BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484824
Length=4593
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G43920.2 | Symbols: DCL3, ATDCL3 | dicer-like 3 | chr3:15753... 6416 0.0
> AT3G43920.2 | Symbols: DCL3, ATDCL3 | dicer-like 3 | chr3:15753548-15760830
FORWARD LENGTH=4743
Length=4743
Score = 6416 bits (3474), Expect = 0.0
Identities = 3864/4056 (95%), Gaps = 12/4056 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 544 AAGATTTTTAATTCTGAAGAG-GGGAAAGGGGTAGAAAAGTTTGCTA-AAGCGGTTAAAG 601
|||||||||||| |||||||| | | |||| || ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 694 AAGATTTTTAATCCTGAAGAGCGTG-AAGGAGTGGAAAAGTTTGCTACAA-CGGTTAAAG 751
Query 602 AAGGTCCAATATTCTATGACCCATCACCATTCC-GTAGTTTGGAATTGAAAGAAAAGTTA 660
||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 752 AAGGTCCAATATTGTATAACCCATCACCA-TCCTGTAGTTTGGAATTGAAAGAAAAGTTA 810
Query 661 GAGACTTCACACCTCAAGTTTGATGCTTCTCTTAGAAGGCTTCAAGAGTTGGAAAAAGGC 720
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 811 GAAACTTCACACCTCAAGTTTGATGCTTCTCTTAGAAGGCTTCAAGAGTTGGGAAAAGAC 870
Query 721 AGTTTTCTCAACATGGATAATAAGTTTGAGACATATCAAAAGAGATTGTCCATCGACTAC 780
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 871 AGTTTTCTGAATATGGATAATAAGTTTGAGACATATCAAAAGAGATTGTCTATCGACTAC 930
Query 781 AGAGAGATTTTGCATTGCCTTGATAATCTTGGCCTGATTTGCGCACACTTGGCGGCTGAA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 AGAGAGATTTTGCATTGCCTTGATAATCTTGGCCTGATTTGCGCACACTTGGCGGCTGAA 990
Query 841 GTCTGCTTGGAGAAAATCTCAGATACGAAAGAGGAAAGTGAAACTTATAAAGAATGGTCA 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 991 GTCTGCTTGGAGAAAATCTCAGATACGAAAGAGGAAAGTGAAACTTATAAAGAATGCTCA 1050
Query 901 ATGGTGTGCAAGGAATTTCTAGAGGATATTTTATCCACAATTGGGGTGTATTTGCAGCAA 960
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1051 ATGGTGTGCAAGGAATTTCTTGAGGATATTTTATCCACCATTGGGGTGTATTTGCCGCAA 1110
Query 961 GGA-GATAAGAATTC-GGTAGATTTGCAGCAAAACCGTCTGTCAGCAGTAAATTCTGGAC 1018
|| |||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1111 -GATGATAAG-AGTCTGGTAGATTTGCAGCAAAACCATCTGTCAGCAGTAATTTCTGGGC 1168
Query 1019 ATGTATCTCCAAAGTTAAAAGAACTCTTCCATCTATTGGATTCATTTAGAGGTGAAAAGC 1078
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1169 ATGTATCTCCAAAGCTAAAAGAACTCTTCCATCTATTGGATTCCTTTAGAGGTGACAAGC 1228
Query 1079 AAAAACAGTGCCTTATTTTAGTTGAGAGAATTATAACTGCGGAAGTGATCGAAAGATTCG 1138
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1229 AAAAGCAGTGCCTTATTTTAGTTGAGAGAATTATAACTGCGAAAGTGATCGAAAGATTCG 1288
Query 1139 TGAAGAAAGAAGCCTCTTTAGCTTACCTCAATGTCTTGTATTTAGTCGGAAACAACCCCT 1198
| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1289 TTAAGAAAGAAGCCTCTTTGGCTTACCTTAATGTCTTGTATTTAACCGAAAACAACCCCT 1348
Query 1199 CCACCAATGCATCAGCACAGAAAACGCAAATTGAAATCCCTAATTTATTTCATGATGGCA 1258
||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1349 CCACCAATGTATCGGCACAGAAAATGCAAATTGAAATCCCTGATTTATTTCAACATGGCA 1408
Query 1259 AGGTGAATCTTTTGTTTATCACGGATGTGGTTGAAAAGGGATTTCAGGTTCCAAATTGCT 1318
||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1409 AGGTGAATCTTTTATTCATCACAGATGTGGTTGAAGAGGGATTTCAGGTTCCAGATTGCT 1468
Query 1319 CATGCATGGTTTGTTTTGACCTGCCCAAAACAGTGTGTAGTTACTCGCAGTCTCAAGAAC 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1469 CATGCATGGTTTGTTTTGACCTGCCCAAAACAATGTGTAGTTACTCGCAGTCTCAAAAAC 1528
Query 1379 ATGCCAAACAGAGTAATTCTAAGTCTATCATGTTTCTTGAAAGGGGGAACCCGAAACAAA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1529 ATGCCAAACAGAGTAATTCTAAGTCTATCATGTTTCTTGAAAGAGGGAACCCGAAGCAAA 1588
Query 1439 GAGACCATCTGTATGACCTTATGCGAAGAGAAGTCCCAATTCGAGATCCAGAAGCTCCAA 1498
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1589 GAGACCATCTGCATGACCTTATGCGAAGAGAAGTCCTAATTCAAGATCCAGAAGCTCCAA 1648
Query 1499 ACTTGAAATCGTGTCCACCTCCAGTGACAAATGGCCATGGCGTGAAGGAGATTGGAACCA 1558
||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||| |||
Sbjct 1649 ACTTGAAATCGTGTCCACCTCCAGTGAAAAATGGACACGGTGTGAAGGAGATTGGATCCA 1708
Query 1559 TGGTTATCCCAGATTCTAACATAACTGTATCTGAGGAAGCAGCTTCCACACAAACTATGA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 TGGTTATCCCAGATTCTAACATAACTGTATCTGAGGAAGCAGCTTCCACACAAACTATGA 1768
Query 1619 TTGATCCTCCTAGCAGAAATGAGCAGTTACCACCATGTAAGAAGTTACGCTTGGATAACA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1769 GTGATCCTCCTAGCAGAAATGAGCAGTTACCACCGTGTAAAAAGTTACGCTTGGATAACA 1828
Query 1679 ATCTTTTACAATCCAGCGCCAAAGAGAAGGTTGCCTCTTCTAAAAGTAAATCATCTTCCT 1738
|||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1829 ATCTCTTACAATCCAACGGCAAAGAGAAGGTTGCCTCTTCTAAAAGTAAATCATCTTCAT 1888
Query 1739 CGGCTGCAGGTTCaaaaaaaCGTAAGGAGTTGCACGGAACAACCTGTGCAAACGCATTGT 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889 CGGCTGCAGGTTCAAAAAAACGTAAGGAGTTGCACGGAACAACCTGTGCAAACGCATTGT 1948
Query 1799 CAGGAACCTGGGGAGAAAATATTGATGGCGCCATCTTTCAGGCTTATAAGTTTGACTTCT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 CAGGAACCTGGGGAGAAAATATTGATGGCGCCACCTTTCAGGCTTATAAGTTTGACTTCT 2008
Query 1859 GTTGTAATATTTCTGGCGAAGTATACTCGAGTTTCTCTCTTTTGCTTGAGTCAACCCTCG 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2009 GTTGTAATATTTCTGGCGAAGTATACTCGAGTTTCTCTCTTTTGCTTGAGTCAACTCTCG 2068
Query 1919 CCGAGGATGTTGGTAATGTTGAGATGGACCTTTACTTGGTCAGGAAGCTTGTGAAGGCTT 1978
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2069 CCGAGGATGTTGGTAAAGTTGAGATGGACCTTTACTTGGTCAGGAAGCTTGTCAAGGCTT 2128
Query 1979 CTGTCTCACCTTGTGGCCAGATACGTTTGAGTCAAGAGGAGTTGGTCAAAGCAAAGTACT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |
Sbjct 2129 CTGTCTCACCTTGTGGCCAGATACGTTTGAGTCAAGAGGAGCTGGTCAAAGCAAAATATT 2188
Query 2039 TTCAGCAGTTTTTCTTTAATGGCATGTTTGGAAAGTTATTTGTTGGATCTAAGTCACAGG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 TTCAGCAGTTTTTCTTTAATGGCATGTTTGGAAAGTTGTTTGTTGGATCTAAGTCACAGG 2248
Query 2099 GAACGAAGAGAGAATTTTTGCTTCAAACTGACACAAGTTCTCTTTGGCACCCTTCCTTTA 2158
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2249 GAACAAAGAGAGAATTTTTGCTTCAAACTGACACTAGTTCTCTTTGGCACCCTGCCTTTA 2308
Query 2159 TGTTTCTACTGCTACCAGTTGAAACAAAGGATCTAGCTTCGAGTGCGACAATTGATTGGT 2218
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 TGTTTCTACTGCTACCAGTTGAAACAAATGATCTAGCTTCGAGTGCGACAATTGATTGGT 2368
Query 2219 CAGCTATCAACTCCTGTGCCTCAATAGTTGAGTTCTTGAAGAAAAATTCTCTTCTTGAAC 2278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2369 CAGCTATCAACTCCTGTGCCTCAATAGTTGAGTTCTTGAAGAAAAATTCTCTTCTTGATC 2428
Query 2279 TTCAGGTTAGTGATGGGAATCAGTGCAACACCTCATCCGATCAGGAAGTCTTACTCGACG 2338
||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 2429 TTCGGGATAGTGATGGGAATCAGTGCAATACCTCATCCGGTCAGGAAGTCTTACTAGACG 2488
Query 2339 ATAAAATGGAAGAAACGAATCTGATTCATTTTGCCAACGCTTCGTCTGATAAAAATAGTC 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 ATAAAATGGAAGAAACGAATCTGATTCATTTTGCCAATGCTTCGTCTGATAAAAATAGTC 2548
Query 2399 TTGAAGAACTTGTGGTCATTGCAATTCATACTGGAAGGATATACTCTATAGTTAAAGCAG 2458
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2549 TCGAAGAACTTGTGGTCATTGCAATTCATACTGGACGGATATACTCTATAGTTGAAGCCG 2608
Query 2459 TAAGGGATTCTTCTGCTCTGAGCCCGTTTGA-GTGCGACGCCTCGTCAGAATATGCTAGT 2517
|||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| || ||||| |||| ||||||| |
Sbjct 2609 TAAGCGATTCTTCTGCTATGAGCCCCTTTGAGGTG-GATGCCTCATCAGGCTATGCTACT 2667
Query 2518 TATGCAGAATATTTTAATAAAAAGTATGGGATTGTTTTGGCGCACCCAAATCAGCCGTTG 2577
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||
Sbjct 2668 TATGCAGAATATTTTAACAAAAAGTATGGGATTGTTTTAGCGCACCCGAACCAGCCGTTG 2727
Query 2578 ATGAAGTTGAAGCAGAGTCACCATGCGCACAACCTTTTAGTCGACTTCAATCAAGAGATG 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2728 ATGAAGTTGAAGCAGAGTCACCATGCGCACAACCTTTTAGTCGACTTCAATGAAGAGATG 2787
Query 2638 GTTGTGAAGACAGAACCAAAAGCTGGCAATGTTAGaaaaaaaaaaCCAAATATCCATGCG 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 2788 GTTGTGAAGACAGAACCAAAAGCTGGCAATGTTAGGAAAAGAAAACCGAATATCCATGCG 2847
Query 2698 CATTTGCCTCCTGAGCTTTTGGCCAGAATTGATGTACCGCGTGCTGTGCTAAAATCAATC 2757
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2848 CATTTGCCTCCAGAGCTTTTGGCTAGAATTGATGTACCGCGTGCTGTGCTAAAATCAATC 2907
Query 2758 TACTTGCTGCCCTCAGTGATGCACCGCCTAGAGTCTCTAATGTTGGCTAGCCAGCTTAGG 2817
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2908 TACTTGCTGCCTTCAGTGATGCACCGCCTAGAGTCTCTAATGTTGGCCAGCCAGCTTAGG 2967
Query 2818 GAAGAGATTGATTGTAGCATCGATAACTTCAGTATATCAAGTACCTCGATTCTTGAAGCA 2877
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2968 GAAGAGATTGATTGTAGCATAGATAACTTCAGTATATCAAGTACATCGATTCTTGAAGCA 3027
Query 2878 GTTACAACACTTACATGCCCCGAAGCATTTTCAATGGAGCGGTTGGAACTGCTGGGGGAT 2937
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3028 GTTACAACACTTACATGCCCCGAATCATTTTCAATGGAGCGGTTGGAACTGCTCGGGGAT 3087
Query 2938 TCAGTCTTGAAGTATGTTGCGAGCTGTTATCTATTCCTTAAGTATCCTGACAAAAATGAG 2997
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3088 TCAGTCTTGAAGTATGTTGCGAGCTGTCATCTATTCCTTAAGTATCCTGACAAAGATGAG 3147
Query 2998 GGACAACTATCACGGCAGAGGCAATCGATTATATCTAACTCAAATCTTCATCGCTTGGCA 3057
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 3148 GGGCAACTATCACGGCAGAGACAATCGATTATATCTAACTCAAATCTTCACCGCTTGACA 3207
Query 3058 ACCAATCGCAAACTACAGGGATACATAAGAAACGGCGCTTTTGAACCGCGTCGCTGGACT 3117
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3208 ACCAGTCGCAAACTACAGGGATACATAAGAAATGGCGCTTTTGAACCGCGTCGCTGGACT 3267
Query 3118 GCACCTGGTCAATTTTCTCTTTTTCCTGTTCCTTGCAAGTGTGGGATTGATACTAGAGAA 3177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3268 GCACCTGGTCAATTTTCTCTTTTTCCTGTTCCTTGCAAGTGTGGGATTGATACTAGAGAA 3327
Query 3178 GTACCATTGGACCCAAAATTCTTCACAGAAAACATGACTATCAAAATCGGCAAGTCTTGC 3237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3328 GTACCATTGGACCCAAAATTCTTCACAGAAAACATGACTATCAAAATAGGCAAGTCTTGC 3387
Query 3238 GACATGGGTCATAGATGGACAGTTTCAAAATCTGTATCAGATTGCGCTGAGGCCCTGATT 3297
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3388 GACATGGGTCATAGATGGGTAGTTTCAAAATCTGTATCAGATTGCGCTGAGGCCCTGATT 3447
Query 3298 GGTGCCTATTATGTAAGTGGTGGATTGACTGCTTCTCTCCATATGATGAAATGGCTCGGT 3357
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3448 GGTGCCTATTATGTAAGCGGTGGATTGTCTGCTTCTCTCCATATGATGAAATGGCTCGGT 3507
Query 3358 GTTAATGTTGATTTTGACCCAAACCTAGTCGTTGAAGCCATCAGTAGAGTTTCTCTACGG 3417
|| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3508 ATTGACGTCGATTTTGACCCAAACCTAGTCGTTGAAGCCATCAATAGAGTTTCTCTACGG 3567
Query 3418 TGTTACATCCCTAAAGACGATGAGCTCACAGAGTTGGAGAGAAAGATCCAACATGAATTC 3477
|||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3568 TGTTACATTCCTAAAGAAGATGAGCTCATAGAGTTGGAGAGAAAGATCCAACATGAATTC 3627
Query 3478 TCTGCAAAGTTCCTTTTAAAAGAGGCTATCACACACTTCTCTGTTCATGAATCCTATTCA 3537
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||
Sbjct 3628 TCTGCAAAGTTTCTTTTAAAAGAGGCTATCACACACTCCTCTCTTCGTGAATCCTATTCA 3687
Query 3538 TACGAGAGATTGGAGTTTCTTGGCGATTCTGTACTCGATTTTCTAATCACTCGTCATCTT 3597
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 3688 TACGAGAGATTAGAGTTTCTTGGCGATTCTGTACTGGATTTTCTAATAACCCGTCATCTT 3747
Query 3598 TTTAACACCTACGAACAAACTGGGCCTGGAGAGATGACCGATCTTCGTTCTGCATGTGTA 3657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3748 TTTAACACCTACGAACAAACTGGGCCTGGAGAGATGACCGATCTTCGTTCTGCATGTGTA 3807
Query 3658 AATAATGAAAATTTTGCGCAAGTTGCAGTGAAAAATAATCTGCATATCCACCTTCAACGC 3717
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3808 AACAATGAAAATTTTGCGCAAGTTGCAGTGAAAAATAACCTGCATACCCACCTTCAACGC 3867
Query 3718 TGTGCTACGGTTCTTGAGAATCAAATAAACGAGTATCTGATGTCCTTCCCAAAGCCAGAT 3777
|||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 3868 TGTGCTACGGTTCTCGAGACTCAAATAAACGACTATCTGATGTCCTTTCAAAAGCCAGAT 3927
Query 3778 GAAACTGGTAGATCAATCCCTTCAATACAGGGCCCTAAGGCTCTTGGAGATGTGGTGGAG 3837
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3928 GAGACTGGTAGATCAATCCCTTCAATACAGGGCCCTAAGGCTCTTGGAGATGTTGTGGAG 3987
Query 3838 AGTATCGCTGGAGCATTGCTGATCGATACAAGGTTAGATCTCGATCAAGTGTGGAGAGTC 3897
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3988 AGTATCGCTGGAGCATTGCTGATCGATACGAGGTTAGATCTCGATCAAGTGTGGAGAGTC 4047
Query 3898 TTTGAGCCGTTGCTATCTCCACTTGTAACTCCAGATAAACTTCAGCTTCCTCCGTACCGG 3957
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4048 TTTGAGCCGTTGCTTTCTCCACTTGTAACTCCAGATAAACTTCAGCTTCCTCCATACCGG 4107
Query 3958 GAGCTCAATGAGCTATGCGACTCTCTTGGGTATTTCTTCCGAGAGAAATGTTCAAATGAT 4017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 4108 GAGCTCAATGAGCTATGCGACTCTCTTGGGTATTTCTTTCGAGTGAAATGTTCAAATGAT 4167
Query 4018 GGTGTCAAGGCACAAGCCACGATCCACTTGCAGCTGGACGATGTTCTTCTAACTGGAGAT 4077
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 4168 GGTGTCAAAGCACAAGCCACGATCCAGTTGCAGCTGGATGATGTTCTTTTAACTGGAGAT 4227
Query 4078 GGATCTGAACAGACAAATAAACTGGCCTTGGGAAAAGCAGCTTCACATCTGCTTACGCAA 4137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4228 GGATCTGAACAGACAAATAAACTGGCCTTGGGAAAAGCAGCTTCACATCTGCTTACACAA 4287
Query 4138 CTTGAGAAGAGAAACATTTCACGTAAAATTTCGATCGGGGATAATCAAAGTTCCATGGAT 4197
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4288 CTTGAGAAGAGAAACATTTCACGTAAAACCTCGCTCGGGGATAATCAAAGTTCCATGGAT 4347
Query 4198 GTCAATCTTGCTTGCAATCATAGCGACAGAGAAACTCCGACTTCAGATTCTATTGAAATC 4257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||
Sbjct 4348 GTCAATCTTGCTTGCAATCATAGCGACAGAGAAACTCTGACTTCAGAGACTACTGAAATC 4407
Query 4258 CAGAGCATAGTGATTCCAGTTATTGGACCTATAAACATGAAGAAAGGCGGGCCTCGTGGA 4317
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4408 CAGAGTATAGTGATTCCATTTATTGGACCTATAAACATGAAGAAAGGCGGGCCTCGTGGA 4467
Query 4318 ACTCTACATGAGTTCTGCAAGAAACATCTCTGGCCAATGCCTACTTTTGACACCTCGGAA 4377
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 4468 ACTCTACATGAGTTTTGCAAGAAGCATCTGTGGCCAATGCCTACTTTCGATACCTCGGAA 4527
Query 4378 GAGAAATCCAGAACTCCGTTTGAATTCACAGATGGCGATGAGAAGCGAACTAGCTTCAGC 4437
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4528 GAGAAATCCAGAACTCCGTTTGAATTCATAGATGGCGGTGAGAAGCGGACTAGCTTCAGC 4587
Query 4438 AGTTTCACATCGACAATAACCCTAAGGATACCCAACCGTGGGGCTGTGATGTATGCTGGA 4497
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4588 AGTTTCACATCGACCATAACCCTAAGGATACCCAATCGTGAGGCTGTGATGTATGCTGGA 4647
Query 4498 GAAGCCAGGCCTGACAAGAAAAGTTCCTTCGACTCTGCAGTCGTGGAATTGCTTTATGAG 4557
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4648 GAAGCAAGGCCTGACAAGAAGAGTTCCTTCGACTCTGCAGTCGTGGAATTGCTTTATGAG 4707
Query 4558 CTCGAGCGCCGCAAGATCGTCACAATACAAAAGTAG 4593
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4708 CTCGAGCGCCGCAAGATCGTCATAATACAAAAGTAG 4743
Score = 721 bits (390), Expect = 0.0
Identities = 508/562 (90%), Gaps = 20/562 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATTCCTCGTTGGAGCCGGAGAAAATGGAGGAA------GGAAGCAATTCGCTTAAG 54
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATTCGTCGTTGGAGCCGGAGAAAATGGAGGAAGGTGGGGGAAGCAATTCGCTTAAG 60
Query 55 AGGAAATTCTCTGAAATCGATGGAGATCAAATTCTTGCTTCTGTCTCTTCTCCTATGATG 114
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAAAATTCTCTGAAATCGATGGAGATCAAAATCTTGATTCTGTCTCTTCTCCTATGATG 120
Query 115 GTTGAATCTAATGGTAGTTATGAGTTGAAAGTGTACGAGGTTGCTAAGAACAGGAACATA 174
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACTGACTCTAATGGTAGTTATGAATTGAAAGTGTACGAGGTTGCTAAGAACAGGAACATA 180
Query 175 ATTGCTGTTCTTGGG-ACAGGAACTGATAAGTCAGTGATCACTAAGATGCTTATCAAAGC 233
||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 ATTGCTGTT-TTGGGGACAGGGATTGATAAGTCAGAGATCACTAAGAGGCTTATCAAAGC 239
Query 234 CATGGGTTGTTCTGATACAGATAAAAGATTGATAATTTTCTTGGCTCCAACTGTCAATAT 293
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
Sbjct 240 TATGGGTTCTTCTGATACAGACAAAAGATTGATAATTTTCTTGGCCCCAACTGTGAATCT 299
Query 294 T------CA--A-TGCTGTGAGATCAGAGCGCAAGTGAATTTGAAGGTTGAAGAGTACTT 344
| || | ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 300 TGTTAAACAGCAATGCTGTGAGATCAGAGCACTTGTGAATTTGAAAGTTGAAGAGTACTT 359
Query 345 TGGAGCTAAAGGAGTTGATAAATGGACATCTCAGCGCTGGGATGAGGAAGTTAGCAAGCA 404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 360 TGGAGCTAAAGGAGTTGATAAATGGACATCTCAGCGCTGGGATGAGGAATTTAGCAAGCA 419
Query 405 CGATGTAAGTTTGGTTATGACTCCTCAAATACTGTTGGATGCCCTTAGAAGTGCATTTCT 464
|||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 420 CGATGT---TTTAGTTATGACTCCTCAAATATTATTGGATGTCCTTAGAAGTGCATTCCT 476
Query 465 GAAACTAGAGATGGTATGTCTTCTAATATTAGACGAATGCCACCGCACCACTGGTAATCA 524
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 477 GAAACTAGAGATGGTATGTCTTCTAATAATAGATGAATGCCACCATACCACTGGCAATCA 536
Query 525 TCCCTATGCAAAGTTAATGAAG 546
||||||||| ||||||||||||
Sbjct 537 TCCCTATGCGAAGTTAATGAAG 558
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 229062261738
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5