BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484871
Length=2282
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G44600.1 | Symbols: CYP71 | cyclophilin71 | chr3:16164935-16... 3504 0.0
> AT3G44600.1 | Symbols: CYP71 | cyclophilin71 | chr3:16164935-16169262
REVERSE LENGTH=2390
Length=2390
Score = 3504 bits (1897), Expect = 0.0
Identities = 2148/2264 (95%), Gaps = 38/2264 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACCTTGCTTTCAATCGACGAA-GAGGTTTTTGAGTTGAGGAAGAGAGTAGAAATCAATG 59
|||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 7 AACCTTGCTTTCAATCGACGAAGGA-G-TTTTGAGTTGAGGAAGTGAGTAGAAATCAATG 64
Query 60 GAGGAAGAATCGAAGAATGGTGGAACCACGATTCCGACTGAAGAATTGGCGGTGGTTGCG 119
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 GAGGAAGAATCTAAGAATGGCGGAACCACGATTCCGACTGAAGAATTGGCGGTGGTTGCG 124
Query 120 GTGCCGCTTGAAGTGGAAGAGGAGGAGGCGATGGTCGGACCTGGACCAGCTCCACGAGGC 179
||||| | || ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 125 GTGCCACCTGTAGTAGAAGAAGAGGAGCCGATGGTCGGACCTGGACCAGCTCCACGAGGC 184
Query 180 AAACGCAAGCGTCCGCTTCAATTCGAGCAAGCTTATCTTGATTCGCTTCCTTCTGCTAAT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 AAACGCAAGCGTCCGCTTCAATTCGAGCAAGCTTATCTTGATTCGCTTCCTTCTGCTAAT 244
Query 240 ATGTATGAGAAAAGTTATATGCATCGGGATGTAGTTACACATGTTGCTGTTTCAGCAGCT 299
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 ATGTATGAGAAAAGTTATATGCATCGAGATGTAGTTACACATGTTGCTGTTTCAGCAGCT 304
Query 300 GATTTCTTTATCAGTGGAAGCATGGATGGTCACTTGAAATTTTGGAAGAAAAAGGGTGTT 359
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 GAGTTCTTTATAAGTGGAAGTATGGATGGTCACTTGAAATTTTGGAAGAAAAAGGGTGTT 364
Query 360 GGTATCGAGTTTGCTAAGCATTTCCGCTCCCATCTCGGTCCAATTGAAGGTCTAGCGGTT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 GGTATCGAGTTTGCTAAGCATTTCCGCTCCCATCTCGGTCCAATTGAAGGTCTAGCGGTT 424
Query 420 AGCATTGATGGTTTGCTTTGCTGTACAATCTCAAATGATCATGCTGTTAAAATATATGAT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 AGCATTGATGGTTTGCTTTGCTGTACAATCTCAAATGATCATGCTGTTAAAATATATGAT 484
Query 480 GTTGTCAACTACGACATGATGGCCATGATCCGTTTGCCATATATCCCTGGTGCTGTTGAG 539
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 485 GTTGTCAACTACGATATGATGGCCATGATCCGTTTGCCATATATTCCTGGTGCTGTTGAG 544
Query 540 TGGGTCTACAAACAAGGGGATGTCAAAGCTAAACTTGCTGTCAGTGACCGAGACTCTTCG 599
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 545 TGGGTCTACAAGCAAGGGGATGTCAAAGCTAAACTTGCTGTCAGTGACCGAGACTCTTTG 604
Query 600 TTTGTGCACATTTATGATCCCCGTTCTGGTTCCAATGAACCCATTGCTTCAAAAGAGATA 659
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 TTTGTGCACATTTATGATCCTCGTTCTGGTTCCAACGAACCCATTGCTTCAAAAGAGATA 664
Query 660 CATATGAATCCAATTAAGATCATGAAGTACAATCCTGTTTCGGACACAATGATCTCTGGT 719
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 CATATGAATCCAATTAAGGTCATGAAGTACAATCCTGTTTCGGACACAATGATCTCTGGT 724
Query 720 GACACAAAAGGAATCATTGAGTACTGGAGTCCAGCTACATTGCAGTTTCCCGAGGATGAG 779
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 725 GACACAAAAGGAATCATTGAGTACTGGAGTGCAACTACATTACAGTTTCCCGAGGATGAG 784
Query 780 GTAAACTTTAAACTGAAGAGTGATACAAATCTCTTTGAGATTATAAAGTGCAAAACAACA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 GTAAACTTTAAACTGAAGAGTGATACAAATCTCTTTGAGATTATAAAGTGCAAAACAACA 844
Query 840 ATCTCTGCCATTGAGGTGAGTCCAGATGGTAGACAGTTTTCCATTACATCTCCTGATCGT 899
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 845 ATCTCTGCCATTGAGGTGAGTCCAGATGGTAAACAGTTTTCCATTACAGCTCCTGATCGT 904
Query 900 AGGATTCGTGTGTTCTGGTTTAGAACTGGTAAACTTAGGCGGGTATATGATGAGTCACTT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 AGGATTCGTGTGTTCTGGTTTAGAACTGGTAAACTGAGGCGGGTATATGATGAGTCACTT 964
Query 960 GAGGTGGCCCAAGATCTGCAGAGGAGTGATGCTCCATTATACAGGCTTGAAGCTATTGAC 1019
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 GTGGTGGCCCAAGATCTGCAGAGGAGTGATGCTCCCTTATACAGGCTTGAAGCTATTGAC 1024
Query 1020 TTTGGTAGAAGAATGGCAGTTGAGAAGGAACTTGAAAAAACCGAGAGTGCTCCGCAGCCC 1079
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 TTTGGTAGAAGAATGGCAGTTGAAAAGGAACTTGAAAAAACCGAGAGTGCTCCGCAGCCC 1084
Query 1080 AATGCTGTGTTTGATGAAAGCTCTAATTTCCTTATATACGCCACTCTTCTTGGAATAAAA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1085 AATGCTGTGTTTGATGAAAGCTCTAATTTCCTTATATACGCCACTTTTCTTGGAATAAAA 1144
Query 1140 ATAATAAATTTACACACCAACACAGTTGCAAGGATCCTTGGGAAGGTGGAGAGTAATGAA 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1145 GTAATAAATTTACACACCAACACAGTTGCAAGGATCCTTGGAAAGGTGGAGAGTAATGAA 1204
Query 1200 AGGTATCTGAGAGTTGCATTATATCAAGGTGATCAAGGAGGCAAGAAAGTTAGAAAGATT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 AGGTATCTGAGAGTTGCATTATATCAAGGTGATCAAGGAGGCAAGAAAGTTAGAAAGATT 1264
Query 1260 CCAGCAGCCGCAGCAAATGTAAATGAAAGCAAAGAGCCCTTGACTGATCCAACTATCCTA 1319
|| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1265 CCTGCAGCTGCAGCAAATGTAAATGAAAGCAAGGAGCCTTTGACTGATCCGACTATCCTA 1324
Query 1320 TGCTGTGCCTTCAAGAAACACAGGATCTATATGTTCAGTCGAAGAGAGCCAGAAGAACCT 1379
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1325 TGCTGTGCCTTTAAGAAACACAGGATCTATATGTTCAGTCGGAGAGAGCCAGAAGAACCT 1384
Query 1380 GAAGATGCAAGCCAAGGGAGAGATGTGTTCAATGAGAAGCCTGCTGCTGATGAACTTATG 1439
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 GAAGATGCAAGCCAAGGGAGAGATGTGTTTAACGAGAAGCCTGCTGCTGATGAACTTATG 1444
Query 1440 GCTGCCTCAGATATTGGAAACTCAGCCACAACATCTCTTCCAGAGAACGTGATCATGCAT 1499
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1445 TCTGTCTCAGATATTGGAAACTCAGCCACAACATCCCTTCCAGAGAACGTGATAATGCAT 1504
Query 1500 ACTACGCTGGGCGACATTCACATGAAGCTTTACCCAGAAGAATGTCCCAAAACTGTGGAA 1559
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 ACTACGCTTGGTGACATTCACATGAAGCTTTACCCAGAAGAATGTCCCAAAACTGTGGAG 1564
Query 1560 AATTTCACAACACACTGTAGAAATGGTTATTACGATAACCACCTTTTCCACCGGGTTATC 1619
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1565 AATTTCACAACACACTGTAGAAATGGCTATTACGATAACCACCTTTTCCATCGGGTTATC 1624
Query 1620 AGAGGATTTATGATACAGACTGGAGATCCTCTTGGGGATGGTACTGGAGGACAGTCAATT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 AGAGGATTTATGATACAGACTGGAGATCCTCTTGGGGATGGTACTGGAGGACAGTCAATT 1684
Query 1680 TGGGGCAGAGAATTTGAAGACGAGTTTCACAAAAGTCTACGGCATGACAGGCCGTTCACA 1739
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 TGGGGCAGAGAATTTGAGGACGAGTTTCACAAAAGTCTAAGGCATGACAGGCCGTTCACA 1744
Query 1740 TTGTCTATGGCAAATGCTGGCCCAAACACAAATGGGTCTCAATTCTTTATCACAACGGTG 1799
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||
Sbjct 1745 TTGTCTATGGCAAATGCCGGCCCAAACACAAATGGGTCTCAGTTCTTCATCACAACAGTG 1804
Query 1800 GCTACACCGTGGCTAGACAATAAGCACACTGTTTTTGGAAGAGTTGTGAAGGGAATGGAC 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 GCTACACCGTGGCTAGACAATAAGCACACTGTTTTTGGAAGAGTTGTGAAGGGAATGGAC 1864
Query 1860 GTCGTTCAGGGTATAGAGAAAGTGAAGACAGACAAGAACGACAGACCTTACCAAGATGTT 1919
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1865 GTCGTTCAGGGTATAGAGAAAGTGAAGACAGACAAGAACGACAGGCCTTACCAAGATGTG 1924
Query 1920 AAGATACTTAATGTCACTGTTCCGAAATCTTAGCATCTTTGCTGTTGTCTCAAAGATAGT 1979
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1925 AAGATACTTAATGTCACCGTTCCGAAATCTTAGCATCTTTGCTACTGTCTCAAAGATAGT 1984
Query 1980 GAACAATCGT-TGCTGATCCATA-CCCCATGAACCATGATTGGTTCTGTGATGGGAAGTT 2037
|||||||| | ||||||||| || |||| | ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1985 GAACAATC-TATGCTGATCCGTAACCCC--G-----TGATTGGTTCTATGCTGGGAAGTT 2036
Query 2038 GGTA--G---AGATGGATCGAACTGTGGGTTATGTTTGTTGTGCCCGAGCAGATTAGATT 2092
| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 2037 GTTCTTGCGGAGATGGATCGAACTGTGGGATATGTTTGTTGTACCCGAGCAGATCAGGTT 2096
Query 2093 AAGTTGGTGGCATCATCTTCTTGA---TA--C-T-ATTTT-TGT------CAAACAACTT 2138
|||||||||||||||||||||||| || | | ||||| ||| ||||||| ||
Sbjct 2097 AAGTTGGTGGCATCATCTTCTTGACACTAAACATTATTTTATGTTTTTGTCAAACAAATT 2156
Query 2139 T-ATGCGAATGCTTAGTGAACAAA--GA-TTGCAACTTCTAATGTTACTTCAATTCCGAT 2194
| ||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2157 TTATGAGAATGCTTAGTGAACAAAAAGACTT-CAACTTCTAATGTTACTTCAATTCCTCT 2215
Query 2195 TATTTTCTTGTAGTAGAGTTTGATTTACTTTCTTCTACTTTATC 2238
|||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2216 TATTTTCTTGAAATAGAGTT-GATCTACTTTCTTCTAATTTATC 2258
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113252429520
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5