BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484639
Length=1576
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G28640.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2300 0.0
AT3G28660.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2268 0.0
> AT3G28640.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:10731518-10733032 REVERSE LENGTH=1515
Length=1515
Score = 2300 bits (1245), Expect = 0.0
Identities = 1427/1514 (94%), Gaps = 16/1514 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 ATGAGTGTTC-TCTCAAGCTTCCATAAATCATGGAAGAGTTTAATCCTCGCAAGTCAACG 74
||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1 ATGAGCG-TCGTCTCAAGCTTCCATCAATCATGGAAGAGTTTGATTCTCGCAAGCCAACG 59
Query 75 TTGCAACACAGTGAACCAAATCAAATCAACACATTCTCTATTCATCATCCATGGCCTCCA 134
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTGCAACACAGTGAAGCAAATCAAATCAACACATTCTCTATTCATCATCCATGGCCTCCA 119
Query 135 TCGAAACACTTACGCAATTAGCAAACTTCTCACAGCTTTTCTCCTTCTTCCCAATCTAAA 194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 120 TCGAAACACTTACGCAATTAGCAAACTTCTCACAGCTTTTCTCCATCTTCCCAATTTAAA 179
Query 195 CAAACACTTTCACTACGCTTCCACTATATTCGATTCGATTCAGATTCGTAATTCATTCGT 254
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||
Sbjct 180 CAAACACTTTCACTACGCTTCCTCTATATTCGATTCGATTGAGATTCCTAACTCATTCGT 239
Query 255 TTACGATACTATGATAAGAATCTGCTC-ACGAAGTTCTCTTCCTCACTTGGGTTTACGAT 313
||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 240 TTACGATACTATGATAAGAATCTGCTCCA-GAAGCTCTCAGCCTCACCTGGGTTTACGAT 298
Query 314 ATTTTCGATTAATGGTGAAGGAAGAAGA------TATAGCTCCAAGTTATCTCACGTTTT 367
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 299 ATTTTCTATTAATGGTGAAGGAAGAAGAAGAAGATATAGCTCCTAGTTATCTCACGTTTC 358
Query 368 ATTTCTTGATTGTTGCTTGTTTTAAAGCTTGTTTATTCTCTGTGGGTAAGCAAATTCATT 427
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATTTCTTGATTGTTGCGTGTTTAAAAGCTTGTTTCTTCTCTGTGGGTAAGCAAATTCATT 418
Query 428 GTTGGGTGGTTAAAAATGGTGTCTTTTTATCGGATGGTCATGTACAGACTGGAATTTT-A 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 419 GTTGGGTGGTTAAAAATGGTGTCTTTTTATCGGATAGTCATGTACAGACTGGAGTTTTGA 478
Query 487 CGGATTTATGTGGAAGATAAAGTT-TTGTTAGATGCCCGCAAAGTGTTCGATGAAATTCC 545
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 479 -GGATTTATGTGGAAGATAAA-TTGTTGTTAGATGCACGCAAGGTGTTCGATGAAATTCC 536
Query 546 GCAACCAGATGTTGTGAAATGGGATGTTTTGATGAATGGATATGTTAGATGTGGTTTAGG 605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 537 ACAACCAGATGTTGTGAAATGGGATGTTTTGATGAATGGGTATGTTAGATGTGGTTTAGG 596
Query 606 TTCTGAGGGTTTAGAGGTGTTTAGGGAGATGTTGGT-ACGAGGAGTAGAGCCTGATGAGT 664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 597 TTCTGAGGGTTTAGAGGTGTTTAGGGAGATGTTGGTTAA-AGGACTAGAGCCTGATGAGT 655
Query 665 TTTCGGTTACTACGGCGTTAACGGCTTTTGCACAAGTTGGGGCTTTAGCTCAAGGGAAGT 724
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 656 TTTCGGTTACTACGGCATTAACGGCTTGTGCACAAGTTGGGGCTTTAGCTCAGGGGAAGT 715
Query 725 GGATTCATGAGTTTGTGAAGAAGAAGAGATGGATTGAGTCTGATGTGTTTGTAGGAACGG 784
|||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 GGATTCATGAGTTTGTTAAAAAGAAGAGTTGGATTGAGTCTGATGTGTTTGTAGGAACGG 775
Query 785 CATTGGTTGACATGTATGCTAAGTGTGGTTGCATTGAGATGGCTGTGGAAGTTTTCGAAA 844
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 776 CTTTGGTTGACATGTATGCTAAGTGTGGTTGCATAGAGACGGCTGTGGAAGTTTTCAAAA 835
Query 845 AGTTGAGTAGGAGGAATGTTTTCTCATGGGCAGCTTTAATTGGAGGATATGCGGCTTATG 904
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 AGTTGACTAGGAGGAATGTCTTCTCATGGGCAGCTTTAATTGGAGGATATGCGGCTTATG 895
Query 905 GTTATGCAAAGAAAGCTATGACGTGTTTGGACCGGATGGAGCGAGAAGATGGTATTAAGC 964
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 896 GTTATGCAAAGAAAGCTATGACGTGTTTGGAACGGTTGGAACGAGAAGATGGTATTAAGC 955
Query 965 CTGACAGTGTAGTTCTTCTTGGGGTCTTAGCTGCTTGTGCTCATGGGGGATTTCTTCAAG 1024
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 956 CTGATAGTGTAGTTCTTCTTGGGGTCTTAGCCGCTTGTGCTCATGGAGGATTTCTTGAAG 1015
Query 1025 AAGGCAGAGCAATGTTAGGAAATATGGAAGCTCGATACGGAATTACTCCAAAGCATGAGC 1084
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 AAGGCAGATCAATGTTAGAAAATATGGAAGCTCGATACGAAATTACTCCAAAGCATGAGC 1075
Query 1085 ATTACAGCTGTATAGTAGATTTGATGTGCAGAGCTGGAAGATTAGATGATGCACTTGATC 1144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1076 ATTACAGCTGTATAGTAGATTTGATGTGCAGAGCTGGAAGATTAGATGATGCACTTAATC 1135
Query 1145 TTATCGAAAAAATGCCCATGAAACCTCTTGCATCTGTTTGGGGTGCCTTACTAAATGGTT 1204
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1136 TTATCGAAAAAATGCCAATGAAACCGCTTGCATCTGTTTGGGGTGCTTTACTGAATGGCT 1195
Query 1205 GTCGAACGCACAAGAATGTTGAACTCGGAGAACTAGCTGTTAAAAATCTTCTTGACTTGG 1264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1196 GTCGAACGCACAAGAATGTTGAACTCGGAGAACTAGCTGTTAAAAACCTTCTTGACTTGG 1255
Query 1265 AGAAAGGAAATGCAGAGGAAGAGGAAGCAGCTCTTGTTCAACTATCTAATATATACTTTA 1324
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1256 AGAAGGGAAATGTGGAGGAAGAGGAAGCAGCTCTTGTTCAACTATCTAATATTTACTTTA 1315
Query 1325 GTGTTCAACGAAATCCCGAGGCATCTAAAGTTCGTGGAATGATAGAGCAGAGGGGGATAA 1384
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1316 GTGTTCAAAGAAATCCCGAGGCATCTAAAGTTCGTGGGATGATAGAGCAGAGGGGGGTAA 1375
Query 1385 GAAAGACACCAGGATGGAGTGTGTTAGAGGTGGATGGAAAGGTTACCAAATTTGTTTCGG 1444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GAAAGACACCAGGATGGAGTGTGTTAGAGGTGGATGGGAATGTTACCAAATTTGTTTCGG 1435
Query 1445 GAGATGTGTCTCACCCAAATCTGCTACAAATTCACACAGTGATTCATCTGCTATCTGTTG 1504
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1436 GAGATGTGTCGCACCCAAATCTTCTACAAATTCACACAGTGATTCATCTCCTATCTGTTG 1495
Query 1505 ATGCCTTGCAGATT 1518
||||||||||||||
Sbjct 1496 ATGCCTTGCAGATT 1509
> AT3G28660.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:10738715-10740930 REVERSE LENGTH=2142
Length=2142
Score = 2268 bits (1228), Expect = 0.0
Identities = 1461/1572 (93%), Gaps = 22/1572 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACGTCAACA-ACGAGGATGAGTGTTC-TCTCAAGCTTCCATAAATCATGGAAGAGTTTAA 58
||||||||| | || |||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2 ACGTCAACATA-GACGATGAGCG-TCGTCTCAAGCTTCCATCAATCATGGAAGAGTTTGA 59
Query 59 TCCTCGCAAGTCAACGTTGCAACACAGTGAACCAAATCAAATCAACACATTCTCTATTCA 118
| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTCTCGCAAGCCAACGTTGCAACACAGTGAAGCAAATCAAATCAACACATTCTCTATTCA 119
Query 119 TCATCCATGGCCTCCATCGAAACACTTACGCAATTAGCAAACTTCTCACAGCTTTTCTCC 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCATCCATGGCCTCCATCGAAACACTTACGCAATTAGCAAACTTCTCACAGCTTTTCTCC 179
Query 179 TTCTTCCCAATCTAAACAAACACTTTCACTACGCTTCCACTATATTCGATTCGATTCAGA 238
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 180 ATCTTCCCAATTTAAACAAACACTTTCACTACGCTTCCTCTATATTCGATTCGATTGAGA 239
Query 239 TTCGTAATTCATTCGTTTACGATACTATGATAAGAATCTGCTC-ACGAAGTTCTCTTCCT 297
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||
Sbjct 240 TTCCTAACTCATTCGTTTACGATACTATGATAAGAATCTGCTCCA-GAAGCTCTCAGCCT 298
Query 298 CACTTGGGTTTACGATATTTTCGATTAATGGTGAAGGAAGAAGA------TATAGCTCCA 351
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 299 CACCTGGGTTTACGATATTTTCTATTAATGGTGAAGGAAGAAGAAGAAGATATAACTCCT 358
Query 352 AGTTATCTCACGTTTTATTTCTTGATTGTTGCTTGTTTTAAAGCTTGTTTATTCTCTGTG 411
||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 359 AGTTATCTCACGTTTCATTTCTTGATTGTTGCGTGTTTAAAAGCTTGTTTCTTCTCTGTG 418
Query 412 GGTAAGCAAATTCATTGTTGGGTGGTTAAAAATGGTGTCTTTTTATCGGATGGTCATGTA 471
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GGTAAGCAAATTCATTGTTGGGTTGTTAAAAATGGTGTCTTTTTATCGGATGGTCATGTA 478
Query 472 CAGACTGGAATTTT-ACGGATTTATGTGGAAGATAAAGTT-TTGTTAGATGCCCGCAAAG 529
||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |
Sbjct 479 CAGACTGGAGTTTTGA-GGATTTATGTGGAAGATAAA-TTGTTGTTTGATGCACGCAAGG 536
Query 530 TGTTCGATGAAATTCCGCAACCAGATGTTGTGAAATGGGATGTTTTGATGAATGGATATG 589
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 537 TGTTCGATGAAATTCCACAACCAGATGTTGTGAAATGGGATGTTTTGATGAATGGGTATG 596
Query 590 TTAGATGTGGTTTAGGTTCTGAGGGTTTAGAGGTGTTTAGGGAGATGTTGGT-ACGAGGA 648
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| | |||||
Sbjct 597 TTAGATGTGGTTTAGGTTCTGAGGGGTTGGAGGTGTTTAAGGAGATGTTGGTTA-GAGGA 655
Query 649 GTAGAGCCTGATGAGTTTTCGGTTACTACGGCGTTAACGGCTTTTGCACAAGTTGGGGCT 708
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 656 ATAGAGCCTGATGAGTTTTCGGTTACTACAGCATTAACGGCTTGTGCACAAGTTGGGGCT 715
Query 709 TTAGCTCAAGGGAAGTGGATTCATGAGTTTGTGAAGAAGAAGAGATGGATTGAGTCTGAT 768
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 TTAGCTCAGGGGAAGTGGATTCATGAGTTTGTTAAGAAGAAGAGATGGATTGAGTCTGAT 775
Query 769 GTGTTTGTAGGAACGGCATTGGTTGACATGTATGCTAAGTGTGGTTGCATTGAGATGGCT 828
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 776 GTGTTTGTAGGAACGGCTTTGGTTGACATGTATGCTAAGTGTGGTTGCATAGAGACGGCT 835
Query 829 GTGGAAGTTTTCGAAAAGTTGAGTAGGAGGAATGTTTTCTCATGGGCAGCTTTAATTGGA 888
||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 836 GTGGAAGTTTTTGAAAAGTTGACTAGAAGGAATGTCTTCTCATGGGCAGCCTTAATTGGA 895
Query 889 GGATATGCGGCTTATGGTTATGCAAAGAAAGCTATGACGTGTTTGGACCGGATGGAGCGA 948
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||
Sbjct 896 GGATATGCGGCTTACGGTTATGCAAAGAAAGCTACGACGTGTTTGGACCGGATTGAACGA 955
Query 949 GAAGATGGTATTAAGCCTGACAGTGTAGTTCTTCTTGGGGTCTTAGCTGCTTGTGCTCAT 1008
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 956 GAAGATGGTATTAAGCCTGATAGTGTAGTTCTTCTTGGGGTCTTAGCCGCTTGTGCTCAT 1015
Query 1009 GGGGGATTTCTTCAAGAAGGCAGAGCAATGTTAGGAAATATGGAAGCTCGATACGGAATT 1068
|| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GGAGGATTTCTTGAAGAAGGCAGAACAATGTTAGAAAATATGGAAGCTCGATACGGAATT 1075
Query 1069 ACTCCAAAGCATGAGCATTACAGCTGTATAGTAGATTTGATGTGCAGAGCTGGAAGATTA 1128
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 ACTCCAAAGCATGAGCACTACAGCTGTATAGTAGATTTGATGTGCAGAGCTGGAAGATTA 1135
Query 1129 GATGATGCACTTGATCTTATCGAAAAAATGCCCATGAAACCTCTTGCATCTGTTTGGGGT 1188
|||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GATGATGCACTTGATCTTATTGAGAAAATGCCAATGAAACCGCTTGCATCTGTTTGGGGT 1195
Query 1189 GCCTTACTAAATGGTTGTCGAACGCACAAGAATGTTGAACTCGGAGAACTAGCTGTTAAA 1248
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1196 GCTTTACTGAATGGTTGTCGAACGCACAAGAATGTTGAACTCGGAGAACTAGCTGTTCAA 1255
Query 1249 AATCTTCTTGACTTGGAGAAAGGAAATGCAGAGGAAGAGGAAGCAGCTCTTGTTCAACTA 1308
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AATCTTCTTGACTTGGAGAAAGGAAATGTGGAGGAAGAGGAAGCAGCTCTTGTTCAACTA 1315
Query 1309 TCTAATATATACTTTAGTGTTCAACGAAATCCCGAGGCATCTAAAGTTCGTGGAATGATA 1368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1316 TCTAATATATACTTTAGTGTTCAACGAAATCCCGAGGCATTTAAAGTTCGTGGGATGATA 1375
Query 1369 GAGCAGAGGGGGATAAGAAAGACACCAGGATGGAGTGTGTTAGAGGTGGATGGAAAGGTT 1428
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1376 GAGCAGAGAGGGATAAGAAAGACACCAGGATGGAGTCTGTTAGAAGTGGATGGAATTGTA 1435
Query 1429 ACCAAATTTGTTTCGGGAGATGTGTCTCACCCAAATCTGCTACAAATTCACACAGTGATT 1488
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 1436 ACCAAATTTGTTTCGGGAGATGTGTCACACCCAAACCTGCTGCAAATTCACACACTGATT 1495
Query 1489 CATCTGCTATCTGTTGATGCCTTGCAGATTTTGTAACACTCATT-TCTT-GAGTTCTCTC 1546
||||| |||||||||||||| | ||||||| | || |||| || || | |||| ||||
Sbjct 1496 CATCTCCTATCTGTTGATGCGTCGCAGATTCTCTAGCACT--TTCTCATAGAGTCCTCTT 1553
Query 1547 GTTTCTACAGAC 1558
||||||||||||
Sbjct 1554 GTTTCTACAGAC 1565
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77810844750
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5