BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483451
Length=3371
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G43410.2 | Symbols: FPA | RNA binding | chr2:18025247-180312... 4730 0.0
AT2G43375.1 | Symbols: | other RNA | chr2:18017116-18018691 RE... 150 7e-35
> AT2G43410.2 | Symbols: FPA | RNA binding | chr2:18025247-18031243
REVERSE LENGTH=3312
Length=3312
Score = 4730 bits (2561), Expect = 0.0
Identities = 2864/3008 (95%), Gaps = 29/3008 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTGGCctctctttctctcacaatctaatcttcttcttcgtcttcaaactcaatctagggt 60
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTGGCCTCTCTTTCTCTCACAATCTAA---TCTTCTTCGTCTTCAAACTCAATCTAGGGT 57
Query 61 tctcttctcctctGTGTAGGTAGGACTTTGAAAACTCAAATCTCTC-T-GAATTTATCTT 118
||||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||| | |||||| ||||
Sbjct 58 TCTCTTCTCCTCTCTGTAGGTAGGATTTTGAACACCCAAATCTCTCATCGAATTTTTCTT 117
Query 119 CCTCAAGGTATCATTGCTTCATCGCACAATTCGTCTCTCGTTTTCCGTCTCGTGGAT-AT 177
||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 118 GCTCAACG--T-A-----TCATCGCACAATTCGTCTCTCGTTTTCCGTCACGTGGATAAT 169
Query 178 CGAAATCTCATTATCCCAAAAGGTAAAACAATCAAATTCTGGGATTCGAATTTTGGATCC 237
||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 170 CGAAATCTCATAATCCC-AAAGGTAAAACAATC-AATTCTGGGATTGGAATTTTGGATCC 227
Query 238 ATAGGATCTCGTCAATTGAAACAATCCCGATGGCGTTAGCTATGAAGCCATTCAGAGCCG 297
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 228 ATAGGA--TCGTCAATTGAAACAATCCCGATGGCGTTATCTATGAAGCCATTCAGAGCCG 285
Query 298 ATGATTCCGGTTTCCAATCGAACAATCTTTGGGTCGGTAGCCTTACGCCGGAAACGACAG 357
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 286 ATGATTCCGGTTTCCAGTCAAACAATCTTTGGGTCGGTAGCCTAACGCCGGAGACGACAG 345
Query 358 AGTCAGATCTGACCGAGTTGTTTGGAAGATACGGCGATATTGATAGAATAACGGTGTATT 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 346 AGTCAGATCTGACCGAGTTGTTTGGAAGATACGGCGATATTGATAGAATCACGGTGTATT 405
Query 418 CTTCACGTGGCTTTGCGTTTATATACTACAGACATGTGGAGGAAGCTGTGGCAGCGAAAG 477
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||
Sbjct 406 CTTCACGAGGCTTTGCGTTTATATACTACAGACATGTGGAGGAAGCAGTCGCAGCCAAAG 465
Query 478 AGGCTCTTCAAGGAGCAAATTTGAATGGAAGTCAAATTAAGATCGAATACGCACGACCGG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 AGGCTCTTCAAGGAGCAAATTTGAATGGAAGTCAAATTAAGATCGAATACGCACGACCGG 525
Query 538 CAAAACCTTGTAAGAGTCTTTGGGTGGGTGGAATCGGCCCTAGTGTCTCCAAGGATGACC 597
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 526 CAAAACCTTGTAAGAGTCTATGGGTGGGTGGAATCGGCCCTAATGTCTCCAAGGATGACC 585
Query 598 TGGAGGAAGAGTTCAGCAAGTTTGGGAAAATCGAGGATTTTAGGTTTCTCAGAGAACGCA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 TGGAGGAAGAGTTCAGCAAGTTTGGGAAAATCGAGGATTTTAGGTTTCTCAGAGAACGCA 645
Query 658 AGACAGCTTTCATTGATTATTATGAGATGGATGATGCTTTACAGGCTAAGAGCATGAATG 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 AGACAGCTTTCATTGATTATTATGAGATGGATGATGCTTTACAGGCTAAGAGCATGAATG 705
Query 718 GAAAGCGAATGGGTGGTAGCCATTTGCGTGTTGATTTTCTCCGGTCACAAGCGCCAAGAA 777
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 706 GAAAGCCTATGGGTGGTAGCTTTTTGCGTGTTGATTTTCTCCGGTCACAAGCGCCAAAAA 765
Query 778 AAGAACAATGGGCTGGCTCTTATGATAACAGGAATGGCAATATGAATCATAAACCGCAGC 837
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 AAGAACAATGGGCTGGCTCTTACGATAACAGAAATGGCAATATGAATCATAAACCGCAGT 825
Query 838 ATCCTCACTCATATGACGACGGTAAAGGAGATGTCCAGCCAAGTAAGGTTCTGTGGATTG 897
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 ATCCTCACTCATATGAAGACTTTAAAGGAGATGTCCAGCCAAGTAAGGTTCTGTGGATTG 885
Query 898 GGTTCCCTCCTACTGCTACACAATGCAATGATGAGCAAATGCTGCACAATGCAATGATAC 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 886 GGTTCCCTCCTACTGCTACACAATGCAATGATGAGCAAATTCTGCACAATGCGATGATAC 945
Query 958 TCTATGGTGAGATCGAGAGGATAAAATGTTACCCATCAAGTCATTTTTCACTTGTGGAGT 1017
||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 946 TCTTTGGTGAGATCGAGAGGGTAAAAAGTTACCCATCAAGGAATTTTGCACTTGTGGAGT 1005
Query 1018 TTAGGAGCGCGGAGGAAGCTCGCCA-TGCCAAGGAAGGGATACAGGGGAGGTTATTCAAT 1076
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TTAGGAGCGCGGAGGAAGCTCGCCAATGC-AAGGAAGGCCTACAGGGGAGGTTATTCAAT 1064
Query 1077 AATCCTAGAATCAAAATTATGTACTCAAACGATGAGTTGCCTCTTGAGCAAGACGATACC 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1065 AATCCTAGAATCAAAATTATGTACTCAAACGATGAGTTGCCTCCTGAGCAAGACGATACT 1124
Query 1137 AGTTTTTACTCTGGTACGAAACGGTCAAGGACAGATATGTTCAACAATGATCCTTCCTTT 1196
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1125 AGTTTTTACTCTGGTATGAAACGGTCAAGGACAGATATGTTCAATAATGATCCTTCATTT 1184
Query 1197 GTATCTTCTCCTCACTCTACTGGAATTCCTGGGTCTATGAGGCCTCTCAGAGGTAGCAA- 1255
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1185 GTATCTTCTCCTCATTCTACTGGAATTCCTGGGTCTATGAGGCCCCTCAGAGGTA-CAAA 1243
Query 1256 TGAGCGTTCATATAATGGTTCAGAATACAATGACGTTGTTGGTAAGGAGCCAAACTGGAG 1315
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TGAGCGTTCATATAATGGTGCAGAATACAATGACGTTGTTGGTAAGGAGCCAAACTGGAG 1303
Query 1316 GAGGCCATCTGCAAATGGAACTGGAATACTCCCATCTCCAACAGGACCTGGAATCCTCCC 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 GAGGCCATCTGCAAATGGAACTGGAATACTCCCATCTCCAACAGGACCTGGAATCCTCCC 1363
Query 1376 ATCTCCTGCACAAGGTATGAGGCACCCTATGAGGTCAAACGCCGGTTCTTGGGAAGGATA 1435
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1364 ATCTCCTGCACAAGGTACGAGGCGCCCTATGAGGTCAAACCCCGATTCTTGGGAAGGATA 1423
Query 1436 TGATCCTGCTCAGTTGGACAGAGAAAGTAAACGAACCAGAAGAGATGGATCAGTGGACGG 1495
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 TGATCCTGCTCAGTTGGTCAGAGAAAGTAAACGAACCAGAAGAGATGGATCAGTGGACGG 1483
Query 1496 TTTTACTCCAATGGGTGTCGATGAGAGGTCATTTGGGCGAGGTTCAGTTGCTGCTAGGCC 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1484 TTTTACTCCAATGGGTGTCGATGAGAGGTCATTTGGTCGAGGTTCAGTTGCTGCTAGACC 1543
Query 1556 TATCCGTGGCCCCCCTGATTCTGATTACATATGGAGAGGAATGATTGCCAAGGGTGGAAC 1615
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 TATCCGTGGCCCCCCTGATTCTGATCACATATGGAGAGGAATGATTGCCAAGGGTGGAAC 1603
Query 1616 TCCTGTCTGTTGTGCTCGTTGTGTACCTATGGGAAAGGGGATTGAAACTAAACTGCCTGA 1675
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 TCCCGTCTGTTGTGCTCGTTGTGTACCTATGGGAAAGGGGATTGAAACTAAACTGCCTGA 1663
Query 1676 GGTCGTCAATTGTTCAGCAAGAACTGGTTTGAATATGCTCGCCAAACATTACGCTGATGC 1735
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 1664 GGTCGTCAATTGTTCAGCAAGAACTGATTTGAATATGCTCGCTAAACATTACGCCGTTGC 1723
Query 1736 CATTGGATTTGAGATCGTTTTCTTCTTACCATACCGTCAAGAAGATTTTGCGTCTTACAC 1795
|||||||| |||||||||||| ||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 CATTGGATGTGAGATCGTTTTTTTCGTACCAGACAGGGAAGAAGATTTTGCGTCTTACAC 1783
Query 1796 TGAATTTCTCCGCTACCTTAGCTCAAAAGATCGGGCGGGTGTTGCCAAATTAGATGATGG 1855
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 TGAATTTCTCCGGTACCTTAGCTCAAAAGATCGGGCGGGTGTTGCCAAATTAGATGATGG 1843
Query 1856 TACAACTTTATTCTTGGTGCCTCCATCAGATTTCTTAACTGATGTACTCCATGTGACCGG 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1844 TACAACTTTATTCTTGGTGCCTCCATCAGATTTCTTAACTGATGTACTCCAAGTGACCCG 1903
Query 1916 TCCAGAACGGCTATATGGTGTTGTTCTCAAGTTGCCCCCGCCAGCCGTTCCTGTTACAGC 1975
|| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 TCAAGAACGGCTATATGGTGTTGTTCTCAAGTTACCCCCGCCAGCCGTTCCTGTTACAGC 1963
Query 1976 AGCATACAGACAAGAATCTCAGTCCAATCCTCTGCAATATATGGATCAAGCCCGGGATTC 2035
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 ATCATACAGACAAGAATCTCAGTCCAATCCTCTGCATTATATGGATCAAGCCCGGGATTC 2023
Query 2036 ACCTGCCAATGCCAGTCATAGTTTATATCCTCCTAGGGAAAATTACAATAGGGGTGCACC 2095
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2024 ACCTGCCAATGCTAGTCACAGTTTATATCCTCCTAGGGAAAATTACATTAGGGGTGCACC 2083
Query 2096 AGAACATTTGACAGCTTCTTCAAAACCATCGGTTAGCGAGCCTCTCAGAATACCTAATAA 2155
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 AGAACATTTGACAGCTGCTTCAAAACCATCTGTTAGCGAGCCTCTCAGAATACCTAATAA 2143
Query 2156 TGCAGCGCCCCAAGCTGGGGTTAGTTTAACTCCGGAGCTTTTAGCCACTCTGGCATCTAT 2215
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 TGCAGCGCCTCAAGCTGGGGTTAGTTTAACTCCGGAGCTTTTAGCCACTCTGGCATCTAT 2203
Query 2216 TCTCCCTGCAACTTCTCAACCTACTGCCCCTGAGAGTCACCAACCTATGTCAGGACCTTC 2275
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 TCTCCCTGCAACTTCTCAACCTGCTGCCCCTGAGAGTCACCAACCTATGTCAGGACCTTC 2263
Query 2276 AACAGTTGTTTCCACAGTACCTCAATCCAATGGACTGTACAATGGAGAAACACCGTCTCA 2335
||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2264 AACAGTTGTTTCCACAGCACATCAGTCCAATGGACTGTACAATGGAGAAGCACCGTCTCA 2323
Query 2336 AGCTTGGAAAAGAGGTCCACAAACAGTTCATGATGCGTCAAATCAGTCATTCCAACAATA 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 AGCTTGGAAAAGAGGTCCACAAACAGTTCATGATGCGTCAAATCAGTCATTCCAACAATA 2383
Query 2396 CGGCAATCAATACACTCCAGCTGGGCAACTACCTCCTCCTCCTGCGCTTTATCCTCCAGC 2455
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 2384 CGGAAATCAGTACACTCCAGCTGGGCAACTACCTCCTCCTCCTTCGCGTTACCCTCCAGC 2443
Query 2456 TTCAAACAACCCCAACTACTCTAGTGGAACGGTCCATGGCAACATGCAATACCA-AGGCC 2514
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2444 TTCAAACAACCCCAACTACACTAGTGGAATGGTCCATGGCAACATGCAATACCAGAG-CC 2502
Query 2515 AATCTGTTAACATGCCTCAGCTGTCTCCGTTACCAAATATGCCTCATAATAATTATTCCA 2574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 AATCTGTTAACATGCCTCAGCTGTCTCCGTTACCAAATATGCCTCATAATAATTATTCCA 2562
Query 2575 TGTACACTCAGGGTTCGTCAAATCATCCTGTTTCTCAGCCCATGA-CACAGCAATATCAA 2633
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||
Sbjct 2563 TGTACACTCAGGGTTCGTCAAATCATCCTGTTTCTCAGCCCATGGTC-CAGCAATACCAA 2621
Query 2634 CCAGAAGCTTCCGTGCCAAACCAAAACTATGGTCCAATTCCAAGTTATCAGCAAGCTAAT 2693
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 CCAGAAGCGTCCATGCCAAACCAAAACTATGGTCCAATTCCAAGTTATCAGCAAGCTAAT 2681
Query 2694 TATCATGGTGTAACAACAAATCAGGCACATAACTTAAACCCTTCCCAATTTCAAGCTGTC 2753
| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2682 TTTCATGGCGTAACAACAAATCAGGCACAGAACTTAAACCCTTCCCAATTTCAAGCTGCC 2741
Query 2754 ATGCAACCACCAGTAGACAAGGCAAACTTAGAGCCACAAAACCAAGCACCACAATTGCAG 2813
||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2742 ATGCAACCACCAGCAGATAAGGCAAATTTAGAGCCACAAAACCAAGCACTACGATTGCAG 2801
Query 2814 CCTATGATCTCTGGGGCTGGACAGGGTACAACAGATGATGGGGAGGTCGATAAGAATCAG 2873
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2802 CCTATGATCTCTGGGGATGGTCAGGGTACAACAGATG--GGG-AGGTCGATAAGAATCAG 2858
Query 2874 AGATACCAGTCAACACTACAATTTGCAGCAAACCTTCTTCTCCAGATACAGCAGAAGCAG 2933
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2859 AGATACCAGTCAACACTACAATTTGCAGCAAACCTTCTTCTCCAGATACAGCAGAAACAG 2918
Query 2934 CAGCAACAGTCTTCAGGTACTCCGGCTGGACAGGGGCCTTGAAACTAGCTACACTCACCA 2993
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2919 CAGCAACAGTCTTCAGGTACTCCGGCTGGACAGGGGCCTTGAAACTAGCTCCACTCTCCA 2978
Query 2994 TCATTATC 3001
|||| |||
Sbjct 2979 TCATAATC 2986
> AT2G43375.1 | Symbols: | other RNA | chr2:18017116-18018691
REVERSE LENGTH=1576
Length=1576
Score = 150 bits (81), Expect = 7e-35
Identities = 116/132 (88%), Gaps = 5/132 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 3136 ACATTTTTTCTGTGTTGCTTGCATTTTCAATGTTGATGTCTATTTTGGTACTTCTTTCTT 3195
|||||| |||||| ||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1159 ACATTTATTCTGTTTTGCTTGCAATTTCATTATTGATGTCTACTTTGGTACTACTTTCTT 1218
Query 3196 TGATTCTTCAGTGA-ATCTAGCCTAGTAGTA-TACA--CAACAGCTAATCTGTTATTATT 3251
|||| |||| || | |||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1219 TGATCCTTCTGT-AGATCTAGTCTAGTAGTATTACATGCAACATCTAATCTGTTATTATT 1277
Query 3252 CTTATCACATGT 3263
||||||||||||
Sbjct 1278 CTTATCACATGT 1289
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167758257392
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5