BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484445
Length=3176
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G26720.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family 38 protein ... 5018 0.0
> AT3G26720.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family 38 protein
| chr3:9816581-9823186 FORWARD LENGTH=3316
Length=3316
Score = 5018 bits (2717), Expect = 0.0
Identities = 3032/3181 (95%), Gaps = 33/3181 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATTCTTCACGCGCGTCTCTCTCTTCTTCGTCTTCTACAAAAACACTTG----TC--CTA 54
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||
Sbjct 1 GATTCTTCACGCGCCTCTCTCTCTTCTTCGTCCTCTACAAAAACACTTGTCTCTCTTCTA 60
Query 55 CATATTGTTCTTCACGATCCTCTCTG--T-A---TCATCTTC--CT--C-----G---T- 95
|| |||||||||||||| |||||||| | | |||||||| || | | |
Sbjct 61 CACATTGTTCTTCACGAACCTCTCTGTATCATCTTCATCTTCTTCTCCCGTAAAGCTCTC 120
Query 96 --GTCTATGGAGGT-AAACTATTTCTCTCTTTATCTGATTCTGGCGGCGATTGTAATCGG 152
|||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCGTCTATGGCGGTCAAA-TGTTTCTCTCTTTATCTGATTCTGGCGGCGATTGTAATCGG 179
Query 153 CGGCGTCAACTCCGAGTATATAGAGTACAACACAAAACCGAGAATCGTCCCTGAGAAAAT 212
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CGGCGTCACCTCCGAGTACATAGAGTACAACACAAAACCGAGAATCGTCCCTGAGAAAAT 239
Query 213 CAATGTTCACTTAGTTCCTCACTCACACGACGACGTTGGTTGGCTTAAGACTGTTGATCA 272
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 CAATGTTCACTTAGTTCCTCACTCACACGACGATGTAGGTTGGCTTAAGACCGTTGATCA 299
Query 273 GTACTACGTCGGAGCTAATAACTCCATTAGGGGAGCTTGTGTTCAGAATGTATTGGATTC 332
||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GTACTACGTAGGCTCCAATAACTCCATTAGGGGAGCTTGTGTTCAGAATGTATTGGATTC 359
Query 333 TGTAATTGCTTCATTGCTTGATGATGAAAATAGAAAGTTTATTTATGTTGAGATGGCGTT 392
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 360 TGTAATCGCTTCATTGCTTGATGATGAAAATAGAAAGTTTATTTATGTTGAAATGGC-TT 418
Query 393 T-TTTCAAAGATGGTGGAGGCAACAAAGCAAGGCTAAGAAAGTTAAGGTCAAGAAGCTTG 451
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 419 TCTTTCAAAGATGGTGGAGGCAACAAAGCAATGCTAAGAAAGTTAAAGTCAAGAAGCTTG 478
Query 452 TTGACTCTGGTCAACTAGAGTTCATAAATGGTGGAATGTGTATGCATGATGAGGCGACTC 511
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 479 TTGACTCTGGTCAACTTGAGTTCATAAATGGTGGAATGTGTATGCATGATGAGGCAACTC 538
Query 512 CGCATTATATTGATATGATTGATCAGACAACATTGGGCCATCAGTTTATTAAAACTGAGT 571
| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CACATTATATTGACATGATTGATCAGACTACATTAGGCCATCAGTTTATTAAAACTGAGT 598
Query 572 TTGGTCAGGTTCCTAGAGTTGGTTGGCAGATCGATCCCTTTGGACATTCTGCAGTGCAAG 631
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 599 TTGGTCAGGTTCCTAGAGTTGGTTGGCAGATTGATCCCTTTGGACATTCTGCAGTACAAG 658
Query 632 CTTACTTGCTTGGTGCAGAGTTTGGCTTTGACTCGCTGTTTTTCGCTAGAATTGACTACC 691
||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CTTACCTGCTTGGTGCTGAGTTTGGCTTTGATTCGCTGTTTTTCGCTAGAATTGACTACC 718
Query 692 AAGATCGTGCAAAGAGATTAAGAGAGAAGACACTTGAGGTTATTTGGCAAGGTTCCAAGT 751
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AAGATCGTGCAAAGAGGTTAAGAGAGAAGACACTTGAGGTTATTTGGCAAGGTTCCAAGT 778
Query 752 CTCTTGGCTCATCTTCACAGATATTCACTGGTGTATTCCCAAGACATTATGACCCTCCTG 811
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CTCTTGGCTCTTCTTCACAGATATTTACTGGTGTATTCCCAAGACATTATGACCCTCCTG 838
Query 812 AAGGGTTCGTGTTTGAAATAAATGATGTATCAGCTCCTATCCAGGACGATTCTCTCCTTT 871
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 839 AAGGGTTCACGTTTGAAATAAATGATGTATCAGCTCCTATCCAGGATGATCCTCTCCTTT 898
Query 872 TTGACTACAATGTTCAAGAGCGAGTCAACGACTTTGTAGCTGCAGCCCTCGCACAGGTTA 931
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTGACTACAATGTTCAAGAAAGAGTCAACGACTTTGTAGCAGCAGCCCTCGCACAGGTTA 958
Query 932 ATGTGACCAGGACAAATCATATCATGTGGCTAATGGGAACTGACTTCCGTTACCAGTATG 991
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATGTGACCAGGACAAATCATATAATGTGGTTAATGGGAACTGACTTCCGTTACCAGTATG 1018
Query 992 CATATTCGTGGTTCAGACAGATGGACAAGTTTATTCATTATGTTAACAAGGATGGGCGTC 1051
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CATATTCGTGGTTCAGACAGATAGACAAGTTTATTCATTATGTTAACAAGGATGGGCGTC 1078
Query 1052 TCAATGTTCTGTATTCGACACCATCTATCTACACCGATGCAAAATATGCTGCAAACGAGT 1111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TCAATGTTCTGTATTCGACACCATCTATCTACACCGATGCAAAATATGCTGCAAACGAGT 1138
Query 1112 CCTGGCCCTTAAAGACTGATGATTTCTTCCCGTATGCGGACAAACCTAATGCATACTGGA 1171
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CCTGGCCCCTAAAGACTGATGATTTCTTCCCGTATGCGGACAAACCTAATGCATACTGGA 1198
Query 1172 CAGGGTACTTTACGAGTAGGCCAGCCTTTAAGAAATACGTGAGGGATTTAAGTGGTTACT 1231
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CAGGGTACTTTACGAGCAGGCCAGCCTTTAAGAAATACGTGAGGGATTTAAGTGGTTACT 1258
Query 1232 ATCTGGCAGCTCGACAATTAGAGTTCTTGAGAGGTAGGAATAGTTCAGGACCAACAACTG 1291
||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATCTGGCAGCTCGACAATTGGAATTCTTGAGAGGAAGGGATAGTTCAGGACCAACAACTG 1318
Query 1292 ATGTGCTAGCCGATGCTTTGGCAATTGCTCAACACCATGATGCAGTTAGTGGTACACAAA 1351
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ATATGCTAGCCGATGCTTTGGCAATTGCTCAACACCATGATGCAGTTAGTGGTACACAAA 1378
Query 1352 GACAGCATGTGGCTGCAGATTATGCTCTTAGACTCTCAATGGGTTATCTGCAGGCCGAGA 1411
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1379 GACAACATGTGGCTGCAGATTATGCTCTTAGACTCTCAATGGGCTACCTGCAGGCCGAGA 1438
Query 1412 AATTGGTTGCATCTTCCCTTTCCTTTCTATCAGCAGCAAAATCAAGTACTGAAAAGAAGA 1471
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AATTGGTTGCCTCTTCCCTTTCCTTTCTATCAGCAGCAAAATCAAGTACTGAAAAGAAGA 1498
Query 1472 ATCCTGGCACAAAATTTCAGCAGTGTCCCCTGCTTAATATCAGTTACTGTCCTGCATCTG 1531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATCCTGGCACAAAATTTCAGCAGTGTCCCCTGCTTAATATTAGTTACTGTCCTGCATCTG 1558
Query 1532 AAGCTCGTCTGCCCAGCGGGAAAAGCCTGGTGGTTGTTGTTTACAATTCTCTAGGATGGA 1591
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAGCTCGTCTGTTGAGCGGGAAAAGCCTGGTGGTTGTTGTTTACAATTCTCTAGGATGGA 1618
Query 1592 AACGAGAGGAAGTTGTCCGAGTTCCTGTGTCGTCTGAAAATGTTATTGTGAAAGATGCAT 1651
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AACGAGAAGAAGTTGTCCGAGTTCCTGTGTCGTCTGAAAATGTTATTGTGAAAGATGCAT 1678
Query 1652 CTGGGAAAGAAGTCGTGTCTCAGCTTCTACCTCTTTCAGACATCGCTTTGAGAATAAGAA 1711
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1679 CTGGGAAAGAAGTCGTGTTTCAGCTTCTACCTCTTTCAGAAATCGCTTTGAGAATTAGAA 1738
Query 1712 ATGAGTATGTCAAAGCGTATCTGGGAGGATCACCAAGGGATGCTGCAAAACATGTGCTTG 1771
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1739 ATGAGTATGTCAAAGCGTATCTGGGAAGATCACCACGGGATACTGCAAAACACGTGCTTG 1798
Query 1772 CATTTACAGCTTCAGTACCACCTCTTGGGTTCAGCTCGTATGTCATCTCAGACACTGGAC 1831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1799 CATTTACAGCTTCAGTACCACCTCTTGGGTTCAGCTCGTATGTAATCTCAGACACTGGAC 1858
Query 1832 GAACAGCGTGTGGACTATCTGCATCATATGTTACTTCTGGAAGCATGAATCAAAATGTAG 1891
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GAACAGCGCGTGGACTATCTGCATCATATGTTACTTCTGGAAGCATGAATCAAAATGTAG 1918
Query 1892 AAGTTGGCCAGGGAAATCTAAAGTTACGTTATTCGGAAGAGGGAGTGAAATTGACTCGTC 1951
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||
Sbjct 1919 AAGTTGGCCAGGGAAATCTAAAGTTACGCTATTCAGAAGAAGGAGTTAAAATAACTCGTC 1978
Query 1952 ACTTAAGTACCAAAAATCAGGTTACTGCAGAACAATCATATGCTTATTACATTGGAAGCA 2011
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1979 ACTTAAGTACCAAAAATCAGGTTACTGCAGAACAGTCATATGCTTATTATATTGGAAGCA 2038
Query 2012 ATGGAACTGATAAGGATCCTCAGGCTTCTGGAGCTTACGTTTTTCGACCAGATGGTGTGC 2071
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 ATGGAACTGACAAGGATCCTCAGGCTTCTGGAGCTTACGTTTTTCGACCAGATGGTGTGC 2098
Query 2072 TTCCAATCAAATCTGAAGAAGAGGCTCAATTGACTATTGTTCGAGGACCTCTGTTCGATG 2131
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2099 TTCCAATTAAATCTAAAGAAGAGGCTCAATTGACTATTGTTCAAGGACCTTTGTTCGATG 2158
Query 2132 AAGTGCACCAGGAGCTTAACTCCTGGATATCACAGATTACCAGAGTGTACAAGGGAAAAA 2191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 AAGTGCACCAGGAGCTTAACTCCTGGATATCACAGATTACCAGAGTGTACAAGGGAAAAA 2218
Query 2192 ACCATGCTGAAATTGAGTTCACAGTTGGGCCTATACCAGCTGATGATGGTATTAGCAAGG 2251
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2219 ACCATGCTGAAATTGAGTTCACAATTGGGCCTATACCAGCTGATGATGGTATTAGCAAAG 2278
Query 2252 AGGTTATCACTAAACTTACAACCACCATGAAGACAAATGGAACATTTTACACAGACTCTA 2311
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2279 AGATTATCACTAAACTTACAACCACCATGAAGACAAATGGAACATTTTACACAGACTCGA 2338
Query 2312 ATGGCCGTGACTTCATCAAAAGGATTCGGGACTTCAGAACAGATTGGGACTTGCAGGTGT 2371
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2339 ATGGCCGTGACTTCATCAAGCGGATTCGGGACTTCAGAACAGATTGGGACTTGCAAGTGT 2398
Query 2372 ACCAACCGGTTGCTGGGAACTATTATCC-CATTAATCTCGGGATATACATGCAAGATAAA 2430
|||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 ACCAACCGGTTGCTGGGAACTATTATCCTC-TAAATCTCGGGATATACATGCAAGATAAA 2457
Query 2431 ACCTCAGAGCTATCGGTGTTGGTGGATCGAGCTGTAGGTGGATCCAGCTTAGAGAACGGC 2490
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 ACCTCAGAGCTATCCGTGTTGGTGGATCGAGCTGTAGGTGGATCCAGCTTAGAGAACGGC 2517
Query 2491 CAGATTGAGTTGATGCTTCATCGGAGAATGCAGCATGATGACATTAGAGGTGTTGGCGAG 2550
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2518 CAGATCGAGTTGATGCTTCATCGGAGAATGCAGCATGATGACATTAGAGGTGTTGGTGAG 2577
Query 2551 ATTCTTAATGAAACAGTCTGTCTCCCTGAAGGATGCAAAGGATTAACGATACAAGGGAAG 2610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 ATTCTTAATGAAACAGTCTGTCTCCCTGAAGGATGCAAAGGATTAACGATACAAGGGAAG 2637
Query 2611 TTTTATGTACAGATAGATAAACCCGGAGATGGGGCAAAATGGCGTAGAACATTTGGTCAA 2670
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2638 TTTTATGTACAGATAGATAAACCTGGAGATGGGGCAAAATGGCGTCGAACATTTGGTCAA 2697
Query 2671 GAAATATATTCTCCACTACTTCTAGCATTCACAGAACAGGAAGGTGATAGTTGGATTAGT 2730
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2698 GAAATTTATTCTCCACTACTTATAGCATTCACAGAACAGGAAGGAGATAGTTGGATTAAT 2757
Query 2731 TCACATAAGACGACATTCTCAGCGTTTGAACCGTCATACTCATTACCAAAAAACGTCGCA 2790
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 TCACATAAGACGACATTCTCAGCGTTTGAACCGTCATATTCATTACCAAAAAACGTCGCA 2817
Query 2791 TTACTCACCCTCCAGGAATTGGAAAATGGGGAAGTTCTTCTAAGGCTTGCTCACTTATTC 2850
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 TTACTCACCCTCCAGGAGTTGGAAAATGGGGAAGTTCTTCTAAGGCTTGCTCACTTATTC 2877
Query 2851 GAGGTTGGGGAGGATAGTGAGTACTCAGTTTTGGCAAAAGTAGAGCTCAAGAAACTATTC 2910
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 GAGGTTGGGGAGGATAGTGAGTACTCAGTTATGGCAAAAGTAGAGCTCAAGAAACTATTC 2937
Query 2911 CACAACAAAAAGATAAGCCAAGTGACGGAGACAAGTCTTTCAGGGAACCAAGAGAAGGCA 2970
||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2938 CACAACAAAAAGATAAGGGAAGTAAAGGAGACAAGTCTTTCCGGGAACCAAGAGAAGGCG 2997
Query 2971 GAGATGGAGAAAAGACGGCTAATCTGGAAAGTAGAAGGCTCGGCCGGGGAGGAAGTGAAG 3030
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 GAGATGGAGAAGAGACGGCTAATCTGGAAAGTAGAAGGCTCGGCCGGGGAGGAAGTGAAG 3057
Query 3031 AGAGGAGAAGCGGTGGATGCGGAGAAGCTAGTGGTTGAGCTTGTTCCGATGGAAATCCGA 3090
|||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3058 AGAGGAGAGGCGGTGGACGCAGAGAAGCTAGTGGTTGAGCTTGTTCCGATGGAAATTCGA 3117
Query 3091 ACCTTCTTGATAAAGTTTGATGATCACATTGAAATGGTTGGTGACAAAGAGCAGCAACAT 3150
||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3118 ACCTTGTTGATCAAGTTTGATGATCAAATTGAAATGGTTGGTGATAAAGAGCAGCAACAT 3177
Query 3151 A 3151
|
Sbjct 3178 A 3178
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 157975703507
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5