BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483418
Length=3234
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G43160.3 | Symbols: | ENTH/VHS family protein | chr2:179480... 2940 0.0
AT2G43180.1 | Symbols: | Phosphoenolpyruvate carboxylase famil... 228 3e-58
> AT2G43160.3 | Symbols: | ENTH/VHS family protein | chr2:17948067-17953669
FORWARD LENGTH=3351
Length=3351
Score = 2940 bits (1592), Expect = 0.0
Identities = 1726/1787 (97%), Gaps = 23/1787 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 81 CTTGACAGATCCACGATCCGATTCTGGTCAAATTTTACATTTTGTGCAGACTCCATAGAA 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 157 CTTGACAGATCCACGATCCGATTCTGGTCAAATTTTACA-TTTCTGCAGACTCCATAGAA 215
Query 141 GGTG---TTTGTTTTAGATACTCTTGTTCCTGGAACACATACGAAGATGAAGAAAGTCTT 197
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 216 GGTGACATTTGTTTAAGATACTCTTGTTCCTGGAACACATACGAAGATGAAGAAAGTCTT 275
Query 198 CGGCCAAACTGTCAGAGACCTTAAGAGAGAGGTCAACAAGAAAGTGCTCAAAGTTCCTGG 257
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 CGGACAAACTGTTAGAGACCTTAAGAGAGAGGTCAACAAGAAAGTGCTCAAAGTTCCTGG 335
Query 258 AGTTGAACAGAAGGTTCTAGATGCTACTAGCAATGAGCCATGGGGTCCACATGGATCACT 317
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 336 AGTAGAACAGAAGGTTCTAGATGCTACTAGTAATGAGCCATGGGGTCCACATGGATCACT 395
Query 318 TCTTGCCGATCTTGCGCAAGCTTCAAGAAATTATCATGAATACCAGCTGATCATGGTGGT 377
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 396 TCTTGCTGATCTTGCGCAAGCTTCCAGAAATTATCATGAATATCAGCTGATCATGGTGGT 455
Query 378 CATATGGAAACGCCTTAGCGACACCGGGAAAAACTGGCGGCATGTCTATAAGGCTTTGAC 437
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 456 CATATGGAAACGCCTTAGCGACACCGGAAAAAACTGGCGGCATGTCTATAAGGCTTTGAC 515
Query 438 AGTTTTGGAGTACATGGTAGGTCATGGATCAGAACGTGTTATAGACGAGATTAGAGAACG 497
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 AGTTTTGGAGTACATGGTAGGCCATGGATCAGAACGTGTTATAGACGAGATTAGAGAACG 575
Query 498 TGCATATCAAATTTCGACATTGTCCGATTTTCAGTATATTGATTCCGGTGGTAGAGATCA 557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 576 TGCATATCAAATTTCGACATTGTCCGATTTTCAGTATATTGATTCCGGTGGTAGAGATCA 635
Query 558 AGGAAGCAATGTTAGGAAGAAATCACAGAGCCTGGTGGCGTTGGTGAATGACAAGGAAAG 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 636 AGGAAGCAATGTTAGGAAGAAATCACAGAGCCTGGTGGCTTTGGTGAATGACAAGGAAAG 695
Query 618 AATAGCTGAGGTCAGACAGAAGGCTTCTGCTAACAGAGATAAGTATCGCAGCTCAGCACC 677
||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 AATAGCTGAAGTCAGACAGAAGGCTGCTGCTAATAGAGATAAGTATCGCAGCTCAGCACC 755
Query 678 AGGTGGGATGTATAAGCCTTCAGGCGGATATGGGGATAAATATGATTACGGAAGCCGGGA 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 AGGTGGGATGTATAAGCCTTCAGGCGGATATGGGGATAAATATGATTACGGAAGCCGGGA 815
Query 738 TGAAGAGCGAAGTAGTTATGGAAGAGAAAGAGAATATGGTTACAGAGATGATGATAGAAA 797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 TGAAGAGCGAAGTAGTTATGGAAGAGAAAGAGAATATGGTTACAGAGATGATGATAGAAA 875
Query 798 TAGTCGTGATGGAGATCGTCATTCCAGAGACTCTGAAGACCGGTATGGGAGAGATGGTAA 857
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 876 TAGTCGTGATGGAGATCGTCATTCCAGGGACTCTGAAGACCGGTATGGGAGAGATGGTAA 935
Query 858 TAGGGATGATGATTACAGGGGAAGGAGCAGAAGTGTTGATAACTACCAATATGGGTCACG 917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 936 TAGGGATGATGATTACAGGGGAAGGAGCAGAAGTGTTGATAACTA----T--GGGTCACG 989
Query 918 AGGTAGGAGTTCGGAAAGGGAGCGGGAGGATGATGGCCATTCTTCATCACGGGGCAGTGG 977
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 AGGTAGGAGTTCGGAAAGAGAGCGGGAGGATGATGGCCATTCTTCATCACGGGGCAGTGG 1049
Query 978 TGCTCGAGCTGATGATAATTCTCAGGATGGGAGAGGGGGGCTCCAGAGGAAGTTTTCTGA 1037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 TGCTCGAGCTGATGATAATTCTCAGGATGGGAGAGGGGGGCTCCAGAGGAAGTTTTCTGA 1109
Query 1038 ACAAAATATTGGCGCTCCACCCAGTTACGAAGAAGCTGTCAGTGAATCACGCAGCCCTGT 1097
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1110 ACAAAATATTGGCGCTCCACCCAGTTATGAAGAAGCTGTCAGTGATTCACGCAGCCCTGT 1169
Query 1098 ATATAGTGAAAGGGATGGTGGGGAGACCCCACAAGTTACTGCTCCAGGAGCTGCTTCTCC 1157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 ATATAGTGAAAGGGATGGTGGGGAGACCCCACAAGTTACCGCTCCAGGAGCTGCTTCTCC 1229
Query 1158 TCCTCCCCCACAAGTTGCTGCTCC------T--T-CTCCGCCAACTGGAACCAACACAGA 1208
|||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1230 TCCTCCCCCACAAGTTGCTGCTCCAGAGGCTGCTTCTCCTCCAACTGGAACCAACACAGC 1289
Query 1209 CAATA-AAGCTGCTACTTTTGTTAATGAATCACCTTCTCAGAAAGTTGAGACTTTCGATG 1267
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 CAATACAA-CTGCTACTTTTGTTAATGAATCACCTTCTCAGAAAGTTGAGACTTTCGATG 1348
Query 1268 AATTTGATCCACGCAGTGCGTTTTCAGCTGGCCCTCCAGCATATGCATCTACAGATGGTG 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 AATTTGATCCACGCAGTGCGTTTTCAGCTGGCCCTCCAGCATATGCATCTACAGATGGTG 1408
Query 1328 TTACAGCTCCTCCAACTGTGACTTCTATGTCTGCCCCTCCCACCTCAAACAGTGTTGAGA 1387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 TTACAGCTCCTCCAACTGTGACTTCTATGTCTGCCCCTACCACCTCAAACAGTGTTGAGA 1468
Query 1388 TGGACTTGCTTGGCTCCCTTGCAGACGTATTTTCATCAAACGCATTGGCCATTGTACCAG 1447
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1469 TGGACTTGCTTGGTTCCCTTGCAGACGTATTTTCATCAAACGCATTGGCCATTGTACCAG 1528
Query 1448 CTGATTCTACCTATGTTGAAACCGATGGACAAGCAAACGCTGGTCCAGCTCCATCGTTTT 1507
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 CTGATTCTATCTATGTTGAAACCAATGGACAAGCAAACGCTGGTCCAGCTCCATCGTTTT 1588
Query 1508 CTACATCTCAGCCATCAACTCAGTCATTTGATGACCCGTTTGGTGACTCTCCTTTCAAAG 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1589 CTACATCTCAGCCATCAACTCAGTCATTTGATGACCCATTTGGTGACTCTCCTTTCAAGG 1648
Query 1568 CCTTCACTTCTACTGACACCGACTCAATCCCACAGCAGAATTTTGGAGCTTCTTTCCAGC 1627
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649 CCTTCACTTCTACTGACACCGACTCAACCCCACAGCAGAATTTTGGAGCTTCTTTCCAGC 1708
Query 1628 CACCACCTCCAGCCTTCACTTCAGAGGTCTCACATCCTGATACTGCTCATAACTTCGGCT 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1709 CACCACCTCCAGCCTTCACTTCAGAGGTCTCACATCCTGATACTGCTCATAACTTTGGCT 1768
Query 1688 TTGGAGACTCATTTTCCGCCGTTGCCAATCCTGATCCTGCTTCTCAGAATGTGCAACCTC 1747
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 TTGGGGACTCATTTTCCGCCGTTGCCAATCCTGATCCTGCTTCTCAGAATGTGCAACCTC 1828
Query 1748 CATCGAACTCACCAGGTTTTCCTCAAGAGCAGTTTGCTACATCTCAGAATGGTATAGATG 1807
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1829 CATCGAACTCACCAGGTTTTCCTCAAGAGCAATTTGCTACATCTCAGAGTGGTATTGATA 1888
Query 1808 TTCTTGCTGGCATTCTTCCCAC-ATCTGAACCTCCAGTACAATCGGG 1853
| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1889 TCCTCGCTGGCATTCT-CCCACCATCTGGACCTCCAGTACAATCGGG 1934
Score = 2078 bits (1125), Expect = 0.0
Identities = 1272/1341 (95%), Gaps = 18/1341 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1911 TTC-TTCTCAGCCGCCGGTATCTACAGCTCCAAACATGCCCGGACAAACTCCATTTGGAC 1969
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1991 TTCATTCTCAGCCGCCGGTATCTACAGCTCCAAACCTGCCTGGACAAACTCCATTTGGAC 2050
Query 1970 AAGCTGTTCAACCATATAACATGGTTCCTCATTCTCAAAATATGACTGGAGCCATGCCAT 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 AAGCTGTTCAACCATATAACATGGTTCCTCATTCTCAAAATATGACTGGAGCCATGCCAT 2110
Query 2030 TTAACAGTGGAGGCTTCATGCACCAGCCGGGCTCACAAACTCCTTACTCTAACCCAAGTG 2089
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2111 TTAATAGTGGAGGCTTCATGCACCAGCCGGGCTCACAAACTCCTTACTCTACCCCAAGTG 2170
Query 2090 GACCAGCTGGTCAGTTCATAGCACACCAAGGTCATGGAATGCCACCTTCCCATGGTCCAC 2149
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2171 GACCAGCTGGTCAGTTCATGGCACACCAAGGTCATGGAATGCCGCCATCCCATGGTCCAC 2230
Query 2150 AACGAACTCAATCCGGGCCTGTTACTCTGCAAGGGAACAACAATGTCATGGGAGACATGT 2209
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 AACGAACTCAATCCGGACCTGTTACTCTGCAAGGGAACAACAATGTCATGGGAGACATGT 2290
Query 2210 TTTCACAAGCTGCGCCGAACTCCTTGACGTCATCATCATCTCATCCAGATCTCACGCCTT 2269
| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2291 TCTCGCAAGCTACGCCCAACTCCTTGACGTCATCATCATCTCATCCAGATCTCACACCTT 2350
Query 2270 TAACAGGAGCAATTGAGATTGTTCCCCCGCCTCAGAAAAAGTTTGAGCCAAAATCATCAG 2329
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 TAACAGGAGCAATTGAGATTGTTCCTCCGCCTCAGAAAAAGTTTGAGCCAAAATCATCAG 2410
Query 2330 TCTGGGCAGACACGTTGAGCAGGGGGCTTGTTAACTTTAACATATCTGGATCTAAAACAA 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 TCTGGGCAGACACGTTGAGCAGGGGGCTTGTTAACTTTAACATATCTGGATCTAAAACAA 2470
Query 2390 ATCCATTGGCAGACATAGGAGTTGACTTCGAGGCGATCAACAGGAGAGAGAAACGGCTGG 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2471 ATCCATTGGCAGACATAGGAGTTGACTTCGAGGCGATCAACAGGAGAGAGAAACGGCTGG 2530
Query 2450 AGAAACCAACAAACACACCAGCAACATCAACTATCAACATGGGTAAAGCTATGGGATCAG 2509
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2531 AGAAACAAACAAACACACCAGCAACATCGACTATCAATATGGGTAAAGCCATGGGATCAG 2590
Query 2510 GCACTGGCTTAGGGCGTTCTGGTGCAACTGCTATGAGGCCTCCACCTAATCCAATGACAG 2569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 GCACTGGCTTAGGGCGTTCTGGTGCAACTGCTATGAGACCTCCACCTAATCCAATGACAG 2650
Query 2570 GCTCCGGCATGCCCATGGGCGGAGGAATGGGTGTTGGTAGCTATGGAGTTATGAACCAAA 2629
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |
Sbjct 2651 GCTCTGGCATGCCCATGGGCGGAGGAATGGGTGTTGGTAGCTACGGAGGTATGAACCAGA 2710
Query 2630 ACCAACCCATGGGTATGGGTATGGGGGCTGGAATGAACCAACACCAACCAATGGGTATGG 2689
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 2711 ACCAACCCATGGGTATGGGTATGGGGGCCGGAATGAACCAAAACCAACCGATGGGTATGG 2770
Query 2690 GAATGGGACCCGGCATGAACATGAACATG-----GG-AGGATATGGCCAAGGCTATCCGA 2743
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2771 GAATGGGACCCGGCATGAACATGAACATGAACATGGGAGGATATGGCCAAGGCTATCCGA 2830
Query 2744 TGCAACCACAAAACCCAGGGATGGTCCCTGGCCCAAACA--C-TGGCAACAACTACAATC 2800
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||
Sbjct 2831 TGCAACCACAAAACCCAGGGATGGTACCTAGCCCAAACATGCCTGGCAATAACTACAATC 2890
Query 2801 CCATGATGGGTCAAGGTGGTTACAACCCTCAACAATCCTACGGTGGTGGATACCGGTAAG 2860
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2891 CGATGATGGGTCAAGGTGGTTACAACCCTCAACAATCCTATGGTGGTGGATACCGGTAAG 2950
Query 2861 ATCAAGCCAAGCATTACGCACTT-ACTTCATTTGTATAATCAAGAATCCGCTCGTCC-GA 2918
|||||||||| ||| | |||||| |||||||| || ||||||||||| |||||| || |
Sbjct 2951 ATCAAGCCAAACATGATGCACTTGACTTCATTCGTGTAATCAAGAATACGCTCG-CCTGT 3009
Query 2919 GCTTTTCCTTTACTCTGGGATATGTAATATCAGTCGATAAAAGTACTCAGGTTACATTAT 2978
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3010 GCTTTTTCTTTACTCTGGGATATGTAATATCAGTCGATAAAAGTACTCAGGTTACATTAT 3069
Query 2979 TCATCCTGGCTACACGGCTCCACGGATTTTCTTCTCTGTTTGTTCTTGCCTTAATCTTCA 3038
|||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 3070 TCATCCAGGCAACACGGCTCCACGAATTTTCTTCTCTGTTTGTTCTTGCCTTACTCGTCA 3129
Query 3039 GTCATCATTCAtttttatttttt-CTGGTATGGACCAAATTGAGAGCTTGTTGTGAAATT 3097
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3130 CTCATCATTCATTTTTATTTTTTTCTGGTTTGGACCAAATTGAGAGCTTGTTGTGAAATT 3189
Query 3098 TGTACC-G-GTGAGAGTGGCAAACCTTGCTCGGGTCTGCCCTTTTT--GTTATATGCATA 3153
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3190 TGTACCAGTGTGAGAGTGGCAAACCTTGCTCGGGTCTGCCCTTTTTTTGTTATATGCATA 3249
Query 3154 TAATTTGATATATACACATTTACTTCTGTTTCTTTATTTTGAAGATGTGTAAAACATTTT 3213
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3250 TAATTTGATATATACACATTCACTTCTATTTCTTTATTTTGAAGATGTGTAATACATTTC 3309
Query 3214 TCATCCACGGAACAAATAAAA 3234
|||| ||||||||||||||||
Sbjct 3310 TCATTCACGGAACAAATAAAA 3330
> AT2G43180.1 | Symbols: | Phosphoenolpyruvate carboxylase family
protein | chr2:17953497-17955829 REVERSE LENGTH=1717
Length=1717
Score = 228 bits (123), Expect = 3e-58
Identities = 143/152 (94%), Gaps = 4/152 (3%)
Strand=Plus/Minus
Query 3087 GTTGTGAAATTTGTACC-G-GTGAGAGTGGCAAACCTTGCTCGGGTCTGCCC--TTTTTG 3142
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1717 GTTGTGAAATTTGTACCAGTGTGAGAGTGGCAAACCTTGCTCGGGTCTGCCCTTTTTTTG 1658
Query 3143 TTATATGCATATAATTTGATATATACACATTTACTTCTGTTTCTTTATTTTGAAGATGTG 3202
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 TTATATGCATATAATTTGATATATACACATTCACTTCTATTTCTTTATTTTGAAGATGTG 1598
Query 3203 TAAAACATTTTTCATCCACGGAACAAATAAAA 3234
||| |||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1597 TAATACATTTCTCATTCACGGAACAAATAAAA 1566
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 160885386201
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5