BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483672
Length=1821
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G45350.1 | Symbols: CRR4 | Pentatricopeptide repeat (PPR) su... 2848 0.0
> AT2G45350.1 | Symbols: CRR4 | Pentatricopeptide repeat (PPR)
superfamily protein | chr2:18694816-18696657 REVERSE LENGTH=1842
Length=1842
Score = 2848 bits (1542), Expect = 0.0
Identities = 1732/1825 (95%), Gaps = 8/1825 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGTGTTCGATTTCATCCACCATTCAAGTCCTTGGAAGCTGCAAAACTTCATATGAC 60
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 22 ATGGAGTGTTCGATTTCATCCACCATTCATGTCCTTGGAAGCTGCAAAACTTCAGATGAC 81
Query 61 GTGAACAAAATCCACGCGG-GATTGATTAAGACGGGAATTATCAAAAATTCTAATCTCAC 119
|||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 82 GTGAACCAAATCCACG-GGCGATTGATTAAGACGGGAATCATCAAAAACTCAAATCTCAC 140
Query 120 TACAAGGATTGTTCTCGCTTTTGCCGCTTCTCGACGACCGTATCTCGCTGAATTCGCGCG 179
||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 141 TACGAGGATTGTTCTGGCTTTTGCCTCTTCTCGACGTCCGTATCTCGCCGATTTCGCGCG 200
Query 180 TTGTGTCTTCCACGAGTATCACGTATGTTCATTTTCACCCGGAGAGATGGAGGATCCATT 239
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 201 TTGTGTCTTCCACGAGTATCACGTATGTTCGTTTTCATTTGGAGAGGTGGAGGATCCATT 260
Query 240 TTTATGGAACGCCGTGATCAAGTCTCACTCTCATGGAAAGGATCCGAGACAAGCTCTGCT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 TTTATGGAACGCCGTGATCAAGTCTCACTCTCATGGAAAGGATCCGAGACAAGCTCTGCT 320
Query 300 CTTGTTCTGTTTGATGCTCGAGAATGGTGTTTCCGTGGACAAATTCTCACTGTCCCTTGT 359
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 321 CTTGCTCTGTTTGATGCTCGAGAATGGGGTTTCCGTGGACAAATTCTCACTGTCACTTGT 380
Query 360 TCTTAAAGCGTGTTCGAGGTTAGGTTTTGTAAAAGGAGGAATGCAGATTCATGGGTTTTT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TCTTAAAGCGTGTTCGAGGTTAGGTTTTGTAAAAGGAGGAATGCAGATTCATGGGTTTTT 440
Query 420 GAGAAAGACTGGACTTTGGTCGGATTTGTTTCTACAGAATTGTTTGATTGGGTTGTATCT 479
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 441 GAAAAAAACTGGACTTTGGTCGGATTTGTTTCTACAGAATTGTTTGATTGGCTTGTATCT 500
Query 480 GAAATGTGGTTGTTTAGGTTT-TGCCCGCCAGATATTTGATAGAATGCCGCAGAGAGACT 538
||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 501 GAAATGTGGTTGTTTAGGTTTAT-CACGCCAGATGTTTGATAGAATGCCGAAGAGAGACT 559
Query 539 CTGTTTCTTACAATTCCATGATTGACGGGTATGTCAAATGCGGATTGATTGAATCCGCGC 598
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 560 CTGTTTCTTATAATTCCATGATTGATGGGTATGTCAAATGTGGATTGATTGTATCCGCGC 619
Query 599 GTGAATTGTTCGATTTGATGTC-AAGAGAGATGAAGAATTTGATATCTTGGAACTCTATG 657
|||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 GTGAATTGTTCGATTTGATGCCTATG-GAGATGAAGAATTTGATATCTTGGAACTCTATG 678
Query 658 ATAAGTGGATATGCTCAGACATCAGATGGAGTTAACATAGCTTCAAAACTGTTTGCTGAA 717
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 679 ATAAGTGGTTATGCTCAGACATCAGATGGAGTTGACATAGCGTCTAAACTGTTTGCTGAT 738
Query 718 ATGCCTGAGAAGGACTTGATTTCATGGAACTCAATGATCGATGGATATGTAAAACACGGA 777
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 739 ATGCCTGAGAAGGACTTGATTTCGTGGAACTCAATGATAGATGGATATGTAAAACACGGA 798
Query 778 AGAATCGAGGATGCTAAGGGTTTATTTGATGTGATGCCGAGAAGAGATGTGGTTACTTGT 837
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 799 AGAATCGAAGATGCTAAGGGTTTATTCGATGTGATGCCGAGAAGAGATGTAGTTACTTGG 858
Query 838 GCTACCATGATTGATGGGTATGCAAAGTTAGGTTTTGTTCATCAGGCTAAGACTCTGTTT 897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 859 GCTACCATGATTGATGGGTATGCAAAGTTAGGTTTTGTTCATCACGCTAAGACTCTGTTT 918
Query 898 GACCAAATGCCTCTTAGAGATGTTGTGGCATATAATTCTATGATGGCTGGTTATGTTCAA 957
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 GACCAAATGCCTCATAGAGATGTTGTGGCATATAATTCTATGATGGCTGGTTATGTTCAA 978
Query 958 AACAAGTGTCACATGGAAGCTCTTGAAATATTTAACGACATGGAAAAGGAGAGTCACTTG 1017
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 AACAAGTATCACATGGAAGCTCTTGAAATATTTAGTGACATGGAAAAGGAGAGTCACTTG 1038
Query 1018 TCACCCGATGAAACGACTTTGGTAATCA-TTCTTTCTGCAATTGCTCAGCTTGGCCGATT 1076
| ||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 TTACCCGATGATACGACTTTGGTAAT-AGTTCTGCCTGCAATTGCTCAGCTTGGCCGATT 1097
Query 1077 ATCGAAAGCCACCGATATGCATTTGTATATTGTGGAGAAACAATTCTATCTAGGTGGAAA 1136
||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1098 ATCCAAAGCCATAGATATGCATTTGTACATCGTGGAGAAACAATTCTATCTAGGTGGAAA 1157
Query 1137 ACTCGGCGTTGCTCTCATTGATATGTATTCGAAATGCGGAAGCATACAACACGCCATGTT 1196
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158 ACTCGGTGTTGCTCTCATTGATATGTATTCGAAATGCGGAAGCATACAACACGCCATGTT 1217
Query 1197 GGTTTTCGAGGGAATCGAAAACAAAAGCATTGATCACTGGAATGCTATGATTGGTGGGCT 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218 GGTTTTCGAGGGAATCGAAAACAAAAGCATTGATCACTGGAATGCTATGATTGGTGGGCT 1277
Query 1257 AGCTGTTCATGGTCTTGGAGAATCCGCATTCAATATGCTCTTGCAGATCGAGAGACTCTC 1316
||| |||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1278 CGCTATTCATGGTCTAGGGGAATCTGCATTCGATATGCTCTTGCAGATTGAGAGACTCTC 1337
Query 1317 CATAATACCAGATGATATCACCTTTGTTGGAGTTTTAAATGCTTGTAGCCACTCTGGATT 1376
||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1338 TTTAAAACCAGACGATATCACCTTTGTTGGCGTTTTAAATGCTTGCAGCCACTCTGGGTT 1397
Query 1377 AGTGAAGGAAGGCCTTCTCTGCTTTGAGCTCATGAGGAGAAAACACAAGATAGAACCAAG 1436
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 AGTAAAGGAAGGCCTTCTCTGCTTTGAGCTCATGAGGAGAAAACACAAGATAGAACCAAG 1457
Query 1437 GTTGCAACACTATGGGTGTATGGTCGACATACTATCGAGATCCGGTAGTATAGAGCTAGC 1496
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1458 ATTGCAACACTATGGTTGTATGGTAGACATACTATCGAGATCCGGAAGTATAGAGCTAGC 1517
Query 1497 CAAAAACTTAATAGAGGAAATGCCAATTGAGCCAAATGATGTCATATGGAGAACATTTCT 1556
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1518 CAAAAACTTAATAGAGGAAATGCCTGTTGAGCCAAATGATGTCATATGGAGAACGTTTCT 1577
Query 1557 CACCGCTTGTAGTCACCACAAGGAGTTTGAAACGGGAGAGCTTGTCGCGAAACACCTTAT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1578 CACCGCTTGTAGTCACCACAAGGAGTTTGAAACGGGAGAGCTTGTCGCAAAACACCTTAT 1637
Query 1617 TTTGCAGGCTGGCTATAACCCGAGCTCATATGTGCTTCTCTCTAACATGTATGCTAGTTT 1676
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 TTTGCAGGCTGGATATAACCCGAGCTCATATGTGCTACTCTCTAACATGTATGCTAGTTT 1697
Query 1677 TGGAATGTGGAAGGATGTTCGTAGAGTTAGAACGATGATGAAGGAAAGAAAGATAGAGAA 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 TGGAATGTGGAAGGATGTTCGTAGAGTTAGAACGATGATGAAGGAAAGAAAGATAGAGAA 1757
Query 1737 AATTCCTGGATGTAGTTGGATTGAGCTCGATGGAAGAGTCCATGAGTTCTTTGTAGATAG 1796
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 AATTCCTGGTTGTAGTTGGATTGAGCTCGATGGAAGAGTCCATGAGTTCTTTGTAGATAG 1817
Query 1797 CATTGAAGTTTCCAATACATTGTAG 1821
|||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1818 CATTGAAGTTTCCAGTACATTGTAG 1842
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90109978275
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5