BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483263
Length=3249
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G41820.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 4996 0.0
> AT2G41820.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr2:17446744-17450071 FORWARD LENGTH=3256
Length=3256
Score = 4996 bits (2705), Expect = 0.0
Identities = 3058/3225 (95%), Gaps = 37/3225 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTGTGTGTGAAGTGAGAGGATCTTTGTTTGGTTCTGCAATCATAATTTCGTGATATACT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TCTGTGTGTGAAGTGAGAGGATCTTTGTTTGGTTCTGCAATCATAATTTCGTGATATACT 61
Query 61 aaaaaaaaTGCATTTTCTTCTGCTCTCTTATACGCATAGA-CC--CTACTCTATGATCAG 117
|||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||| ||| || ||||||| ||||| |
Sbjct 62 AAAAAAAATGCAATTTCCTCTTCTCTCTTATAAGCAGAGACCCTACTACTCTTTGATC-G 120
Query 118 -Attttccttgctctcttctctttgttctctcatggctttttctccctaaa-tt-tgctc 174
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |
Sbjct 121 AATTTTCCTTGCTCTCTTCTCTTTGTTCTCTCATGTTTTTTTCTCCCTAAATTTATGGGC 180
Query 175 tctcctttctctctctAAAG-CACACTCACACTCAAAAGCACTTGTCTTTCTTTTTCTAA 233
| | | ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||
Sbjct 181 TTTGC--TCTCTCTCT-AAGCCACACTCACACTCTAAAGCACTCGTCTTTCTTCTTC--- 234
Query 234 AGATGGGTTTTGTTCAGAAACAGTTGTTTTGACTTCAAAAACCAGAGCTTTAATCCTGGA 293
| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 ---T---TTTTCTTCAGAAACAGTTATTTTGACTTGAAAAACCAGAGCTTTAATCCTGGA 288
Query 294 TTCATGGCGAAAAGAGCAACACTTTTCTTCTCCTCTCTCACTTTCTTGTTTCAATTCGCT 353
|||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 289 TTCATGGCAAAAAGAGCATTACTTTTCTTTTCCTCTCTCACTTTCTTGTTTCATTTGGCT 348
Query 354 TAAAAAATCAATGGTAATTTTGTGTTTTGGGGG-AAGAAGAAGAAGAGCAAGAGTGTGTG 412
|||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 349 TAAAAATTCAATGATAATTTTGT-ATTTGGGGGAAAGAAGAAGAAGAACAAGAGTGTGTG 407
Query 413 ATTGATTGATTTCCTAAAAATGGCATTTTGGTGCATGTCAATTCTTCTGATTGTTGTTGG 472
||||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 408 ATTGATTCAATTCTTAAAAATGACATTTTGGTGTATGTCAATTCTTCTGA---TTGTTGG 464
Query 473 GTTTTTATCAAAATCTGAGTTTTGTGAAGCTCAGCTAAGCGATGAAGCCACATTGGTTGC 532
||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 GTTCTTATCAAAATCTGAGCTTTGTGAAGCTCAACTAAGCGATGAAGCCACATTGGTTGC 524
Query 533 CATTAATAGAGAGCTTGGAGTTCCAGGATGGAGTAGCAATGGCACTGACTATTGTACTTG 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 GATTAATAGAGAGCTTGGAGTTCCAGGATGGAGTAGTAATGGCACTGACTATTGTACTTG 584
Query 593 GGTTGGGCTCAAGTGTGGTCTCAACAACTCTTTTGTTGAAATGCTTGATCTCTCAGGGCT 652
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 GGTTGGGCTTAAGTGTGGTGTCAACAACTCTTTTGTTGAAATGCTTGATCTCTCAGGGCT 644
Query 653 TCAGCTTAGAGGTAATGTCACTCTAATTTCTGACCTCAGAAGCTTAAAGCATCTAGATCT 712
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 TCAGCTTAGAGGTAATGTTACTCTAATCTCTGACCTCAGAAGCTTAAAGCATCTAGATCT 704
Query 713 TTCTGGTAACAACTTCAATGGACCAATTCCTGCTTCTTTTGGCAACTTATCTGAGCTTGA 772
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 705 TTCTGGTAACAACTTCAATGGACGAATTCCTACTTCTTTTGGCAACTTGTCTGAGCTTGA 764
Query 773 GTTTCTAGATTTGTCTCTAAATCGTTTTGTTGGAGCAATTCCAGTTGAGTTTGGTAAGCT 832
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 765 GTTTCTTGATTTGTCTCTGAATCGTTTTGTTGGAGCGATTCCGGTTGAGTTTGGTAAGCT 824
Query 833 TAGAGGGCTTAGAGCGTTCAACATTTCCAATAACTTGCTTGTGGGAGAGATACCTGATGA 892
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 825 TAGAGGGCTTAGAGCATTCAACATTTCTAATAACTTGCTTGTTGGAGAGATACCTGATGA 884
Query 893 GCTTAAGGTTCTAGAGAGGTTAGAGGAGTTTCAGGTCTCTGGAAATGGCTTAAATGGTTC 952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 885 GCTTAAGGTTCTAGAGAGGTTAGAGGAGTTTCAGGTCTCTGGAAATGGGTTAAATGGTTC 944
Query 953 TATACCTCACTGGCTAGGGAATCTGAGCAGTCTTAGGGTGTTTACGGCTTATGAGAATGA 1012
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 945 TATACCTCACTGGGTAGGGAATCTGAGCAGTCTCAGGGTGTTTACAGCTTATGAGAATGA 1004
Query 1013 TTTGGTTGGTGAGATACCGAATGGGTTAGGTTCGGTCTCTGAGTTGGAATTGTTGAATCT 1072
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 TTTGGTGGGTGAGATACCGAATGGGTTAGGTTTGGTTTCTGAGTTGGAATTGTTGAATCT 1064
Query 1073 TCACTCAAACCAGCTTGAGGGGAAGATTCCAAAGGGGGTTTTTGAGAAAGGGAAGCTTAA 1132
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 TCACTCAAACCAACTTGAGGGGAAGATTCCAAAAGGGATTTTTGAGAAAGGGAAGCTTAA 1124
Query 1133 AGTTTTGGTCTTGACACAGAATAGACTGACTGGTGAACTCCCTGAAGCAGTAGGAATCTG 1192
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 AGTTTTGGTCTTGACACAGAATAGATTGACCGGTGAACTCCCTGAAGCAGTAGGAATCTG 1184
Query 1193 CAGCGGCCTCTCGAGCATTAGAATTGGGAATAACGAGCTTGTGGGAGTCATTCCGAAGAC 1252
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1185 CAGCGGCCTCTCGAGCATTAGAATTGGGAATAACGAGCTTGTGGGAGTCATTCCGAGGAC 1244
Query 1253 AATCGGAAACATTAGTGGACTTACTTACTTTGAAGCAGACAATAACAATCTTTCAGGTGA 1312
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1245 AATCGGGAACATTAGTGGACTTACTTACTTTGAAGCAGACAAGAACAATCTTTCAGGTGA 1304
Query 1313 GATTGTTGCAGAGTTTTCAAAGTGTTCTAACCTCACTCTGCTGAATCTAGCAGCAAATGG 1372
||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1305 GATTGTTGCAGAGTTCTCCAAGTGTTCTAATCTCACTCTGCTGAATCTGGCAGCTAATGG 1364
Query 1373 GTTCGCTGGAACCATTCCAACAGAGCTTGGTCAGCTCATTAATCTTCAAGAACTTATTCT 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1365 GTTCGCTGGAACCATTCCAACAGAGCTTGGTCAGCTCATTAATCTTCAAGAACTGATTCT 1424
Query 1433 CTCAGGTAATAGTCTCTTTGGGGAAATCCCGAAGTCGTTTCTTGGAAGTGGAAACCTTAA 1492
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1425 CTCAGGTAATAGTCTCTTTGGGGAGATCCCTAAGTCGTTTCTTGGAAGTGGAAACCTAAA 1484
Query 1493 CAAGCTTGATTTGAGTAACAACAGACTCAACGGAACCATCCCAAAGGAACTCTGCAGCAT 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 CAAGCTTGATTTGAGTAACAACAGACTCAACGGAACCATCCCAAAGGAACTCTGCAGCAT 1544
Query 1553 GCCGAGGCTTCAGTATTTGCTTCTTGATCAGAATTCCATAAGAGGAGACATACCTCATGA 1612
||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 GCCAAGGCTACAGTATTTACTTCTTGATCAAAATTCCATAAGAGGAGACATACCTCATGA 1604
Query 1613 GATTGGAAACTGTGTGAAGCTGCTTCAGCTACAATTGGGTCGAAATTACTTGACGGGAAC 1672
||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 GATTGGAAACTGTGTGAAGCTACTTCAGCTCCAACTGGGTCGAAATTACTTGACGGGAAC 1664
Query 1673 CATTCCTCCCGAGATTGGTCGCATGAGGAATTTGCAGATAGCACTCAACTTAAGTTTCAA 1732
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 CATTCCTCCTGAGATTGGTCGCATGAGGAATTTGCAGATAGCACTCAACTTAAGTTTCAA 1724
Query 1733 CCATCTTCATGGATCATTGCCTCCCGAGTTAGGAAAACTCGACAAGCTCGTGTCATTGGA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 CCATCTTCATGGATCATTGCCTCCCGAGTTAGGAAAACTCGACAAGCTCGTGTCATTGGA 1784
Query 1793 TGTCTCTAACAATTTGCTGACAGGATCCATACCGCAACTACTGAAAGGTATGATGAGTTT 1852
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1785 TGTCTCTAACAATTTGCTCACAGGATCCATACCGCCACTACTAAAAGGTATGATGAGTTT 1844
Query 1853 GATCGAGGTTAATTTCTCAAACAACCTCTTGAATGGTCCTGTGCCAGTTTTTGTTCCCTT 1912
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1845 GATCGAGGTTAATTTCTCAAACAACCTTTTGAATGGTCCAGTGCCAGTCTTTGTTCCCTT 1904
Query 1913 TCAAAAGTCTCCAAATTCGAGCTTTTCGGGAAACAAAGAGCTATGTGGAGCACCATTGAG 1972
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1905 TCAAAAGTCTCCAAATTCGAGCTTTTTGGGAAACAAAGAGCTTTGTGGAGCACCATTGAG 1964
Query 1973 CTCTTCTTGTGGAAATTCTGAAGATCATGAACATTTGAGATACAATCACAGAGTCTCCTA 2032
||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1965 CTCTTCTTGTGGATATTCTGAAGATCTTGACCATTTGAGATATAATCACAGAGTCTCCTA 2024
Query 2033 CAGGATTGTGCTTGCAGTGATTGGTTCTGGTGTGGCTGTCTTTGTATCAGTCACTGTGGT 2092
||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 CAGAATTGTGCTCGCAGTGATTGGTTCTGGTGTAGCTGTCTTTGTATCAGTCACTGTGGT 2084
Query 2093 TGTTCTTCTCTTCATGATGAGGGAGAAACAAGAGAAAGCAGCGGCTAAAAACGTTGATGT 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2085 TGTTCTTCTCTTCATGATGAGGGAGAAACAAGAGAAAGCAGCGGCTAAAAATGTTGATGT 2144
Query 2153 TGAAGAAAATGTTGAGGATGAGCAACCGGCAATTATAGCGGGAAATGTCTTCCTTGAAAA 2212
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 TGAAGAAAATGTTGAGGATGAGCAACCAGCAATTATCGCGGGAAATGTCTTCCTTGAAAA 2204
Query 2213 TCTTAAACAAGGAATTGATCTTGATGCAGTTGTGAAAGCAACTATGAAGGAATCGAATAA 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2205 TCTTAAACAAGGAATTGATCTTGATGCAGTTGTGAAAGCAACTATGAAGGAGTCAAATAA 2264
Query 2273 ACTCAGCACGGGAACTTTCAGTTCAGTTTATAAAGCCGTTATGCCTTCGGGGATGATTGT 2332
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 ACTCAGTACGGGAACTTTCAGTTCAGTTTATAAAGCCGTTATGCCTTCGGGGATGATTGT 2324
Query 2333 TTCGGTGAAGAAACTCAAGTCTATGGATAGAGCCATAACTCATCATCAGAACAAGATGAT 2392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 TTCGGTGAAGAAACTCAAGTCTATGGATAGAGCCATATCTCATCATCAGAACAAGATGAT 2384
Query 2393 CAGAGAACTCGAAAGACTCAGTAAACTTTGCCATGACCATTTGGTTAGACCGATCGGGTT 2452
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2385 CAGAGAACTCGAAAGACTCAGCAAACTTTGCCATGACCATTTGGTTAGACCGATAGGGTT 2444
Query 2453 TGTTATATATGAAGATGTTGCTCTCTTGTTGCATCAGCATTTACCTAATGGTAACTTAAC 2512
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2445 TGTTATATACGAAGACGTTGCTCTCTTGTTGCATCAGCATTTACCTAATGGTAACTTAAC 2504
Query 2513 TCAGCTGATTCATGAGTCCACCAAGAAACCAGAGTACCAACCTGACTGGCCAATGAGACT 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 TCAGCTGATTCATGAGTCCACCAAGAAACCAGAGTACCAACCTGACTGGCCAATGAGACT 2564
Query 2573 GTCCATAGCTGTTGGAGTAGCAGAAGGTTTAGCATTTCTCCACCAAGTCGCCATCATTCA 2632
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2565 GTCCATAGCTGTTGGAGCAGCAGAAGGTTTAGCATTTCTCCACCAAGTCGCCATCATTCA 2624
Query 2633 CCTCGATGTTTCCTCTAGCAATGTCTTGCTAGATTCTGGTTACAAAGCCGTGCTTGGGGA 2692
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 CCTCGACGTTTCCTCTAGCAACGTCTTGCTAGACTCTGGTTACAAAGCCGTGCTTGGGGA 2684
Query 2693 AATCGAAATATCAAAACTTCTAGATCCCTCTAGAGGCACCGCAAGTATTAGCTCAGTTGC 2752
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2685 AATCGAAATATCGAAACTTCTAGATCCCTCTAGAGGCACCGCGAGTATTAGCTCAGTTGC 2744
Query 2753 AGGCTCCTTTGGCTACATTCCACCAGAGTATGCATACACAATGCAAGTTACTGCACCGGG 2812
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2745 AGGCTCTTTTGGCTACATTCCACCAGAGTATGCATACACAATGCAAGTTACAGCTCCGGG 2804
Query 2813 GAATGTTTACAGCTACGGAGTTGTGTTGCTTGAGATTCTAACCTCAAGAGCGCCGGTGGA 2872
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 GAATGTTTACAGTTATGGAGTTGTGTTGCTTGAGATTCTAACCTCAAGAGCGCCGGTGGA 2864
Query 2873 GGAAGAGTTTGGTGAAGGAGTAGATTTGGTGAAATGGGTCCATGGAGCTTCAGCGAGAGG 2932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 GGAAGAGTTTGGTGAAGGAGTAGATTTGGTGAAATGGGTCCATGGAGCTTCAGCGAGAGG 2924
Query 2933 CGAAACACCGGAACAGATACTTGATGCCAAGCTTAGCACCGTGTCCTTTGCTTGGAGGAG 2992
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2925 AGAAACACCGGAACAGATACTCGATGCCAAGCTTAGCACCGTGTCTTTTGCTTGGAGGAG 2984
Query 2993 AGAGATGCTTGCAGCTCTGAAAGTTGCATTGCTTTGCACAGACATCACACCTGCAAAAAG 3052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985 AGAGATGCTTGCAGCTCTGAAAGTTGCATTGCTTTGCACAGACATCACACCTGCAAAAAG 3044
Query 3053 GCCAAAGATGAAGAAAGTAGTTGAAATGCTTCAAGAGGTTAAGCAAATCAAATGAGCAAA 3112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3045 GCCAAAGATGAAGAAAGTAGTTGAAATGCTTCAAGAGGTTAAGCAAATCAAATGAGCAAA 3104
Query 3113 TGAATGATGATATATAGTTTCCTTTTGTGACATTCATATACaaaa-aaa-CGCATTCCTA 3170
||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 3105 TGAAT-AT-ATA----GTTTCCTCTTGTGACATTCATATACAAAAGAAAACGCATTCCTA 3158
Query 3171 TATATGCGAGGTG-TA-T-TAT-TATTATATAGGTTTTCATGATA 3211
|||||||||| | | | | | ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3159 TATATGCGAGCTTCTCCTCTGTGTATTATATAGGTTTTTATGATA 3203
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161637890346
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5