BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483601
Length=2875
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G44710.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) fami... 4255 0.0
> AT2G44710.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family
protein | chr2:18432719-18437132 FORWARD LENGTH=2949
Length=2949
Score = 4255 bits (2304), Expect = 0.0
Identities = 2544/2660 (96%), Gaps = 15/2660 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CAAGCTCAGGCTATTATCTCTCCGTTAATTAGGGTTTTCTTCTCTATCTCGATTTCAATA 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5 CAAGCTCAGGCTATCATCTCTCCGTTAATTAGGGTTTTCTTCTCTATCTCGATTTCAATA 64
Query 61 CCATTGTTGATCCGCTGAGCTAGGGTTGTTCGATCCCGATAATTCTGTGGCTTAGCTCTG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 65 CCATTGTTGATCCGCTGAGCTAGGGTTGTTCGATCCCGATAATTGTGTCGCTTAGCTCTG 124
Query 121 ATCTCTGTTCATCGAATTTGGTTAATTCGTTCTGATTGGTTAAGA-ACATTGGATAGCGA 179
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 125 ATCTCTGTTCATCGAATTTGGTTAATTTGTTTTGATTGGTTAAGATACATTGGAAAGCGA 184
Query 180 TGCCACCGAAGGTTGTCAAGAGGGGAGGCGCCGCGAGAAGAGGCGGGAGGCTTACGAGAT 239
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 185 TGCCACCGAAGGTTGTGAAGAGGGGAGGCGCCGCGAGAAGAGGTGGGAGGCTTACGAGAT 244
Query 240 CGGCGCTCAAGGCGCAGAATCCT--C-TGG-----T-CGATGAAGAATCTGTTGATATCG 290
||||||||||||||||||||||| | ||| | | |||| ||||||||| ||||||
Sbjct 245 CGGCGCTCAAGGCGCAGAATCCTCACGTGGAATCTTCCCATGACGAATCTGTTAATATCG 304
Query 291 GTGAGCTATCTGGCTCCGATGCACTTGAAGCGAAGGAGGTGACGCCGGAGGTAGATAAAA 350
||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 305 GTGAGCTCTCAGGCTCCGATGCACTGGAAGCCAAGGAGGTGACTCCGGAGGTTGATAAAA 364
Query 351 CTGCGGAGGAAGAGAATCCATTTGATGGGCCCAAGCCATCGGATTCAATTGATGATTCTG 410
||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 CTGTTGAGGAAGAGAATCCATTAGATGTGCCGAAGTCATCGGATTCAATTGATGATTCTG 424
Query 411 AAGCTGCAGCGAATCCGGTTGATGTTGTTCCGTCGAAAAAGGAGACTGAGGTAAAGGATT 470
||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 425 AAGCTGCAGCGAATCCGCATGTTGATGTTCCGTCGAAAAAGGAGACTGAGGTAGAGGAAT 484
Query 471 CTGTGGATGATTTCGGGAAAGATGAAAGATTGGATTTAGATGACAATGAACCTGAGTATG 530
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 CTGTGGATGATTTTGGAAAAGATGAAAGATTGGATTTAGATGACAATGAACCTGAGTATG 544
Query 531 AGGCTGAAGAATATGGCGGGGAGGAGTTTGAAGAGAGGGAATTGGGACAGGAGGATCATG 590
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 545 AGGCTGAGGAATATGGCGGGGAGGAGTTTGAAGAGAGGGAATTGGGACAGGAGGACCATG 604
Query 591 AGTTGGTAAATGAGGAGGGCGAAGAACTGGAGGAAGAGATTGAGGGGGAGGAAGAAGCTG 650
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 605 AGTTGGTAAATGAGGAGGGGGAAGAACTGGAGGAAGAGATTGAGGTCGAGGAGGAAGCTG 664
Query 651 GTGAGTTTGCAGACGAGATTGGAGATGGTCCGGAGGAGCTTGAGAGTGAGGATGATGATG 710
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 665 GTGAGTTTGCAGACGAGATTGGAGATGGTGCGGAGGACCTTGATAGTGAGGATGATGATG 724
Query 711 A-G--CATGCTAATGAAGAAGTCAAGCATGGAGAAACTGTTGATGTGGAAGAAGAAGAGC 767
| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 ATGATCATGCTATTGAAGAGGTCAAGCATGGAGAAACTGTTGATGTGGAAGAAGAAGAGC 784
Query 768 ATCATGATGTTCTCCATGAGAGACGTAAGCGTAAGGAGTTCGAAATATTTGTTGGAAGTT 827
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 785 ATCATGATGTTCTCCATGAGAGGCGTAAGCGTAAGGAGTTCGAAATATTTGTTGGGAGTT 844
Query 828 TGGACAAAGGTGCTACAGAGGAGGACTTAAAGAAAGTGTTTGGTCACGTGGGCGAGGTGA 887
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 845 TGGACAAAGGTGCTTCGGAGGAGGACTTAAAGAAAGTGTTTGGTCATGTGGGCGAGGTGA 904
Query 888 CTGAAATTAGGATTTTGAAGAATCCTCAGACAAAGAAGAGCAAGGGTTCTGCTTTCTTGC 947
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 CTGAAGTTAGGATTTTGAAGAATCCTCAGACAAAGAAGAGCAAGGGTTCTGCTTTCTTGC 964
Query 948 ATTTTGCAACTATGGAACAGGCAAAACGAGCTGTTAAAGAGCTTAAAAGCCCAATGATAA 1007
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 GTTTTGCAACTGTGGAACAGGCAAAACGAGCTGTTAAAGAGCTTAAAAGCCCAATGATAA 1024
Query 1008 ATGGTAAAAAGTGTGGTGTAACTGCAAGCCAAGATAATGATACCCTCTTCATTGGTAACA 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1025 ATGGTAAAAAGTGTGGTGTAACTGCAAGCCAAGATAATGATACCCTCTTCGTTGGTAACA 1084
Query 1068 TATGCAAGACATGGACCCCAGAAGCTTTGAGGGAGAAGCTTAAACACTATGGAGTTGAGA 1127
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 TATGCAAGATATGGACCCCAGAAGCTTTGAGGGAGAAGCTTAAACACTATGGAGTTGAGA 1144
Query 1128 ATATGGATGATATAACATTGGTAGAGGACAGCAACAATGTCAACATGAATCGAGGGTATG 1187
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 ATATGGATGATATAACGTTGGTAGAGGACAGCAACAATGTCAACATGAATCGAGGGTATG 1204
Query 1188 CCTTTTTGGAATTCTCATCTCGCTCAGATGCCATGGATGCTCACAAGCGTCTCGTCAAGA 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 CCTTTTTGGAATTCTCATCTCGCTCAGATGCCATGGATGCTCACAAGCGTCTCGTCAAGA 1264
Query 1248 AAGATGTGATGTTTGGAGTTGAGAAGCCTGCAAAGGTCTCTTTTACTGATTCTTTCTTAG 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 AAGATGTGATGTTTGGAGTTGAGAAGCCTGCAAAGGTCTCTTTTACTGATTCTTTCTTAG 1324
Query 1308 ACCCGGAAGATGAGATAATGGCGCAGGTTAAGACTATCTTCATTGATGGTCTGTTACCTT 1367
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1325 ACCTGGAAGATGAGATAATGGCGCAGGTTAAGACAATCTTCATTGACGGTCTGTTACCTT 1384
Query 1368 CATGGAATGAAGAACGTGTTAGAGATCTTCTGAAAAGATATGGTAAACTTGAAAAAATTG 1427
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1385 CATGGAATGAAGAACGTGTTAGAGACCTTCTGAAACCATATGGTAAACTTGAAAAAGTTG 1444
Query 1428 AGCTTGCTCGCAATATGCCATCAGCAAGGAGGAAAGATTTTGGCTTCGTAACTTTTGATA 1487
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1445 AGCTTGCTCGCAATATGCCATCAGCAAGGAGGAAAGATTTTGGCTTTGTAACTTTTGATA 1504
Query 1488 CTCATGAAGCTGCTGTGAGTTGTGCCAAATTCATCAACAACTCAGAGCTAGGCGAAGGGG 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 CTCATGAAGCTGCTGTGAGTTGTGCCAAATTCATCAACAACTCAGAGCTAGGCGAAGGGG 1564
Query 1548 AGGACAAGGCAAAAGTGAGAGCACGCTTATCTAGACCACTTCAGAAAGCAGGTAAAGGCA 1607
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 AGGACAAGGCAAAAGTGAGAGCACGCCTGTCTAGACCACTTCAGAAAGCAGGTAAAGGCC 1624
Query 1608 GACAATCCAGTCGCTCAGACCAGCGGTCTAGGCATGGGACTGGACGGTCTGGAAGGAGTT 1667
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 GACAATCTAGTCGCTCAGACCAGCGGTCTAGGCATGGGGCTGGACGGTCTGGAAGGAGTT 1684
Query 1668 CATTTGCTCGTCTTCCACCTCGTAGCCTTGCTTCCTCTCGGAGTGCTAGAGGCGCTGGAT 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 CATTTGCTCGTCTTCCACCTCGTAGCCTTGCTTCCTCTCGGAGTGCTAGAGGCGCTGGAT 1744
Query 1728 CTCGGGCCCCATCTTCTAGTGCAAAGAGCGCCGCTGTATCAAGAGGAAGACGTCCACGCC 1787
|||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1745 CTCGGGCCCCATCTTCTAGTGCAAAGAGAGCTTCTGGATCAAGAGGAAGACGTCCTCGCC 1804
Query 1788 CACCTCTACCTCCGCCTGCAAGAACCAGGCCCTTGCCTCCGCCTGCAAGAGCCAGGCCCT 1847
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1805 CACCTCTACCTCCGCCTGCAAGAGCTAGGCCCTTGCCTCCACCTGCAAGAGCCAGGCCCA 1864
Query 1848 TGCCTCCACCTGCAAGAGCCAGGCCCTTGCCACTACCCGCTAGGTCATATGATAGAAGAC 1907
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TGCCACCACCTGCAAGAGCCAGGCCCTTGCCACCACCTGCTAGGTCATATGATAGAAGAC 1924
Query 1908 CTCCAGTTCCTCTGTATCCAAAGGCTAGCTTGAAGAGAGATTATGATCGGCGGGATGATC 1967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
Sbjct 1925 CTCCAGTTCCTCTGTATCCAAAGGCTAGCTTGAAGAGAGACTATGATCGGCGTGATGAAC 1984
Query 1968 TTCCTCCTCCAAGAAGCAGACCAGCTGTAAGCTATAGTTCCAGGCTTTCTCCTGAGAGGC 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1985 TTCCTCCTCCAAGAAGCAGACCAGCTGTAAGCTATAGTTCCAGGCTTTCTCCTGAGAGGC 2044
Query 2028 ATCTGTCTTACAGAGATGATTATCCACCTCGTGGTTCTGGTTATTCAGATCTTCCTAGAA 2087
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 ATCTGTCTTACAGAGATGATTATCCACCCCGGGGTTCGGGTTATTCAGATCTTCCTAGAA 2104
Query 2088 GTTCTTCTCGCTCTGAAATGAGGAGGCCATTCGTAGATGACCCTTACAGTCCGAGATTTG 2147
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2105 GTTCTTCTCGCTCTGAAATTAGGAGGCCATTCGTAGATGACCTTTACAGTCCGAGATTTG 2164
Query 2148 AAAGACCTCCAAGTTACAGTGAAGGAAGACCTCGTGCTTATGAACCTCTTCCTGGATCAA 2207
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 AAAGACCTCCAAGTTACAGTGAGGGAAGACCTCGTGCTTATGAACCTCTTCCTGGATCAA 2224
Query 2208 AGCGTCCATATGCTGCATTGGATGACATTCCTCCCCGTTATGCTGATGTTGATGTTCGTC 2267
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 AGCGTCCATATGCTGCACTGGATGACCTTCCTCCCCGTTATGCTGATGTTGATGTTCGTC 2284
Query 2268 ATTCAAGACCCCGTCTGGACTATGATGTTGGCCCATCTCAATATGGGGAATCCTATGGGG 2327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2285 ATTCAAGACCCCGTCTGGACTATGATGTTGGCCCATCTCAATATGGGGAATCCTACGGGG 2344
Query 2328 ACCGGATTCCTAGGTCTAGTCTAGGATATGGAAGCAGCCGAAATTCTATGTCAAGTCATG 2387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2345 ACCGGATTCCTAGGTCTAGTCTAGGATATGGAAGCAGCCGAAATTCTATGTCAAATCATG 2404
Query 2388 ACTCGCGTGGCCCATACAGTAGTCGTCAGGGAATGGATTATGGAGGAGGTTCTTATAGTG 2447
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 ACTCGCGGGGCCCATACAGCAGTCGTCAGGGAATGGATTATGGAGGAGGTTCTTATAGTG 2464
Query 2448 GCAGCGATGTAGGAGGAATGTACTCGTCAAGCTATGGTGGCGACCTACCCAGAAGAGATG 2507
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2465 GCAGCGATGTAGGAGGTATGTACTCGTCAAGCTATGGTGGCGACTTACCCAGAAGAGATG 2524
Query 2508 GAGGAGGTAGCTCGTATTCATCAATTTACTCAAGCCGTGGCTTGGGTGGTAGTAGTTACT 2567
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2525 GAGGAGGTAGCTCGTATTCTTCAATTTACTCCAGCCGTGGCTTGGGTGGTAGTAGTTACT 2584
Query 2568 CTGGTGGTGGTCCAGGATCATACTACTGAATGATTTCACATGATGGAGGCTGC-AAGAAA 2626
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 2585 CTGGTGGTGGTCCAGGATCATACTACTGAATAATTTCACATGACCGAGGCTGCTAA-AAA 2643
Query 2627 AGGTGGTTTGGCCATGCAAA 2646
||| ||||||||||||||||
Sbjct 2644 AGGAGGTTTGGCCATGCAAA 2663
Score = 318 bits (172), Expect = 2e-85
Identities = 217/237 (92%), Gaps = 9/237 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2647 AAAGGATTAAAGCCAGCTTCGGTGAGACGGTTGGAATATTAATGGGCTTGCATCTTCAAC 2706
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2697 AAAGGATTAAAGCCAGCTTCGGTGAGACTGTTGGAATATTAATGGGCTTGCATCTACAAC 2756
Query 2707 TGCACTTATATCtttttttCGGATGAAATGATAAGCTCGAGTAATATAGAGATGGTTCAT 2766
||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2757 TGCACTTGTATC-TTTTTTCGGATGGAATGATAAGCTCGAGTTTTATAGAGATGGTTCAT 2815
Query 2767 AGTTGTGGGACTCGTTATGTATCTTATCTATCT-T-------GAATAATGGACGGATTTG 2818
|||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||
Sbjct 2816 AGTTGTGGGACTCGTTATCTATCTTATCTATCTCTATCTCTTGAATAATGGATGGATTTG 2875
Query 2819 TTGGAACAGAGATTTAGCTGTGTTTGTATTATTGATCCATCAGTTTAATTAAGGTTT 2875
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2876 TTGGAACAGAGATTAAGCTGTGTTTGTATTATTGATCCATCAGTTTAGTTAAGCTTT 2932
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142875453664
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5