BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484418
Length=2082
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G26540.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3328 0.0
> AT3G26540.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:9744542-9746644 REVERSE LENGTH=2103
Length=2103
Score = 3328 bits (1802), Expect = 0.0
Identities = 1991/2084 (96%), Gaps = 5/2084 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCAGTGACCGGAGTTTCTTCTGCTTTTGGCCGTCTTTTCAAACATGATAAAACCCAC 60
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCAGTGACCGGAGTTTCTTCTGCTTTTGGCCGTCTTTTCAAACAAGATAAAACCCAC 60
Query 61 AAGCGTGTTATC-GCTACAC-GACCCAAATTTACAGTGACCCGTCAGATTCTTGAGCACC 118
|||||||||||| || || | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 AAGCGTGTTATCGGC-AC-CGGAACCAAACTTACAGTGACCCGTCAGATTCTTGAGCATC 118
Query 119 TTGAAGGCGGTAATGTTTCGAAAGCTGTCTCTGTTCTCTTTGCTTCTCCAGAGCCAGTTG 178
| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TCGAAGGCGGTAATGTCTCGAAAGCCGTCTCTGTTCTCTTTGCTTCTCCAGAGCCAGTTA 178
Query 179 GGTATTGGCTATACGAGCGTCTTTTCCGTTCTTGTTCCTCGAAATCTCTTGTTGTGCAAG 238
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 179 GTTATTGGCTATACGAGCGTCTTTTCCGTTCTTGTTCCTCGAAAGCTCTTGTTGTGCAAG 238
Query 239 CCCGTAAAGTCCAATCCCATTTAGTAACTTTCTCTCCGTTGCCTCCGAGTTTCCTCTTGA 298
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 239 CCCGTAAAGTCCAATCTCACTTAGTAACTTTCTCTCCGTTGCCTCCGATTTTCCTCTTGA 298
Query 299 ATAGAGCTATTGAGGCTTATGGGAAATGTGGGTGTGTTGATGATGCACGGGAACTGTTCG 358
| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 299 ACAGAGCCATTGAGGCTTATGGTAAATGTGGGTGTGTTGATGATGCACGAGAGCTGTTCG 358
Query 359 AGCAAATGCCTGAACGAGATGGTGGTTCTTGGAACGCTGTGATTACTGCTTGTGCGCAAA 418
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 AGGAAATGCCTGAACGAGATGGTGGGTCTTGGAACGCTGTGATTACTGCTTGTGCGCAAA 418
Query 419 ATGGCGTCTCGGATGAGGTATTTCGTATGTTTCATAGGATGAATAGAGATGGAGTACGAG 478
| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 419 ACGGTGTCTCTGATGAGGTGTTTCGTATGTTTCGTAGAATGAATAGAGATGGCGTACGAG 478
Query 479 CTACGGAGACTTCTTTTGCTGGTGTTTTAAAGTCATGTGGTTTAGTCTTGGACCTGAGAT 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 479 CTACGGAGACTTCTTTTGCTGGTGTTTTAAAGTCATGTGGTTTAATCTTGGACTTGAGAT 538
Query 539 TATTGAGGCAGCTGCATTGTGCTGTGGTGAAGTATGGGTATTCGGGAAATATAGATTTGG 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 539 TATTGAGGCAGCTGCATTGTGCTGTGGTGAAGTATGGGTATTCGGGGAATGTAGATTTGG 598
Query 599 AAACTTCGATTGTTGATGTTTATGGGAAGTGTCGGGTTATGAGTGATGCGAGAAGAGTTT 658
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 599 AGACTTCGATTGTTGATGTTTATGGGAAGTGTCGGGTGATGAGTGATGCGAGAAGAGTGT 658
Query 659 TTGATGAGATTGTAAACCCTAGTGATGTTTCATGGAATGTGATTGTGCGGCGGTATCTTG 718
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TTGATGAGATTGTAAACCCTAGTGATGTATCTTGGAATGTGATTGTGCGGCGGTATCTTG 718
Query 719 AGTTGGGTTTTAATGATGAGGCAGTGGTAATGTTTTTCAAGATGTTAGAGTTGAATGTTC 778
|| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 719 AGATGGGGTTTAATGATGAGGCAGTGGTGATGTTTTTCAAGATGCTGGAGTTGAATGTTC 778
Query 779 GACCTTTGAATCACACGGTTTCTAGTGTAATGTTAGCTTGTTCAAGATCCCTGGCCCTTG 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 779 GACCTTTGAATCACACGGTTTCTAGTGTAATGTTAGCTTGTTCGAGATCCTTGGCCCTTG 838
Query 839 AGGTGGGAAAGGTAATCCACGCCATTGCTGTCAAAATTAGTCTTGTGGCAGATACAGTTG 898
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGGTGGGAAAGGTAATCCATGCCATTGCTGTGAAACTTAGTGTTGTGGCAGATACAGTTG 898
Query 899 TTTCTACTTCTATATTTGATATGTATGTAAAATGTGATAGATTGGAGAGTGCTCGCAGAG 958
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTTCTACTTCTGTATTTGATATGTATGTAAAATGTGACAGATTGGAGAGTGCTCGCAGAG 958
Query 959 TATTTGACCAAACCAAATCTAAAGATTTGAAATCTTGGACTTCGGCGATGTCGGGATATG 1018
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TATTTGACCAAACTAGATCTAAAGATTTGAAATCTTGGACTTCGGCGATGTCGGGATATG 1018
Query 1019 CAATGAGTGGTATAACTAGAGATGCAAGGGAGCTCTTTGATTTGATGCCTGAACGGAATA 1078
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CAATGAGTGGTTTAACTAGAGAGGCAAGGGAGCTCTTTGATTTGATGCCTGAACGGAATA 1078
Query 1079 TAGTCTCATGGAACGCAATGTTGGGCGGATATGTACGTGCCCATGAATGGGATGACGCAC 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1079 TAGTCTCATGGAACGCAATGTTGGGCGGATATGTACATGCCCATGAATGGGATGAGGCAC 1138
Query 1139 TGGATTTTCTCACTTTGATGCGCAAGGAGATTGAAGATATTGATAATGTCACTCTTGTGT 1198
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGGATTTTCTCACTTTGATGCGCCAGGAGATTGAAAATATTGATAATGTCACTCTTGTGT 1198
Query 1199 GGATCCTAAATGTCTGCTCAGGTATATCAGATGTTCAAATGGGAAAGCAAGCTCATGGTT 1258
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGATCCTAAATGTCTGCTCTGGTATATCAGATGTTCAAATGGGGAAGCAAGCTCATGGTT 1258
Query 1259 TTATCTACCGACATGGATATGATACAAATGTAATTGTAGCCAATGCACTTCTTGATATGT 1318
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TTATCTACCGACATGGATATGATACGAATGTAATTGTAGCCAATGCACTTCTTGATATGT 1318
Query 1319 ACGGAAAATGCGGTACCTTGCATAGTGCCAATATTTGGTTCCGCCAAATGAGTGAACTAA 1378
| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ATGGAAAATGCGGGACCTTGCAGAGTGCCAATATTTGGTTCCGCCAAATGAGTGAACTAA 1378
Query 1379 GGGATGAGGTTTCATGGAATGCTTTATTGACTGGTGTAGCTCGAGTTGGCAGGAGTGAAC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGGATGAGGTTTCATGGAATGCTTTATTGACTGGTGTAGCTCGAGTTGGCAGGAGTGAAC 1438
Query 1439 AAGCCTTATCTTTCTTTGAAGGGATGCAAGTGGAGGCCAAACCTAGCAAATACACACTCG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1439 AAGCCTTATCTTTCTTTGAAGGGATGCAAGTGGAGGCCAAACCAAGCAAATACACACTGG 1498
Query 1499 CAACGCTCTTAGCAGGGTGTGCAAACATTCCTGCATTAAATTTAGGCAAAGCAATCCACG 1558
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CAACGCTCTTAGCAGGTTGTGCGAACATTCCTGCTTTAAATTTAGGCAAAGCAATCCACG 1558
Query 1559 GGTTCCTGATTAGAAATGGCTATAATATTGATGTTGTTATACGGGGTGCTATGGTTGACA 1618
| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 GATTCCTGATCAGAGATGGCTATAAAATTGATGTTGTTATACGGGGTGCAATGGTTGACA 1618
Query 1619 TGTATTCCAAATGCCGATGTTTCGACTATGCTATTGAAGTATTCAAAGAGGCAGCTACAC 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGTATTCCAAATGCCGATGTTTCGACTATGCTATCGAAGTATTCAAAGAGGCAGCTACAC 1678
Query 1679 GGGACTTGATTCTATGGAACTCTATTATCTGTGGATGTTGTCGTAATGGAAGAAGCAAGG 1738
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GGGACTTGATTCTATGGAACTCTATTATCCGTGGATGTTGTCGTAATGGAAGAAGCAAGG 1738
Query 1739 AGGTCTTTGAGTTGTTCATGCTTTTGGAAGATGAAGGAGTTAAGCCTGACCATGTCACCT 1798
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGGTCTTTGAGTTGTTCATGCTTTTGGAAAATGAAGGAGTTAAGCCTGACCATGTCACCT 1798
Query 1799 TTTCGGCCATTTTACAAGCTTGCATACGTGAAGGTCATGTCGAACTCGGTTTTCAGTATT 1858
||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTTTGGGAATCTTACAAGCTTGCATACGTGAAGGTCATGTCGAACTCGGTTTTCAGTATT 1858
Query 1859 TCAGTTCTATGAGCACCAAATATCTTATATTACCACAGATTGAGCATTATGATTGTATGG 1918
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TCAGTTCTATGAGCACCAAATATCATATATCACCACAGGTTGAGCATTATGATTGTATGA 1918
Query 1919 TAGAACTCTACTGCAAGTATGGATGCTTGCGTCAGCTTGAAGAATTTCTCCTCTTGATGC 1978
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TTGAACTCTACTGCAAGTATGGATGCTTGCATCAGCTTGAAGAATTTCTCCTCTTGATGC 1978
Query 1979 CTTTTGATCCACCTATGCAAATGTTGACAATGATAAATGATGCTTGCCAAAGATACCGCT 2038
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CTTTTGATCCACCTATGCAAATGTTGACAAGGATAAATGATGCTTGCCAAAGATACCGCT 2038
Query 2039 GGTCAAAGTTAGGAGCATGGGCTGCTAAACGGCTTTATGAATGA 2082
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2039 GGTCAAAGTTAGGAGCATGGGCTGCTAAACGGCTT-ATGAATGA 2081
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103212320520
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5