BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484300
Length=2088
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G03880.1 | Symbols: REME1 | Pentatricopeptide repeat (PPR) s... 3284 0.0
> AT2G03880.1 | Symbols: REME1 | Pentatricopeptide repeat (PPR)
superfamily protein | chr2:1181537-1183703 FORWARD LENGTH=2167
Length=2167
Score = 3284 bits (1778), Expect = 0.0
Identities = 1993/2097 (95%), Gaps = 14/2097 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGGATATGATGAAGTCAGTAACGTCAACGATCAAACTCTTTAGACCAGTCCTCACGTTA 60
||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 15 GTGGAGACGATGAAGTCAGTAATGTCAAAGATCAAACTTTTTAGACCAGTCGTCACGTTA 74
Query 61 CGTTGTTCTTATAGCTCCACCGATCAAACTCTTCTTCTTAACGAATTTACCAGACTCTGT 120
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 75 CGTTGTTCTTACAGCTCCACAGATCAAACTCTTCTTCTTAGCGAATTTACCAGACTCTGT 134
Query 121 TACCAGAAAGACCTTCCCAAAGCTATGAAAGCAATGGATTCGTTACAAAGCCATGGTCTT 180
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 135 TACCAGAGAGACCTTCCCAGAGCTATGAAAGCAATGGATTCATTGCAAAGTCATGGTCTT 194
Query 181 TGGGCAGACTCTGCAACTTATTCTGAGCTTATCAAATGTTGCT-TGTCTCATAGAGCTGT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||
Sbjct 195 TGGGCAGACTCTGCAACTTATTCTGAGCTTATCAAGTGTTG-TATATCTAATAGAGCTGT 253
Query 240 TCACGAAGGGAACCTCATTTGTCGTCATTTATACTTCAATGGTCATCAACCAATGATGTT 299
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 254 TCATGAAGGGAATCTCATTTGTCGTCATTTATACTTCAATGGTCATCGACCAATGATGTT 313
Query 300 TCTGGTTAATGTAT-TGATCAATATGTATGTAAAATTCAATCTTTTGAATGATGCTCACC 358
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 314 TCTGGTTAATGT-TCTGATCAATATGTATGTAAAATTCAATCTTTTGAATGATGCTCACC 372
Query 359 AACTGTTCGA-CGAAATGCCTCAAAGGAATGTTATTTCTTGGACTACGATGATTTCGGCA 417
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 373 AACTGTTCGATC-AAATGCCTCAAAGGAATGTTATTTCTTGGACTACGATGATTTCTGCT 431
Query 418 TATTCTAAGTGTAAGATTCATCAGAAGGCTTTGGAGCTTTTGGTTTTGATGTTGAGAGAT 477
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 432 TATTCTAAGTGTAAGATTCATCAAAAGGCTTTGGAGCTTTTGGTTTTGATGTTGAGAGAT 491
Query 478 GGTGTGAGGCCTAATGTGTATACTTATTCCTCTGTTTTGAGAGCTTGTAATGGTATGTCT 537
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 492 AATGTGAGGCCTAATGTGTATACTTACTCTTCTGTTTTGAGATCTTGCAATGGTATGTCT 551
Query 538 GATGTTAGAATGCTTCATTGTGGGATTATTAAGGAGGGTTTAGAGTCTGATGTTTATGTT 597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||
Sbjct 552 GATGTTAGAATGCTTCATTGTGGGATTATTAAGGAGGGGTTGGAGTCTGATGTTTTTGTT 611
Query 598 AGGAGTGCTTTGATTGATGTGTTTGCTAAACTGGGTGAGCCGGAGGATGCTCTTTTGGTT 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 612 AGGAGTGCTTTGATTGATGTGTTTGCTAAACTGGGTGAGCCGGAGGATGCTCTTTCGGTT 671
Query 658 TTCGATGAAATGGTTACGGGTGATGCGATTGTTTGGAACTCGATTATTGGTGGGTTTGCT 717
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 672 TTCGATGAAATGGTTACAGGTGATGCGATTGTTTGGAACTCGATCATTGGTGGGTTTGCT 731
Query 718 CAGAATAGTAGAAGCGATGTAGCTTTGGAGCTTTTTAAGAGGATGAAAAGAGCTGGTTTC 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 732 CAGAATAGTAGAAGCGATGTAGCTTTGGAGCTTTTTAAGAGGATGAAGAGAGCTGGTTTC 791
Query 778 ATTGCGGAGCAGGCTACGTTGACTAGCGTATTGAGGGCTTGTACTGGTTTAGCTCTGTTG 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 792 ATTGCGGAGCAGGCTACGTTGACTAGCGTATTGAGGGCTTGTACTGGTTTGGCTCTGTTG 851
Query 838 GAGCTTGGGATGCAAGCTCATGTTCATATCGTGAAATATGACCAAGACTTGATACTCAAC 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 GAGCTTGGGATGCAAGCTCATGTTCATATCGTGAAATATGACCAAGACTTGATACTCAAC 911
Query 898 AACGCACTAGTGGACATGTATTGCAAATGTGGGAGCTTGGATGATGCTCGCCGTGTGTTC 957
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 912 AACGCACTCGTGGACATGTATTGCAAGTGTGGGAGTTTGGAGGATGCTCTCCGTGTGTTC 971
Query 958 AACCAGATGAAGGAGAGAGATGTGATTACATGGAGCACTATGATTTCAGGGTTAGCACAA 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 972 AACCAGATGAAGGAGAGAGATGTGATTACATGGAGCACTATGATTTCAGGGTTGGCACAG 1031
Query 1018 AATGGTTATAGCCAAGAGGCACTGAAGTTGTTTGAGCTTATGAAATCATCTGCGACGAAG 1077
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||
Sbjct 1032 AATGGTTATAGCCAGGAGGCACTGAAGTTGTTTGAGCGTATGAAATCTTCTGGGACGAAG 1091
Query 1078 CCAAACTACATTACGATTGTCGGGGTTCTCTTTGCTTGCAGCCACGCAGGGCTCCTGGAA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 CCAAACTACATTACGATTGTCGGGGTTCTCTTTGCTTGCAGCCACGCAGGGCTCCTGGAA 1151
Query 1138 GATGGTTGGTACTACTTCAGATCAATGAAGAAACTTTATGGAATCAATCCAGGGAGGGAA 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1152 GATGGTTGGTACTACTTCAGATCAATGAAGAAACTTTATGGAATCGATCCAGTGAGGGAA 1211
Query 1198 CATTATGGTTGCATGATTGATCTGCTAGGAAAAGCTGGAAAGCTCGACGATGCAGTGAAG 1257
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 CATTATGGTTGCATGATTGATCTGCTTGGAAAAGCTGGAAAGCTCGACGATGCAGTGAAG 1271
Query 1258 CTGTTAAATGAAATGGAGTGTGAGCCAGATGCTGTGACATGGAGAACTTTGCTTGGTGCT 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 CTGTTAAATGAAATGGAGTGTGAGCCAGATGCTGTGACATGGAGAACTTTGCTTGGTGCT 1331
Query 1318 TGTAGAGTTCAAAGAAACATGGTGCTAGCGGAATATGCAGCTAAAAAGGTTATAGCACTC 1377
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1332 TGTAGGGTTCAAAGAAACATGGTGCTAGCGGAGTATGCAGCTAAAAAGGTCATAGCACTC 1391
Query 1378 GATCCCGAGGATGCAGGTACTTACACAGTGTTGTCTAACATATATGCAAACTCTCAGAAA 1437
||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1392 GATCCCGAGGATGCAGGAACTTACACACTATTGTCTAACATATACGCAAACTCTCAGAAA 1451
Query 1438 TGGGACAGTGTTGAAGAAATTCGAA-AGCGAATGAGAGACATAGGAATCAAGAAAGAACC 1496
||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1452 TGGGACAGTGTTGAAGAAATTCGGACA-CGAATGAGAGACAGAGGAATCAAGAAAGAACC 1510
Query 1497 TGGATGCAGCTGGATCGAAGTAAACAAACAGATTCATGCTTTTATCATTGGAGACGAAT- 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1511 TGGATGCAGCTGGATCGAAGTAAACAAACAGATTCATGCTTTTATAATTGGAGAC-AATT 1569
Query 1556 CTCACCCACAGATAGTTGAAGTCAGTAAGAAACTGAACCAACTGATACATAGACTCATTG 1615
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||
Sbjct 1570 CTCACCCACAGATAGTTGAAGTCAGTAAGAAGCTGAACCAATTGATCCATAGACTCACTG 1629
Query 1616 GTATTGGTTATGTTCCTGAAACAAACTTTGTGCTACAAGATCTTGAAGGAGAACAAATGG 1675
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1630 GTATTGGCTATGTTCCTGAAACAAACTTTGTGCTACAAGATCTTGAAGGTGAACAAATGG 1689
Query 1676 AAGATTCACTTAGACATCACAGTGAGAAACTAGCTTTAGCCTTTGGCTTGATGACATTAC 1735
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 AAGATTCACTTAGACATCACAGTGAGAAACTGGCTTTAGCCTTTGGCTTGATGACATTAC 1749
Query 1736 CTAGTGAGAAAGTCATTAGGATCAGAAAGAATTTGAGAATATGTGGGGATTGTCATGTGT 1795
||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750 CTATTGAGAAAGTCATTAGGATAAGAAAGAATCTGAGAATATGTGGGGATTGTCATGTGT 1809
Query 1796 TTTGCAAGCTCGCATCGAAGCTTGAAAACCGCAATATCGTTATAAGAGATCCGATCCGTT 1855
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1810 TTTGCAAGCTCGCATCGAAGCTTGAAATCCGCAGTATCGTTATACGAGATCCGATCCGTT 1869
Query 1856 ACCATCATTTTCAGGATGGCAAATGTTCTTGTGGTGACTATTGGTAACAATCATATGTCT 1915
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||
Sbjct 1870 ACCATCATTTCCAGGATGGCAAATGTTCTTGTGGTGACTACTGGTAACAATCAGATGACT 1929
Query 1916 TTAGGTTACAATGAAACAGTGTA-A-GATGGTTTAGTAGATTGTTTCTCTGTAAGTTTTC 1973
|||| |||| ||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1930 TTAGATTACTATGAAACAGAGTATAAGATGGTTTAGAAGATTGTTTCTCTGCAAGTTTTC 1989
Query 1974 TTCATCAAATTTTT-GATTAGTGAATCATGTTTGCTTGTGAAGATGCTCATTGATTTGCC 2032
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1990 TTCATCAAATTTTTTGATTAGTGAATCATTTTTGCTTATGAAGAAGCTCATTGATTTGCC 2049
Query 2033 AAATTTTT-TGATAGGATTCTGTAACATTTGCAAAATTGAATATTTATGATTAAATT 2088
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2050 AAATTTTCCTGATAGGATTTTGTAACATTTGCAAAATTGAATATGTATGATAAAATT 2106
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103513523790
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5