BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg482981 Length=2511 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT2G39620.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3740 0.0 > AT2G39620.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr2:16518968-16521478 REVERSE LENGTH=2511 Length=2511 Score = 3740 bits (2025), Expect = 0.0 Identities = 2358/2520 (94%), Gaps = 18/2520 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCCAAAT-ACTTGCACTACCCTCCTCCGTATGCTCCGGGAATGTAAGAACTTCCGGT- 58 ||||||| | || | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGCCAATTAAC-TACACTAACCTCCTCCTTATGCTCCGGGAATGTAAGAACTTCCGGTG 59 Query 59 TACTTCTACAAATTCACGGCAGCTTGATCGTCGCAGGTCTTAAACCTCATAACCAGCTAA 118 | ||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 60 T-CTTCTTCAAGTTCACGGCAGCTTGATAGTCTCAGGTCTTAAACCTCATAACCAGCTCA 118 Query 119 TAAACGCTTATTCTCTCTTTCAAAGACCA-GACCTTTCTCGCAAAATCGTTGATTCAGTT 177 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 119 TAAACGCTTATTCTCTCTTTCAAAGA-CAGGACCTTTCTCGCGTCATCTTTGATTCAGTT 177 Query 178 CCATACCCAGGTGTTGTCTTATGGAATTCCATGATCAGAGGATACACGAGAGCCGGTTTG 237 | | | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 CGAGATCCAGGTGTTGTCTTGTGGAATTCAATGATCAGAGGATACACGAGAGCCGGTTTG 237 Query 238 CACAAAGAAGCTCTCGAAGTCTTCGGGTACATGTCAGAGGCGAAAGGTATTGATCCAGAC 297 |||| ||||||||||| | |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| Sbjct 238 CACAGAGAAGCTCTCGGATTCTTCGGGTATATGTCGGAGGAGAAAGGTATTGATCCAGAC 297 Query 298 AAGTACACTTTCACTTTTGCTTTGAAGGCTTGTGCCGGATCTATGGACTTTGAGGAGGGT 357 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 298 AAGTACAGTTTCACTTTTGCTTTGAAGGCTTGTGCCGGATCTATGGACTTTAAGAAGGGT 357 Query 358 TTACGGATACATGATTTGATTGCTGAGATGGGTTTTGAGTCTGATGTTTATATAGGAACT 417 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 TTACGGATACATGATTTGATTGCTGAGATGGGTCTTGAGTCTGATGTTTATATAGGAACT 417 Query 418 GCTTTAGTTGAAATGTATTGTAAAGCTGGTGACTTGGTTTCTGCAAGACAAGTGTTCGAT 477 || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 418 GCGTTAGTTGAAATGTATTGTAAAGCTCGTGACTTGGTTTCTGCAAGACAAGTGTTCGAT 477 Query 478 AAAATGCCTGTGAAGGATATTGTTACTTGGAACACTATGGTTTCCGGGTTGGCTCAAAAT 537 ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 AAAATGCATGTGAAGGATGTTGTTACTTGGAACACTATGGTTTCCGGGTTGGCTCAAAAT 537 Query 538 GGATGTTCAAGTGAAGCTTTGCGGTTGTTTCGTGATATGCATTCGAGTTTTGTTGACATT 597 |||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||| Sbjct 538 GGATGTTCTAGTGCAGCTTTGCTGTTGTTTCATGATATGCGTTCGTGTTGTGTTGACATT 597 Query 598 GATCATGTTAGTCTCTACAATCTGATCCCTGCGGTTTCAAAGCTAGAGAAGAATGATGTG 657 |||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 598 GATCATGTTAGTTTATATAATCTGATCCCTGCGGTTTCGAAGCTAGAGAAGAGTGATGTC 657 Query 658 TGCAGATGTCTTCACGGACTTGTGATTAAGAAAGGTTTTAAGTCTGCTTTCTCTAGTGGG 717 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 658 TGTAGATGTCTTCACGGACTTGTGATTAAGAAAGGTTTTATCTTTGCTTTCTCTAGTGGG 717 Query 718 TTGATTGACATGTATTGCAAATGCGCAGATTTATATGCTGCTGAATGC-GTTTTTGAAGA 776 ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 718 CTGATTGACATGTATTGCAACTGCGCGGATTTATATGCTGCTGAAT-CTGTTTTTGAAGA 776 Query 777 AGTGTTTAGCAAGGATGAGTCTTCATGGGGCACAATGATGGCAGCTTATGCACATAACGG 836 ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 777 AGTGTGGAGGAAGGATGAGTCTTCATGGGGTACAATGATGGCAGCTTATGCACATAATGG 836 Query 837 GTCCTTCGAGGAGGTATTGGAGTTATTTGACGTCATGAGAAACTATGACGTTAGAATGAA 896 || ||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 837 GTTCTTTGAGGAGGTATTGGAGTTGTTTGACCTTATGAGAAACTATGATGTTAGAATGAA 896 Query 897 TAAGGTAGCTGCAGCAAGTGCTCTTCAAGCTGCTGCATATGTAGGGAACTTAGAGAAGGG 956 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| Sbjct 897 TAAGGTAGCTGCAGCAAGTGCTCTTCAAGCTGCTGCATATGTAGGGGATTTAGTGAAGGG 956 Query 957 GATTGCAATTCATGAATACACAGTGCAACAGGGAATGAT-GAGTGATATTTCGGTTGCAA 1015 ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||| | ||||| | || ||||| | Sbjct 957 GATTGCAATTCATGATTACGCAGTGCAACAAGGATTGATCG-GTGATGTCTCAGTTGCTA 1015 Query 1016 CTTCTCTTATGAGTATGTATTCCAAATGTGGTGAGTTGGAGATAGCGGAACAACTGTTTA 1075 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 1016 CTTCTCTTATGAGTATGTATTCCAAATGTGGTGAGTTGGAGATAGCCGAACAACTGTTCA 1075 Query 1076 TTAAAATTAAAGATAGAGATGTTGTTTCTTGGTCTGCCATGATTGCGTCGTTTGAGCAAG 1135 |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1076 TTAATATTGAAGATAGAGATGTTGTTTCTTGGTCTGCCATGATTGCGTCGTATGAGCAAG 1135 Query 1136 CAGGGCAACACGATGAGGCTCTCTCTTTGTTTAGAGATATGATGAGAACACATGTCAAGC 1195 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1136 CAGGGCAACACGATGAGGCTATCTCTTTGTTTAGAGATATGATGAGAATACATATCAAGC 1195 Query 1196 CTAATGCTGTAACTTTGACAAGTGTGCTACAAGGGTGTGCAGGAGTAGCCGCCTCTAGAT 1255 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 CTAATGCTGTAACTTTGACTAGTGTGCTACAAGGGTGTGCAGGAGTAGCCGCCTCTAGAT 1255 Query 1256 TGGGTAAGAGCATACATTGTTATGCTATAAAGGCTGATGTTGAGTCTGAGTTGGAAACTG 1315 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 TGGGTAAGAGCATACATTGTTATGCTATAAAGGCTGATATTGAGTCTGAGTTGGAAACTG 1315 Query 1316 CCACAGCTGTTATTTCAATGTATGCTAAATGTGGTCTCTTTTCTCCCACGCTCAAAGCTT 1375 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | Sbjct 1316 CCACAGCTGTTATTTCAATGTACGCTAAATGTGGTCGATTTTCTCCCGCGCTCAAAGCCT 1375 Query 1376 TTGAAAGACTGCCAATTAAAGATGCCATAGCATTCAACGCTCTAGCACAAGGGTATACTC 1435 ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1376 TTGAAAGACTGCCAATTAAAGATGCTGTGGCATTCAACGCTCTAGCGCAAGGGTATACTC 1435 Query 1436 AGATTGGTGATGTCAGTAAAGCATTTGATGTGTACAAGAACATGAAGTTACATGGCGTAT 1495 |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1436 AGATTGGTGATGCCAATAAAGCATTTGATGTGTACAAGAACATGAAGTTACATGGTGTAT 1495 Query 1496 GCCCAGACTCAGGGACTATGGTTGGTATGCTTCAAACTTGTGCAC-TCTGTAGTGACTAT 1554 ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 1496 GCCCAGACTCAAGAACTATGGTTGGTATGCTTCAAACTTGTGC-CTTCTGTAGTGACTAT 1554 Query 1555 GCTCGAGGTTCTTGTGTTTATGGGCAAATTATAAAGCATGGGTTCGATTCAGAATGTCAC 1614 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1555 GCTCGAGGTTCTTGTGTTTATGGACAAATTATAAAGCATGGGTTCGATTCAGAATGTCAC 1614 Query 1615 GTGGCACATGCTCTTATTGATATGTTCACCAAATGTGATGCCCTTGCTGCAGC-AAAATC 1673 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | | Sbjct 1615 GTGGCACATGCTCTTATCAATATGTTCACCAAATGTGATGCCCTCGCTGCAGCGATAGT- 1673 Query 1674 CTTGTTTGACAAGTGTGGATTCGAGAAAAGTACTGTATCTTGGAATATAATGATGAATGG 1733 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1674 TTTGTTTGACAAGTGTGGATTCGAGAAAAGTACTGTATCTTGGAATATAATGATGAACGG 1733 Query 1734 GTACTTACTCCATGGCCAGGCTGAAGAAGCTATTGCCACTTTTCGTCAGATGAAGGTTGA 1793 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1734 GTACTTACTCCATGGCCAGGCTGAAGAAGCTGTTGCCACTTTTCGTCAGATGAAGGTTGA 1793 Query 1794 GAAATTTCAGCCAAATGCAGTCACTTTTGTTAACATCGTACGCGCAGCAGCAGAATTAGC 1853 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | Sbjct 1794 GAAATTTCAGCCAAATGCAGTCACTTTTGTTAACATAGTACGCGCAGCAGCAGAATTATC 1853 Query 1854 AGCCTTGAGCCTAGGAATGTCGGTTCATTCCAGTCTCATCCAGTTTGGATTTTGTTCCCA 1913 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| Sbjct 1854 AGCCTTGAGAGTAGGAATGTCGGTTCATTCCAGTCTCATTCAGTGTGGATTTTGTTCCCA 1913 Query 1914 CACACCAGTAGGAAACAGCCTTGTAGACATGTATGCCAAATGTGGAATGATAGAATCTTC 1973 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1914 AACACCAGTAGGAAACAGCCTTGTTGACATGTATGCGAAATGTGGAATGATAGAATCTTC 1973 Query 1974 CAAGAAATGCTTTATCGAGATAAGAAACAAAAACATGGTTTCATGGAACACTATGCTATC 2033 | ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1974 CGAGAAATGCTTTATTGAGATAAGCAACAAATACATAGTTTCATGGAACACTATGCTATC 2033 Query 2034 AGCTTACGCAGCCCACGGCCTAGCAAACTGTGCAGTCTCACTCTTCTTGTCTATGCAAGA 2093 ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 2034 CGCTTACGCAGCCCACGGTCTAGCAAGCTGTGCGGTCTCACTTTTCTTGTCCATGCAAGA 2093 Query 2094 AAACGAACTCAAACCAGATTCTGTTTCCTTTCTGAGTGTTCTTTCAGCTTGTAGACACGC 2153 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2094 AAACGAACTCAAACCAGACTCTGTTTCCTTTCTCAGTGTTCTTTCAGCTTGTAGACACGC 2153 Query 2154 AGGATTAGCCGAAGAAGGAAAACGAATTTTCAAGGAAATGGAAGAGAGACACAAGATCGA 2213 ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2154 AGGGTTAGTCGAAGAAGGAAAACGAATTTTCGAGGAAATGGGAGAGAGACACAAGATCGA 2213 Query 2214 AGC-GAAAGTTGAACATTACGCGTGTATGGTAGATCTATTAGGGAAGTCTGGTTTGTTTG 2272 ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2214 AGCAGAA-GTTGAACATTACGCGTGTATGGTAGATCTATTAGGGAAGGCTGGTTTGTTTG 2272 Query 2273 ATGAAGCTGTGGAAATGGTGAGAAGAATGAGAGTGAAAGCAAGTGTAGGAGTATGGGGAG 2332 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2273 GTGAAGCTGTGGAAATGATGAGAAGAATGAGAGTGAAAACAAGTGTAGGAGTATGGGGAG 2332 Query 2333 CTTTATTAAATTCTTCAAGAATGCATTGTAATTTGTGGTTAAGTAATGCTGCATTGTGTC 2392 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2333 CTTTATTAAATTCTTCAAGAATGCATTGTAATTTGTGGTTAAGCAATGCTGCATTGTGTC 2392 Query 2393 AGCTTGTTAAGCTTGAGCCATTAAATCCTTCTCATTATGGTCAAGATCAGAGATTAGGAG 2452 |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| Sbjct 2393 AGCTTGTTAAACTTGAGCCACTAAATCCTTCTCATTATAGTCAAGATCGGAGATTAGGAG 2452 Query 2453 AGG-CTAATAATGTATCAAGAATTAAGAAAGTTCCTGCTTGTAGTTGGATACAAGTTTGA 2511 ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| Sbjct 2453 AGGTC-AATAATGTATCAAGAATTAAGAAAGTTCCTGCTTGTAGTTGGATAGAAGTCTGA 2511 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 124614686412 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5