BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483112
Length=1909
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G40550.1 | Symbols: ETG1 | E2F target gene 1 | chr2:16934834... 2948 0.0
> AT2G40550.1 | Symbols: ETG1 | E2F target gene 1 | chr2:16934834-16938201
FORWARD LENGTH=2031
Length=2031
Score = 2948 bits (1596), Expect = 0.0
Identities = 1768/1852 (95%), Gaps = 7/1852 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGAGATATGGGAGGACCAGCTTACGATTGTCTGACTAACCCTTTAGGAGCCGTCCGAT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 86 TTTGAGATATGGGAGGACCAGCTTACGATTGTCTGACCAACCCTTTAGGAGCCGTCCGAT 145
Query 61 TCTCCTTCGTTAATGCTCTGTCTTCTGGCTATGATCCGGCGTCGTCTATCGGAAAAGACT 120
|||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 146 TCTCCTTCGTAAATGCTCTGTCTTCAGGCTACGATCCGGCTTCGTCTGTCGGAAAAGACT 205
Query 121 GGGGCGTCGTCGATTTGTTCCGTCACTACTTCTCCGACGAATCTGCTATCTCCCAGGTTC 180
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 206 GGGGTGTCGTTGATTTGTTCCGTCACTACTTCTCCGACGAATCTGCTATCTCCCAGGTTC 265
Query 181 CAGTTCTTGATTCGTCAAGTATTAAGTGGGTGCAACCCAAGACTCTTGTTCGGTTTCGTG 240
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 CAATTCTTGATTCGTCAAGTATTAAGTGGGTGCAACCCAAGACTCTTGTTCGGTTTCGTG 325
Query 241 GAATGATACAGGACATGCTTGGAAATGAATTCTATGCTGGTGCTTACAAGGATGATACAA 300
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 326 GAATGATACAGGACATGCTTGGGAATGAATTCTATGCTGGTGCTTACAAGGATGATTCAA 385
Query 301 CATGGAGAACAAACAAGTACAGTGATGTATCACAGTTTCCTGAGGGTTCTTCTACTGAAA 360
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 386 CATGGAGAACAAACAAGTACAGTGATGTTTCACAGTTTCCTGAGGGTTCTTCCACTGAAA 445
Query 361 TGCAAGTTTGGGAGCGTCGCTTACTATACTGTGTTCCAGTTCCGGGACAAAACCAATGGA 420
| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 446 TTCAAGTTTGGGAGCGTCGCTTGCTTTACTGTGTTCCAGTTCCGGGAAAAAACCAGTGGA 505
Query 421 CTGAATGTTCTTCTCAAGAGCTGAAGAACCGGTTTTTGGATCTAACTGTCCAAAACAGGG 480
||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 506 CTGAATGTTCTTCACAAGAGCTAAAAAACCGGTTTTTGGATCTAACTGGCCAAAACAGGG 565
Query 481 AAAAGCGTGTGAGGGTGGATGAAGAAATGACTGATTCCATGGATTCCAATACTTTAGAAG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 566 AAAAGCGTGTGAGGGTGGATGAAGAAATGACTGATTCCATGGACTCCAGTACTTTAGAAG 625
Query 541 CTGGGCTTAATGGCTCTCCTTTCAAGAAAATGAAAGTGGGGGAAGCTACTTCATCAGCTT 600
|||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 CTGGGCGTAATGGTTCTCCTTTTAAGAAAATGAAAGTGGGGGAAGCTACTTCATCAGCTT 685
Query 601 CAGAATCTCAGGTTCCACAAAGTTCTGGTATTCCACCTGCTACAAGTACAGAGTCTCTAC 660
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |
Sbjct 686 CAGAATCTCAGGTTCCACAAACTTCTGGTATTCCGCCTGCTACAAGTGCAGATTCTCTGC 745
Query 661 CTTGTCTTGTGAAGATGTATGATTCTCCGGAGTCAGATTTGAAGCTAAATGATGTGGTTG 720
|||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 CTTGTCTTGTCAAGATCTATGATTCTCCAGAGTCAGATTTGAAGCTAAATGATGTGGTTG 805
Query 721 AATTCCTTGGAGTGTTGACCTTCGATCCAATTGTTATGATGGATACAGATTCACTTGATG 780
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 806 AATTTCTTGGAGTGTTGACCTTCGATCCAATTGTTATGATGGATACAGATACACTTGATG 865
Query 781 AAAACTCTGATGATCTTTCTGAAGCTGAATCTGTTCAGATGCCCTCTGGAAAGGTCCCAC 840
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 AAAACTCTGATGCTCTTTCTGAAGCTGAATCTGTTCAGATGCCCTCTGGAAAGGTCCCAC 925
Query 841 GCCTCCATTGTCTTATCCATAGGAAGCTTGAAACACAACATTTCCTGCATGGTTCTTCGT 900
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 GCCTCCATTGTCTTATCCATAGAAAGCTTGAAACACAGCATTTCCTGCATGGTTCTTCGT 985
Query 901 TATTACCAGAGCCAAAATCCCCCCAAATTTTCAAAGAGATAAGAGAGAGTTTGATGAAGT 960
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 TATTACCAGAGCCAAAATCCCCCCAAATATTCAAAGAGATAAGAGAGAGTTTGATGAAGT 1045
Query 961 ACCTTACCAGTCTACTTGGGAACGATCACATTGCCGCACAGTTCCTATTATTGCATCTCC 1020
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 ACCTTACCGGTCTACTTGGGAATGATCACATTGCCGCACAGTTCCTATTATTGCATCTCC 1105
Query 1021 TGTCGAAGGTGAATGGAAGAGTAGATAATGTTGCTGTTGGGAAGCTTTCGCTTAATCTCA 1080
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1106 TGTCAAAGGTGCATGGAAGAGTAGATAATGTTGCTGTTGGGAAGCTTTCTCTTAATCTCA 1165
Query 1081 TACACCTTAACAAAGAAAGCATGTCTATCTTTGGTACCCAGCTCAGTGATGCCCTCAAAA 1140
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1166 TACACCTTAATAAAGAAAGCATGTCTATCTTCGGTACCCAGCTCAGTGGTGCCCTCAAAA 1225
Query 1141 GCCTCCTACCATTCACACAATCTATACCACTTACTATTGAGTATCTGAACACTGCCTCCT 1200
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1226 GCCTCCTACCGTTCACACAATCTATACCACTTACTATTGAGTATCTGAACACTGCCTCGT 1285
Query 1201 TCGGTCCCAAGAAAGACTATCGAATAAACAGATTGATGCCTGGAG-TCTTACAAATTGCT 1259
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1286 TCGGTCCCAAGAAAGACTATGGAATCAACAGATTGATGCCTGGAGTTC-TACAAATTGCT 1344
Query 1260 GATGGTACGCACTTGATATTGGACGAAACAGAATTGCAACCAGGCACCTTGAACTCTGTT 1319
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 GATGGTACGCACTTGATATTGGATGAAACAGAGTTGCAACCAGGCACCTTGAACTCTGTT 1404
Query 1320 GGAGTTGAGAATGCAAATCTGCTCAAAAACCTCTTGGAATGTCAGAAGGTGGAGTATGAT 1379
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1405 GGAGTTGAGAATGCAAATCTGCTTAAAAACCTCTTGGAATGTCAGAAGGTTGAGTATGAT 1464
Query 1380 TTCCAATATTACAAAATGGAAATGGCCACTGATGTTCAAATGCTCATCTTCTCCGAGGGG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1465 TTCCAATATTACAAAATGGAAATGGCCACTGATGTTCAAATGCTCATATTCTCCGA-GGG 1523
Query 1440 AAA-TCGAACATAATGCCCGCCGATTTGGTTTTACCTTTTCAACCTTCCCAAGTGAATTC 1498
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1524 AAAGTCGAACATAATGCCCGCCGATTTGGTTCTACCTCTTCAACCTTCTCAAGTGAATTC 1583
Query 1499 ATTGGAAGTGATCACACCAGATACAGCAGAAGCTTGGAGGTGCTACTTAGCTACATGCAA 1558
||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1584 ATTGGAAGTCATCACACCAGAAACAGCTGAAACTTGGAGGTGCTACTTAGCTACTTGCAA 1643
Query 1559 ATCGTTATCACACTCCATTGGGCAAGAGTTGCAACAGGTGGTAGAGAATGATTTGGTTGC 1618
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1644 ATCATTATCACACTCCATTGGGCAAGAGTTGCAACAGGTGGTGGAGAATGATTTGGTTGC 1703
Query 1619 AGCTAGACAAACGGATCGTAGTTTAGGCAGCCAAGACTTGAGCAGATTGTTGACAATGGC 1678
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 AGCTAGACAAACAGATCGTAGTTTAGGCAGCCAAGACTTGAGCAGATTGTTGACAATGGC 1763
Query 1679 TCGTATGATGTCTGTGAGTTATGGTGAGACTACGCTTTCACTAGAGCACTGGCAAATGGT 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 TCGTATGATGTCTGTGAGTTATGGTGAGACTACGCTTTCACTAGAGCACTGGCAAATGGT 1823
Query 1739 GTTGGAACTAGAAAGACTTAGAAAGGAGAGGCTCAAGTAAAACCACCGAAACGAAGAAGG 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1824 GTTGGAACTAGAAAGACTTAGAAAGGAGAGGCTCAAGTAAAACCACCGTAACGAACAAGA 1883
Query 1799 -GAGACTAAAGGTTTCGAGATTATTTGGATCTTGTAATTTTCACTAAGTTAT 1849
| | || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 TGT-ATTAT-GGTTTCGAGACTATTTGGATATTGTAATTTTCACTAAGTTAT 1933
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94527626235
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5