BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg483931
Length=1734
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G47510.1 | Symbols: FUM1 | fumarase 1 | chr2:19498368-195022... 2678 0.0
AT5G50950.1 | Symbols: FUM2 | FUMARASE 2 | chr5:20729612-207335... 1853 0.0
> AT2G47510.1 | Symbols: FUM1 | fumarase 1 | chr2:19498368-19502246
FORWARD LENGTH=1850
Length=1850
Score = 2678 bits (1450), Expect = 0.0
Identities = 1546/1594 (97%), Gaps = 0/1594 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCTGTGCTCTTCTGCGACTTGATCCGTCGTCTTCTCTCAACTCTCCATCTTCGTCT 60
|||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 56 TCTCCCTCTGCTCTTGTGCAACTTGATCCGTCGTCTTCTCTCAGCTCTCCATCTCCGTCT 115
Query 61 TCCAAGTTTTACTGTCAGGTAGAAGAAACCATGGCGATTTACGTTGCGTCGCGGCGGCTC 120
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 116 TCCAAGTTTTACTGTCAGGTAGAAGAATCCATGTCGATTTACGTCGCGTCGCGACGGCTC 175
Query 121 TCCCGCGGAACAACTGCGACGGCGCTGCGTTATGCCACCTCGCTGAGATCTTATTCGACA 180
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 176 TCCGGCGGAACAACTGTGACGGCGCTGCGTTATGCCACCTCTCTGAGATCTTATTCGACC 235
Query 181 TCGTTTAGGGAGGAGAGGGATACCTTCGGGCCGATCCAAGTTCCTTCCGATAAATTGTGG 240
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TCGTTTAGGGAGGAGAGGGACACCTTCGGGCCGATTCAAGTTCCTTCCGATAAATTGTGG 295
Query 241 GGAGCCCAGACGCAGAGGTCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGTGAGCGCGAGCGAATG 300
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 GGAGCCCAGACGCAGAGATCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGTGAGCGCGAGCGAATG 355
Query 301 CCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGAGTCTTGAAGAAATGCGCTGCCAAGGTTAACATG 360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 CCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGCGTCTTGAAGAAATGCGCTGCCAAGGTTAACATG 415
Query 361 GAGTATGGTCTTGATCCAACGATTGGGAAAGCTATTATGCAAGCTGCTCAGGAAGTAGCT 420
|| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 GAATACGGTCTTGATCCGACGATTGGGAAAGCAATTATGCAAGCTGCTCAGGAAGTAGCT 475
Query 421 GAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAGACTGGTAGTGGGACTCAG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 476 GAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAAACTGGTAGTGGGACTCAG 535
Query 481 AGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAACAGAGCAGCTGAGATTCTTGGTCGCAAA 540
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 AGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAATAGAGCAGCTGAGATTCTTGGTCGCAAA 595
Query 541 CGTGGTGAGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTCAATAGATCACAATCTTCTAACGAC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 596 CGTGGTGAGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATCACAATCTTCTAACGAC 655
Query 601 ACTTTTCCAACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAATTCGAGGCTCATCCCT 660
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 ACTTTTCCTACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAATTCGAGGCTCATCCCT 715
Query 661 AGTTTAAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCGAGTTCAAAGATATTGTG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 AGTTTAAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCGAGTTCAAAGATATTGTG 775
Query 721 AAAATTGGAAGAACTCACACCCAAGATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGT 780
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGT 835
Query 781 GGCTATGCTACTCAGGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTC 840
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 GGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTC 895
Query 841 TATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAAACACTAAGAAAGGATTT 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 896 TATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAAACACTAAGAAAGGGTTT 955
Query 901 GATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGCCATTTGTCACCGCAGAA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 956 GATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGCCATTTGTCACTGCAGAA 1015
Query 961 AACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACATGATGCTTGTGTTGAAACCAGTGGGTCACTTAAC 1020
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 AACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACCAGTGGGTCACTTAAC 1075
Query 1021 ACAATCGCCACATCGCTGATGAAAATCGCCAATGATATACGTTTTCTTGGAAGTGGCCCA 1080
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 ACAATCGCCACATCGCTGATGAAGATCGCCAATGATATACGTTTTCTTGGAAGTGGCCCA 1135
Query 1081 AGATGTGGTCTTGGTGAACTTGTTCTACCTGAAAATGAGCCAGGAAGCAGTATCATGCCT 1140
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 AGATGTGGTCTTGGTGAACTTGTACTACCTGAAAATGAGCCAGGAAGCAGTATCATGCCT 1195
Query 1141 GGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAGGTTATGGGA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1196 GGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCACAGGTTATGGGA 1255
Query 1201 AACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTTGAATTGAATGTATTCAAG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTCGAATTGAATGTATTCAAG 1315
Query 1261 CCGGTGATCGCAAGCGCTCTTTTGCATTCCGTCAGATTAATAGCAGATGCTTCAGCTTCG 1320
||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CCGGTGATCGCGAGTGCTCTTTTACATTCCGTCAGATTAATAGCAGATGCTTCAGCTTCG 1375
Query 1321 TTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGGATCTCAAAGCTATTG 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1376 TTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGAATCTCAAAGCTATTG 1435
Query 1381 CACGAGTCTCTTATGCTCGTGACATCATTGAATCCGAAAATCGGCTATGACAATGCTGCA 1440
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1436 CACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCGAAAATCGGGTATGACAATGCTGCA 1495
Query 1441 GCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAAGGACGCGGCTCTGAAGCTA 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1496 GCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAAGGAAGCGGCTCTGAATTTA 1555
Query 1501 GGCGTTCTTACTGCGGAAGAGTTTGATACTCTTGTTGTTCCTGAGAAGATGATTGGTCCC 1560
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GGCGTGCTTACTGCGGAAGAGTTTGATACACTTGTTGTTCCTGAGAAGATGATTGGTCCC 1615
Query 1561 TCCGATTGATAGTTCTTTTTGGAGCCAAAGCTTC 1594
|||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TCCGATTGATAGTTGTTTTTGGAGCCAAAGCTTC 1649
Score = 91.6 bits (49), Expect = 2e-17
Identities = 66/73 (90%), Gaps = 6/73 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1595 TTTATTTAGGTTATAATAAAAATGAGCAAATCCGACAAACTATATAATTCAAATTTTCTT 1654
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 1674 TTTATTTAGGTTATAATAAAAATGAGCAAATCC-AGAAAC-----AATTCAAATTTTCTT 1727
Query 1655 GGGAGGGCAACAT 1667
|||||||||||||
Sbjct 1728 GGGAGGGCAACAT 1740
> AT5G50950.1 | Symbols: FUM2 | FUMARASE 2 | chr5:20729612-20733516
FORWARD LENGTH=1648
Length=1648
Score = 1853 bits (1003), Expect = 0.0
Identities = 1217/1322 (92%), Gaps = 8/1322 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 166 AGATCTTATTCGACATCGTTTAGGGAGGAGAGGGATACCTTCGGGCCGATCCAAGTTCCT 225
|||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 172 AGATCTTATTCGACGCCGTTTAGGGAAGAGAGAGACACCTTTGGCCCGATCCAAGTTCCT 231
Query 226 TCCGATAAATTGTGGGGAGCCCAGACGCAGAGGTCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGT 285
||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 232 TCCGATAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGT 291
Query 286 GAGCGCGAGCGAATGCCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGAGTCTTGAAGAAATGCGCT 345
|| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 292 GACCGCGAGCGAATGCCCGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCT 351
Query 346 GCCAAGGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAACGATTGGGAAAGCTATTATGCAAGCT 405
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||| |||||
Sbjct 352 GCCAAGGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCCATAATGGAAGCT 411
Query 406 GCTCAGGAAGTAGCTGAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAGACT 465
|| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 412 GCACAAGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCTCTTGTTGTATGGCAAACT 471
Query 466 GGTAGTGGGACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAACAGAGCAGCTGAG 525
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 472 GGTAGTGGGACGCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCCAATAGAGCAGCTGAG 531
Query 526 ATTCTTGGTCGCAAACGTGGTG-AGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTCAATAGATC 584
|||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 532 ATTCTTGGTCACAAACGTGGTGAAAAAAT-TGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATC 590
Query 585 ACAATCTTCTAACGACACTTTTCCAACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAA 644
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 ACAATCTTCTAATGACACTTTTCCAACTGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAC 650
Query 645 TTCGAGGCTCATCCCTAGTTT-AAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCG 703
||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 651 TTCGAGGCTAATCCCTAGTTTGAAAAA-TTTGCATAGCTCTTTGGAATCTAAGTCCTTCG 709
Query 704 AGTTCAAAGATATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACCCAAGATGCTACACCTTTGACAC 763
|||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 710 AGTTTAAAGATATAGTGAAAATCGGAAGAACTCATACTCAAGATGCTACACCTTTGACAT 769
Query 764 TAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAGGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCT 823
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| | |
Sbjct 770 TAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCAT 829
Query 824 GCACTCTTCCTCGCCTCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAA 883
| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 830 GTACTCTACCCCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCTGTTGGGACCGGATTAA 889
Query 884 ACACTAAGAAAGGATTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGC 943
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 ACACTAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATCGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGC 949
Query 944 CATTTGTCACCGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACATGATGCTTGTGTTGAAA 1003
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 950 CATTCGTCACCGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAA 1009
Query 1004 CCAGTGGGTCACTTAACACAATCGCCACATCGCTGATGAAAATCGCCAATGATATACGTT 1063
| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1010 CAAGTGGATCTCTTAACACAATCGCCACATCATTGATGAAGATTGCCAATGATATACGTT 1069
Query 1064 TTCTTGGAAGTGGCCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTTGT-TCTACCTGAAAATGAGCCA 1122
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||
Sbjct 1070 TTCTTGGAAGTGGTCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTT-TCTCTGCCTGAGAATGAACCA 1128
Query 1123 GGAAGCAGTATCATGCCTGGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTT 1182
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 GGAAGCAGTATTATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTT 1188
Query 1183 TGTGCTCAGGTTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTT 1242
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1189 TGTGCTCAAGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT 1248
Query 1243 GAATTGAATGTATTCAAGCCGGTGATCGCAAGCGCTCTTTTGCATTCCGTCAGATTAATA 1302
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | ||| |||||
Sbjct 1249 GAATTGAATGTATTCAAGCCGGTTATCGCAAGCGCTCTCTTACATTCCATTAGACTAATA 1308
Query 1303 GCAGATGCTTCAGCTTCGTTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAA 1362
||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 GCAGATGCTTCAGCTTCATTTGAGAAAAACTGTGTTAGAGGCATTGAGGCCAACAGAGAA 1368
Query 1363 AGGATCTCAAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTCGTGACATCATTGAATCCGAAAATC 1422
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1369 AGGATCTCAAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATT 1428
Query 1423 GGCTATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAA-AGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAA 1481
||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1429 GGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAA-AAGAGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAA 1487
Query 1482 GG 1483
||
Sbjct 1488 GG 1489
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85742530860
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5