGAAGCCTCATATGA-AGGTGTT 644
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||
Sbjct 623 TTGTTGCCAATCCAAGCCCTGCAAATAAAACAAAATCGGAAGCCTCATAT-ACAGGTGTT 681
Query 645 CAGAGGAAAGTAGTAAGTGGGGATGAAACTTGGAGAACTTGTGAAGTGAAATATGGGAGC 704
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 CAGAGGAAAATAGTAAGTGGTGATGAAACTTGGAGAACTTGTGAAGTGAAATATGGGAGC 741
Query 705 TACTGCCTCTGGAGGGAGGAAAATAAGGAACCTATGAAAGATACCAAGGTGAAGCAAATG 764
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 742 TACTGCCTCTGGAGGGAGGAAAATAAGGAACCAATGAAAGATGCCAAGGTGAAGCAAATG 801
Query 765 AAGGACCAGCTGTTTGTGGCTAGGGCATACTATCCCAGTATTGCTAAAATGCCTTCTCAA 824
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 AAGGACCAGCTGTTTGTGGCTAGAGCATACTATCCCAGTATTGCTAAAATGCCTTCTCAA 861
Query 825 AGCAAGTTGACTAGGGATATGAAACAGAATATCCAAGAGTTTGAGCGTATTCTTAGTGAA 884
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 AGCAAGTTGACTCGGGATATGAAACAGAATATCCAAGAGTTTGAGCGTATTCTTAGTGAA 921
Query 885 AGTTCTCAAGATGCTGACCTTCCACCACAGGTTGATAAAAAGTTGCAGAAGATGGAAGCT 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 AGTTCTCAAGATGCTGACCTTCCACCACAGGTTGATAAAAAGTTGCAGAAGATGGAAGCT 981
Query 945 GTAATTGCAAAGGCAAAGTCTTTTCCAGTCGACTGTAACAATGTTGACAAGAAATTGAGA 1004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 GTAATTGCAAAGGCAAAGTCTTTTCCAGTCGACTGTAACAATGTTGACAAGAAATTGAGA 1041
Query 1005 CAGATCCTTGATTTGACTGAGGATGAAGCTAGTTTCCACATGAAACAGAGTGTGTTCCTC 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 CAGATCCTTGATTTGACTGAGGATGAAGCTAGTTTCCACATGAAACAGAGTGTGTTCCTC 1101
Query 1065 TACCAGCTTGCAGTACAGACAATGCCTAAGAGTCTTCATTGCTTGTCAATGTGACTAACT 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1102 TACCAGCTTGCAGTACAGACAATGCCTAAGAGTCTTCATTGCTTGTCAATGCGACTAACT 1161
Query 1125 GTGGAACATTTCAAGTCAGCTTCACTTGAGGATCCCATTAGTGAGAAATTTTCAGATCCC 1184
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GTGGAACATTTCAAGTCAGATTCACTTGAGGATCCCATTAGTGAGAAATTTTCAGATCCC 1221
Query 1185 TCATTGCTTCACTTTGTTATCATCTCCGATAATATACTTGCATCGTCCGTTGTGATCAAC 1244
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 TCATTACTTCACTTTGTTATCATCTCCGATAATATACTAGCATCGTCCGTTGTGATCAAC 1281
Query 1245 TCAACAGTTGTACACGCAAGGGACAGTAAAAACTTTGTTTTCCATGTACTGACAGACGAG 1304
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 TCAACGGTTGTACATGCAAGGGACAGTAAAAACTTTGTTTTCCATGTACTGACAGACGAG 1341
Query 1305 CAGAATTACTTTGCAATGAAACAATGGTTTGTTAGGAATCCCTGCAAACAATCAACTGTT 1364
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1342 CAGAATTACTTTGCAATGAAACAATGGTTTATTAGGAATCCTTGCAAACAATCAACTGTT 1401
Query 1365 CAAGTATTGAACATTGAAAAACTCGAGCTGGACGATTCTGATATGAAATTGTCTTTGCCT 1424
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1402 CAAGTATTGAACATTGAAAAACTCGAGCTGGACGATTCTGATATGAAACTGTCTTTGTCT 1461
Query 1425 GCGGAGTTCCGTGTTTCCTTCCCCAGTGGTGACCTTTTGGCGTCCCAACAGAATAGAACA 1484
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1462 GCGGAGTTCCGTGTTTCCTTCCCCAGTGGTGACCTTTTGGCGTCTCAACAGAATAGAACA 1521
Query 1485 CACTACTTATCCCTTTTCTCTCAATCTCACTACCTTCTTCCCAAATTATTTGACAAATTG 1544
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 CACTACTTATCCCTTTTCTCTCAATCTCACTATCTTCTTCCCAAATTATTTGACAAATTG 1581
Query 1545 GAGAAGGTTGTGGTTCTGGATGATGACGTTGTAGTCCAGCGAGACTTATCTCCCCTTTGG 1604
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 GAGAAGGTTGTGATTCTGGATGATGACGTTGTAGTCCAGCGAGACTTATCTCCCCTTTGG 1641
Query 1605 GACCTTGATATGGAAGGGAAAGTGAATGGCGCTGTGAAGTCGTGCACTGTGAGATTGGGT 1664
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642 GACCTTGATATGGAAGGGAAAGTGAATGGCGCTGTTAAGTCGTGCACTGTGAGATTGGGT 1701
Query 1665 CAGCTAAAGAGTCTCAAGAGAGGAAATTTTGATACCAATGCCTGTCTCTGGATGTCTGGT 1724
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1702 CAGCTAAGGAGTCTCAAGAGAGGAAATTTTGATACCAATGCTTGTCTCTGGATGTCTGGT 1761
Query 1725 TTGAATGTTGTTGATCTTGCTAGATGGAGGGAATTGGGTGTTTCAGAAAACTATCAGAAA 1784
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1762 TTGAATGTCGTTGATCTTGCTAGATGGAGGGCATTGGGTGTTTCAGAAACCTATCAAAAA 1821
Query 1785 TATTATAAAGAGATGAGTGGTGGAGATGAGTCGAGTGAAGCAATTGCATTGCAGGCAAGC 1844
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1822 TATTATAAAGAGATGAGTAGTGGAGATGAGTCGAGCGAAGCAATTGCATTGCAGGCAAGC 1881
Query 1845 TTGCTTACATTTCAAGACCAAGTTTATGCTCTTGACGACAAATGGGCTCTATCAGGGCTT 1904
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882 TTGCTCACATTTCAAGACCAAGTATATGCTCTTGACGACAAATGGGCTCTATCAGGGCTT 1941
Query 1905 GGTTATGACTACTACATCAATGCCCAAGCCATAAAAAATGCTGCCATATTACACTATAAC 1964
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 1942 GGTTATGACTACTACATCAATGCACAAGCCATAAAAAACGCAGCCATATTGCACTATAAC 2001
Query 1965 GGGAACATGAAGCCGTGGCTTGAGCTGGGAATCCCAAAGTACAAAAACTATTGGAGAAAG 2024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2002 GGGAACATGAAGCCGTGGCTTGAGCTGGGAATCCCAAATTACAAAAACTATTGGAGAAGG 2061
Query 2025 CATCTGAATCGAGAAGATCGGTTCTTGAGTGACTGTAACGTGAATCCTTGATGAGTAAGT 2084
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 CATCTGAGTCGGGAAGATCGGTTCTTGAGTGACTGTAACGTGAATCCTTGATGAGTAAGT 2121
Query 2085 AGCTACACGGCCAATGCTTTTAGAAGCAAGGTCACACGC 2123
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 AGCTACACGGCCAATGCTTTTAGAAGCAAGGTCACACGC 2160
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105270542865
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5