BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484217
Length=1809
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G03070.1 | Symbols: MED8 | mediator subunit 8 | chr2:905619-... 2488 0.0
> AT2G03070.1 | Symbols: MED8 | mediator subunit 8 | chr2:905619-909070
FORWARD LENGTH=2086
Length=2086
Score = 2488 bits (1347), Expect = 0.0
Identities = 1639/1774 (92%), Gaps = 44/1774 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 71 TATTTCCCGGTTCTATTTCTCTCACACTCTCTCTCGTCTTCTCCAATAACTAACTCCTCC 130
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 99 TATTTCCCGGTTCTATTTCTCAAACACACTCTCTCGTCTTCTCCAATAACTAACTTCTCC 158
Query 131 AAATC-AAGCCTTGTTCAAAATTTTGAGTGTGGT-TTCGTTTTCTAATTCGGGTTTGTTT 188
||||| ||||||| ||| | |||||| | | | |||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 159 AAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCAT--TCCTCGTTTTCTAATTC-GGTTTGTGT 215
Query 189 AGGAGCTCTCTG-TATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCA---CCTCCTCCGGTGGCT 244
| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 216 ATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCACCTCCTCCTCCGGTAGCT 275
Query 245 GAGAAGCTAAATCCGAAGTTGGAGAAGGAACTGAATCTTGAGTCATTGAAGACACGAGCC 304
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 276 GAGAAGCTGAATCCAAAACTGGAGAAGGAACTGAATCTGGAGTCGTTGAAGACACGAGCC 335
Query 305 GTTAGCTTGGTCAAAGCCGTTTCTCGAATCCTTGAAGATTTCGATGCTTATGGTCGAACC 364
|||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 336 GTTAGCTTGGCCAAAGCCATTGCTCGAATCCTTGAAGATTTCGACGCTTATGGTCGAACC 395
Query 365 AACACTACTCCTAAATGGCAGGATATTCTAGGGCAATATTCGATGGTAAATCTCGAGCTT 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 396 AACACTACTCCTAAATGGCAGGATATTCTAGGGCAGTATTCGATGGTAAATCTCGAGCTT 455
Query 425 TTTAACATTGTGGAGGAAGTGAAGAAAGTTTCCAATGCGTTTGTCGTGCTTCCGAAGAAC 484
|||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 456 TTTAACATTGTGGAAGAAGTAAAGAGAGTTTCAAATGCGTTTGTTGTGCTTCCTAAGAAC 515
Query 485 GTCAATGCTATGAATGCTGGAATTTTACCGGTTATGTTGTCTTCCAAGTTACTTCCGGAG 544
|||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 516 GTCAATGCTATGAACGCTGCAATTTTACCGGTTATGTTGTCTTCGAAATTACTACCGGAG 575
Query 545 ATGGAAACTGATGACAATGCCAAGAGAGAGCAGTTGCTTCAAGGCGTTCAGAGTTTGCCA 604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 576 ATGGAAACTGATGACAATGCCAAGAGAGAGCAGTTGCTTCAAGGTGTTCAGAGTTTGCCT 635
Query 605 ATACCAATGCAAATTGAAAGGCTAAAGGCGAGGATGGATATGATTGCAGCAGCTTGTGAA 664
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 ATACCAATGCAAATCGAAAGGCTTAAGGCGAGGATGGATATGATTGCAGCAGCTTGTGAA 695
Query 665 AATGCAGAGAA-AGTATTAGCGGATACTCGTAAGGCTTATGGATTTGGCACTCGTCAAGG 723
|||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 696 AATGCAGA-AAGAGTATTAGCTGATACTCGTAAAGCTTACGGATTTGGCACTCGTCAAGG 754
Query 724 CCCGTCTATGCTTCCAACTATGGATAAAGGTCAAGCTGCAAAGATTCAGGAGCAGGAGAG 783
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 CCCGTCTATGCTTCCTACTATGGATAAAGGTCAAGCTGCAAAGATTCAGGAGCAGGAGAA 814
Query 784 CATGCTTCGAGCA-GCTGTAAATGATGGCGCGGGAACAAAACTGCCTCCAGACCAGAGAC 842
||||| |||| | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AATGCTACGAG-ATGCTGTAAATGACGGTAAAGGAACACAACTGCCTCCAGACCAGAGAC 873
Query 843 AGATAACCACAGCACTTCCACCACATCTGGCAGATGTGCTAATTATCAACGATGCAGGTA 902
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 874 AGATAACCACTGCACTTCCACCACATCTGGCAGATGTGCTAATTATCAATGATGCAGGTA 933
Query 903 AGATTGCATTACCTGGCCAATTAAACAACATCAACAATCAAGGAATGATGCAGGTTTCTG 962
|||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 934 AGATTGCATTACCTGGGCAATCAAACAACATTAACAATCAAGGAATGATGCAGGTTTCCG 993
Query 963 GAACTCAGTTTATGGGAAGATCAGCTGCATCTCCATCTGGTCCTAATTTTGATAACACAA 1022
| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 994 GGACTCAATTTGTGGGAAGATCAGCTGCATCTCCATCTGGTCCTAATTTTGATAACACAA 1053
Query 1023 CATCTCCCTTACCATATTCCAATTCTCCTCGCGCTACGGGTATGGTTAATGCACCTTCGC 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1054 CATCTCCCTTACCATATTCCAATTCTCCTCGCGCTACGGGTATGGTTAATGTGCCTTCGC 1113
Query 1083 CTCAGCAACAAATCCAG---CAACAGCTTCAACAGCAGCAGCAAAGGTCAAAACTAATGC 1139
||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1114 CTCAGCATCAAATCCAGCAACAACAGTTTCAACAGCAGCAGCAAAGGTCAAAATTAATGC 1173
Query 1140 AGTTGCCTCAACAT---CAGCAGCAACTACTTGCACAACAACAACAACAGCTCAGGCAAT 1196
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 AGTTGCCTCAACATCAGCAGCAGCAACTACTTGCACAACAACAACAACAGCTCAGGCAAT 1233
Query 1197 CTTCTATGCAGGGATTGGGTCAGAGTCAGATACCAGCTCTTCATGATTTGCATGGGCAAG 1256
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1234 CTTCTATGCAGGGATTGGGTCAAAGTCAGATACCAGCACTTCATGATATGCATGGGCAAG 1293
Query 1257 CTCAGCAGAAGTTTCAGACGTTACATGGGCAACATCAAATGCCATATTCCCAGCCAATGG 1316
||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294 CTCAGCAAAAGTTTCAGACGTCACATGGGCAACATCAAATGCCATATTCCCAGCCAATGG 1353
Query 1317 CCGCGCACCAACAATTCCAAGCTAGACAGCTCTCAGGTGGACATATTCAGCATAGCATGT 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 GCGCGCACCAACAATTCCAAGCTAGACAGCTCTCAGGTGGACATATTCAGCATAGCATGT 1413
Query 1377 CTCAAGGACAACTCAATCCTGCGATGAACCGTCACTTAAACCAGTTTTCAGGTGGAGCCA 1436
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 CTCAAGGACAGCTCAATCCAGCGATGAACCGTCACTTAAACCAGTTTTCAGGTGGAGCCA 1473
Query 1437 ATAGTGCATTGTTTACTTCTGCACAAGGCTCCCCAAGTAGCCAAATGATACCAAACATGT 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474 ATAGTGCATTGTTTACTTCTGCACAAGGCTCCCCAAGTAGCCAAATGATACCAAACATGT 1533
Query 1497 CGTCTATACAATCTCAGACACTTGTTCCTAGGATGCAGCAATTTGGAGTTTCGGGTACAA 1556
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1534 CATCTATGCAATCTCAGACACTTGTTCCTAGGATGCAGCAATTTGGAGTTTCGGGTACCA 1593
Query 1557 ATCCCCAAAGAAGCCATTCTTCTCAAATGTTGGGTGACCAGATGTTTaacagcagcggaa 1616
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1594 ATCCCCAAAGAAGCCATTCGTCTCAAATGTTGGGTGACCAGATGTTTAACACCAGCGGAA 1653
Query 1617 tgatgcaaacgcagcaaac---------gcaa-c--aacagcagcagcagcaacaacaac 1664
|||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1654 TGATGCAAACACAGCAAACACAAATTCAGCAATCGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAAC 1713
Query 1665 aaGGAGTCTATGGAAGTATGCAGACGAATC-------T--ACAGCCTAATAACATGATGC 1715
|||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 AAGGAGGCTATGGAAATATGCAGACGAATCAGCAGAGTCTACAGCCTAATAACATGATGC 1773
Query 1716 AGAATGCTCAACAAAGGCACCAAAATCCTCAATAATCAATCCCTTTTAAATAATTTGGGC 1775
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 AGAATGCTCAACAAAGGCACCAAAATCCTCAATAA-C---CCCTTTTAAATAATTTGGGC 1829
Query 1776 TTGTAATAAACCGATGCCTATATTTGGTAGTACC 1809
||||||| ||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1830 TTGTAATGGGCCGATGCCTGTATTTTGTAGTACC 1863
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89507571735
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5