BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483042
Length=6258
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G40030.1 | Symbols: NRPD1B, DRD3, ATNRPD1B, DMS5, NRPE1 | nu... 9755 0.0
> AT2G40030.1 | Symbols: NRPD1B, DRD3, ATNRPD1B, DMS5, NRPE1 |
nuclear RNA polymerase D1B | chr2:16714494-16723583 FORWARD
LENGTH=6348
Length=6348
Score = 9755 bits (5282), Expect = 0.0
Identities = 5823/6085 (96%), Gaps = 34/6085 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGAACAAAAGATTTTTGTGAGAGAGaaaaaaaaGAGTCACTCCAAAATTGTTCTCTGG 60
||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4 GAAGAACAAAAGA-TTTT-TGAGAGAG-AAAAGTAGAGTCACTCCAAAATTGTTCTCTCG 60
Query 61 CAATCTTCTTTCTGGGGTTTTTCTCTTTAAAGAAAAAGTCCGCCATTTTCACTCTCACTC 120
||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAATCTTCTTTCT-CGG-TTTCCTCTTTTAAGAAAAAGTCCGCCATTTTCACTCTCACTC 118
Query 121 AGATTTC-TCCCTCTTTTCACCTGCAAAAACCCTTGTTTCCCGTTGTTTCGTTTCTTCTC 179
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 119 AGATTTCTTCCCTCTTCTCACCTGCAAAAACCCTTGTTTCCCGCTGTTTCGTTTCTTCTC 178
Query 180 TGGTTCAGGAGCCAAAACGGGTCAAATACGCTGCTGAATCGTCG-ATTCTTA-GGTATTT 237
|||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||| |||
Sbjct 179 CGGTTGAGGAACCAAAACGGGTCAAATACGCAGCTGAATCATCGAATTCTTAGGGT-TTT 237
Query 238 TGTCATGGAGGAAGAATCTTCATCAGAGATTCTTGAAGGAGAGATTGTTGGAATCACATT 297
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 T-TCATGGAGGAAGAATCTACATCAGAGATTCTTGACGGAGAGATTGTTGGAATCACATT 296
Query 298 TGCTCTTGCAACTCACCATGAAATTTGTATAGC-ATCAATTAGTGGATCCGCAATCAATC 356
||||||||| | |||||||||||| ||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 297 TGCTCTTGCTAGTCACCATGAAATATGTAT-TCAATCGATTAGTGAATCCGCAATTAATC 355
Query 357 ATCCCAGTCAACTCACTAACTCATTCTTGGGGTTACCTCTTGAATTTGGTAAATGTGAAT 416
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 ATCCCAGTCAACTCACTAACGCATTCTTGGGGTTACCTCTTGAATTTGGTAAATGTGAAT 415
Query 417 CTTGCGGTGCGACAGAACCAGATAAATGTGAAGGTCATTTTGGTTATATTCAGCTTCCAG 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 CTTGCGGTGCGACAGAACCAGATAAATGTGAAGGTCATTTTGGTTATATTCAGCTTCCAG 475
Query 477 TGCCAATATACCATCCTGCTCATGTTAATGAGTTGAAACAAATGCTGAGCCTTCTGTGCT 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TGCCAATATACCATCCTGCTCATGTTAATGAGTTGAAACAAATGCTGAGCCTTCTGTGCT 535
Query 537 TGAAATGTCTGAAGATAAAGAAGGCAAAGAGCACAAGTGGTGGTCTGGCGGATCGCTTAT 596
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 536 TGAAATGTCTGAAGATAAAGAAGGCAAAGGGCACAAGTGGTGGTCTGGCGGATCGCTTGT 595
Query 597 TGGGTGTCTGTTGTGAGGAAGCTTCGCAAATCTCAATCAGAGATAGAGCATCAGATGGTG 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 596 TGGGTGTCTGTTGTGAGGAAGCTTCGCAAATCTCAATCAAAGATAGAGCATCAGATGGTG 655
Query 657 CCTCATATCTAGAACTGAAGCTCCCATCTAGGTCAAGACTGCAGGCGGGTTGCTGGAATT 716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 656 CCTCATATCTAGAACTGAAGCTCCCATCTAGGTCAAGACTGCAGCCTGGTTGCTGGAATT 715
Query 717 TCCTGGAAAGATATGGTTATCGCTATGGAAGCGATTATACGCGACCCCTGCTGGCAAGAG 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 716 TCCTGGAAAGATATGGTTATCGCTATGGAAGCGATTACACGCGTCCCCTGCTGGCAAGAG 775
Query 777 AGGTAAAGGAAATTTTAAGACGGATCCCCGAAGAAACAAGAAAGAAACTCACAGCAAAGG 836
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 776 AGGTTAAGGAAATTCTAAGACGGATCCCCGAAGAATCAAGAAAGAAACTCACGGCAAAGG 835
Query 837 GACATATTCCTCAAGAAGGATACATATTAGAATATCTTCCTGTCCCGCCTAACTGCTTGT 896
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 836 GACATATTCCTCAAGAAGGATACATACTAGAGTATCTTCCTGTCCCGCCTAACTGTTTGT 895
Query 897 CAGTGCCAGATGTTTCTGATGGTTACAGCTCCATGTCAGTGGATCCTTCCAGAATTGAGC 956
|||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CAGTGCCAGAGGCTTCTGATGGTTTCAGCACCATGTCAGTGGATCCTTCCAGAATTGAGC 955
Query 957 TAAAAGACGTCCTTAAGAAAGTGATAGCCATAAAAAGCTCTAGGTCTGGCGAGACAAACT 1016
|||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TAAAGGACGTTCTGAAGAAAGTCATAGCCATAAAAAGCTCTAGGTCTGGCGAGACAAACT 1015
Query 1017 TTGAGTCGCATAAGGCTGAAGCCAATGACATGTTTAGAGTGGTGGATACCTATCTGCAGG 1076
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1016 TTGAGTCGCATAAGGCTGAAGCCAGTGAGATGTTTAGAGTGGTGGATACCTATCTCCAGG 1075
Query 1077 TGAGGGGTACTGCAAAAGCTGCAAGAAACATTGATATGAGATACGGGGTGTCTAAGATCT 1136
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TGAGGGGTACTGCAAAAGCGGCAAGAAACATTGATATGAGATACGGGGTGTCTAAGATCT 1135
Query 1137 CGGATAGTTCATCTTCAAAAGCTTGGACACAAAAAATGAGGACACTTTTCATCCGAAAGG 1196
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1136 CGGATAGTTCATCTTCAAAAGCTTGGACAGAAAAAATGAGAACACTTTTCATCCGTAAGG 1195
Query 1197 GTTCAGGTTTCTCTTCCCGTAGCGTCATCACTGGAGATGCTTACAGACACGTGAATGAGG 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1196 GTTCAGGTTTCTCTTCCCGTAGCGTCATCACTGGAGATGCTTACCGACATGTGAATGAGG 1255
Query 1257 TAGGGATCCCAATAGAAATTGCGCAGAGAATCACATTTGAGGAAAGGGTTAGTGTCCACA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TAGGGATCCCAATAGAAATTGCGCAGAGAATCACATTTGAGGAAAGGGTTAGTGTCCACA 1315
Query 1317 ACATAGGTTATCTACAAAAGTTGGTAGACGACAAGTTGTGTTTGAGTTATACTCAAGGTT 1376
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 ATAGAGGTTATCTACAAAAGTTGGTAGACGACAAGTTGTGTTTGAGTTATACTCAAGGTT 1375
Query 1377 CCACGACCTATTCTTTAAGGGATGGATCCAAGGGGCACACTGTGCTTAAACCCGGGCAGG 1436
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1376 CTACGACCTATTCTTTAAGGGATGGATCCAAGGGGCACACTGAGCTTAAACCCGGGCAGG 1435
Query 1437 TTGTTCATCGCAGGGTCATGGATGGGGATGTTGTGTTCATCAACCGACCCCCGACAACCC 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1436 TTGTTCATCGCAGGGTCATGGATGGGGATGTTGTGTTTATCAACAGACCCCCGACAACAC 1495
Query 1497 ATAAACATTCTCTTCAAGCGCTTCGGGTGTATGTTCATGAAGACAACACCGTGAAGATTA 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 ATAAACATTCTCTTCAAGCGCTTCGGGTGTATGTTCATGAAGACAACACCGTGAAGATTA 1555
Query 1557 ACCCTCTGATGTGTAGCCCCCTCAGTGCTGATTTTGATGGTGATTGTGTCCATCTCTTCT 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1556 ACCCTCTGATGTGTAGCCCCCTCAGTGCTGATTTTGATGGTGATTGTGTCCATTTGTTCT 1615
Query 1617 ACCCTCAGTCACTTAGTGCTAAGGCAGAGGTTATGGAGCTTTTCTCTGTGGAGAAGCAAC 1676
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1616 ACCCTCAGTCTCTTAGTGCTAAGGCAGAGGTTATGGAGCTCTTCTCTGTGGAGAAGCAAC 1675
Query 1677 TGCTTAGCTCGCATACTGGACAGCTGATTCTGCAGATGGGTTGTGATTCTTTACTATCTT 1736
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1676 TGCTTAGCTCACATACTGGACAGCTGATTTTGCAGATGGGTAGTGATTCTTTACTGTCTT 1735
Query 1737 TGAGGGTAATGCTGGAGGGGGTGTTTCTGGACAAGGCAACTGCTCAACAGTTAGCTATGT 1796
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TGAGGGTAATGCTGGAGCGGGTATTTCTGGACAAGGCAACTGCTCAACAGTTAGCTATGT 1795
Query 1797 ATGGCTCTCTGTCTCTGCCACCACCAGCACTAAGGAAGTCCAGTAAATCTGGCCCAGCTT 1856
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 ATGGCTCTCTGTCCCTGCCACCACCAGCACTAAGGAAGTCCAGTAAATCTGGCCCAGCTT 1855
Query 1857 GGACAGTTTTTCAGATTTTACAGCTTGCCTTTCCAGAGCGTCTGAGCTGCAAAGGAGATA 1916
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1856 GGACAGTTTTCCAGATTCTACAGCTTGCCTTTCCAGAACGTCTGAGTTGCAAAGGAGACA 1915
Query 1917 GATTCATGGTTGATGGAAGTGATTTGCTGAAGTTTGATTTCGGGGTTGACGCGATGGCAT 1976
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1916 GATTCCTGGTTGATGGAAGTGATTTGCTGAAGTTTGATTTCGGGGTTGACGCGATGGGGT 1975
Query 1977 CCATCATCAATGAAATTGTAACTTCAATCTTCCTGGAGAAGGGTCCAAAGGAGACACTTG 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CCATCATCAATGAAATTGTAACTTCAATCTTCCTGGAGAAGGGTCCAAAGGAGACACTTG 2035
Query 2037 GATTCTTTGATTCACTGCAGCCTCTATTGATGGAAAGTCTGTTTGCTGAGGGCTTTAGTG 2096
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2036 GATTCTTTGATTCGCTGCAGCCTCTATTGATGGAAAGTCTGTTTGCTGAGGGATTTAGTC 2095
Query 2097 TAAGTTTGGAAGACTTATCCATGTCCAGGGCAGACATGGATGTAATTCACAACCTAATAA 2156
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TAAGTTTGGAAGACTTATCCATGTCTAGGGCAGACATGGATGTAATTCACAACCTAATAA 2155
Query 2157 TCCGAGAGATTTCACCTATGGTGTCTCGCTTGAGATTATCATATAGAGATGAACTGCAAC 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2156 TCCGAGAGATTTCACCTATGGTGTCTCGCTTGAGATTATCATATAGAGATGAATTGCAGC 2215
Query 2217 TAGAGAACAGCCTCCACAAAGTGAAGGAAGTGGCTGCTAACTTTATGCTGAAGTCATATT 2276
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 TAGAGAACAGCATCCACAAAGTGAAGGAAGTGGCTGCTAACTTTATGCTGAAGTCATATT 2275
Query 2277 CCATGCGGAACTTGATTGACATCAAGAGTAACTCAGCAATCACCAAGCTGGTGCAGCAAA 2336
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2276 CCATTCGGAACTTGATTGATATCAAGAGTAACTCAGCAATCACCAAGCTGGTGCAGCAGA 2335
Query 2337 CAGGCTTCTTGGGTCTTCAGCTTTCTGACAAGAAGAAGTTCTATACGAAGACTCTGGTAG 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2336 CAGGCTTCTTGGGTCTTCAGCTTTCTGACAAGAAGAAGTTTTACACGAAGACTCTGGTAG 2395
Query 2397 AGGACATGGCCCTCTTTTGTAAGAGAAAGTATGGCAGGATTTCTTCATCTGGTGATTTTG 2456
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 AGGACATGGCTATCTTTTGTAAGAGAAAGTATGGCAGGATTTCTTCATCTGGTGATTTTG 2455
Query 2457 GAATAGTGAAGGGCTGCTTCTTTCATGGGCTGGATCCGTATGAAGAGATGGCTCATTCAA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GAATAGTGAAGGGCTGCTTCTTTCATGGGCTGGATCCGTATGAAGAGATGGCTCATTCAA 2515
Query 2517 TTGCAGCTAGGGAGGTAATTGTTCGCTCTTCAAGGGGGTTAGCTGAGCCTGGAACCCTCT 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TTGCAGCTAGGGAGGTAATTGTTCGCTCTTCAAGGGGATTAGCTGAGCCTGGAACCCTCT 2575
Query 2577 TTAAGAACCTGATGGCTGTTCTTCGGGATATCGTGATTACAAACGATGGAACTGTACGAA 2636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2576 TTAAGAACCTGATGGCTGTTCTTCGGGATATCGTGATTACAAACGATGGAACTGTAAGAA 2635
Query 2637 ACACCTGTAGTAACTCAGTCGTCCAGTTCACATATGGAGTTGATTCTGAACTTGGACATC 2696
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2636 ACACCTGTAGTAACTCAGTCATCCAGTTCAAATATGGAGTTGATTCTGAACGTGGACATC 2695
Query 2697 AAGGTCTGTTTGAAGCGGGAGAACCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACTGCCATGTCAAATC 2756
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 AAGGTCTGTTTGAAGCTGGAGAACCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACTGCCATGTCAAATC 2755
Query 2757 CTGCGTATAAGGCAGTGCTTGATTC-TACTGCTAATAGTAATTCATCGTGGGAGCAAATG 2815
|||| |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2756 CTGCATATAAGGCAGTGCTTGATTCCT-CTCCAAATAGTAATTCATCATGGGAGCTAATG 2814
Query 2816 AAGGAAGTTCTGCTCTGCAAAGTCAATTTCCAAAACACTACTAATGATCGGCGCGTAATT 2875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 AAGGAAGTTCTGCTCTGCAAAGTCAATTTCCAAAACACTACTAATGATCGGCGCGTAATC 2874
Query 2876 CTTTATCTAAATGAATGCCATTGTGGAAAAAGGTTTTGCCAGGAAAATGCTGCTTACACA 2935
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2875 CTTTATTTAAACGAATGCCATTGTGGAAAAAGGTTTTGCCAGGAAAATGCTGCTTGCACA 2934
Query 2936 GTCAGGAACAAGCTGAAGAAAGTTAGTCTTAAAGATACTGCAGTGGAATTCCTAGTCGAA 2995
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 GTCAGGAACAAGCTGAATAAAGTTAGTCTTAAAGATACTGCAGTGGAATTCCTAGTCGAA 2994
Query 2996 TACAGAAAGCAACAAACTATATCAGAAATATTTGGAATCGATTCATGCCTACATGGCCAT 3055
|| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 TATAGAAAGCAACCAACTATATCAGAAATTTTTGGAATTGATTCATGCCTACATGGCCAT 3054
Query 3056 ATTCATCTTGATAAGACATTGTTGCAAGATTGGAACATCAGTATGCAGGATATACTTCAA 3115
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3055 ATTCATCTTAATAAGACATTGCTGCAAGATTGGAACATCAGTATGCAGGATATACATCAA 3114
Query 3116 AAGTGTGAGGATGTAATTAATTCACTAGGACAAAAGAAAAAGAAGAAAGCTACTGATGAC 3175
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3115 AAGTGTGAGGATGTAATTAACTCACTAGGACAAAAGAAAAAGAAGAAAGCTACTGATGAT 3174
Query 3176 TTCAGGAGAACAAGTTTGTCTGTCAGTGAGTGCTGCTCTTTCCAAGATCCTTGTGGGAGA 3235
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3175 TTCAAGAGAACAAGTTTGTCTGTCAGTGAGTGCTGCTCTTTCCGAGATCCTTGTGGGAGC 3234
Query 3236 AAAGATTCGGATATGCCTTGTTTGATGTTCTCCTACAGTGCCACCGATCCTGATCTAGAA 3295
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 3235 AAAGGTTCGGATATGCCTTGTTTGACGTTCTCCTACAATGCCACCGATCCCGATCTAGAA 3294
Query 3296 AGAACTCTTGATGTTCTTTGCAATACAATTTACCCGGTTCTGCTGGAAACAGTGATCAAA 3355
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3295 CGAACTCTTGATGTTCTTTGCAATACAGTTTACCCAGTTCTGCTGGAAATAGTGATCAAA 3354
Query 3356 GGTGATCCACGGATTTGCTCAGCAAATATAATCTGGAATAGTTCAGACATGACAACATGG 3415
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3355 GGTGATTCACGGATTTGCTCAGCAAATATAATCTGGAATAGTTCAGACATGACAACGTGG 3414
Query 3416 ATCCGGAATTGTCATGCATCCCGCCGAGGGGAATGGGTTTTGGATGTCACTGTTGAAAAA 3475
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3415 ATCCGGAATCGTCATGCATCCCGCCGAGGGGAATGGGTTTTGGATGTCACTGTTGAAAAA 3474
Query 3476 TCTGCTGTCAAGCAAAGTGGTGATGCATGGAGGGTTGTGATAGACGCATGTCTTTCAGTG 3535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3475 TCTGCTGTCAAGCAAAGTGGTGATGCATGGAGGGTTGTGATAGACTCATGTCTTTCAGTG 3534
Query 3536 CTTCATCTAATAGACACAAAACGGTCAATCCCTTATTCTATAAAACAAGTGCAAGAATTG 3595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3535 CTTCATCTAATAGACACAAAACGGTCAATCCCTTATTCTGTAAAACAAGTGCAAGAATTG 3594
Query 3596 CTTGGGTTATCCTGTGCTTTTGAGCAAGCAGTACAGCGTCTATCAGCTTCAGTGAGAATG 3655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3595 CTTGGGTTATCCTGTGCTTTTGAGCAAGCAGTACAGCGTCTATCAGCTTCAGTGAGAATG 3654
Query 3656 GTCTCCAAAGGAGTTTTGAAAGAACACATCATTCTCCTAGCAAACAACATGACTTGTTCA 3715
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3655 GTCTCCAAGGGAGTTTTGAAAGAACACATCATTCTCCTAGCAAACAACATGACTTGTTCA 3714
Query 3716 GGGAATATGTTGGGTTTCAATTCTGGAGGTTACAAAGCTTTGACCCGATCCTTAAACATC 3775
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3715 GGGACTATGTTGGGTTTCAATTCTGGAGGTTACAAAGCTTTGACCCGATCCTTAAACATC 3774
Query 3776 AAGGCTCCATTCACAGAAGCAACTCTGATTACACCAAGAAGATGTTTTGAGAAAGCGGCT 3835
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3775 AAGGCTCCATTCACAGAAGCAACTCTGATTGCACCAAGAAAATGTTTTGAGAAAGCGGCT 3834
Query 3836 GAGAAATGTCATACAGATTCTCTGTCAACAGTCGTTGGGTCTTGTTCTTGGGGAAAACGC 3895
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3835 GAGAAATGTCATACAGATTCACTATCAACAGTCGTTGGGTCTTGTTCTTGGGGAAAACGC 3894
Query 3896 GTGGATGTTGGTACAGGTTCACAGTTTGAGCTCCTATGGAACCAAAAAGAGACTGGTCTA 3955
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3895 GTGGATGTTGGTACAGGCTCACAGTTTGAGCTCCTATGGAACCAAAAAGAGACTGGTCTA 3954
Query 3956 GATGATAAAGAAGAAACAGATGTGTACAGCTTTCTCCAAATGGTCAGATCCACGACAAAT 4015
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3955 GATGATAAAGAAGAAACAGATGTGTACAGCTTCCTTCAAATGGTCATATCCACGACAAAC 4014
Query 4016 GCAGATGCATATGTTTCTTCCCCTGGTTTTGATGTTACAGAGGAAGAAATGGCTGAATGG 4075
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4015 GCAGATGCATTTGTTTCTTCCCCTGGTTTTGATGTTACAGAGGAAGAAATGGCTGAATGG 4074
Query 4076 GCTGAATCGCCCGAGCGAGACTCTGCTCTTGGAGAGCCCAAGTTTGAGGACAGTGCCGAG 4135
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4075 GCTGAATCGCCCGAGCGAGACTCTGCTCTTGGAGAGCCCAAGTTTGAGGACAGTGCCGAC 4134
Query 4136 TTCCAAAATTTACATGACGAAGGCAAGCCATCAGAATCCAACTGGGAGAAAAGCTCTTCA 4195
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4135 TTCCAAAATTTACATGACGAAGGCAAGCCATCAGGAGCCAACTGGGAGAAAAGCTCTTCG 4194
Query 4196 TGGGACAATGGTTGCAGTGGTGGTTCAGAGTGGGGAGTCTCAAAAAATACAGGTGGTGAG 4255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4195 TGGGACAATGGTTGCAGTGGTGGTTCAGAGTGGGGAGTCTCAAAAAGTACAGGTGGTGAG 4254
Query 4256 GCAAACCCGGAGTCTAATTGGGAAAAGACTACAAATGTTGAGAAGGAAGATGCTTGGTCT 4315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4255 GCAAACCCGGAGTCTAATTGGGAAAAGACTACAAATGTTGAGAAGGAAGATGCTTGGTCT 4314
Query 4316 AGTTGGAACACTAAAAAAGATGCTCAAGAATCTTCCAAGTCAGATTCAGGGGTTGCTTGG 4375
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4315 AGTTGGAACACTAGAAAAGATGCTCAAGAATCTTCCAAGTCAGATTCAGGGGGTGCTTGG 4374
Query 4376 GGCT-TAAAGACAAAGGATGATGATGCAGATACAACACCAAACTGGGAAACAAGACCAGC 4434
|| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4375 GG-TATAAAGACAAAGGATGCTGATGCAGATACAACACCAAACTGGGAAACAAGTCCAGC 4433
Query 4435 TCAGACGGATTCTATTGTCCCAGAAAATAATGAGCCAACTTCTGACGTTTGGGGACACAA 4494
|| || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4434 TCCGAAGGATTCCATTGTCCCAGAAAATAATGAGCCGACTTCTGACGTTTGGGGACACAA 4493
Query 4495 ATCTGGTTCAGACAAATCTTGGGACAAAAAGAACGGGGGAACTGAATCAGCTCCTGCTGC 4554
||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4494 ATCTGTTTCAGACAAATCGTGGGACAAAAAGAACTGGGGAACTGAATCAGCTCCTGCTGC 4553
Query 4555 ATGGGGTTCTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACGGA 4614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4554 ATGGGGTTCTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACAGA 4613
Query 4615 ATCAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCTAGGGACAAAAAGAATTCTGAAGTTGGATCAGGTGC 4674
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 4614 ATCAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCCAGGGACAAAAATAATTCTGACGTTGGGTCAGGTGC 4673
Query 4675 TGGTGTTTTGGGTCCCTGGAACAAGAAGAGCTCGAAAACTGAGTCAGATGGTGCTACTTG 4734
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4674 TGGTGTTTTAGGTCCCTGGAACAAGAAGAGCTCGGAAACTGAGTCAAATGGTGCTACTTG 4733
Query 4735 GGGTTCTAGTGACAAAACTAAATCAGGTGCTGCTGCATGGAGTTCTTGGGACAAAAAGAA 4794
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4734 GGGTTCTAGTGACAAAACCAAATCAGGTGCTGCTGCATGGAATTCTTGGGACAAAAAGAA 4793
Query 4795 CATGGAAACTGACTCGGAACCTGCTGCTTGGGGTTCTCAGAGCAAAAATAAACCTGAAAC 4854
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||
Sbjct 4794 CATAGAAACTGACTCAGAACCTGCTGCTTGGGGTTCTCAGGGAAAAAAGAATTCTGAAAC 4853
Query 4855 TGAGTCAGGTCCTTCTACTTGGGGTGCTTGGGATACAAAGAAATCGGAAACTGAATCAGG 4914
||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4854 TGAGTCAGGTCCTGCTGCTTGGGGTGCTTGGGACAAAAAGAAATCGGAAACTGAACCAGG 4913
Query 4915 TCCTGCTGGTTGGGGTATCGTGGACAAAAAGAATTCTGAAACTGAATCAGGTCCTGCTGC 4974
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 4914 TCCTGCTGGTTGGGGTATGGGGGACAAAAAGAATTCTGAAACTGAATTAGGCCCTGCTGC 4973
Query 4975 TATGGGTAATTGGGACAAAAAGAAATCGGATACTGAA-TCAGGTCCAGCTGCTTGGGGAT 5033
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4974 TATGGGTAATTGGGACAAAAAGAAATCGGATAC-GAAATCAGGTCCAGCTGCTTGGGGAT 5032
Query 5034 CTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTTTAGTGACAAAAACAATTCGGAAACTGAATCAGATG 5093
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5033 CTACAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCTAGTGACAAAAACAACTCGGAAACTGAATCAGATG 5092
Query 5094 CTGCTGCTTGGGGTTCTAGGGACAAAAAGACTTCTGAAACTGAATCAGGTGCTG-CTGCT 5152
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||
Sbjct 5093 CTGCTGCTTGGGGTTCTAGGAACAAAAAGACTTCTGAAATTGAATCAGGTGCTGGC-GCT 5151
Query 5153 TGGGGTTCTTGGGGACAGCCAACTCCCACTGCAGCAA-ACGAGGATGCCAATGAAGATGA 5211
|||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| |||||
Sbjct 5152 TGGGGTTCGTGGGGACAGCCAAGTCCCACTGCAG-AAGACAAGGATACCAATGAGGATGA 5210
Query 5212 T-GAAAACCCGTGGGTTTCCTTGAAGGAGACCAAAAGTAGAGATAAGGATGATAAAGAGA 5270
| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5211 TAGAAATCC-GTGGGTTTCCTTGAAGGAGACCAAAAGTAGAGAGAAGGATGATAAAGAGA 5269
Query 5271 GAATCCAGTGGGGAAATCCAGCCAAGAAATTTCCATCTAGTGGTGGCTGGTCCAATGGTG 5330
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5270 GAAGCCAGTGGGGAAATCCAGCCAAGAAATTTCCATCTAGTGGTGGCTGGTCCAATGGTG 5329
Query 5331 GTGGTGCAGACTGGAAAGGAAAGAGGAACCATACTCCTAGGCCACCTAGATCTGAGGATA 5390
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5330 GTGGTGCAGACTGGAAAGGAAATAGGAACCATACTCCTAGGCCACCTAGATCTGAGGATA 5389
Query 5391 ATTTGGCTCCCATGTTTACAGCAACGAGACAGCGCTTGGACTCATTCACCTCTGAGGAGC 5450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5390 ATTTGGCTCCCATGTTTACAGCAACGAGACAGCGCTTGGACTCATTCACCTCTGAGGAGC 5449
Query 5451 AAGAGCTGCTCTCAGATGTTGAGCCAGTCATGAGGACTCTCAGGAAAATAATGCATCCGT 5510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5450 AAGAGCTGCTCTCAGATGTTGAGCCAGTCATGAGGACTCTCAGGAAAATTATGCATCCGT 5509
Query 5511 CTGCGTACCCTGATGGAGACCCAATTTCTGATGATGACAAGACGTTTGTCCTGGAGAAGA 5570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5510 CTGCGTACCCTGATGGAGACCCAATTTCTGATGATGACAAGACGTTTGTCCTGGAGAAGA 5569
Query 5571 TTTTGAACTTCCATCCCCAAAAAGAGACAAAGCTCGGTTCTGGTGTTGATTTCATCACGG 5630
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 5570 TTTTGAACTTCCATCCCCAAAAAGAGACAAAGCTTGGTTCTGGCGTTGACTTCATCACGG 5629
Query 5631 TTGATAAGCACACCATCTTCTCAGACAGCAGGTGCTTCTTTGTTGTCTCAACTGATGGGG 5690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5630 TTGATAAGCACACCATCTTCTCAGACAGCAGGTGCTTCTTTGTTGTCTCAACTGATGGGG 5689
Query 5691 CCAAACAGGACTTTTCATACCGAAAATCCCTCAACAACTATTTGATGATGAAATACCCTG 5750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5690 CCAAACAGGACTTTTCATACCGAAAATCCCTCAACAACTATTTGATGAAGAAATACCCTG 5749
Query 5751 ACCGCGCTGAAGAATTCATTGACAAGTACTTTACGAAACCTCGGCCTAGCGGAAACAGAG 5810
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5750 ACCGTGCTGAAGAATTCATTGACAAGTACTTTACGAAACCTCGGCCTAGCGGAAACAGAG 5809
Query 5811 ACAGGAACAACCAAGATGCCACACCACCTGGGGAAGAACAGTCTCAGCCTCCGACTCAGT 5870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5810 ACAGGAACAACCAAGATGCCACACCACCTGGGGAAGAACAGTCTCAGCCTCCGAATCAGT 5869
Query 5871 CTATAGATAATGGTGGTGACGACTTT-A-A----GActcagactcagtctccatctcaga 5924
|||||| |||||| |||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5870 CTATAGGTAATGGAGGTGACGACTTTCAGACACAGACTCAGTCTCAGTCTCCATCTCAGA 5929
Query 5925 ctcaggctcaggctc-aggctcaggctcaggctcagtctccatctcagactcagactcag 5983
||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 5930 CTCGGGCTCAGTCTCCAT-CTCAGGCTCAGGCTCAGTCTCCATCTCAGACGCAGTCTCAG 5988
Query 5984 tctccgtctccgtctcagactcagactcagtctcagtctcagactcaggctcagactcag 6043
|||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 5989 TCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAG 6048
Query 6044 actcca-tctcagtctccgtcccag 6067
||| | |||||||||| ||| |||
Sbjct 6049 TCTC-AGTCTCAGTCTCAGTCTCAG 6072
Score = 477 bits (258), Expect = 5e-133
Identities = 332/365 (91%), Gaps = 15/365 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 5901 ctcagactcagtctcca-tctcagactcaggctcaggctcaggctcaggctcaggctcag 5959
||||| |||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 5990 CTCAGTCTCAGTCT-CAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAG 6048
Query 5960 tctcca-tctcagactcagactcagtctccgtctccgtctcagactcagactcagtctca 6018
||| || |||||| ||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 6049 TCT-CAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCCATCCCAGACTCAGACTCAGTCTCC 6107
Query 6019 gtctcagactcaggctcagactcagact-c--catctcagtctccgtcccagacGCAGAC 6075
||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6108 GTCTCAGACTCAGGCTCAGGCTCAGTCTCCATCATCTCAGTCTCCGTCCCAGACGCAGAC 6167
Query 6076 AT--ACTCTTGAGAACCAAAGAAGATTTGGTTGGTTTAGGTAAACCATTGAGTCTCCACT 6133
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 6168 ATAAACTCTTGAGAACCAAAGAAGATTTGGTTCGTTTAGGTAAACCATTCAGTCTCCACT 6227
Query 6134 GTTTTGTTTTGAGATGTACATAAAGAGTGGAGAGAATGGCGGGTTTTATTTATCATTAAA 6193
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 6228 GTTTTGTTTT--GATGTACATAAAGAGTGGAGAGAATGGC-GG--TT-TTTATCATTAAA 6281
Query 6194 AGGCTCTGATGTGAAGTGCAAAACAATGTGTAAATGCAGTTCTCTAGTTTCAGATCGTTT 6253
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6282 AGACTCTGATGTGAAGTGCAAAACAATGTGTAAATGCAGTTCTCTAGTTTCAGATCGTTT 6341
Query 6254 GTCCT 6258
|||||
Sbjct 6342 GTCCT 6346
Score = 202 bits (109), Expect = 4e-50
Identities = 155/177 (88%), Gaps = 4/177 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4513 TTGGGACAAAAAGAACGGGGGA-ACTG-AATCAGCTCCTGCTGCATGGGGTTCTACAGAT 4570
||||||||||||||| ||| || | |||||| ||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 4983 TTGGGACAAAAAGAA-ATCGGATAC-GAAATCAGGTCCAGCTGCTTGGGGATCTACAGAT 5040
Query 4571 GCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACGGAATCAGATGCTGCTGCT 4630
||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5041 GCTGCTGCTTGGGGTTCTAGTGACAAAAACAACTCGGAAACTGAATCAGATGCTGCTGCT 5100
Query 4631 TGGGGTTCTAGGGACAAAAAGAATTCTGAAGTTGGATCAGGTGCTGGTGTTTTGGGT 4687
|||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| | || ||||
Sbjct 5101 TGGGGTTCTAGGAACAAAAAGACTTCTGAAATTGAATCAGGTGCTGGCGCTTGGGGT 5157
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 312330714430
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5