BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg483042 Length=6258 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT2G40030.1 | Symbols: NRPD1B, DRD3, ATNRPD1B, DMS5, NRPE1 | nu... 9755 0.0 > AT2G40030.1 | Symbols: NRPD1B, DRD3, ATNRPD1B, DMS5, NRPE1 | nuclear RNA polymerase D1B | chr2:16714494-16723583 FORWARD LENGTH=6348 Length=6348 Score = 9755 bits (5282), Expect = 0.0 Identities = 5823/6085 (96%), Gaps = 34/6085 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAAGAACAAAAGATTTTTGTGAGAGAGaaaaaaaaGAGTCACTCCAAAATTGTTCTCTGG 60 ||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | Sbjct 4 GAAGAACAAAAGA-TTTT-TGAGAGAG-AAAAGTAGAGTCACTCCAAAATTGTTCTCTCG 60 Query 61 CAATCTTCTTTCTGGGGTTTTTCTCTTTAAAGAAAAAGTCCGCCATTTTCACTCTCACTC 120 ||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CAATCTTCTTTCT-CGG-TTTCCTCTTTTAAGAAAAAGTCCGCCATTTTCACTCTCACTC 118 Query 121 AGATTTC-TCCCTCTTTTCACCTGCAAAAACCCTTGTTTCCCGTTGTTTCGTTTCTTCTC 179 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 119 AGATTTCTTCCCTCTTCTCACCTGCAAAAACCCTTGTTTCCCGCTGTTTCGTTTCTTCTC 178 Query 180 TGGTTCAGGAGCCAAAACGGGTCAAATACGCTGCTGAATCGTCG-ATTCTTA-GGTATTT 237 |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||| ||| Sbjct 179 CGGTTGAGGAACCAAAACGGGTCAAATACGCAGCTGAATCATCGAATTCTTAGGGT-TTT 237 Query 238 TGTCATGGAGGAAGAATCTTCATCAGAGATTCTTGAAGGAGAGATTGTTGGAATCACATT 297 | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 238 T-TCATGGAGGAAGAATCTACATCAGAGATTCTTGACGGAGAGATTGTTGGAATCACATT 296 Query 298 TGCTCTTGCAACTCACCATGAAATTTGTATAGC-ATCAATTAGTGGATCCGCAATCAATC 356 ||||||||| | |||||||||||| ||||| | ||| ||||||| ||||||||| |||| Sbjct 297 TGCTCTTGCTAGTCACCATGAAATATGTAT-TCAATCGATTAGTGAATCCGCAATTAATC 355 Query 357 ATCCCAGTCAACTCACTAACTCATTCTTGGGGTTACCTCTTGAATTTGGTAAATGTGAAT 416 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 356 ATCCCAGTCAACTCACTAACGCATTCTTGGGGTTACCTCTTGAATTTGGTAAATGTGAAT 415 Query 417 CTTGCGGTGCGACAGAACCAGATAAATGTGAAGGTCATTTTGGTTATATTCAGCTTCCAG 476 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 416 CTTGCGGTGCGACAGAACCAGATAAATGTGAAGGTCATTTTGGTTATATTCAGCTTCCAG 475 Query 477 TGCCAATATACCATCCTGCTCATGTTAATGAGTTGAAACAAATGCTGAGCCTTCTGTGCT 536 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 476 TGCCAATATACCATCCTGCTCATGTTAATGAGTTGAAACAAATGCTGAGCCTTCTGTGCT 535 Query 537 TGAAATGTCTGAAGATAAAGAAGGCAAAGAGCACAAGTGGTGGTCTGGCGGATCGCTTAT 596 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 536 TGAAATGTCTGAAGATAAAGAAGGCAAAGGGCACAAGTGGTGGTCTGGCGGATCGCTTGT 595 Query 597 TGGGTGTCTGTTGTGAGGAAGCTTCGCAAATCTCAATCAGAGATAGAGCATCAGATGGTG 656 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 596 TGGGTGTCTGTTGTGAGGAAGCTTCGCAAATCTCAATCAAAGATAGAGCATCAGATGGTG 655 Query 657 CCTCATATCTAGAACTGAAGCTCCCATCTAGGTCAAGACTGCAGGCGGGTTGCTGGAATT 716 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 656 CCTCATATCTAGAACTGAAGCTCCCATCTAGGTCAAGACTGCAGCCTGGTTGCTGGAATT 715 Query 717 TCCTGGAAAGATATGGTTATCGCTATGGAAGCGATTATACGCGACCCCTGCTGGCAAGAG 776 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 716 TCCTGGAAAGATATGGTTATCGCTATGGAAGCGATTACACGCGTCCCCTGCTGGCAAGAG 775 Query 777 AGGTAAAGGAAATTTTAAGACGGATCCCCGAAGAAACAAGAAAGAAACTCACAGCAAAGG 836 |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 776 AGGTTAAGGAAATTCTAAGACGGATCCCCGAAGAATCAAGAAAGAAACTCACGGCAAAGG 835 Query 837 GACATATTCCTCAAGAAGGATACATATTAGAATATCTTCCTGTCCCGCCTAACTGCTTGT 896 |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 836 GACATATTCCTCAAGAAGGATACATACTAGAGTATCTTCCTGTCCCGCCTAACTGTTTGT 895 Query 897 CAGTGCCAGATGTTTCTGATGGTTACAGCTCCATGTCAGTGGATCCTTCCAGAATTGAGC 956 |||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 CAGTGCCAGAGGCTTCTGATGGTTTCAGCACCATGTCAGTGGATCCTTCCAGAATTGAGC 955 Query 957 TAAAAGACGTCCTTAAGAAAGTGATAGCCATAAAAAGCTCTAGGTCTGGCGAGACAAACT 1016 |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 TAAAGGACGTTCTGAAGAAAGTCATAGCCATAAAAAGCTCTAGGTCTGGCGAGACAAACT 1015 Query 1017 TTGAGTCGCATAAGGCTGAAGCCAATGACATGTTTAGAGTGGTGGATACCTATCTGCAGG 1076 |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1016 TTGAGTCGCATAAGGCTGAAGCCAGTGAGATGTTTAGAGTGGTGGATACCTATCTCCAGG 1075 Query 1077 TGAGGGGTACTGCAAAAGCTGCAAGAAACATTGATATGAGATACGGGGTGTCTAAGATCT 1136 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 TGAGGGGTACTGCAAAAGCGGCAAGAAACATTGATATGAGATACGGGGTGTCTAAGATCT 1135 Query 1137 CGGATAGTTCATCTTCAAAAGCTTGGACACAAAAAATGAGGACACTTTTCATCCGAAAGG 1196 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1136 CGGATAGTTCATCTTCAAAAGCTTGGACAGAAAAAATGAGAACACTTTTCATCCGTAAGG 1195 Query 1197 GTTCAGGTTTCTCTTCCCGTAGCGTCATCACTGGAGATGCTTACAGACACGTGAATGAGG 1256 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| Sbjct 1196 GTTCAGGTTTCTCTTCCCGTAGCGTCATCACTGGAGATGCTTACCGACATGTGAATGAGG 1255 Query 1257 TAGGGATCCCAATAGAAATTGCGCAGAGAATCACATTTGAGGAAAGGGTTAGTGTCCACA 1316 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 TAGGGATCCCAATAGAAATTGCGCAGAGAATCACATTTGAGGAAAGGGTTAGTGTCCACA 1315 Query 1317 ACATAGGTTATCTACAAAAGTTGGTAGACGACAAGTTGTGTTTGAGTTATACTCAAGGTT 1376 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 ATAGAGGTTATCTACAAAAGTTGGTAGACGACAAGTTGTGTTTGAGTTATACTCAAGGTT 1375 Query 1377 CCACGACCTATTCTTTAAGGGATGGATCCAAGGGGCACACTGTGCTTAAACCCGGGCAGG 1436 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1376 CTACGACCTATTCTTTAAGGGATGGATCCAAGGGGCACACTGAGCTTAAACCCGGGCAGG 1435 Query 1437 TTGTTCATCGCAGGGTCATGGATGGGGATGTTGTGTTCATCAACCGACCCCCGACAACCC 1496 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | Sbjct 1436 TTGTTCATCGCAGGGTCATGGATGGGGATGTTGTGTTTATCAACAGACCCCCGACAACAC 1495 Query 1497 ATAAACATTCTCTTCAAGCGCTTCGGGTGTATGTTCATGAAGACAACACCGTGAAGATTA 1556 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1496 ATAAACATTCTCTTCAAGCGCTTCGGGTGTATGTTCATGAAGACAACACCGTGAAGATTA 1555 Query 1557 ACCCTCTGATGTGTAGCCCCCTCAGTGCTGATTTTGATGGTGATTGTGTCCATCTCTTCT 1616 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 1556 ACCCTCTGATGTGTAGCCCCCTCAGTGCTGATTTTGATGGTGATTGTGTCCATTTGTTCT 1615 Query 1617 ACCCTCAGTCACTTAGTGCTAAGGCAGAGGTTATGGAGCTTTTCTCTGTGGAGAAGCAAC 1676 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1616 ACCCTCAGTCTCTTAGTGCTAAGGCAGAGGTTATGGAGCTCTTCTCTGTGGAGAAGCAAC 1675 Query 1677 TGCTTAGCTCGCATACTGGACAGCTGATTCTGCAGATGGGTTGTGATTCTTTACTATCTT 1736 |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 1676 TGCTTAGCTCACATACTGGACAGCTGATTTTGCAGATGGGTAGTGATTCTTTACTGTCTT 1735 Query 1737 TGAGGGTAATGCTGGAGGGGGTGTTTCTGGACAAGGCAACTGCTCAACAGTTAGCTATGT 1796 ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 TGAGGGTAATGCTGGAGCGGGTATTTCTGGACAAGGCAACTGCTCAACAGTTAGCTATGT 1795 Query 1797 ATGGCTCTCTGTCTCTGCCACCACCAGCACTAAGGAAGTCCAGTAAATCTGGCCCAGCTT 1856 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1796 ATGGCTCTCTGTCCCTGCCACCACCAGCACTAAGGAAGTCCAGTAAATCTGGCCCAGCTT 1855 Query 1857 GGACAGTTTTTCAGATTTTACAGCTTGCCTTTCCAGAGCGTCTGAGCTGCAAAGGAGATA 1916 |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | Sbjct 1856 GGACAGTTTTCCAGATTCTACAGCTTGCCTTTCCAGAACGTCTGAGTTGCAAAGGAGACA 1915 Query 1917 GATTCATGGTTGATGGAAGTGATTTGCTGAAGTTTGATTTCGGGGTTGACGCGATGGCAT 1976 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1916 GATTCCTGGTTGATGGAAGTGATTTGCTGAAGTTTGATTTCGGGGTTGACGCGATGGGGT 1975 Query 1977 CCATCATCAATGAAATTGTAACTTCAATCTTCCTGGAGAAGGGTCCAAAGGAGACACTTG 2036 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1976 CCATCATCAATGAAATTGTAACTTCAATCTTCCTGGAGAAGGGTCCAAAGGAGACACTTG 2035 Query 2037 GATTCTTTGATTCACTGCAGCCTCTATTGATGGAAAGTCTGTTTGCTGAGGGCTTTAGTG 2096 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2036 GATTCTTTGATTCGCTGCAGCCTCTATTGATGGAAAGTCTGTTTGCTGAGGGATTTAGTC 2095 Query 2097 TAAGTTTGGAAGACTTATCCATGTCCAGGGCAGACATGGATGTAATTCACAACCTAATAA 2156 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2096 TAAGTTTGGAAGACTTATCCATGTCTAGGGCAGACATGGATGTAATTCACAACCTAATAA 2155 Query 2157 TCCGAGAGATTTCACCTATGGTGTCTCGCTTGAGATTATCATATAGAGATGAACTGCAAC 2216 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 2156 TCCGAGAGATTTCACCTATGGTGTCTCGCTTGAGATTATCATATAGAGATGAATTGCAGC 2215 Query 2217 TAGAGAACAGCCTCCACAAAGTGAAGGAAGTGGCTGCTAACTTTATGCTGAAGTCATATT 2276 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2216 TAGAGAACAGCATCCACAAAGTGAAGGAAGTGGCTGCTAACTTTATGCTGAAGTCATATT 2275 Query 2277 CCATGCGGAACTTGATTGACATCAAGAGTAACTCAGCAATCACCAAGCTGGTGCAGCAAA 2336 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2276 CCATTCGGAACTTGATTGATATCAAGAGTAACTCAGCAATCACCAAGCTGGTGCAGCAGA 2335 Query 2337 CAGGCTTCTTGGGTCTTCAGCTTTCTGACAAGAAGAAGTTCTATACGAAGACTCTGGTAG 2396 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 2336 CAGGCTTCTTGGGTCTTCAGCTTTCTGACAAGAAGAAGTTTTACACGAAGACTCTGGTAG 2395 Query 2397 AGGACATGGCCCTCTTTTGTAAGAGAAAGTATGGCAGGATTTCTTCATCTGGTGATTTTG 2456 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2396 AGGACATGGCTATCTTTTGTAAGAGAAAGTATGGCAGGATTTCTTCATCTGGTGATTTTG 2455 Query 2457 GAATAGTGAAGGGCTGCTTCTTTCATGGGCTGGATCCGTATGAAGAGATGGCTCATTCAA 2516 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2456 GAATAGTGAAGGGCTGCTTCTTTCATGGGCTGGATCCGTATGAAGAGATGGCTCATTCAA 2515 Query 2517 TTGCAGCTAGGGAGGTAATTGTTCGCTCTTCAAGGGGGTTAGCTGAGCCTGGAACCCTCT 2576 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2516 TTGCAGCTAGGGAGGTAATTGTTCGCTCTTCAAGGGGATTAGCTGAGCCTGGAACCCTCT 2575 Query 2577 TTAAGAACCTGATGGCTGTTCTTCGGGATATCGTGATTACAAACGATGGAACTGTACGAA 2636 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2576 TTAAGAACCTGATGGCTGTTCTTCGGGATATCGTGATTACAAACGATGGAACTGTAAGAA 2635 Query 2637 ACACCTGTAGTAACTCAGTCGTCCAGTTCACATATGGAGTTGATTCTGAACTTGGACATC 2696 |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2636 ACACCTGTAGTAACTCAGTCATCCAGTTCAAATATGGAGTTGATTCTGAACGTGGACATC 2695 Query 2697 AAGGTCTGTTTGAAGCGGGAGAACCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACTGCCATGTCAAATC 2756 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2696 AAGGTCTGTTTGAAGCTGGAGAACCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACTGCCATGTCAAATC 2755 Query 2757 CTGCGTATAAGGCAGTGCTTGATTC-TACTGCTAATAGTAATTCATCGTGGGAGCAAATG 2815 |||| |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||| ||||||| |||| Sbjct 2756 CTGCATATAAGGCAGTGCTTGATTCCT-CTCCAAATAGTAATTCATCATGGGAGCTAATG 2814 Query 2816 AAGGAAGTTCTGCTCTGCAAAGTCAATTTCCAAAACACTACTAATGATCGGCGCGTAATT 2875 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2815 AAGGAAGTTCTGCTCTGCAAAGTCAATTTCCAAAACACTACTAATGATCGGCGCGTAATC 2874 Query 2876 CTTTATCTAAATGAATGCCATTGTGGAAAAAGGTTTTGCCAGGAAAATGCTGCTTACACA 2935 |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2875 CTTTATTTAAACGAATGCCATTGTGGAAAAAGGTTTTGCCAGGAAAATGCTGCTTGCACA 2934 Query 2936 GTCAGGAACAAGCTGAAGAAAGTTAGTCTTAAAGATACTGCAGTGGAATTCCTAGTCGAA 2995 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2935 GTCAGGAACAAGCTGAATAAAGTTAGTCTTAAAGATACTGCAGTGGAATTCCTAGTCGAA 2994 Query 2996 TACAGAAAGCAACAAACTATATCAGAAATATTTGGAATCGATTCATGCCTACATGGCCAT 3055 || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2995 TATAGAAAGCAACCAACTATATCAGAAATTTTTGGAATTGATTCATGCCTACATGGCCAT 3054 Query 3056 ATTCATCTTGATAAGACATTGTTGCAAGATTGGAACATCAGTATGCAGGATATACTTCAA 3115 ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 3055 ATTCATCTTAATAAGACATTGCTGCAAGATTGGAACATCAGTATGCAGGATATACATCAA 3114 Query 3116 AAGTGTGAGGATGTAATTAATTCACTAGGACAAAAGAAAAAGAAGAAAGCTACTGATGAC 3175 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3115 AAGTGTGAGGATGTAATTAACTCACTAGGACAAAAGAAAAAGAAGAAAGCTACTGATGAT 3174 Query 3176 TTCAGGAGAACAAGTTTGTCTGTCAGTGAGTGCTGCTCTTTCCAAGATCCTTGTGGGAGA 3235 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3175 TTCAAGAGAACAAGTTTGTCTGTCAGTGAGTGCTGCTCTTTCCGAGATCCTTGTGGGAGC 3234 Query 3236 AAAGATTCGGATATGCCTTGTTTGATGTTCTCCTACAGTGCCACCGATCCTGATCTAGAA 3295 |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| Sbjct 3235 AAAGGTTCGGATATGCCTTGTTTGACGTTCTCCTACAATGCCACCGATCCCGATCTAGAA 3294 Query 3296 AGAACTCTTGATGTTCTTTGCAATACAATTTACCCGGTTCTGCTGGAAACAGTGATCAAA 3355 |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| Sbjct 3295 CGAACTCTTGATGTTCTTTGCAATACAGTTTACCCAGTTCTGCTGGAAATAGTGATCAAA 3354 Query 3356 GGTGATCCACGGATTTGCTCAGCAAATATAATCTGGAATAGTTCAGACATGACAACATGG 3415 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 3355 GGTGATTCACGGATTTGCTCAGCAAATATAATCTGGAATAGTTCAGACATGACAACGTGG 3414 Query 3416 ATCCGGAATTGTCATGCATCCCGCCGAGGGGAATGGGTTTTGGATGTCACTGTTGAAAAA 3475 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3415 ATCCGGAATCGTCATGCATCCCGCCGAGGGGAATGGGTTTTGGATGTCACTGTTGAAAAA 3474 Query 3476 TCTGCTGTCAAGCAAAGTGGTGATGCATGGAGGGTTGTGATAGACGCATGTCTTTCAGTG 3535 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3475 TCTGCTGTCAAGCAAAGTGGTGATGCATGGAGGGTTGTGATAGACTCATGTCTTTCAGTG 3534 Query 3536 CTTCATCTAATAGACACAAAACGGTCAATCCCTTATTCTATAAAACAAGTGCAAGAATTG 3595 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3535 CTTCATCTAATAGACACAAAACGGTCAATCCCTTATTCTGTAAAACAAGTGCAAGAATTG 3594 Query 3596 CTTGGGTTATCCTGTGCTTTTGAGCAAGCAGTACAGCGTCTATCAGCTTCAGTGAGAATG 3655 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3595 CTTGGGTTATCCTGTGCTTTTGAGCAAGCAGTACAGCGTCTATCAGCTTCAGTGAGAATG 3654 Query 3656 GTCTCCAAAGGAGTTTTGAAAGAACACATCATTCTCCTAGCAAACAACATGACTTGTTCA 3715 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3655 GTCTCCAAGGGAGTTTTGAAAGAACACATCATTCTCCTAGCAAACAACATGACTTGTTCA 3714 Query 3716 GGGAATATGTTGGGTTTCAATTCTGGAGGTTACAAAGCTTTGACCCGATCCTTAAACATC 3775 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3715 GGGACTATGTTGGGTTTCAATTCTGGAGGTTACAAAGCTTTGACCCGATCCTTAAACATC 3774 Query 3776 AAGGCTCCATTCACAGAAGCAACTCTGATTACACCAAGAAGATGTTTTGAGAAAGCGGCT 3835 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 3775 AAGGCTCCATTCACAGAAGCAACTCTGATTGCACCAAGAAAATGTTTTGAGAAAGCGGCT 3834 Query 3836 GAGAAATGTCATACAGATTCTCTGTCAACAGTCGTTGGGTCTTGTTCTTGGGGAAAACGC 3895 |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3835 GAGAAATGTCATACAGATTCACTATCAACAGTCGTTGGGTCTTGTTCTTGGGGAAAACGC 3894 Query 3896 GTGGATGTTGGTACAGGTTCACAGTTTGAGCTCCTATGGAACCAAAAAGAGACTGGTCTA 3955 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3895 GTGGATGTTGGTACAGGCTCACAGTTTGAGCTCCTATGGAACCAAAAAGAGACTGGTCTA 3954 Query 3956 GATGATAAAGAAGAAACAGATGTGTACAGCTTTCTCCAAATGGTCAGATCCACGACAAAT 4015 |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| Sbjct 3955 GATGATAAAGAAGAAACAGATGTGTACAGCTTCCTTCAAATGGTCATATCCACGACAAAC 4014 Query 4016 GCAGATGCATATGTTTCTTCCCCTGGTTTTGATGTTACAGAGGAAGAAATGGCTGAATGG 4075 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4015 GCAGATGCATTTGTTTCTTCCCCTGGTTTTGATGTTACAGAGGAAGAAATGGCTGAATGG 4074 Query 4076 GCTGAATCGCCCGAGCGAGACTCTGCTCTTGGAGAGCCCAAGTTTGAGGACAGTGCCGAG 4135 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4075 GCTGAATCGCCCGAGCGAGACTCTGCTCTTGGAGAGCCCAAGTTTGAGGACAGTGCCGAC 4134 Query 4136 TTCCAAAATTTACATGACGAAGGCAAGCCATCAGAATCCAACTGGGAGAAAAGCTCTTCA 4195 |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| Sbjct 4135 TTCCAAAATTTACATGACGAAGGCAAGCCATCAGGAGCCAACTGGGAGAAAAGCTCTTCG 4194 Query 4196 TGGGACAATGGTTGCAGTGGTGGTTCAGAGTGGGGAGTCTCAAAAAATACAGGTGGTGAG 4255 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 4195 TGGGACAATGGTTGCAGTGGTGGTTCAGAGTGGGGAGTCTCAAAAAGTACAGGTGGTGAG 4254 Query 4256 GCAAACCCGGAGTCTAATTGGGAAAAGACTACAAATGTTGAGAAGGAAGATGCTTGGTCT 4315 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4255 GCAAACCCGGAGTCTAATTGGGAAAAGACTACAAATGTTGAGAAGGAAGATGCTTGGTCT 4314 Query 4316 AGTTGGAACACTAAAAAAGATGCTCAAGAATCTTCCAAGTCAGATTCAGGGGTTGCTTGG 4375 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 4315 AGTTGGAACACTAGAAAAGATGCTCAAGAATCTTCCAAGTCAGATTCAGGGGGTGCTTGG 4374 Query 4376 GGCT-TAAAGACAAAGGATGATGATGCAGATACAACACCAAACTGGGAAACAAGACCAGC 4434 || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 4375 GG-TATAAAGACAAAGGATGCTGATGCAGATACAACACCAAACTGGGAAACAAGTCCAGC 4433 Query 4435 TCAGACGGATTCTATTGTCCCAGAAAATAATGAGCCAACTTCTGACGTTTGGGGACACAA 4494 || || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 4434 TCCGAAGGATTCCATTGTCCCAGAAAATAATGAGCCGACTTCTGACGTTTGGGGACACAA 4493 Query 4495 ATCTGGTTCAGACAAATCTTGGGACAAAAAGAACGGGGGAACTGAATCAGCTCCTGCTGC 4554 ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4494 ATCTGTTTCAGACAAATCGTGGGACAAAAAGAACTGGGGAACTGAATCAGCTCCTGCTGC 4553 Query 4555 ATGGGGTTCTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACGGA 4614 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 4554 ATGGGGTTCTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACAGA 4613 Query 4615 ATCAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCTAGGGACAAAAAGAATTCTGAAGTTGGATCAGGTGC 4674 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| Sbjct 4614 ATCAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCCAGGGACAAAAATAATTCTGACGTTGGGTCAGGTGC 4673 Query 4675 TGGTGTTTTGGGTCCCTGGAACAAGAAGAGCTCGAAAACTGAGTCAGATGGTGCTACTTG 4734 ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 4674 TGGTGTTTTAGGTCCCTGGAACAAGAAGAGCTCGGAAACTGAGTCAAATGGTGCTACTTG 4733 Query 4735 GGGTTCTAGTGACAAAACTAAATCAGGTGCTGCTGCATGGAGTTCTTGGGACAAAAAGAA 4794 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 4734 GGGTTCTAGTGACAAAACCAAATCAGGTGCTGCTGCATGGAATTCTTGGGACAAAAAGAA 4793 Query 4795 CATGGAAACTGACTCGGAACCTGCTGCTTGGGGTTCTCAGAGCAAAAATAAACCTGAAAC 4854 ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||| Sbjct 4794 CATAGAAACTGACTCAGAACCTGCTGCTTGGGGTTCTCAGGGAAAAAAGAATTCTGAAAC 4853 Query 4855 TGAGTCAGGTCCTTCTACTTGGGGTGCTTGGGATACAAAGAAATCGGAAACTGAATCAGG 4914 ||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| Sbjct 4854 TGAGTCAGGTCCTGCTGCTTGGGGTGCTTGGGACAAAAAGAAATCGGAAACTGAACCAGG 4913 Query 4915 TCCTGCTGGTTGGGGTATCGTGGACAAAAAGAATTCTGAAACTGAATCAGGTCCTGCTGC 4974 |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 4914 TCCTGCTGGTTGGGGTATGGGGGACAAAAAGAATTCTGAAACTGAATTAGGCCCTGCTGC 4973 Query 4975 TATGGGTAATTGGGACAAAAAGAAATCGGATACTGAA-TCAGGTCCAGCTGCTTGGGGAT 5033 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 4974 TATGGGTAATTGGGACAAAAAGAAATCGGATAC-GAAATCAGGTCCAGCTGCTTGGGGAT 5032 Query 5034 CTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTTTAGTGACAAAAACAATTCGGAAACTGAATCAGATG 5093 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 5033 CTACAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCTAGTGACAAAAACAACTCGGAAACTGAATCAGATG 5092 Query 5094 CTGCTGCTTGGGGTTCTAGGGACAAAAAGACTTCTGAAACTGAATCAGGTGCTG-CTGCT 5152 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| Sbjct 5093 CTGCTGCTTGGGGTTCTAGGAACAAAAAGACTTCTGAAATTGAATCAGGTGCTGGC-GCT 5151 Query 5153 TGGGGTTCTTGGGGACAGCCAACTCCCACTGCAGCAA-ACGAGGATGCCAATGAAGATGA 5211 |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||| Sbjct 5152 TGGGGTTCGTGGGGACAGCCAAGTCCCACTGCAG-AAGACAAGGATACCAATGAGGATGA 5210 Query 5212 T-GAAAACCCGTGGGTTTCCTTGAAGGAGACCAAAAGTAGAGATAAGGATGATAAAGAGA 5270 | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 5211 TAGAAATCC-GTGGGTTTCCTTGAAGGAGACCAAAAGTAGAGAGAAGGATGATAAAGAGA 5269 Query 5271 GAATCCAGTGGGGAAATCCAGCCAAGAAATTTCCATCTAGTGGTGGCTGGTCCAATGGTG 5330 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5270 GAAGCCAGTGGGGAAATCCAGCCAAGAAATTTCCATCTAGTGGTGGCTGGTCCAATGGTG 5329 Query 5331 GTGGTGCAGACTGGAAAGGAAAGAGGAACCATACTCCTAGGCCACCTAGATCTGAGGATA 5390 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5330 GTGGTGCAGACTGGAAAGGAAATAGGAACCATACTCCTAGGCCACCTAGATCTGAGGATA 5389 Query 5391 ATTTGGCTCCCATGTTTACAGCAACGAGACAGCGCTTGGACTCATTCACCTCTGAGGAGC 5450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5390 ATTTGGCTCCCATGTTTACAGCAACGAGACAGCGCTTGGACTCATTCACCTCTGAGGAGC 5449 Query 5451 AAGAGCTGCTCTCAGATGTTGAGCCAGTCATGAGGACTCTCAGGAAAATAATGCATCCGT 5510 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 5450 AAGAGCTGCTCTCAGATGTTGAGCCAGTCATGAGGACTCTCAGGAAAATTATGCATCCGT 5509 Query 5511 CTGCGTACCCTGATGGAGACCCAATTTCTGATGATGACAAGACGTTTGTCCTGGAGAAGA 5570 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5510 CTGCGTACCCTGATGGAGACCCAATTTCTGATGATGACAAGACGTTTGTCCTGGAGAAGA 5569 Query 5571 TTTTGAACTTCCATCCCCAAAAAGAGACAAAGCTCGGTTCTGGTGTTGATTTCATCACGG 5630 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 5570 TTTTGAACTTCCATCCCCAAAAAGAGACAAAGCTTGGTTCTGGCGTTGACTTCATCACGG 5629 Query 5631 TTGATAAGCACACCATCTTCTCAGACAGCAGGTGCTTCTTTGTTGTCTCAACTGATGGGG 5690 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5630 TTGATAAGCACACCATCTTCTCAGACAGCAGGTGCTTCTTTGTTGTCTCAACTGATGGGG 5689 Query 5691 CCAAACAGGACTTTTCATACCGAAAATCCCTCAACAACTATTTGATGATGAAATACCCTG 5750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 5690 CCAAACAGGACTTTTCATACCGAAAATCCCTCAACAACTATTTGATGAAGAAATACCCTG 5749 Query 5751 ACCGCGCTGAAGAATTCATTGACAAGTACTTTACGAAACCTCGGCCTAGCGGAAACAGAG 5810 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5750 ACCGTGCTGAAGAATTCATTGACAAGTACTTTACGAAACCTCGGCCTAGCGGAAACAGAG 5809 Query 5811 ACAGGAACAACCAAGATGCCACACCACCTGGGGAAGAACAGTCTCAGCCTCCGACTCAGT 5870 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 5810 ACAGGAACAACCAAGATGCCACACCACCTGGGGAAGAACAGTCTCAGCCTCCGAATCAGT 5869 Query 5871 CTATAGATAATGGTGGTGACGACTTT-A-A----GActcagactcagtctccatctcaga 5924 |||||| |||||| |||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 5870 CTATAGGTAATGGAGGTGACGACTTTCAGACACAGACTCAGTCTCAGTCTCCATCTCAGA 5929 Query 5925 ctcaggctcaggctc-aggctcaggctcaggctcagtctccatctcagactcagactcag 5983 ||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 5930 CTCGGGCTCAGTCTCCAT-CTCAGGCTCAGGCTCAGTCTCCATCTCAGACGCAGTCTCAG 5988 Query 5984 tctccgtctccgtctcagactcagactcagtctcagtctcagactcaggctcagactcag 6043 |||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| Sbjct 5989 TCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAG 6048 Query 6044 actcca-tctcagtctccgtcccag 6067 ||| | |||||||||| ||| ||| Sbjct 6049 TCTC-AGTCTCAGTCTCAGTCTCAG 6072 Score = 477 bits (258), Expect = 5e-133 Identities = 332/365 (91%), Gaps = 15/365 (4%) Strand=Plus/Plus Query 5901 ctcagactcagtctcca-tctcagactcaggctcaggctcaggctcaggctcaggctcag 5959 ||||| |||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| Sbjct 5990 CTCAGTCTCAGTCT-CAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAG 6048 Query 5960 tctcca-tctcagactcagactcagtctccgtctccgtctcagactcagactcagtctca 6018 ||| || |||||| ||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 6049 TCT-CAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCCATCCCAGACTCAGACTCAGTCTCC 6107 Query 6019 gtctcagactcaggctcagactcagact-c--catctcagtctccgtcccagacGCAGAC 6075 ||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6108 GTCTCAGACTCAGGCTCAGGCTCAGTCTCCATCATCTCAGTCTCCGTCCCAGACGCAGAC 6167 Query 6076 AT--ACTCTTGAGAACCAAAGAAGATTTGGTTGGTTTAGGTAAACCATTGAGTCTCCACT 6133 || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 6168 ATAAACTCTTGAGAACCAAAGAAGATTTGGTTCGTTTAGGTAAACCATTCAGTCTCCACT 6227 Query 6134 GTTTTGTTTTGAGATGTACATAAAGAGTGGAGAGAATGGCGGGTTTTATTTATCATTAAA 6193 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| Sbjct 6228 GTTTTGTTTT--GATGTACATAAAGAGTGGAGAGAATGGC-GG--TT-TTTATCATTAAA 6281 Query 6194 AGGCTCTGATGTGAAGTGCAAAACAATGTGTAAATGCAGTTCTCTAGTTTCAGATCGTTT 6253 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6282 AGACTCTGATGTGAAGTGCAAAACAATGTGTAAATGCAGTTCTCTAGTTTCAGATCGTTT 6341 Query 6254 GTCCT 6258 ||||| Sbjct 6342 GTCCT 6346 Score = 202 bits (109), Expect = 4e-50 Identities = 155/177 (88%), Gaps = 4/177 (2%) Strand=Plus/Plus Query 4513 TTGGGACAAAAAGAACGGGGGA-ACTG-AATCAGCTCCTGCTGCATGGGGTTCTACAGAT 4570 ||||||||||||||| ||| || | |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| Sbjct 4983 TTGGGACAAAAAGAA-ATCGGATAC-GAAATCAGGTCCAGCTGCTTGGGGATCTACAGAT 5040 Query 4571 GCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACGGAATCAGATGCTGCTGCT 4630 ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 5041 GCTGCTGCTTGGGGTTCTAGTGACAAAAACAACTCGGAAACTGAATCAGATGCTGCTGCT 5100 Query 4631 TGGGGTTCTAGGGACAAAAAGAATTCTGAAGTTGGATCAGGTGCTGGTGTTTTGGGT 4687 |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| | || |||| Sbjct 5101 TGGGGTTCTAGGAACAAAAAGACTTCTGAAATTGAATCAGGTGCTGGCGCTTGGGGT 5157 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 312330714430 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5