BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484107
Length=1212
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G01890.1 | Symbols: PAP8, ATPAP8 | purple acid phosphatase 8... 1773 0.0
> AT2G01890.1 | Symbols: PAP8, ATPAP8 | purple acid phosphatase
8 | chr2:396768-399208 REVERSE LENGTH=1265
Length=1265
Score = 1773 bits (960), Expect = 0.0
Identities = 1151/1238 (93%), Gaps = 33/1238 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGGTCCATCACCTCTTACAtttttttGTTCAAAGTCTCTCAATGGATAGCTTGAGAGATG 60
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Sbjct 1 AGGTCCATCACCTCTTACA-TTTTTTCTCCAAAGTCTCTCAATGGATAGCTTGAGAGATG 59
Query 61 TTAAGCCTATCAAATTCATATTTTCTATTTTCTGTCTAATTTTTATATTATCCGCCTGTA 120
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Sbjct 60 TTAAGCCTATCAAACTCATATTTTCTATTTTCTGTCTAGTTATTATACTATCCGCCTGTA 119
Query 121 ATTCAATGGCGGAGCTACCACGGTTCGTCCAACCACCAAAACCCGATGGTACACTCAGTT 180
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Sbjct 120 ATTCAACGGCAGAGCTACCGCGGTTCGTCCAACCACCAGAACCCGATGGTTCACTCAGTT 179
Query 181 TTCTCGTTGTCGGCGACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTATAACCAGTCCCAAGTAGCTCTTC 240
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Sbjct 180 TTCTCGTTGTCGGCGACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTATAATCAGTCCCAAGTAGCTCTTC 239
Query 241 AGATGGGGAAAACAGGGAAGGATTTGAATATTGATTTCCTCATTTCGACTGGAGATAACT 300
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Sbjct 240 AGATGGGAAAAATAGGGAAGGACTTAAATATTGATTTCCTCATTTCGACTGGAGATAACT 299
Query 301 TTTATGATGACGGAATAATCAGTCCATATGATTCTCAATTTCAAGATTCGTTTACCAATA 360
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Sbjct 300 TTTATGATGATGGAATAATCAGTCCATATGATTCTCAATTTCAAGATTCGTTTACCAATA 359
Query 361 TTTACACATCATCTAGCTTACAAAAACCATGGTACAATGTATTAGGAAATCATGATTATA 420
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Sbjct 360 TTTACACAGCAACTAGCTTACAAAAACCATGGTACAATGTATTAGGAAATCATGATTATA 419
Query 421 GAGGTAACGTCTATGCGCAACTCAGCCCCATTCTCAGGGATTTGGACTGCCGATGGATTT 480
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Sbjct 420 GAGGTAACGTCTATGCGCAACTCAGCCCCATACTCAGGGATTTGGACTGCCGTTGGATTT 479
Query 481 GTTTAAGATCTTATGTTGTTAACGCCGAGATTGTCGATATTTTCTTTGTGGACACAACAC 540
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Sbjct 480 GTTTAAGATCTTATGTTGTTAACGCCGAGATTGTCGATATTTTCTTCGTGGATACAACAC 539
Query 541 CGTTCGTAGATAAATATTTTGATGAACCAAAAGACCATGTGTATGATTGGAGAGGCGTAT 600
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Sbjct 540 CGTTCGTAGATAGATATTTTGATGAACCAAAGGACCATGTATATGATTGGAGAGGCGTAT 599
Query 601 TACCAAGAAATAAATATCTTAACAATCTCTTAACGGATGTCGATGTGGCATTGCAAGAAT 660
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Sbjct 600 TACCGAGAAATAAATACCTTAACAGTCTCTTAACGGATGTGGATGTGGCATTGCAAGAAT 659
Query 661 CAATGGCTAAATGGAAAATAGTGGTAGGCCATCACACGATCAAAAGTGCAGGTCACCACG 720
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Sbjct 660 CAATGGCTAAATGGAAAATAGTGGTAGGCCATCACACGATCAAAAGTGCAGGTCACCACG 719
Query 721 GCGTA-ACGATAGAGCTTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTCGAGGCTAATGAAGTGGAT 779
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Sbjct 720 G-AAATACCATAGAGCTTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTCGAGGCTAATGAAGTGGAT 778
Query 780 CTCTATATAAACGGGCATGATCATTGCTTGGAGCACATAAGCAGCATCAACAGTGGAATA 839
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Sbjct 779 CTCTATATAAACGGGCATGATCATTGCTTGGAGCACATAAGCAGCATCAACAGTGGAATA 838
Query 840 CAATTTATGACAAGTGGCGGTGGATCTAAGGCGTGGAAAGGAGATATGAATGATTGGAAC 899
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Sbjct 839 CAATTTATGACAAGTGGAGGTGGCTCCAAGGCGTGGAAAGGAGATGTGAATGATTGGAAC 898
Query 900 CCACAAGAGATGAGGTTTTACTATGATGGACAAGGATTCATGTCGGTTTACACATCCGAA 959
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Sbjct 899 CCACAAGAGATGAGGTTTTACTATGATGGACAAGGATTCATGTCGGTTTACACATCCGAA 958
Query 960 GCCGAACTACGCGTCGTTTTTTATGATGGTTTTGGTCGTATTTTACATCGATGGAGCACT 1019
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Sbjct 959 GCTGAACTACGCGTCGTTTTCTATGATGGTCTTGGTCACGTTTTGCATCGATGGAGCACT 1018
Query 1020 -TGTAAGAAGGGGGTTTATTCCGATATCTGATCGATGGTCAGACaaaaaaaaaGTTAAGA 1078
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Sbjct 1019 CT-TAAGAATGGGGTTTATTCCGATATCTAATCGATGGTCAGACAAAAAAGTAGTTAAGA 1077
Query 1079 GTTA--A-AG--TT----------------C-ATTGTTTATTATGTTGATGTTTCATGTG 1116
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Sbjct 1078 GTTACGACATAATTATTTATATTAATTAGTCCATTGTTTATTATGTTGATATTTCATGTG 1137
Query 1117 ACTTAA-CATTTCTTAATGTTGTGTGATTATTTTCGAATTCTTAAAGGTATTTTAATACA 1175
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Sbjct 1138 AGTTAAACATTTTTTAATGTTGTGTGATTATTTTCGAATTCTTAATGGTATCTTAATACA 1197
Query 1176 TGGAGACATATAGAACT-CTCATGATTTGGTTTTGATT 1212
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Sbjct 1198 TGGAGACATAT----CTTCTCATGATTTGGTTTTGATT 1231
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59537846370
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5