BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483178
Length=1698
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G41080.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2754 0.0
> AT2G41080.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:17132853-17134593 FORWARD LENGTH=1741
Length=1741
Score = 2754 bits (1491), Expect = 0.0
Identities = 1632/1701 (96%), Gaps = 6/1701 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCATGTACTCCAAGCTTGGAGATTTGCCTTCCGCTGTTGCATTGTAT-GAGCGTAT 59
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| || |||||
Sbjct 5 ATGAGCATGTACTCCAAGCTTGGAGATTTTCCTTCCGCTGTTGCAGTATATGGA-CGTAT 63
Query 60 GCGTAAGAAGAATT-TCATGTCATCGAACATACTCATCAATGGGTATGTGCGTGCAGGCG 118
|||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 64 GCGTAAGAAGAATTAT-ATGTCATCTAACATACTCATCAATGGGTATGTTCGTGCAGGCG 122
Query 119 ATTTGGTAAGTGCCCGGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGATAGAAAGCTCACAACTTGGA 178
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 ATTTGGTAAATGCCCGGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGATAGAAAGCTCACAACTTGGA 182
Query 179 ATGCTATGATTGCCGGATTGATCCAGTTCGAGTATAACGAAGAGGGTTTGATTTTGTTTA 238
||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 183 ATGCTATGATTGCTGGTTTGATCCAGTTTGAGTTTAACGAAGAGGGTTTGAGTTTGTTTA 242
Query 239 GGGAAATGCACGGATTGGGATTTTCGCCTGACGAATACACGCTTGGTAGTGTTTTTAGCG 298
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 243 GGGAAATGCACGGATTGGGGTTTTCGCCTGATGAATATACTCTTGGTAGTGTTTTTAGCG 302
Query 299 GATCTGCTGGGTTGAGGTCAGTGTCTATAGGGCAGCAGATTCATGGCTACGCGATCAAAT 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 303 GATCTGCTGGGTTGAGGTCAGTGTCTATAGGGCAGCAGATTCATGGCTACACGATCAAAT 362
Query 359 ACGGGCTTGAGTTGGATTTAGTAGTTAACAGTTCGTTGGCTCATATGTATATGAGAAATG 418
| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 ATGGGCTTGAGTTGGATTTAGTTGTTAATAGTTCGTTGGCTCATATGTATATGAGAAATG 422
Query 419 GGAAATTGCAAGATGGCGAGATTGTCATTAGATCAATGCCTGTTCGTAATTTGGTTGCAT 478
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 423 GGAAATTGCAAGATGGCGAGATTGTTATAAGATCAATGCCGGTTCGTAATTTGGTTGCAT 482
Query 479 GGAATACACTCATCATGGGGAACGCGCAAAACGGATGTCCTGAAACCGTGATTTATCTGT 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 483 GGAATACACTCATCATGGGGAACGCGCAAAACGGATGTCCTGAAACCGTGCTTTATCTGT 542
Query 539 ATAAGATGATGAAAATCTCAGGTTGTAGGCCTAACAAGATCACTTTTGTAACTGTGCTCA 598
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 543 ATAAGATGATGAAAATCTCAGGTTGTAGGCCGAACAAGATCACATTTGTAACTGTGCTCA 602
Query 599 GTTCTTGTTCTGACTTAGCGATAAGAGGGCAAGGTCAGCAGATTCATGCCGAAGCTATTA 658
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 603 GTTCTTGTTCTGACTTAGCGATAAGAGGTCAAGGTCAGCAGATTCATGCGGAAGCTATTA 662
Query 659 AGATTGGGGCTAGCTCTGTAGTAGCTGTGGTTAGTTCATTAATCAGTATGTATTCAAAAT 718
| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 663 AAATTGGGGCTAGCTCTGTCGTAGCTGTAGTTAGTTCATTGATCAGTATGTATTCAAAAT 722
Query 719 GTGGGTGTCTTGGAGATGCAGCTAAAGCTTTCTCAGAACGTGAAGATGAAGATGAAGTGA 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 GTGGGTGTCTTGGAGATGCAGCTAAAGCTTTCTCGGAACGTGAAGATGAAGATGAAGTGA 782
Query 779 TGTGGAGCTCAATGATTTCTGCTTATGGGTTTCATGGACAAGGCGATGAGGCAATCAAGC 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 783 TGTGGAGCTCAATGATTTCTGCTTATGGGTTTCATGGACAAGGCGATGAGGCAATCGAGC 842
Query 839 TATTTAATTCTATGGCAGAGCAAACCGAA-ATGGAGGTAAACGAGGTTGCGTTTCTGAAT 897
| |||||| ||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 843 TGTTTAATACTATGGCAGAGCAGA-CGAACATGGAGATAAACGAGGTCGCGTTTCTGAAT 901
Query 898 TTGCTTTATGCGTGTAGCCATTCTGGCTTAAAAGACAAAGGACTTGAGTTGTTTGACATG 957
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 902 TTACTTTATGCGTGTAGTCATTCTGGCTTAAAAGACAAAGGGCTTGAGTTGTTTGACATG 961
Query 958 ATGGTGGAAAAATACGGGTTCAAGCCAGGTTTAAAGCACTACACTTGTGTGGTGGACTTG 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 962 ATGGTGGAAAAATACGGGTTCAAGCCAGGTTTAAAGCACTACACTTGTGTGGTGGATTTG 1021
Query 1018 CTCGGTCGAGCAGGCTGTTTGGATCAAGCCGAGGCAATAATAAGGTCTATGCCAATAAAA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CTCGGTCGAGCAGGCTGTTTGGATCAAGCCGAGGCAATAATAAGGTCTATGCCAATAAAA 1081
Query 1078 CCAGACCCTGTTATATGGAAAACATTATTATCTGCATGTAACATACACAAAAACGCAGAA 1137
||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 ACAGACATTGTTATATGGAAAACATTGTTATCTGCGTGTAACATACACAAAAACGCAGAA 1141
Query 1138 ATGGCACAGAAAGTCTTTAAAGAAATTCTTGAGATTGACCCTAATGACTCTGCTTGTTAC 1197
|||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 ATGGCACAGAGAGTCTTTAAAGAGATTCTTCAGATTGACCCTAATGACTCTGCTTGTTAC 1201
Query 1198 GTCCTGCTAGCAAATGTTCACGCCTCAGCTAAGAGATGGCGTGATGTATCAGAGGTGAGA 1257
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GTCCTGCTTGCAAATGTTCACGCCTCAGCTAAGAGATGGCGCGATGTATCAGAGGTGAGA 1261
Query 1258 AAATCGATGAGAGATAAGAATATGAAGAAAGAAGCGGGAATCAGCTGGTTTGAACACAAA 1317
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 AAATCGATGAGAGATAAGAATGTGAAGAAAGAAGCGGGAATCAGCTGGTTTGAACACAAA 1321
Query 1318 GGTGAAGTGCATCAGTTTAAGATGGGAGATCGCTCTCAGTCTAAATCTAAAGAGATCTAT 1377
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 GGTGAAGTTCATCAGTTTAAGATGGGAGATCGCTCTCAGTCTAAATCTAAAGAGATCTAT 1381
Query 1378 TCATACCTCAAAGAACTGACCCTGGAGATGAAGGTGAAGGGATACAAGCCTGATACAGCA 1437
|||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TCATACCTGAAAGAACTGACTCTGGAGATGAAGCTGAAGGGATACAAGCCTGATACAGCG 1441
Query 1438 TCAGTGTTGCATGATATGGATGAGGAGGAGAAAGAATCAGACTTGGTGCAGCACAGCGAG 1497
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 TCAGTATTGCATGATATGGATGAGGAGGAGAAAGAATCAGACTTGGTGCAGCACAGCGAG 1501
Query 1498 AAACTAGCGGTTGCATTTGCGCTCATGATATTACCTGAAGGTGCACCGATAAGAATAATC 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1502 AAACTAGCGGTTGCATTTGCGCTCATGATATTACCTGAAGGTGCACCGATTAGAATAATC 1561
Query 1558 AAGAATTTACGTGTTTGCAGTGATTGCCATGTTGCTTTCAAATATATATCGGTGATCAAG 1617
||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 AAGAACTTGCGGGTTTGCAGTGATTGCCATGTTGCTTTCAAATATATATCGGTGATCAAG 1621
Query 1618 AACCGAGAGATCACGTTAAGAGATGGTAGTAGATTCCATCATTTCATTAACGGAAAGTGT 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 AACCGAGAGATCACGTTAAGAGATGGTAGTAGATTCCATCATTTCATTAACGGAAAGTGT 1681
Query 1678 TCTTGCGGCGATTATTGGTAG 1698
|||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TCTTGCGGCGATTATTGGTAG 1702
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83935311240
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5