BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484330
Length=3311
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G25690.1 | Symbols: CHUP1 | Hydroxyproline-rich glycoprotein... 5509 0.0
> AT3G25690.1 | Symbols: CHUP1 | Hydroxyproline-rich glycoprotein
family protein | chr3:9353834-9357899 FORWARD LENGTH=3384
Length=3384
Score = 5509 bits (2983), Expect = 0.0
Identities = 3210/3320 (97%), Gaps = 14/3320 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 14 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 73
Query 61 TGTCATAAGGTTCATGAACAGGATTTGGACTAGAGATTTTTCTTGAAGGAACGATGGGTT 120
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||
Sbjct 74 TGTCATAAGGTTGATGAACAAGATTTGGACTAGAGA-TTGT-TTGAAGGAACGATGGGTT 131
Query 121 GAGTTAGTATCCGTAGAGTGATATTTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 180
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 132 AAGTTAGTATCAGTAGAGTGATAATTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 191
Query 181 GGAAGGGAATTTATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 240
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 GGAAGGGAATTGATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 251
Query 241 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCG 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 252 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCA 311
Query 301 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGTGATAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACAAC 360
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 312 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGCGACAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACTAC 371
Query 361 AATCTCAATGACAAGAATGTGCAAGAGGAGg-a-a-gaagaagaagaagaGGTGAAACTA 417
|||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 AATCTCAATGACAAGAATCTGCAAGAGGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGTGAAACTA 431
Query 418 ATCAACAGCGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTTTTTAGATGATGATATT 477
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 432 ATCAACAGTGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTACTTAGATGATGATATA 491
Query 478 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 492 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 551
Query 538 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAAATGGCGTATAACGAT 597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 552 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAGATGGCTTATAACGAT 611
Query 598 GGTGAGCTCGAAAGGTTGAAA-CAGTTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 656
|||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 GGTGAGCTCGAACGGTT-AAAGCAATTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 670
Query 657 CGAAGGTGAATTGCTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCGGATATAGTTGAGTT 716
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 671 TGAAGGTGAATTACTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCAGATATCGTTGAGTT 730
Query 717 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATCGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 776
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATTGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 790
Query 777 TCTGCAAGCTGAGAGGAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATAGTAAGAAA 836
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 791 TCTGCAAGCTGAGAGAAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATTGTAAGAAA 850
Query 837 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAAGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 896
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAGGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 910
Query 897 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 970
Query 957 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACCGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTTCAGGA 1016
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 971 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACTGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTACAGGA 1030
Query 1017 TTTGGAAGTGGAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAACAGAGAGCTTCAATATGAGAAGAG 1076
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1031 TTTGGAAGTGCAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAATAGAGAGCTTCAACATGAGAAGAG 1090
Query 1077 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1150
Query 1137 CGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 TGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1210
Query 1197 GGATTTATTAAAGCAAGTTGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTCAGTGAAGTTGAGGAATT 1256
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1211 GGATTTGTTAAAGCAAGTGGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTTAGTGAAGTTGAGGAATT 1270
Query 1257 GGTTTATCTCCGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1316
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 GGTTTATCTACGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1330
Query 1317 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1390
Query 1377 AGCAAAACGGTTAATGCTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1436
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 AGCAAAACGGTTAATGTTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1450
Query 1437 AGAAAGCAACTACTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCGAT 1496
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1451 AGAAAGCAACTATTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCAAT 1510
Query 1497 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTGAGTAGTTTTAGCAAGAAACCAGGATTGATTCAGAAACT 1556
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTTAGTAGTTTTAGCAAGAAGCCAGGATTGATTCAGAAACT 1570
Query 1557 CAAGAGATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCGAGCGTTCAATCGTCGCCTTCAAGATCATT 1616
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1571 TAAGAAATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCAAGCGTTCAATCATCGCCTTCAAGATCATT 1630
Query 1617 CTATGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGCATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1676
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 TTACGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGTATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1690
Query 1677 ATCTTTGATGATTAGAAACGCCGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1736
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 ATCTTTGATGATTAGAAACGCTGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1750
Query 1737 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCTAGAATCCGAACACAACAACA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1751 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCAAGAATCAGAACACAACAACA 1810
Query 1797 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1870
Query 1857 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1930
Query 1917 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCGAGAGCAGAGAGATTTGG 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1931 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCAAGAGCAGAGAGATTTGG 1990
Query 1977 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTGGTTCC 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1991 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTTGTTCC 2050
Query 2037 CTCCGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAGTCTAACGAAGGTAA 2096
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2051 CTCTGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAATCTAACGAAGGTAA 2110
Query 2097 AGCCAACGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2156
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2111 AGCCAGCGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2170
Query 2157 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCATCTGGAGCTGGTAAAAGTACCA-CTTTGC 2215
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||| ||
Sbjct 2171 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCAGCTGGAGGTGGTAAAAGTACTAACTT-GC 2229
Query 2216 CTTCAGCAAGACCTCCCTTacctggtggaggtccaccaccacctcctccaccacctggcg 2275
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230 CTTCAGCAAGACCTCCTTTACCTGGTGGTGGTCCACCACCACCTCCTCCACCACCTGGCG 2289
Query 2276 gtgggcctcctcctccacctggtGGTGGGCCGCCGCCACCACCACCGCCTCCTGGAGCAC 2335
|||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2290 GTGGACCGCCTCCTCCACCTGGCGGTGGACCACCTCCACCACCACCTCCTCCTGGAGCAC 2349
Query 2336 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGCAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2395
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGGAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2409
Query 2396 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2410 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2469
Query 2456 GAACTGGTAATTCATCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2515
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 GAACTGGTAATTCTTCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2529
Query 2516 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTTCAGTCATTAG 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2530 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTACAGTCGTTAG 2589
Query 2576 CAACTGAAGTCCGAGCTGCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2635
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590 CAACTGAAGTCCGAGCTTCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2649
Query 2636 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGATT 2695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2650 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGACT 2709
Query 2696 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2710 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2769
Query 2756 AACTGGAGAAGCAAGTTACTTCCTTTGTCGATGATCCTAATCTCCCTTGTGAACCTGCTT 2815
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2770 AACTGGAGAAGCAAGTTACGTCCTTTGTTGATGATCCTAATCTCTCTTGTGAACCTGCTT 2829
Query 2816 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2830 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2889
Query 2876 CAAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2935
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2890 CGAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2949
Query 2936 ATACTGGCGTCGTAGGGAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 2995
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2950 ATACTGGCGTCGTAGGAAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 3009
Query 2996 AACGAGTAGCTTATGAGCTTGATTCAGTGAGTGGCTCTGATAAAGATCCTAACAGAGAGT 3055
||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3010 AACGAGTAGCTTATGAGCTAGATTCAGTGAGCGGATCCGATAAAGATCCGAACAGAGAGT 3069
Query 3056 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3070 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3129
Query 3116 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAAGAACTAAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3175
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3130 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAGGAACTTAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3189
Query 3176 GAGAC-AAGAATAATAATAATAACAA---CAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3231
| | || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3190 -ACAATAATAATAATAATAATAATAATAGCAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3248
Query 3232 TTACTTTTCTATGTATCATTTGTATCACATACATGATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3291
|||||| ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3249 TTACTTCTCTCTGTATCATTTGTATCACATACTTCATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3308
Query 3292 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3311
||||||||||||||||||||
Sbjct 3309 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3328
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164748240812
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5