BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484139
Length=3261
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G02148.1 | Symbols: | unknown protein. | chr2:547215-549616... 1993 0.0
AT2G02150.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 1520 0.0
> AT2G02148.1 | Symbols: | unknown protein. | chr2:547215-549616
REVERSE LENGTH=1576
Length=1576
Score = 1993 bits (1079), Expect = 0.0
Identities = 1411/1555 (91%), Gaps = 87/1555 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1738 GTGTGGAGTTCGGAGCCAGGTTCGGAGATCTCCTGTCACCGTACGAT-A-----A--T-C 1788
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | | |
Sbjct 31 GTGTGGAGTTTGGAGCCAGGTTCGGAGATCT-CTGTCACCGTACGATAATTCTCAGGTAC 89
Query 1789 ---T-C----AGAAATGGGAGCTAGGGTTCGAGTGCAGCATTACAATTTGGGATCAGCTG 1840
| | |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||| |||
Sbjct 90 GGATCCAGGAAGAAATGGGAGCTAGGGTTCAAGTACAACATTACAATTTAGGATCATCTG 149
Query 1841 ATTCCTACATCGGTACTTCTCTCCATGATCTCAACTCCGTTGATGGTCCGCCGAGAGATA 1900
|||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 150 ATTCCTACATCGCTACTTCTCTCCACGATCTCAACTCCGTCGATGGTCCGCCGAGAGATA 209
Query 1901 TCGACGGTATCAGAGGCTCC---GGT-G-G-CGGCGATAGTTTGGATAATGACGGCGATT 1954
||||||||||| ||||| || ||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 210 TCGACGGTATCGGAGGCGCCGTTGGTCGTGACGGCGATAGTTTAGATAATGACGGCGATT 269
Query 1955 CCTCTTCTGCGGATTGTATGCATGAATCATACAGAAACTCTATGCAAATCCACAGTGAAG 2014
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 270 CCTCTTCTGCGGACTGTATGCATGAATCATACAGAAACTCTATGCAAAT---C------G 320
Query 2015 GAGTTGAAGAAGGTGGATCTAACATGGAGAACAAAGGACCTGTAGGATCTGCTTACATTA 2074
|||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||
Sbjct 321 GAGTAGAAGAAGGTGGATCTAACATGGAGAAC--A--A-----AGGATCTGCTTACATTA 371
Query 2075 TGTTAAACATTGAAGATGTTTCACCGATTGAAGCAGCACGAGGGAGGTTTCTACAAATAA 2134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |
Sbjct 372 TGTTAAACATTGAAGATGTTTCACCGATTGAAGCAGCAAGAGGGAGGTTTCTGCAAATCA 431
Query 2135 TCTTGGACTACTTTATTAGCCAACATGTGATTGAAGTC-GCTGAGAACAAGCGTGATCAT 2193
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||
Sbjct 432 TATTGGACTACTTTATTAGCCAACATGTGATTGAAGTCTG-TGAGAGCAAACGTGATCAT 490
Query 2194 GAAACGGATTCAGGAGGACGTGATAATAGTAATAAAGTGAAGAGGAAGTCGGATGATACA 2253
|| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 GATGTGGATTCAGGAGGACGTGATAGTAATAGTAAAGTGAAGAGGAAGTCGGATGATACG 550
Query 2254 CGATATGAAGGTGATCCGAGTTTTGCGTTACCGTTGATGTATATTGCAAATTTGTATGAG 2313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 CGATATGAAGGTGATCCGAGTTTTGCGTTACCGTTGATGTATATTGCAAATTTGTATGAG 610
Query 2314 ACTTTAGTTGGTGAAGCAAATGTGAGGCTTGCTTCATTGAATGGAATAAGAGATAAGACG 2373
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 611 ACTTTAGTTGGTGAAGCAAATGTGAGGCTTGCTTCATTGAATGGAATAAGGGATAAGACT 670
Query 2374 ATTGGAGTAGCTCTTGAAGCAGCTGGTGGCTTGTATAGGAAATTAACTAAGAAGTTTCCT 2433
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 ATTGGAGTAGCTCTTGAAGCTGCTGGTGGCTTGTATAGGAAATTAACTAAGAAGTTTCCT 730
Query 2434 AAGAAAGGTACTTGCATGTACAGGAGAAGAGAACTAGCAACTTCAGTTGAAACAAGGACA 2493
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 AAGAAAGGTACTTGCATGTACAGGAGAAGAGAACTGGCAACTTCAGTTGAAACAAGGACA 790
Query 2494 AGATTTCCAGAATTGGTAATACATGAAGAGAAACGAGTTCGCTTTGTGGTGGTCAATGGT 2553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 791 AGATTTCCAGAATTGGTAATACATGAAGAGAAACGAGTTCGCTTTGTGGTGGTTAATGGT 850
Query 2554 TTGGATATTGTTGAAAAGCCA-GATGATTTGCCTATTGAAGATGCTGAATGGTTTAAGCG 2612
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 851 TTGGATATTGTTGAAAAGCCAAG-TGATTTGCCTATTGAAGAAGCTGAATGGTTTAAGCG 909
Query 2613 ATTAACAGGCCGTAATGAAGTGGCTATCTCTGCAAGAGACTATAAATTCTATTGCCCTCG 2672
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 910 ATTAACAGGCCGTAATGAAGTGGCTATCTCTGCTAGAGATTATAAATTCTACTGCCCTCG 969
Query 2673 ACGCAAGCATAGGCGTGTTCAAAATTCTGTCTCCAGCATCAGTGGCTTGCCTACATTTCC 2732
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 970 ACGCAAGCATAGGCGTCTTCAGAATTCTGTCTCCAGCATCAATGGCTTGCCTACATTTCC 1029
Query 2733 AGGTATAGACTCTTCAACGTTAGCTAGTACACAAGGATTTCGCTCCGTTAATGAAGATCA 2792
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | || || |||
Sbjct 1030 AGGTATAGACTCTTCAACGTTAGCTAATACACAAGGATTTCGC---G--AA-GA---TCA 1080
Query 2793 AAGTCAACAACAACACACTCCTTCTCCTTCCAAACATCACATGTCATCTTTGTCTCATCA 2852
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGCCAACAACAACACACTCCTTCTCCTTCCAAACATCATATGTCATCTTTGTCTCATCA 1140
Query 2853 ATTTCACCAATCTATTAACCAGAGCCACCACCACCATCAATCTATTTACCAAAATCAACA 2912
|||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1141 ATTTCATCAATCTATTCACCAGAGCCACCAACACCATCAATCTATATACCAAAGTCAACA 1200
Query 2913 CGCAGCCACACATTTTCCCGGTCAGAACCATCAATGTGACCCTGAACTATCTCACACCCA 2972
|||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1201 CGCAGCCACACACTATCCCAGTCAGAACCATCAATGTGACCCTGAACTATCTCACAC--A 1258
Query 2973 CCAGTCACCATCTATTTCACATCACATGGCTTGCTTGCAACCCCTCACTGGAGGCCATGT 3032
| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 C-A---A--AT----------------GGCTTGCTTGCAACCCCTCACTGGAGGCCATGT 1296
Query 3033 AATGCCAAATAGTCCGGCGAAATTTTGTGACCAATGTGGAGCACAGTACTTGAGAGAGAC 3092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 AATGCCAAATAGTCCGGCGAAATTTTGTGACCAATGTGGAGCACAGTACTTGAGAGAGAC 1356
Query 3093 ATCCAAATTCTGCTCAGAGTGTGGCTCCAAGAGACTCGGGATATAGTGAAGAGACACAAA 3152
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1357 ATCCAAATTCTGCTCAGAGTGTGGTTCCAAGAGACTCGGGATATAGTGAAGAGAGACAAA 1416
Query 3153 TCTTTGCTCTAGTCTCAGGTTAGAATT-TCGTT--GAAGGCAGAAATTT-ACGAGAAGTT 3208
||||||||| |||||| |||| ||| | ||||| || |||| | |||| ||||||||||
Sbjct 1417 TCTTTGCTCGAGTCTCGGGTT-GAAATATCGTTTTGA-GGCACATATTTTACGAGAAGTT 1474
Query 3209 TAGTGTTTCAGGTTGGTGAAGTCTGAGCTAGTATAT-TT-ACTTGGCCCGGAAGT 3261
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1475 TAGTGTTTCAGGTTGGTGAAGTCTGAGCTAGTATATATTTACTTGGCCCGGAAGT 1529
> AT2G02150.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:550340-552625 REVERSE LENGTH=2286
Length=2286
Score = 1520 bits (823), Expect = 0.0
Identities = 907/949 (96%), Gaps = 0/949 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACTCGTAATGGGTTTAAGCACTCCATGGAATCTTATTGTATAGTAGCTCACATTCTG 60
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 397 ATGACTCGTAATGGGTTTAAGCACTCTGTAGAATCTTACTGTATAGTAGCTCACATTCTG 456
Query 61 TTTTGTGCTAGAATGTATTATGATGCTAATAGTATCCTTAAAGAGATGGTTTTGTCAAAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 TTTTGTGCTAGAATGTATTATGATGCTAATAGTGTCCTTAAAGAGATGGTTTTGTCAAAG 516
Query 121 GCGGACTGCGATGTTTTCGATGTTCTATGGTCGACAAGGAATGTGTGTGTGCCTGGTTTT 180
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 517 GCGGACTGCGATGTTTTCGATGTTCTGTGGTCTACAAGGAATGTGTGTGTACCTGGTTTT 576
Query 181 GGAGTGTTTGATGCTTTGTTTAGTGTTTTGATTGATCTAGGAATGGTTGAGGAAGCTATT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 577 GGAGTGTTTGATGCTTTGTTTAGTGTTTTGATTGATCTAGGAATGCTTGAGGAAGCTATT 636
Query 241 CAGTGTTTCTCTAAGATGAAGAGATTCAGGGTTTTCCCGAAAACTCGGTCTTGCAATGGT 300
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 637 CAGTGTTTCTCTAAGATGAAGAGATTTAGAGTTTTCCCAAAAACTCGGTCTTGCAACGGT 696
Query 301 TTATTGCATAAGTTTGCGAAATTGGGGAAGACAGATGGGGTGAAGAGATTTTTTAAAGAC 360
|||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 697 TTATTGCATAGGTTTGCGAAATTAGGGAAGACTGATGATGTGAAGAGGTTTTTCAAAGAC 756
Query 361 ATGATTGGTGCTGGTGCGAAACCGACTGTGTTTACTTACAATATAATGATAGATTGTGTG 420
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 757 ATGATTGGTGCTGGTGCGAGACCGACTGTGTTTACTTACAATATAATGATAGATTGTATG 816
Query 421 TGTAAAGAAGGAGATGTAGAAGCTGCTAGAGGCTTGTTTGAAGAAATGAAGTTTAGAGGT 480
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 TGTAAAGAAGGAGATGTTGAAGCTGCTAGAGGCTTGTTTGAAGAAATGAAGTTTAGAGGG 876
Query 481 TTGATTCCGGACACTGTTACTTATAATTCTATGATTGATGGTTTTGGGAAGGTTGGTCGA 540
||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 TTGGTTCCTGACACTGTTACATATAATTCTATGATTGATGGTTTTGGGAAGGTTGGTCGA 936
Query 541 TTAGATGATACGGTTTGCTTTTTTGAGGAGATGAAGGATATGTGCTGCGAGCCTGATGTT 600
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 TTAGATGATACGGTTTGCTTTTTCGAGGAAATGAAGGATATGTGCTGCGAGCCTGATGTT 996
Query 601 ATAACATACAATGCGTTGATCAATTGTTTCTGTAAATTTGGGAAATTGCCTAAAGGTTTG 660
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 997 ATAACATATAATGCATTGATCAATTGTTTCTGTAAATTCGGGAAATTGCCTATAGGTTTG 1056
Query 661 GAGTTTTATAGGGAGATGAAGCGAAATGGGTTGAAACCGAATGTTGTGAGTTACAGCACT 720
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1057 GAGTTTTATAGAGAGATGAAGGGAAATGGGTTGAAACCGAATGTTGTGAGTTATAGCACT 1116
Query 721 TTGGTTGATGCGTTTTGTAAAGAGGGTATGATGCAACAAGCAATCAAGTTTTATGTTGAC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1117 TTGGTTGATGCGTTTTGTAAAGAGGGTATGATGCAACAAGCCATCAAGTTTTATGTTGAC 1176
Query 781 ATGAGAAGAGTTGGTCTTGTGCCTAATGAGTATACATATACTTCCCTCATTGATGCCTAT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1177 ATGAGAAGAGTTGGTCTTGTGCCTAATGAGTATACATATACTTCCCTCATTGATGCCAAT 1236
Query 841 TGTAAAATTGGTAATCTCTCAGATGCTTTTAGGTTAGCTAATGAGATGTTGCAAGTGGGT 900
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 TGTAAAATTGGTAATCTCTCTGATGCTTTTAGGTTAGGGAATGAGATGTTGCAAGTGGGT 1296
Query 901 GTAGAATGGAATGTGGTCACTTACACTGCGCTAATTGATGGCCTTTGTG 949
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1297 GTAGAATGGAATGTGGTCACTTACACTGCGCTTATTGATGGCCTTTGTG 1345
Score = 915 bits (495), Expect = 0.0
Identities = 579/620 (93%), Gaps = 3/620 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 953 GGGAAAACCCCACTGAGGGATTGCATCTACTGGACGAGATGCTAGAACTTGATATCGAGG 1012
||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1665 GGG-AAACCCAACTGAGGGATTGCACCTACTGGACGAGATGAAAGAACTTGATATTGAGG 1723
Query 1013 TCACAGTGGTTACCTTTTGCGTTTTGATTGATGGATTGTGCAAAAATAAGTTAGTTTCTA 1072
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1724 TCACAGTTGTTACCTTTTGCGTTTTGATTGATGGATTGTGCAAAAACAAGTTGGTTTCTA 1783
Query 1073 AGGCAATTGATTATTTCGGGAGGATAAGTAATGATTTTGGTCTACAAGCTAATGCAGCCA 1132
| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1784 AAGCAGTTGATTATTTCAATAGGATAAGTAACGATTTTGGTCTACAGGCTAATGCAGCGA 1843
Query 1133 TATACACAGCAATGATTGATGGTCTCTGTAAAGGTAATCAAGTTGAGGCTGCAACAACTC 1192
||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 TATTCACAGCGATGATTGATGGTCTCTGTAAAGATAACCAAGTTGAGGCTGCAACAACTC 1903
Query 1193 TCTTTGAACAAATGGCTCA-AAAGGGTCTAGTTCCAGACAGAACGGCATACACATCGTTA 1251
| ||||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 TTTTTGAACAAATGGTTCAGAAGGGGT-TAGTTCCTGACAGAACGGCATACACATCGTTA 1962
Query 1252 ATGGATGGGAACTTTAAGCAAGGGAATGTGCTAGAGGCTTTGGCTTTACGAGACAAAATG 1311
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 ATGGATGGCAACTTTAAGCAAGGGAATGTGCTAGAGGCTTTGGCTTTACGAGACAAAATG 2022
Query 1312 GTTGAGACTGGTATGAAGCTTGATTTGCTTGCTTACACTTCATTAGTCTGGGGATTATCG 1371
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2023 GCTGAGATTGGTATGAAGCTTGATTTGCTTGCTTACACTTCATTAGTCTGGGGGTTATCG 2082
Query 1372 CACTGCAATCAGTTGCAGAAAGCGAGATCCTTCATGGAGGAAATGATCGGAGAAGGAATA 1431
||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2083 CACTGCAATCAGTTGCAAAAAGCGAGATCCTTCCTCGAGGAAATGATCGGGGAAGGAATT 2142
Query 1432 CACCCTGACGAGGTTTTGTGTATTAGTGTCTTGAAGAAACACTATGAGCTTGGATGTATA 1491
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 CACCCTGATGAGGTCTTGTGTATTAGTGTCTTGAAGAAACACTATGAGCTTGGATGTATA 2202
Query 1492 AACGAAGCTGTAGAGTTGCAGAGTTATCTGATGAAGCATCAACTTTTGACCAGTGACAAT 1551
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 GATGAAGCTGTAGAGTTGCAGAGTTATCTGATGAAGCATCAACTTTTGACCAGTGACAAC 2262
Query 1552 GATAATGCACTCCCAAACAT 1571
||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 GATAATGCACTCCCAAACAT 2282
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162239893662
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5