BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484774
Length=2895
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G42850.1 | Symbols: | Mevalonate/galactokinase family prote... 4610 0.0
> AT3G42850.1 | Symbols: | Mevalonate/galactokinase family protein
| chr3:14940114-14945291 REVERSE LENGTH=2895
Length=2895
Score = 4610 bits (2496), Expect = 0.0
Identities = 2766/2899 (95%), Gaps = 8/2899 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTGAGTCTGAAT-CTGCTGCTTCATCACGGTCGTCTTTGGTTTTTGCCTACTACGT 59
|||||||||||||||| || || ||||| |||| || ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1 ATGTCTGAGTCTGAATCCTCCT-CTTCACCACGTTCTTCTTTGGTTTTCGCTTACTACGT 59
Query 60 TACTGGCCATGGCTTTGGTCACGCCACTCGTGTCGTGGAGGTTGTACGGCATCTGATATC 119
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 60 TACTGGCCATGGCTTTGGTCATGCCACTCGTGTTGTCGAGGTGGTTCGGTATCTGATATC 119
Query 120 GTCTGGACATCGAGTTCATGTTGTCTCTGCTGCTCCGGAGTTTGTTTTCACCATGGAGAT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 ATCTGGACATCGAGTTCATGTTGTCTCTGCTGCTCCAGAGTTTGTTTTCACCATGGAGAT 179
Query 180 TCATTCACCAAATCTCTTTATCCGGAAGGTACTGTTGGATTGTGGATCTGTACAAGCTGA 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 180 TCATTCACCAAATCTCTTTATCCGGAAGGTACTGTTGGACTGTGGATCCGTACAAGCTGA 239
Query 240 TGCTTTAACCGTAGATCGTCGTGCTTCCTTGGAGAAGTATTGCGAGATTGCAGTTGAACC 299
||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 240 TGCGTTAAGTGTAGATCGTCGTGCTTCTTTGGAGAAGTATTGTGAGATTGCAGTGGAACC 299
Query 300 TCGAGACTCTATTTTAGCCACAGAGGTTGAGTGGCTAAAGTCCATCAAAGCCAACCTTGT 359
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TCGAGACTCTATTTTAGCCACAGAGGCTGAGTGGCTAAAGTCCATCAAAGCCAACCTTGT 359
Query 360 GGTCTCAGATGTTGTCCCCATTGCTTGTCGTGCTGCAGCAAATGCCGGAATCCGCTCTGT 419
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 360 GGTCTCAGATGTTGTCCCCATCGCTTGTCGTGCTGCAGCAAATGCCGGAATTCGCTCTGT 419
Query 420 CTGCGTCACCAACTTCAGTTGGGACTTCATATATGCAGAATATGTGATGGCAGCGGGACA 479
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 420 TTGTGTCACCAACTTCAGTTGGGACTTTATATATGCAGAATATGTGATGGCAGCAGGACA 479
Query 480 TCATCACCGATCCATTGTTTGGCAGATAGCCGAGGATTATTCGCACTGCGAGTTTCTGAT 539
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TCATCACCGATCCATTGTTTGGCAGATAGCTGAGGATTATTCGCATTGCGAGTTTCTGAT 539
Query 540 ACGCCTCCCTGGATACTGTCCTATGCCTGCGTTTCATGATGTTATTGATATTCCCCTTGT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ACGCCTCCCTGGATACTGTCCTATGCCTGCGTTTCATGATGTTATTGATATTCCCCTTGT 599
Query 600 TGTGAGGCCAGTGCATAAATCTAGACAAGAGGTTAGGAGAGAGCTTGGAGTTCCAGACAA 659
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGTGAGGCCAGTGCATAAATCTGGACAAGAGGTTAGGAGAGAGCTTGGAGTTCCAGACAA 659
Query 660 TGTGAAACTACTCATCTTCAACTTTGGTGGGCAACCAACTGGTTGGACACTGAAGGAGGA 719
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CGTGAAACTACTTATCTTTAACTTTGGTGGGCAACCAACTGGTTGGACACTGAAGGAGGA 719
Query 720 ATATCTACCAGCTGGTTGGTTATGCCTGGTCTGTGGAGCTTCTGCTAAACAGGAGCTTCC 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 ATATCTACCAGCTGGTTGGTTATGCCTGGTCTGTGGAGCTTCTGCTAAACAGGAGCTTCC 779
Query 780 CCCAAATTTCATAGCACTTCCAAAAGATGCTTATACTCCTGATGTGATTGCTGCTTCAGA 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCCAAATTTCATAGCACTTCCAAAAGATGCTTATACTCCTGATGTGATTGCTGCTTCAGA 839
Query 840 CTGCATGCTAGGAAAAATTGGATATGGAACCGTGAGTGAAGCACTCGCATACAAGTTACG 899
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 840 CTGCATGCTCGGAAAAATTGGATATGGAACTGTGAGTGAAGCACTTGCATACAAGTTACG 899
Query 900 GTTCATATTTGTGCGAAGGGATTACTTTAATGAAGAACCATTCTTGAGAAAGATGCTTGA 959
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GTTCATATTTGTGCGAAGGGATTACTTCAATGAAGAACCATTCTTGAGAAAGATGCTTGA 959
Query 960 GTATTACCAAGGTGGAGTTGAAATGATCAGAAGGGATCTTCTAGCTGGATGCTGGGCTCC 1019
|||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 960 GTATTACCAAGGAGGAGTTGAAATGATCAGAAGAGACCTTCTGGCTGGATGTTGGGCACC 1019
Query 1020 TTATCTTGAGCGTGCAGTTACATTGAAACCGTGTTACGATGGAGGCATTGATGGTGGCGA 1079
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTATCTCGAGCGTGCGGTTACATTGAAACCGTGTTACGATGGAGGCATTGATGGTGGCGA 1079
Query 1080 GGTCGCAGCTAAAATACTGCATGACACAGCAATGGGGAAGAAGCGTTCCAAACTCAATCT 1139
||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGTGGCAGCTAAAATACTGCAGGACACAGCCATGGGGAAGAAGCGTTCCAAACTCAATCT 1139
Query 1140 TAGCGGGGCGAGGAGACTCCGAGATGCAATAATATTAGGCTTCCAGCTACAAAGAGCTCC 1199
|||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 TAGCGGAGCGAGGAGATTGCGGGATGCAATAATATTAGGCTTCCAGCTACAGAGAGCTCC 1199
Query 1200 AGGAAGAGATCTTTCAGTTCCGGAATGGTATCAAGTCGCTGGAAACGAAGCTGGGATTCC 1259
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGGAAGAGATCTTTCAGTTCCAGAATGGTATCAAGTCGCTGGAAACGAAGCTGGGATTCC 1259
Query 1260 TTCAGTTGATCAGACGCAGAAATCTTCCAAGTTTGTAGAAGGCTTTGAAATTCTTCATGG 1319
||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTCGGTTGATCAGACTCAGAAACCCTCCAAGTTTGTAGAAGGCTTTGAAATTCTTCATGG 1319
Query 1320 AGATCACCTTGGTCTTTCAGATACAATCGGTTTCTTGGATAGTTTGGCAACATTAGCTAA 1379
|||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 AGATCACCATGGCCTTTCAGATACCATCGGTTTCTTGGATAGTTTGGCAACATTAGCGAA 1379
Query 1380 AATAGGAGGCCATCATCAAGAAAGGGAGCATTTGGCGGCTGCCGCACTTTTCAACTGGGA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1380 AATAGGAGGCCATCATCAAGAAAGGGAGCATTTAGCGGCTGCCGCGCTTTTCAACTGGGA 1439
Query 1440 GGAGGATATTGTTGTGGCGAGAGCACCCGGAAGACTTGATGTAATGGGAGGCATTGCTGA 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GGAGGATATTGTTGTGGCGAGAGCACCCGGAAGACTCGATGTAATGGGAGGCATTGCTGA 1499
Query 1500 TTACTCTGGAAGTCTTGTCTTGCTGATGCCTACGAGAGAGGCATGTCATGCTGCTGTACA 1559
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1500 TTACTCTGGAAGTCTAGTCTTGCTGATGCCTACGAGAGAGGCGTGTCATGCCGCTGTACA 1559
Query 1560 GAGGAATCATCCTAGTAAACAGAAACTCTGGAAGCACGCTGAAGCACGACATCATTCAAG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GAGGAATCATCCTAGTAAACAGAAACTCTGGAAGCACGCTGAAGCACGACATCATTCAAG 1619
Query 1620 AGACACTCCCATACTTGAAATTGTTTCATTTGGATCTGAGCTGAGCAACAGAGGGCCAAC 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AGACACTCCCATACTTGAAATTGTTTCATTTGGATCTGAGTTGAGCAACAGAGGGCCAAC 1679
Query 1680 TTTTGACATGGACTTGTCTGATTTAATGGATGAGGATGGGAAACCAATATCCTATGAGAA 1739
|||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1680 TTTTGATATGGACTTGTCTGATTTTATGGAAGAGGATGGGAAACCAATATCTTATGACAA 1739
Query 1740 AGCCTACCATTACTTTTCACGGGATCCGTCTCAGAAGTGGGCGGCATATGTTGCAGGTAC 1799
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1740 AGCCTACCATTACTTTTCCCGGGATCCGTCTCAGAAGTGGGCGGCGTATGTTGCAGGTAC 1799
Query 1800 AATTCTGGTACTAATGAGAGAGATGGGCGTTCGATTTGAAGACAGCATTAGCATACTGGT 1859
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1800 AATTCTGGTACTAATGAGAGAGATGGACGTTCGATTTGAAGACAGCATAAGCATACTGGT 1859
Query 1860 ATCTTCAACGGTTCCTGAAGGCAAAGGAGTATCTTCCTCTGCTTCAGTTGAAGTTGCTAC 1919
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TTCTTCAACAGTTCCTGAAGGCAAAGGAGTATCTTCCTCTGCTTCAGTTGAAGTTGCTAC 1919
Query 1920 CATGTCAGCTGTTGCTGCTGCTCATGGTCTTGTAATATCTCCACGAGATGTGGCTTTGCT 1979
||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1920 TATGTCTGCTGTTGCTGCTGCTCACGGTCTTGAAATATCTCCGCGAGATGTGGCTTTACT 1979
Query 1980 TTGCCAAAAAGTGGAGAATTATGTTGTTGGAGCACCTTGTGGAGTGATGGATCAGATGGC 2039
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TTGCCAAAAGGTGGAGAATTATGTTGTTGGAGCACCTTGTGGAGTGATGGATCAGATGGC 2039
Query 2040 TTCTGCTTGTGGAGAAGCTAACAAGCTTTTGGCTATGATCTGTCAGCCGGCTGAAATACT 2099
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2040 TTCTGCTTGTGGAGAAGCTAACAAGCTTCTGGCTATGATCTGTCAGCCAGCTGAGATACT 2099
Query 2100 AGGACTTGTTGAAATTCCTTCCCACATTCGATTCTGGGGTATCGATTCTGGAATACGACA 2159
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 2100 AGGACTTGTTGAAATTCCTTCTCACATTCGATTTTGGGGAATCGACTCTGGAATCCGACA 2159
Query 2160 CAGTGTTGGTGGTTCAGACTATGGTTCAGTGAGGATAGGAGCTTTTATTGGTAAGACAAT 2219
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CAGCGTTGGTGGTTCAGACTATGGTTCAGTGAGGATAGGAGCTTTTATTGGTAAGACAAT 2219
Query 2220 GATAAGATCTTTTGCATCTTCTTTTATTGACACCAACTCAGAAGAGGCTGAAGAGGAGAG 2279
|||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GATAAGATCTTTTGCAGCTTCTTTTGCTGAAACCAACTCAGAAGAGGCTGAAGAGGAGAG 2279
Query 2280 CTCGGAGTTAATTGAATCCGATGCTTCTTTGGATTACTTATGCAACCTTTCACCTCATAG 2339
||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2280 CTCGGAGTTGATTGAATCCGATACTTCGTTGGATTACTTATGTAACCTTTCACCTCATAG 2339
Query 2340 ATTTCAAGCTCTTTACGCAAGTAAGCTCCCACAGTCTATCACGGGAGAAGAATTCATC-A 2398
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |
Sbjct 2340 ATTCCAAGCTCTTTATGCAAGTAAGCTCCCACAGTCTATCACAGGAGAAGAATTCCTCGA 2399
Query 2399 AGAAGTATGGTGATCACGGGGATTCTGTCACAACCATTGACAGAA-ATGGTACATACGCC 2457
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2400 AAAA-TATGGTGATCACGGGGATTCTGTCACAACCATTGACA-AAGATGGTACATACGCC 2457
Query 2458 ATAATGGCGCCGACTAGACATCCAATTTATGAGAATTTCCGTGTCCAGGCTTTCAAAGCA 2517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2458 ATAATGGCGCCGACTAGACATCCAATTTATGAGAATTTCCGTGTGCAGGCTTTCAAAGCA 2517
Query 2518 TTGTTGACAGCAACTCCTTCAGAAGAACAAGTCATTGGTCTTGGGGAGCTTATGTACCAG 2577
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 TTGTTGACAGCAACTCCTTCAGAAGAACAGGTCATTGGTCTTGGGGAGCTTATGTACCAG 2577
Query 2578 TGCCACGACAGCTACAGCGCGTGTGGGATTGGCTCTGATGGAACAGACAGATTAGTGAGA 2637
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2578 TGCCATGACAGCTACAGTGCGTGTGGGATTGGCTCTGATGGAACAGACAGATTAGTAAGA 2637
Query 2638 TTAGTGCAGAATATGGAGAACTTGAAGAGCTCTAAAACCGAGAACGGGACTCTTTACGGG 2697
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2638 TTAGTGCAGAATATGGAGAATTTGAAGAGCTCGAAAACCGAGAACGGGACTCTCTACGGG 2697
Query 2698 GCCAAGATTACTGGAGGTGGAAGCGGCGGTACGGTTTGCGTTATTGGAAAG-GCTAGTTT 2756
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2698 GCCAAGATTACTGGAGGCGGAAGTGGCGGTACGGTTTGCGTTATTGGAAAGAG-TAGTTT 2756
Query 2757 GAGAAGCAGTGAACAGATTCTTCAGATTCAGAAAAAGTACAAGGAAGCAACAGGGTTTAT 2816
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 GAGAAGCAGTGAACAGATTCTTCAGATTCAGCAAAAGTACAAGGAAGCAACAGGGTTTAT 2816
Query 2817 GCCGTATGTGTTTGAAGGATCATCTCCAGGAGCTGGCAAGTTTGGATATTTGAAGATTCG 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2817 GCCGTATGTGTTTGAAGGATCATCTCCAGGAGCTGGCAAGTTTGGATATTTGAAGATACG 2876
Query 2877 CAAGAACTCTGCTACTTAA 2895
|||||||||||||||||||
Sbjct 2877 CAAGAACTCTGCTACTTAA 2895
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143878792524
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5