BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484101
Length=3421
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G01830.2 | Symbols: WOL, CRE1, WOL1, AHK4, ATCRE1 | CHASE do... 5367 0.0
> AT2G01830.2 | Symbols: WOL, CRE1, WOL1, AHK4, ATCRE1 | CHASE
domain containing histidine kinase protein | chr2:362983-368082
REVERSE LENGTH=3658
Length=3658
Score = 5367 bits (2906), Expect = 0.0
Identities = 3283/3461 (95%), Gaps = 42/3461 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TAATAATGCAATGTTCAATCCTCTCACAACTCATTACAGCTCAGATATGAACTGGGCACT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 90 TAATAATGCAATGTTCAATCCTCTCACAACTCATTACAGCTCAGATATGAACTGGGCACT 149
Query 61 CAACAATCATCAAGAAGAAGAAGAAGAGCCACGAACAATTGAAATTTCTGATTCTGAATC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||
Sbjct 150 CAACAATCATCAAGAAGAAGAAGAAGAGCCACGAAGAATTGAAATTTCTGATTCCGAGTC 209
Query 121 ACTAGAAAACTTGAAAAGCAGCGATTTTTATCAAC----T-G-GGTGGTGCTCTGAATTC 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||
Sbjct 210 ACTAGAAAACTTGAAAAGCAGCGATTTTTATCAACTGGGTGGTGGTGGTGCTCTGAATTC 269
Query 175 GACAGAAAAACCGAGAAAAATCGATTTTTGGCGTTCGGGGTTGATGGGTTTTGCGAAGAT 234
| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 270 GTCAGAAAAGCCGAGAAAGATCGATTTTTGGCGTTCGGGGTTGATGGGTTTTGCGAAGAT 329
Query 235 GCAGCAGCAG---CA--TTCAG---T-A---GCGGTGAAGATG------AATAGTAATAA 276
|||||||||| || ||||| | | |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 330 GCAGCAGCAGCAACAGCTTCAGCATTCAGTGGCGGTGAAGATGAACAATAATAATAATAA 389
Query 277 CGATCAAATGGGTAATAAAAAAGGGTCAACTTTCATACAAGACCATCGAGCGTTGTTACC 336
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 390 CGATCTAATGGGTAATAAAAAAGGGTCAACTTTCATACAAGAACATCGAGCATTGTTACC 449
Query 337 AAAAGCTTTGATTCTGTGGATCATCATTGTTGGGTTTATAAGCAGTGGGATTTATCAGTG 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 AAAAGCTTTGATTCTGTGGATCATCATTGTTGGGTTTATAAGCAGTGGGATTTATCAGTG 509
Query 397 GATGGATGATACTAACAAGGTTAGAAGAGAAGAGGTTTTGGTGAGCATGTGTGATCAAAG 456
|||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 510 GATGGATGATGCTAATAAGATTAGAAGGGAAGAGGTTTTGGTCAGCATGTGTGATCAAAG 569
Query 457 AGCTAGAATGTTGCAGGATCAATTTAGTGTTAGTGTTAATCATGTTCATGCTTTGGCTAT 516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 570 AGCTAGAATGTTGCAGGATCAATTTAGTGTTAGTGTTAATCATGTTCATGCTTTGGCTAT 629
Query 517 TCTCGTCTCCACTTTTCATTACCACAAGAACCCATCTGCAATTGATCAGGAGACATTTGC 576
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 TCTCGTCTCCACTTTTCATTACCACAAGAACCCTTCTGCAATTGATCAGGAGACATTTGC 689
Query 577 GGAATACACGGCAAGAACAGCATTTGAAAGACCGTTGCTAAGTGGAGTGGCTTATGCTGA 636
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 GGAGTACACGGCAAGAACAGCATTTGAGAGACCGTTGCTAAGTGGAGTGGCTTATGCTGA 749
Query 637 AAAAGTTGTGAATTTTGAGAGGGAGATGTTTGAGCGGCAGCACAATTGGGTTATAAAGAC 696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 AAAAGTTGTGAATTTTGAGAGGGAGATGTTTGAGCGGCAGCACAATTGGGTTATAAAGAC 809
Query 697 AATGGACCGAGGAGAGCCTTCACCGGTTAGGGACGAGTATGCTCCTGTTATATTCTCTCA 756
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 AATGGATAGAGGAGAGCCTTCACCGGTTAGGGATGAGTATGCTCCTGTTATATTCTCTCA 869
Query 757 AGATAGTCTCTCTTACCTTGAGTCACTCGATATGATGTCAGGCGAGGAGGATCGCGAGAA 816
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 870 AGATAGTGTCTCTTACCTTGAGTCACTCGATATGATGTCAGGCGAGGAGGATCGTGAGAA 929
Query 817 TATTTTGCGAGCTAGAGAAACCGGGAAAGCTGTCTTGACAAGTCCTTTTAGGTTGTTGGA 876
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 930 TATTTTGCGAGCTAGAGAAACCGGAAAAGCTGTCTTGACTAGCCCTTTTAGGTTGTTGGA 989
Query 877 AACTCACCATCTCGGAGTTGTGTTGACATTCCCTGTCTACAAGTCTTCTCTTCCTGAAAA 936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 AACTCACCATCTCGGAGTTGTGTTGACATTCCCTGTCTACAAGTCTTCTCTTCCTGAAAA 1049
Query 937 CCCGACTGTCCAAGAGCGTATTGCAGCCACTGCAGGGTACCTTGGTGGTGCGTTTGATGT 996
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 TCCGACTGTCGAAGAGCGTATTGCAGCCACTGCAGGGTACCTTGGTGGTGCGTTTGATGT 1109
Query 997 GGAGTCTCTTGTGGAGAATTTACTCGGTCAGCTTGCTGGTAACCAAGCAATTGTTGTACA 1056
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1110 GGAGTCTCTAGTCGAGAATTTACTTGGTCAGCTTGCTGGTAACCAAGCAATAGTTGTGCA 1169
Query 1057 CGTGTATGATATCACCAATGCATCAGATCCACTTGTCATGTATGGCAATCAAGACGAAGA 1116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1170 TGTGTATGATATCACCAATGCATCAGATCCACTTGTCATGTATGGTAATCAAGATGAAGA 1229
Query 1117 AGGCGACACATCTCTCTCTCATGAGAGCAAGCTTGATTTTGGAGACCCCTTCAGGAAACA 1176
|| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 AGCCGACAGATCTCTCTCTCATGAGAGCAAGCTCGATTTTGGAGACCCCTTCAGGAAACA 1289
Query 1177 TAAGATGATATGCAGGTACCACCAAAAGGCACCAATACCGTTGAATGTGCTCACAACTGT 1236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 TAAGATGATATGCAGGTACCACCAAAAGGCACCAATACCGTTGAATGTGCTCACAACTGT 1349
Query 1237 GCCATTGTTCTTTGCAATTGGTTTCTTGGTGGGTTATATACTGTATGGTGCAGCTATGCA 1296
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 GCCATTGTTCTTTGCGATTGGTTTCTTGGTGGGTTATATACTGTATGGTGCAGCTATGCA 1409
Query 1297 CATAGTAAAAGTCGAAGATGATTTCCATGAAATGCAAGAGCTTAAAGTCCGAGCAGAAGC 1356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1410 CATAGTAAAAGTCGAAGATGATTTCCATGAAATGCAAGAGCTTAAAGTTCGAGCAGAAGC 1469
Query 1357 TGCTGATGTCGCTAAATCGCAATTTCTTGCCACCGTGTCTCACGAGATCAGGACACCAAT 1416
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 TGCTGATGTCGCTAAATCGCAGTTTCTTGCTACCGTGTCTCACGAGATCAGGACACCAAT 1529
Query 1417 GAATGGCATTCTCGGAATGCTTGCTATGCTCCTAGATACAGAACTTAGCTCGACGCAGAG 1476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1530 GAATGGCATTCTCGGAATGCTTGCTATGCTCCTAGATACAGAACTAAGCTCGACACAGAG 1589
Query 1477 AGATTATGCTCAAACCGCACAAGTATGTGGTAAAGCATTGATTGCATTGATAAATGAGGT 1536
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 AGATTACGCTCAAACCGCTCAAGTATGTGGTAAAGCTTTGATTGCATTGATAAATGAGGT 1649
Query 1537 TCTCGATCGTGCCAAGATCGAAGCTGGCAAGCTGGAATTGGAATCAGTACCATTTGATAT 1596
||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 TCTTGATCGCGCCAAGATTGAAGCTGGAAAGCTGGAGTTGGAATCAGTACCATTTGATAT 1709
Query 1597 CCGTTCGATATTAGATGATGTCCTTTCTCTATTCTCTGAAGAGTCGAGGAACAAAGGCAT 1656
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1710 CCGTTCAATATTGGATGATGTCCTTTCTCTATTCTCTGAGGAGTCAAGGAACAAAAGCAT 1769
Query 1657 TGAGCTCGCGGTTTTCGTTTCAGACAAAGTGCCAGAGATAGTCAAAGGAGATTCAGGGAG 1716
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1770 TGAGCTCGCGGTTTTCGTTTCAGACAAAGTACCAGAGATAGTCAAAGGAGATTCAGGGAG 1829
Query 1717 ATTTAGACAGATAATCATAAACCTTGTTGGAAATTCGGTTAAATTCACAGAGAAAGGACA 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 ATTTAGACAGATAATCATAAACCTTGTTGGAAATTCGGTTAAATTCACAGAGAAAGGACA 1889
Query 1777 TATCTTTGTCAAAGTCCATCTCGTGGAACAATCAAAAGATGAAGCTGAACCGAAAACCGC 1836
||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1890 TATCTTTGTTAAAGTCCATCTTGCGGAACAATCAAAAGATGAATCTGAACCGAAAAATGC 1949
Query 1837 ATTGAATGG---AGTGTCTGAAGAAATGATTGTTGTTTCCAAACCGTCGAGTTACAACAC 1893
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1950 ATTGAATGGTGGAGTGTCTGAAGAAATGATCGTTGTTTCCAAACAGTCAAGTTACAACAC 2009
Query 1894 GTTGAGCGGTTACGAAGCTGCTGATGGTCGGAATAGCTGGGATTCATTCAAGCATTTGGT 1953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2010 ATTGAGCGGTTACGAAGCTGCTGATGGTCGGAATAGCTGGGATTCATTCAAGCATTTGGT 2069
Query 1954 CTCCGAGGAGCAGTCATTATCGGAGTTTGATATTTCTAGCAATGTTAGGCTTATGGTTTC 2013
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070 CTCTGAGGAGCAGTCATTATCGGAGTTTGATATTTCTAGCAATGTTAGGCTTATGGTTTC 2129
Query 2014 AATCGAAGACACCGGTATTGGAATCCCTTTAGCTGCGCAAGGCCGTGT-TTTAATGCCGT 2072
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2130 AATCGAAGACACGGGTATTGGAATCCCTTTAGTTGCGCAAGGCCGTGTGTTTA-TGCCGT 2188
Query 2073 TTATGCAAGCGGATAGCTCGACTTCAAGAAACTATGGAGGTACCGGGATTGGTTTGAGTA 2132
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2189 TTATGCAAGCAGATAGCTCGACTTCAAGAAACTATGGAGGTACTGGTATTGGTTTGAGTA 2248
Query 2133 TAAGCAAGTGTCTTGTCGAACTTATGCGTGGTCAGATACATTTCATAAGCCGGCCTCATA 2192
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2249 TAAGCAAGTGTCTTGTTGAACTTATGCGTGGTCAGATAAATTTCATAAGCCGGCCTCATA 2308
Query 2193 TTGGAAGCACGTTCTGGTTCACAGCTGTTTTAGAGAAATGCGATAAATGCAGTGCGATTA 2252
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 TTGGAAGCACGTTCTGGTTCACGGCTGTTTTAGAGAAATGCGATAAATGCAGTGCGATTA 2368
Query 2253 ACCATTTGAAGAAACCGAATGTGGAGCACTTGCCTTCTACTTTTAAAGGAATGAGAGCCA 2312
||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2369 ACCATATGAAGAAACCTAATGTGGAACACTTGCCTTCTACTTTTAAAGGAATGAAAGCTA 2428
Query 2313 TAGTTGTTGATGCTAAGCCCGTTAGAGCTGCTGTGACTAGATACCATATGAAAAGACTCG 2372
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 TAGTTGTTGATGCTAAGCCTGTTAGAGCTGCTGTGACTAGATACCATATGAAAAGACTCG 2488
Query 2373 GAATCAATGTCGATGTCGTGACAAGTCTCAAAACCGCAGTGGTTGCAGCTGCTGCGTTTG 2432
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2489 GAATCAATGTTGATGTCGTGACAAGTCTCAAAACCGCTGTTGTTGCAGCTGCTGCGTTTG 2548
Query 2433 GTAGAAACGGTTCTCCTCTCCCAACAAAACCGCAACTGGATATGATTTTAGTAGAGAAAG 2492
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2549 AAAGAAACGGTTCTCCTCTCCCAACAAAACCGCAACTTGATATGATCTTAGTAGAGAAAG 2608
Query 2493 ATTCATGGATTTCAACTGAAGATA-TCGACTCAGAGATACGTGTATTGAATTCAAGATTC 2551
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 2609 ATTCATGGATTTCAACTGAAGATAAT-GACTCAGAGATTCGTTTATTGAATTCAAGAACC 2667
Query 2552 AACGGAAACGTTCATCTCAAGTCTCCAAAACTCGCTCTATTCGCAACAAACATCACAAAT 2611
|||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2668 AACGGAAACGTTCATCACAAGTCTCCGAAACTAGCTCTATTCGCAACAAACATCACAAAT 2727
Query 2612 TCGGAGTTCGACAGAGCTAAATCCGCAGGATTTGCAGATACGGTTATAATGAAACCGTTA 2671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2728 TCGGAGTTCGACAGAGCTAAATCCGCAGGATTTGCAGATACGGTAATAATGAAACCGTTA 2787
Query 2672 AGAGCAAGCATGATCGGGGCGTGTCTGCAGCAAGTTCTCGAGCTGAGAAAAACAAGACAA 2731
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2788 AGAGCAAGCATGATTGGGGCGTGTCTGCAACAAGTTCTCGAGCTGAGAAAAACAAGACAA 2847
Query 2732 CAACATCCCGAAGGATCATCACCCGCAACTCTCAAGAGCTTACTTACCGAGAAGAAGATT 2791
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||
Sbjct 2848 CAACATCCAGAAGGATCATCACCCGCAACTCTCAAGAGCTTGCTTACAGGGAAGAAGATT 2907
Query 2792 CTTGTGGTGGATGATAATATAGTTAACCGAAGAGTAGCTGCAGGAGCTCTCAAGAAATTT 2851
|||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2908 CTTGTGGTTGATGATAATATAGTTAACAGGAGAGTAGCTGCAGGAGCTCTCAAGAAATTT 2967
Query 2852 GGAGCAGAAGTGGTTTGTGCAGAGAGTGGTCAAGTTGCTTTGGGTTTGCTTCAGATTCCA 2911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2968 GGAGCAGAAGTGGTTTGTGCAGAGAGTGGTCAAGTTGCTTTGGGTTTGCTTCAGATTCCA 3027
Query 2912 CACAATTTTGATGCTTGCTTCATGGATATTCAAATGCCACAGATGGACGGATTTGAAGCG 2971
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3028 CACACTTTCGATGCTTGCTTCATGGATATTCAAATGCCACAGATGGACGGATTTGAAGCA 3087
Query 2972 ACTCGTCAGATAAGGATGATGGAGATTGAAGCTAAAGAGAAGACGAATCTCGAATGGCAT 3031
|||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3088 ACTCGTCAGATAAGAATGATGGAGAAGGAAACTAAAGAGAAGACAAATCTCGAATGGCAT 3147
Query 3032 TTACCGATTCTAGCAATGACCGCGGATGTGATACACGCGACCTACGAGGAATGTCTGAAA 3091
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3148 TTACCGATTCTAGCGATGACTGCGGATGTGATACACGCGACCTACGAGGAATGTCTGAAA 3207
Query 3092 AGTGGAATGGATGGTTACGTCTCCAAACCTTTTGAAGAAGAGAATCTCTATAAATCCGTT 3151
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3208 AGTGGGATGGATGGTTACGTCTCCAAACCTTTTGAAGAAGAGAATCTCTATAAATCCGTT 3267
Query 3152 GCCAAATCATTCAAACCTAATCCAATCTCAGCTTCGTCGTAATCCAATTTTCGGGCGAGt 3211
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 3268 GCCAAATCATTCAAACCTAATCCTATCTCACCTTCGTCGTAATCCAATCTTCCGGCGAGT 3327
Query 3212 tttttttttCTCTCAGCAGCCGGGAGAATGGACCGATTCTGCTGATTGATATGCATTTTG 3271
||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3328 TTTTTTTCTCTCTCCGCAGCCGGAAGAGTGGACCGATTCTGCTGATTGATATGCATTTTG 3387
Query 3272 GCTTCTGTACATA---TAGGTTCACAATCCAGAGATTTTGAAGGTTTTTTCTTGT--CAC 3326
| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||
Sbjct 3388 GTTTCTGTACATACAGTAGGTTCACAATCTAGAGATTTTGAAGGTTTTTTTTTCTTTCAC 3447
Query 3327 CTAAGTAATGTAGCTTGCTATGACCAGT--ATGTTGTTAAACGACAACGTCT----CGAC 3380
| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3448 CGAAGTAATGTAGCTTGCCATGACTAGTGTATGTTGTTAAACGACAACGTCTAAGACGAC 3507
Query 3381 TGTTCAGTGTTAATCTTAGCGTAAGTATTAATCCCACGGGA 3421
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3508 GGTTCAGTGTTGATCTTAGCGTAAGTATTAATCCCACGGGA 3548
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 170266604542
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5