BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483249
Length=5886
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G41700.1 | Symbols: ABCA1, AtABCA1 | ATP-binding cassette A1... 7973 0.0
> AT2G41700.1 | Symbols: ABCA1, AtABCA1 | ATP-binding cassette
A1 | chr2:17383042-17396110 REVERSE LENGTH=5846
Length=5846
Score = 7973 bits (4317), Expect = 0.0
Identities = 4671/4839 (97%), Gaps = 36/4839 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1063 ATTGTA-TTTGCATTGTGCTCTGGGATTATTACAGCTTGTACGATGGGAAGTCTCTTTAA 1121
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 ATTGCAGTTTGCATTGTGCTCTGGGATTATTACAGCTTGTACGATGGGAAGTCTCTTTAA 1046
Query 1122 GTATAGTGATAAGACATTAGTCTTCACATACTTCTTTTTATTTGGGCTCAGCGCAATCAT 1181
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1047 GTATAGTGATAAGACCTTAGTCTTCACATACTTCTTTTTATTTGGGCTCAGCGCAATCAT 1106
Query 1182 GCTCTCATTTATGATATCAACATTTTTCACTCGAGCAAAGACAGCTGTGGCAGTTGGGAC 1241
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 GCTCTCATTTATGATATCAACATTTTTTACTCGAGCAAAGACAGCTGTGGCAGTTGGGAC 1166
Query 1242 CCTAACCTTTCTCGGAGCCTTCTTCCCTTACTACACTGTAAACGATGAATCTGTCTCCAT 1301
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1167 CCTTACCTTTCTCGGAGCCTTTTTCCCTTACTACACTGTAAACGATGAATCTGTCTCCAT 1226
Query 1302 GGTATTGAAGGTAGTTGCTTCTTTGCTTTCGCCTACTGCATTTGCTCTTGGGTCAATCAA 1361
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 GGTATTGAAGGTAGTGGCTTCTTTGCTTTCGCCTACTGCATTTGCTCTTGGGTCAATCAA 1286
Query 1362 CTTTGCTGATTATGAGCGTGCACATGTTGGACTTCGTTGGAGCAATATATGGCGGGCATC 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 CTTTGCTGATTATGAGCGTGCACATGTTGGACTTCGTTGGAGCAATATATGGCGGGCATC 1346
Query 1422 TTCTGGAGTAAGCTTTTTTGTCTGCCTCTTAATGATGTTGCTCGACTCTATTCTTTACTG 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 TTCTGGAGTAAGCTTTTTTGTCTGCCTCTTAATGATGTTGCTCGACTCTATTCTTTACTG 1406
Query 1482 TGCACCTGGACTTTATCTGGACAAGGTCCTCCCCAGAGAAAATGGTGTGCGGTACCCATG 1541
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CGCACTTGGACTTTATCTGGACAAGGTCCTCCCCAGGGAAAATGGTGTGCGGTACCCATG 1466
Query 1542 GAACTTCATCTTCAGCAAGTGCTTTGGGAGGAAGaaaaaaaaCTTCCAAAATCGCATTCC 1601
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1467 GAACTTCATCTTCAGCAAGTATTTTGGGAGGAAGAAAAACAACTTACAAAATCGCATTCC 1526
Query 1602 AGGTCTCGAAACTGATATGTTTCCGGAGGATGTAGAGCTTAATCAGGGAGAGCCTTTTGA 1661
|||| | ||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 AGGTTTTGAAACTGATATGTTTCCAGCGGATATAGAGGTTAATCAGGGAGAGCCTTTTGA 1586
Query 1662 TCCTGTTATTGAATCAATAAGCCTGGAAATGAGGCAACAAGAGCTTGATGGGAGGTGCAT 1721
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1587 TCCTGTTTTTGAATCAATAAGCCTGGAAATGAGGCAACAAGAGCTTGATGGAAGGTGCAT 1646
Query 1722 ACAAGTTAGAAATCTGCATAAGGTCTATGCCTCAAGAAGGGGAAATTGTTGTGCAGTTAA 1781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 ACAAGTTAGAAATCTGCATAAGGTCTATGCCTCAAGAAGGGGAAATTGTTGTGCAGTTAA 1706
Query 1782 TTCATTGCGACTTACATTATACGAGAACCAGATACTTTCACTTCTGGGACATAATGGAGC 1841
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1707 TTCATTGCAACTTACATTATACGAGAACCAGATACTTTCACTTCTGGGACATAATGGAGC 1766
Query 1842 TGGTAAAAGCACAACAATATCAATGCTTGTTGGCCTTCTTCCCCCAACGTCTGGAGATGC 1901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1767 TGGTAAAAGCACAACAATATCAATGCTTGTTGGCCTTCTTCCCCCAACGTCTGGAGATGC 1826
Query 1902 CCTGATACTTGGAAACAGTATTATAACAAACATGGATGAGATACGGAAAGAACTAGGTGT 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 CCTGATACTTGGAAACAGTATTATAACAAACATGGATGAGATACGGAAAGAACTAGGTGT 1886
Query 1962 TTGCCCTCAGCATGACATCCTCTTTCCAGAACTGACAGTTAGAGAACACTTGGAGATGTT 2021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1887 TTGCCCTCAGCATGACATCCTCTTTCCAGAACTGACAGTTAGAGAACACTTGGAGATGTT 1946
Query 2022 TGCGGTTCTTAAAGGTGTTGAAGGAGATTCCTTGAAGAGCACAGTTGTTGATATGGCGGA 2081
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 TGCGGTTCTTAAAGGTGTTGAAGAAGGTTCCTTGAAGAGCACAGTTGTTGATATGGCGGA 2006
Query 2082 GGAAGTGGGATTGTCCGATAAAATTAGTACACTTGTGCGGGCACTTTCCGGAGGCATGAA 2141
||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2007 GGAAGTGGGATTGTCTGATAAAATTAATACACTTGTACGGGCACTTTCTGGAGGGATGAA 2066
Query 2142 GAGGAAATTGTCACTTGGAATCGCATTGATAGGTAACAGTAAGATCATCATTCTCGATGA 2201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2067 GAGGAAATTGTCACTTGGAATCGCATTGATAGGTAACAGTAAGGTGATCATTCTCGATGA 2126
Query 2202 ACCAACCAGTGGAATGGATCCGTACTCAATGCGTCTTACATGGCAGTTAATTAAGAAAAT 2261
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 ACCAACCAGTGGAATGGATCCTTACTCAATGCGTCTTACATGGCAGTTAATTAAGAAAAT 2186
Query 2262 TAAAAAGGGTAGAATAATATTGTTGACAACACATTCCATGGATGAAGCTGAAGAACTTGG 2321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2187 TAAAAAGGGTAGAATAATATTGTTGACAACACATTCCATGGATGAAGCTGAAGAACTTGG 2246
Query 2322 AGATCGGATAGGAATCATGGCAAACGGGTCTCTTAAGTGTTGTGGCAGCAGTTCGATTTT 2381
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2247 AGATCGGATAGGAATCATGGCTAATGGGTCTCTTAAGTGTTGTGGCAG---TTCGATTTT 2303
Query 2382 CCTGAAGCATCACTATGGGGTTGGTTACACTCTTACGCTAGTAAAGACTTCTCCAGCTGT 2441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 2304 CCTGAAGCATCACTATGGGGTTGGTTACACTCTTACGCTAGTTAAGACTTCTCCAACTGT 2363
Query 2442 CTCTGTTGCCGCACGTATAGTTCATCGTCATATTCCTTCAGCAACCTGTGTGAGTGAGGT 2501
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2364 CTCTGTTGCCGCACATATAGTTCATCGTCACATTCCATCAGCAACCTGTGTGAGTGAGGT 2423
Query 2502 GGGAAACGAAATTTCTTTCAAGCTGCCTTTGGCTTCCTTGCCTTGTTTCGAAAACATGTT 2561
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2424 GGGAAACGAAATTTCTTTCAAGCTTCCGTTGGCTTCCTTGCCTTGTTTCGAAAATATGTT 2483
Query 2562 CAGAGAAATCGAAAGTTACATGAAGAATTCTGTTGACAGATCTAAGATTAGTGAGATTGA 2621
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 CAGAGAAATCGAAAGTTGCATGAAGAATTCTGTTGACAGATCTAAGATTAGTGAGATTGA 2543
Query 2622 GGACTCAGATTATCCTGGTATTCAGAGTTATGGTATATCTGTCACGACACTTGAAGAGGT 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2544 GGACTCAGATTATCCTGGTATTCAGAGTTATGGTATATCTGTCACGACACTTGAAGAGGT 2603
Query 2682 GTTTCTGAGAGTTGCTGGCTGTAACTTAGATATCGAAGATAAGCAGGAAGAAATATTTGT 2741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2604 GTTTCTGAGAGTTGCTGGCTGTAACTTAGATATCGAGGATAAGCAGGAAGATATATTTGT 2663
Query 2742 TTCTCCTGATACCAAGGCTTCTCTGGTATGCATTGGATCTAATCAGAAAAGTATTATGCA 2801
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2664 TTCTCCTGATACCAAGTCTTCTCTGGTATGCATTGGATCTAATCAGAAAAGTAGTATGCA 2723
Query 2802 ACCCAAGTTGCTAGAAAGTTGTAATGAGGGGGCTAGAGTTATAATTACCTCAGTTGCAAA 2861
|||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2724 ACCCAAGTTGCTAGCAAGTTGTAATGATGGCGCTGGAGTTATAATTACCTCAGTTGCAAA 2783
Query 2862 AGCTTGCAGATTAATTGTTGCTGCAGTTTGGACTCTCATTGGATTCATTAGCATGCAATG 2921
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2784 AGCTTTCAGATTAATTGTTGCTGCAGTTTGGACTCTCATTGGATTTATTAGCATTCAATG 2843
Query 2922 TTGTGGTTGTTCCATTATCTCGAGGACAATGTTTTGGCGGCATTGCAAAGCATTGTTCAT 2981
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2844 TTGTGGTTGTTCCATTATCTCAAGGTCAATGTTTTGGCGGCATTGCAAAGCATTGTTCAT 2903
Query 2982 AAAAAGAGCCAGATCTGCTTCCAGAGACCGCAAAACAGTGGCATTCCAATTCATCATTCC 3041
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2904 AAAAAGAGCGAGATCTGCTTGCAGAGACCGCAAAACAGTGGCATTCCAATTCATCATCCC 2963
Query 3042 TGCAGTTTTCTTGCTTTTTGGCCTTCTTTTTCTTCAGCTCAAGCCACATCCTGATCAGAA 3101
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2964 AGCAGTTTTCTTGCTTTTTGGCCTTCTTTTTCTTCAGCTCAAGCCACATCCTGATCAAAA 3023
Query 3102 ATCCATAACTTTGACAACTGCATATTTTAATCCTCTCCTGAGCGGCAACGGTGGTGGTGG 3161
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||
Sbjct 3024 ATCCATAACTTTGACAACTGCATATTTTAATCCTCTGCTGAGCGGAAAGGGTGGTGGTGG 3083
Query 3162 TCCGGTTCCTTTTGATCTGTCTGAGCCAATTGCCAAAGAGGTTTCTCAATATATCGAAGG 3221
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 3084 CCCGATTCCTTTTGATCTGTCTGTGCCAATTGCCAAAGAGGTTGCACAATATATCGAAGG 3143
Query 3222 AGGCTGGATTCAGCACTTGAGGAATACTTCATATAAATTTCCTAATCCAAAAGAGGCACT 3281
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3144 AGGCTGGATTCAGCCCTTGAGGAATACTTCATATAAATTTCCTAATCCAAAAGAGGCACT 3203
Query 3282 GGCTGATGCAATTGATGCAGCAGGTCCCACGTTGGGCCCCACTCTACTTTCAATGAGCGA 3341
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 3204 GGCTGATGCAATTGATGCAGCAGGTCCCACGTTGGGGCCTACTCTACTTTCAATGAGCGA 3263
Query 3342 ATTTCTGATGTCTAGTTTTGATCAGTCCTACCAGTCAAGGTATGGGGCAATTTTAATGGA 3401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3264 ATTTCTGATGTCTAGTTTTGATCAGTCCTACCAGTCAAGGTATGGGTCAATTTTAATGGA 3323
Query 3402 TGGCCAGCATCCAGATGGGAGTTTAGGATACACCGTATTACACAACGGTACTTGTCAGCA 3461
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3324 TGGCCAGCATCCAGATGGGAGTTTAGGATACACCGTGTTACACAACGGTACTTGTCAGCA 3383
Query 3462 TGCTGGTCCAATCTACATCAATGTTATGCATGCTGCGATTCTCCGACTTGCTACGGGTAA 3521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3384 TGCTGGTCCAATCTACATCAATGTTATGCATGCTGCGATTCTCCGACTTGCTACGGGTAA 3443
Query 3522 CAAGAATATGACAATTCAAACCCGAAACCATCCTTTGCCCCCTACAAAAACTCAGCGCCT 3581
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3444 CAAGAATATGACCATTCAAACCCGAAACCATCCTTTGCCCCCTACAAAAACTCAGCGCAT 3503
Query 3582 ACAGCGTCATGATTTGGATGCCTTTTCCGCTGCAATTATCGTTAATATTGCGTTCTCGTT 3641
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 3504 ACAGCGTCATGATTTGGATGCTTTTTCCGCTGCAATTATTGTTAACATTGCGTTCTCGTT 3563
Query 3642 CATCCCGGCCTCCTTTGCTGTTCCCATTGTTAAGGAGCGGGAGGTGAAAGCAAAGCATCA 3701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3564 CATCCCGGCCTCCTTTGCTGTTCCCATTGTTAAGGAGCGGGAGGTGAAAGCAAAGCATCA 3623
Query 3702 ACAGCTTATCAGTGGGGTTTCTGTTCTTTCATACTGGTTATCAACGTACGTATGGGATTT 3761
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3624 ACAGCTTATTAGTGGGGTTTCTGTTCTTTCATACTGGTTATCAACGTACGTATGGGATTT 3683
Query 3762 CATCAGTTTCTTATTTCCGTCAACATTTGCAATAATCCTCTTCTACGCTTTTGGTCTGGA 3821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3684 CATCAGTTTCTTATTTCCGTCAACATTTGCAATAATCCTTTTCTACGCTTTTGGTCTGGA 3743
Query 3822 ACAGTTTATCGGAATAGGACGGTTTCTTCCGACTGTTCTTATGCTCCTGGAGTATGGCTT 3881
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3744 ACAATTTATCGGAATAGGTCGGTTTCTTCCGACTGTCCTTATGCTCCTGGAGTATGGCTT 3803
Query 3882 GGCAATTGCATCATCAACGTACTGTCTTACATTTTTCTTCACCGAGCATAGCATGGCTCA 3941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3804 GGCAATTGCATCATCAACGTACTGTCTTACATTTTTCTTCACCGAGCATAGCATGGCTCA 3863
Query 3942 GGCAACTTCTAGCTACTCTAATGTTATTCTTATGGTGCACTTCTTCTCTGGTCTTATCCT 4001
| || | | | | | | | |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3864 G--AA-T----G-T--T--A-T-T----CTTATGGTCCACTTCTTCTCTGGTCTTATCCT 3905
Query 4002 TATGGTTATCTCATTTGTTATGGGCCTTATTCCAGCGACTGCTAGTGCAAATTCATATCT 4061
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3906 TATGGTTATCTCATTTGTCATGGGCCTTATTCCAGCGACTGCTAGTGCAAATTCATATCT 3965
Query 4062 AAAGAACTTCTTCAGATTATCACCAGGATTTTGCTTCTCTGATGGATTGGCTTCATTAGC 4121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3966 AAAGAACTTCTTCAGATTATCACCAGGATTTTGCTTCTCTGATGGATTGGCTTCATTAGC 4025
Query 4122 GCTTCTAAGGCAGGGGATGAAAGACAAATCTAGTCATGGGGTGTTTGAATGGAACGTCAC 4181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4026 GCTTCTAAGGCAGGGGATGAAAGACAAATCTAGTCATGGGGTGTTTGAATGGAACGTCAC 4085
Query 4182 TGGAGCGTCCATCTGTTACCTGGGTTTGGAGAGTATATTCTACTTCCTTGTGACGCTTGG 4241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4086 TGGAGCGTCCATCTGTTACCTGGGTTTGGAGAGTATATTCTACTTCCTTGTGACGCTTGG 4145
Query 4242 GCTTGAGCTCATGCCTTTCCAAAAGGTGATGTCGTTCTCAATTGGGGAGTGGTGGCAGAA 4301
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4146 GCTTGAGCTCATGCCTGTCCAAAAAGTGATGTCGTTCTCAATTGGGGAGTGGTGGCAGAA 4205
Query 4302 TTTCAAAGCTTTCAAACAAGGTGCTGGTTCTAGTTCTACAGAGCCACTTCTCAAGGATTC 4361
||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4206 TTTGAAGGCTTTCAAGCAAGGTGCTGGTTCTAGTTCTACAGAGCCACTTCTCAAGGATTC 4265
Query 4362 GCCTGGAGCCATTTCCGCTGATATGGAGGATGACATAGACGTGCAAGAGGAAAGAGACAG 4421
| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4266 GACTGGAGCCATTTCCACTGATATGGAAGATGACATAGACGTGCAAGAGGAAAGAGACAG 4325
Query 4422 GGTGATTTCGGGGTTGACAGACAACACCATGTTCTACTTACAGAACCTGAGGAAGGTCTA 4481
|||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4326 GGTGATTTCGGGGTTGTCAGACAACACGATGCTCTACTTACAGAACCTGAGGAAGGTCTA 4385
Query 4482 TCCTGGTGACAAACATCACGGCCCAAAAGTAGCTGTACAGTCTTTGACTTTCTCGGTCCA 4541
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4386 TCCTGGTGACAAACATCACGGCCCAAAAGTAGCTGTACAGTCTTTGACTTTCTCAGTCCA 4445
Query 4542 AGCAGGAGAATGTTTTGGCTTTTTAGGGACGAATGGAGCTGGGAAGACTACTACCTTGTC 4601
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4446 AGCAGGAGAATGTTTTGGCTTTCTAGGGACGAATGGAGCTGGGAAGACTACTACCTTGTC 4505
Query 4602 TATGTTATCTGGAGAAGAAACTCCAACTAGTGGAACTGCCTTCATCTTTGGGAAAGACAT 4661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4506 TATGTTATCTGGAGAAGAAACTCCAACTAGTGGAACTGCCTTCATCTTTGGCAAAGACAT 4565
Query 4662 TGTAGCGAGTCCCAAAGCTATTCGTCAGCATATTGGCTACTGCCCCCAGTTTGACGCTTT 4721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 4566 AGTAGCGAGTCCCAAAGCTATTCGTCAGCATATTGGCTACTGCCCCCAGTTCGATGCTTT 4625
Query 4722 ATTCGAGTACTTGACTGTGAAGGAGCACCTTGAACTTTATGCAAGGATCAAAGGAGTAGT 4781
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4626 ATTCGAGTATTTGACTGTGAAGGAGCACCTTGAACTTTATGCAAGGATCAAAGGAGTAGT 4685
Query 4782 TGATTATAGAATTGATAATGTGGTTACGGAAAAGTTAGTCGAGTTTGACTTGTTGAAACA 4841
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4686 TGATCATAGAATTGATAATGTGGTTACGGAAAAGTTAGTCGAGTTTGACTTGTTGAAACA 4745
Query 4842 TTCTCACAAGCCATCGTTCACTCTTAGCGGCGGAAACAAGCGCAAACTATCTGTTGCTAT 4901
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4746 TTCTCACAAGCCATCGTTCACTCTTAGTGGCGGAAACAAGCGCAAACTATCCGTTGCTAT 4805
Query 4902 TGCAATGATTGGAGATCCTCCTATTGTCATCCTCGATGAACCATCTACAGGTATGGATCC 4961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4806 TGCAATGATTGGAGATCCTCCTATTGTCATCCTCGATGAACCATCTACAGGTATGGATCC 4865
Query 4962 TGTTGCCAAAAGATTCATGTGGGATGTGATATCCCGCTTGTCGACAAGGAGTGGAAAGAC 5021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4866 TGTTGCCAAAAGATTCATGTGGGATGTGATATCCCGCTTGTCGACAAGGAGTGGAAAGAC 4925
Query 5022 AGCAGTCATTCTGACTACTCATAGCATGAATGAAGCTCAAGCACTTTGCACTAGGATCGG 5081
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4926 AGCGGTCATTCTGACTACTCATAGCATGAATGAAGCTCAAGCACTTTGCACTAGGATCGG 4985
Query 5082 GATCATGGTAGGAGGCCGCCTAAGATGCATAGGTAGTCCACAACACTTAAAGACACGCTA 5141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4986 GATCATGGTAGGAGGCCGCCTAAGATGCATAGGTAGTCCACAACACTTAAAGACACGCTA 5045
Query 5142 CGGAAACCACCTTGAGTTAGAGGTCAAACCCAATGAAGTCAGCAGTGAGGAATTGGAGAA 5201
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 5046 CGGAAACCACCTAGAGTTAGAGGTCAAACCCAATGAAGTCAGCAATGTGGAATTGGAGAA 5105
Query 5202 CTTTTGCCAAATAATTCAGCAGTGGCTGTTTAACGTTCCTACGCAGCCTAGAAGTTTGCT 5261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5106 CTTTTGCCAAATAATTCAGCAGTGGCTGTTTAACGTTCCTACGCAGCCTAGAAGTTTACT 5165
Query 5262 GGGTGATCTCGAAGTTTGTATAGGTGTCTCTGACTCGATTACTCCTGATACAGCTTCAGC 5321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5166 GGGTGATCTCGAAGTTTGTATAGGTGTCTCTGACTCGATTACTCCTGATACGGCTTCAGC 5225
Query 5322 ATCAGAAATCAGTTTGTCACCAGAAATGGTACAAAGTATTGCCAAGTTTCTTGGTAATGA 5381
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5226 ATCAGAAATCAGTTTGTCACCAGAAATGGTACAGAGGATTGCCAAGTTTCTTGGTAATGA 5285
Query 5382 GCAGAGAGTGAGTACTCTAGTACCTCCATTGCCTGAGGAAGATGTGCGATTCGATGACCA 5441
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5286 GCAGAGAGTGAGTACTCTGGTACCTCCATTGCCTGAGGAAGATGTGCGATTCGATGACCA 5345
Query 5442 GTTATCAGAGCAGCTGTTTCGAGATGGTGGTATTCCACTTCCAATATTTGCCGAGTGGTG 5501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5346 GTTATCAGAGCAGCTGTTTCGAGATGGTGGTATTCCACTTCCAATATTTGCCGAGTGGTG 5405
Query 5502 GCTGACCAAAGAAAAGTTTTCAGCATTGGAGTCTTTCATACAATCTTCGTTTCCCGGTGC 5561
||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5406 GCTAACCAAAGAAAAGTTCTCAGCATTGGATTCTTTCATACAATCTTCGTTTCCCGGTGC 5465
Query 5562 AACATTCAAAAGCTGCAATGGACTGAGTATCAAGTACCAGTTGCCGTTTGGAGAAGGAGG 5621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5466 AACATTCAAAAGCTGCAATGGACTGAGTATCAAGTACCAGTTGCCATTTGGAGAAGGAGG 5525
Query 5622 ATTGTCACTTGCGGATGCCTTTGGACACCTTGAAAGAAACCGGAATCGGCTGGGAATAGC 5681
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5526 ATTGTCACTTGCGGATGCCTTTGGACATCTTGAAAGAAACCGGAATCGGCTGGGAATAGC 5585
Query 5682 TGAATACAGCATAAGTCAATCCACACTTGAGACCATATTCAATCATTTTGCAGCTAACTC 5741
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5586 TGAATACAGTATAAGTCAATCCACACTTGAGACCATATTCAATCATTTTGCAGCTAACTC 5645
Query 5742 ATAGCCAGTG------T-ATCGCTGCTTGTATAACAAAAAACCTTTGTGACCATAGCCCA 5794
|||||||||| | || || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5646 ATAGCCAGTGAAACCATTATTGCGGCTTGTACAACAAAAACCCTTTGTGACCATAGCCCA 5705
Query 5795 AAGAGAGATCTGATCACTCAT-A-A-TCTCAT-T---TACCCAACATAGTTGTAAATATG 5847
|||||||||||||||||| || | | |||||| | ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5706 AAGAGAGATCTGATCACTTATTATAATCTCATCTGCGTACTCAACATAGTTGTAAATATG 5765
Query 5848 ACATATATATGAGAAAGCTGTGCTCTTAATCTCTATATA 5886
||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 5766 ACATATACATGAGAAACCTGTGGTCTTAATGTCTATATA 5804
Score = 1668 bits (903), Expect = 0.0
Identities = 964/994 (97%), Gaps = 2/994 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTTCATCGATGAGGCAATTGAAGGCCATGCTCCGCAAGAATTGGCTCCTCAAAACT 60
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTTCATCGAAGAGGCAATTCAAGGCCATGCTCCGCAAGAATTGGCTCCTCAAAACT 60
Query 61 CGTCATCCCTTCGTTACTTCAGCTGAGATTTTACTTCCGACTCTTGTAATGTTGCTGTTG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTCATCCCTTCGTTACTTCAGCTGAGATTTTGCTTCCGACTATTGTAATGTTGCTGTTG 120
Query 121 ATAGCCGTCAGGACTCGGGTTGACACCACAATTCACCCGGCTCGCTCGAACATAGAGAAA 180
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 121 ATAGCCGTCAGGACACGGGTTGACACCACAATTCACCCGGCTCACTCGAACATAGACAAA 180
Query 181 GATACGA-TCGTCGAAGTGGGAAAAGGCAACTCTCCTAGTTTTCCACAAGTTTTGAAGCT 239
||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 181 GATAC-AGTCGTCGAAGTGGGCAAAGGCAACTCTCCTAGTTTTCCAGAAGTTTTGAAGCT 239
Query 240 TTTGCTTGCTGAGGGGGAATTTTTAGCTTTTGCACCTGACACTGATGAAACAAATAACAT 299
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 TTTGCTTGCTGAGGGGGATTTTTTAGCTTTTGCACCTGACACTGATGAAACTAATAACAT 299
Query 300 GATCGACATTTTGTCTCTTAAGTTTCCGGAACTGCGGCTAGTTACTAAAATTTTTAAAGA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GATCGACATTTTGTCTCTTAAGTTTCCGGAACTGCGGCTAGTTACTAAAATTTTTAAAGA 359
Query 360 TGACATTGAGCTGGAAACTTATATAACCTCTGCTCATTATGGTGTCTGCACCGAAGTGAG 419
|||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 360 TGACATAGAGCTGGAAACTTATATAACATCTGCGCATTATGGTGTCTGTAGCGAAGTGAG 419
Query 420 GAATTGTTCGAATCCAAAAATAAAAGGAGCAGTGGTATTCCATGAACAAGGACCTCATTT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GAATTGTTCGAATCCAAAAATAAAAGGAGCAGTGGTATTCCATGAACAAGGACCTCATTT 479
Query 480 GTTTGATTATAGCATCCGCTTGAACCACACATGGGCATTCGCAGGATTCCCTAATGTCAA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 GTTTGATTATAGCATCCGCTTGAACCACACATGGGCATTCGCAGGATTCCCAAATGTCAA 539
Query 540 GTCGATCATGGACACAAATGGACCTTATATCAATGATCTGGAAATGGGGATTAATACCAT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GTCGATCATGGACACAAATGGACCTTATATCAATGATCTCGAAATGGGGATTAATACCAT 599
Query 600 ACCAACAATGCAATACAGCTTCAGCGGATTCTTGACTCTTCAGCAGGTGGTAGACTCTTT 659
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ACCAACAATGCAATACAGCTTTAGCGGATTCTTGACTCTCCAGCAGGTGGTAGACTCTTT 659
Query 660 CATTATATTTGCTTCTCAGCAAAATATCGACTTGCCATTATCACATTCAAATCTTGGTTC 719
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 660 CATTATATTTGCTTCTCAGCAAAATAACGACTTGCCATTATCACATTCAAATCTTAGTTC 719
Query 720 AGCTCTAAGCTTTGAGCTGCCATGGACTCTGTTTAGCCCCTCAGTGATAAGAATGGTTCC 779
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGCTCTACGCTTTGAGCTGCCATGGACACTGTTTAGCCCCTCAGTGATAAGAATGGTTCC 779
Query 780 ATTTCCAACCCGCGAATACACTGATGATGAGTTTCAATCTATTGTCAAAAGCGTAATGGG 839
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ATTTCCAACCCGTGAATACACTGATGATGAGTTTCAATCTATTGTCAAAAGCGTAATGGG 839
Query 840 ATTGTTGTACCTTCTGGGATTTCTGTTTCCAATCTCCCGGCTTATCAGCTACTCTGTTTT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 ATTGTTGTACCTTCTGGGATTTCTGTTTCCAATCTCCCGGCTTATCAGCTACTCTGTCTT 899
Query 900 TGAGAAGGAACAGAAAATAAGAGAGGGACTTTACATGATGGGCTTGAAGGATGAGATCTT 959
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGAGAAGGAACAGAAAATAAGAGAAGGACTATACATGATGGGCTTGAAGGATGAGATCTT 959
Query 960 TCATTTGTCGTGGTTTATCACATATGCATTGCAG 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCATTTGTCGTGGTTTATCACATATGCATTGCAG 993
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 293681111578
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5