BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485074
Length=2955
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G46970.1 | Symbols: ATPHS2, PHS2 | alpha-glucan phosphorylas... 4795 0.0
> AT3G46970.1 | Symbols: ATPHS2, PHS2 | alpha-glucan phosphorylase
2 | chr3:17301394-17306446 REVERSE LENGTH=2981
Length=2981
Score = 4795 bits (2596), Expect = 0.0
Identities = 2846/2966 (96%), Gaps = 20/2966 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 aaaacaaatcgccaaaattcactaaacagaaaatcaaataaaaaacaaggaaaatTACGT 60
||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 25 AAATCAAATCGCCAAAA--CA-AAAACAGAAAATCAAATATAAAACAATGAAAATTACGT 81
Query 61 AAT-TGTCATTCACCTTCTCAAAAATATCTTACGCTTCTTTTTTAGTATATACTGATTCT 119
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 82 -TTCTGTCATTCACCTTCTGAAAAATATCTTACGCTTCTTTTTTAGTATATACTGATTCT 140
Query 120 CCATAGTATCTTCTCGCTTCA-TAAGCTCTCAAGTGTTTGCTCCTCTCTTTCCAGATTCC 178
|| |||||||||||| ||| | |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 141 CCGTAGTATCTTCTCCCTT-ATTAAGCTCTGAAGTGTTGGCTCATCTCTTTCCAGATTCC 199
Query 179 GGCTTCGAAATTTGGGAGATAAGCGATGGCAAATGCGAATGGAAAAGCTGCGACTAGTTT 238
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 GGCTTCGAAATTTGGGAGATAAGCGATGGCAAACGCCAATGGAAAAGCTGCGACTAGTTT 259
Query 239 ACCGGAGAAAATCTCGGCGAAGGCGAATCCGGAGG-CGAATGAAGCTACGGAGATCGCTG 297
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||
Sbjct 260 ACCGGAGAAAATCTCGGCTAAGGCGAATCCGGAGGCCG-ATGATGCTACGGAGATCGCTG 318
Query 298 GGAATATCATCTACCACGCCAAGTACAGTCCACATTTCTCTCCATTGAAGTTCGGTCCTG 357
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 319 GGAATATCGTCTACCACGCCAAGTACAGTCCACATTTCTCTCCATTGAAGTTCGGGCCTG 378
Query 358 AGCAAGCTCTCTACGCTACCGCAGAGAGTCTTCGCGATCGTCTCATTCAGCTGTGGAATG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 379 AGCAAGCTCTCTACGCTACCGCAGAGAGTCTTCGCGATCGTCTCATTCAGCTGTGGAATG 438
Query 418 AGACTTATGTTCATTTTAACAAAGTTGATCCAAAACAAACTTACTACTTGTCAATGGAGT 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 439 AGACTTATGTTCATTTTAACAAAGTTGATCCAAAACAAACTTATTACTTGTCAATGGAGT 498
Query 478 ATCTCCAAGGTCGTGCTTTGACAAATGCGATTGGTAATTTGAACCTTCAAGGTCCATATG 537
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 499 ATCTCCAAGGTCGTGCTTTGACCAATGCCATTGGGAATTTGAACCTTCAAGGTCCATATG 558
Query 538 CTGATGCACTGCGTAAGCTGGGTTATGAGCTTGAGGAGATAGCTGAGCAGGAGAAAGATG 597
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 CTGATGCACTGCGTACGCTGGGTTATGAGCTTGAGGAGATAGCTGAGCAGGAGAAAGATG 618
Query 598 CAGCTCTGGGAAATGGTGGGTTAGGGAGACTTGCCTCGTGCTTCTTGGATTCGATGGCCA 657
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 619 CAGCTCTAGGAAATGGTGGGTTAGGGAGACTTGCCTCGTGTTTCTTGGATTCGATGGCCA 678
Query 658 CCCTAAATTTGCCTGCTTGGGGTTATGGGTTGAGGTACAGACATGGGCTGTTTAAGCAAA 717
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 679 CCCTAAATCTGCCTGCTTGGGGTTATGGTTTGAGGTACAGACATGGGTTGTTTAAGCAAA 738
Query 718 TAATCACAAAGAAAGGTCAAGAAGAGATTCCAGAGGACTGGCTTGAGAAATTCAGCCCGT 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 739 TAATCACAAAGAAAGGTCAAGAAGAGATTCCAGAGGACTGGCTTGAGAAATTCAGCCCAT 798
Query 778 GGGAAATTGTGAGGCACGACGTAGTATTCCCTGTCAGATTTTTCGGCAAGGTGCAAATAA 837
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 799 GGGAAATTGTGAGGCACGACGTGGTATTCCCTGTCAGATTTTTCGGCAAGGTGCAAGTAA 858
Query 838 ATCCGGATGGATCACGGAAATGGGTAGGCGGTGATGTTGTACAAGCTCTTGCTTATGACG 897
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 ATCCGGATGGATCAAGGAAATGGGTAGATGGTGATGTTGTACAAGCTCTTGCTTATGACG 918
Query 898 TGCCAATCCCGGGATATAACACAAAGAACACAATCAGTCTCCGTCTCTGGGAAGCAAAAG 957
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 TGCCAATCCCGGGATATGGCACAAAGAACACAATCAGTCTCCGTCTCTGGGAAGCAAAAG 978
Query 958 CTAGAGCGGAGGATCTTGATCTTTTTCAGTTCAACGAAGGAGAATATGAATTGGCTGCAC 1017
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 CTAGAGCTGAGGATCTTGATCTTTTTCAGTTCAACGAAGGAGAATATGAATTGGCTGCAC 1038
Query 1018 AGCTACATTCTCGAGCTCAACAGATTTGCACTGTGTTATATCCAGGAGATGCTACCGAGA 1077
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 AGCTTCATTCTCGAGCTCAACAGATTTGCACTGTTTTATATCCAGGAGATGCTACCGAGA 1098
Query 1078 ATGGGAAGTTATTACGGTTAAAACAGCAGTTCTTTCTCTGCAGTGCTTCGCTTCAGGATA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 ATGGGAAGTTATTACGGTTAAAACAGCAGTTCTTTCTCTGCAGTGCTTCGCTTCAGGATA 1158
Query 1138 TTATATCAAGATTTCATGAGAGGAGCACCACCGAAGGCAGCCGGAAATGGTCAGAGTTTC 1197
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 TTATATCAAGATTTCACGAGAGGAGCACCACTGAAGGCAGCCGGAAATGGTCAGAGTTTC 1218
Query 1198 CAAGTAAAGTTGCTGTTCAAATGAATGACACACACCCAACTCTTGCAATTCCTGAGCTCA 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1219 CAAGTAAAGTTGCTGTTCAAATGAATGACACACACCCAACTCTTGCAATACCTGAGCTCA 1278
Query 1258 TGCGATTGCTAATGGATGAAAATGGACTTGGATGGGATGAGGCTTGGGAGGTGACATCAA 1317
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1279 TGCGATTGCTAATGGATGACAATGGACTTGGATGGGATGAGGCTTGGGATGTGACATCAA 1338
Query 1318 GGACCGTTGCTTACACCAATCACACTGTCCTTCCTGAAGCGTTGGAGAAATGGTCACAAT 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 AGACCGTTGCTTACACCAATCACACTGTCCTTCCTGAAGCGTTGGAGAAATGGTCACAAT 1398
Query 1378 CTTTGATGTGGAAGCTTCTTCCTCGTCATATGGAAATAATAGAAGAGATTGACAGGAGGT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1399 CTTTGATGTGGAAGCTTCTTCCTCGTCATATGGAAATAATAGAAGAGATTGACAAGAGGT 1458
Query 1438 TTGTGCAAACCATTCGCGATACACGAGTTGATCTCGAGGATAAGATTTCAAGTTTGAGCA 1497
|||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 TTGTTCAAACCATTCGCGATACAAGAGTTGATCTGGAGGATAAGATTTCAAGTTTGAGCA 1518
Query 1498 TCTTAGATAACAATCCACAAAAGCCTGTGGTGAGAATGGCTAACTTATGTGTTGTATCAT 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1519 TCTTAGATAACAATCCACAAAAGCCTGTGGTGAGAATGGCTAACTTATGTGTTGTATCCT 1578
Query 1558 CGCATACGGTGAATGGCGTTGCTCAGTTACACAGTGATATCTTGAAGGCTGAGTTATTCG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 CGCATACGGTGAATGGCGTTGCTCAGTTACACAGTGATATCTTGAAGGCTGAGTTATTCG 1638
Query 1618 CAGACTATGTCTCTATATGGCCAAACAAATTTCAAAACAAGACTAATGGCATCACACCTC 1677
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 CAGACTATGTCTCTATATGGCCAAACAAGTTTCAAAACAAGACTAATGGCATCACACCTC 1698
Query 1678 GAAGGTGGCTACGTTTCTGCAGCCCTGAGCTCAGTGATATAATCACAAAGTGGTTGAAA- 1736
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1699 GAAGGTGGTTACGTTTCTGCAGCCCTGAGCTCAGTGATATAATCACAAAGTGGTT-AAAG 1757
Query 1737 ACTGACAAATGGATCACCGACCTTGACCTTCTTACTGGTCTTCGGCAGTTTGCGGACAAT 1796
|||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1758 ACTGACAAATGGATTACCGATCTTGACCTACTTACCGGTCTTCGCCAGTTTGCGGACAAT 1817
Query 1797 GAAGAACTCCAATCTGAATGGGCTTCTGCAAAGACAGCCAATAAGAAACGTTTGGCTCAG 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 GAAGAACTCCAATCTGAATGGGCTTCTGCAAAGACAGCCAATAAGAAACGTTTGGCTCAA 1877
Query 1857 TATATAGAGCGTGTGACTGGTGTGAGTATCGATCCAACAAGCTTATTTGACATACAAGTT 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 TATATAGAGCGTGTGACTGGTGTGAGTATCGATCCAACAAGCTTATTTGACATACAAGTT 1937
Query 1917 AAGCGTATCCACGAATACAAGAGGCAGCTGATGAACATACTTGGAGTAATATACAGATTC 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1938 AAGCGTATCCACGAATACAAGAGGCAGCTGATGAACATTCTTGGAGTAGTATACAGATTC 1997
Query 1977 AAGAAACTAAAGGAGATGAAGCCTGAGGAAAGGAAGAAAACAGTTCCGCGTACTGTCATG 2036
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1998 AAGAAACTAAAGGAGATGAAGCCTGAGGAGAGGAAGAAAACAGTTCCTCGTACTGTCATG 2057
Query 2037 ATTGGGGGTAAAGCATTTGCAACCTATACAAATGCAAAACGGATAGTGAAGCTGGTGAAT 2096
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 ATTGGGGGTAAAGCATTTGCCACCTATACAAATGCAAAACGGATAGTGAAGCTGGTGAAT 2117
Query 2097 GATGTGGGTGACGTTGTTAACAGTGATCCAGAGGTCAATGAATACCTAAAGGTGGTATTT 2156
||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 GATGTTGGTGATGTTGTTAACAGCGATCCAGAGGTCAACGAATACCTAAAGGTGGTATTT 2177
Query 2157 GTTCCAAACTACAACGTCACTGTAGCGGAGATGCTTATACCCGGAAGTGAGCTATCTCAA 2216
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 GTTCCAAACTACAATGTCACTGTAGCGGAGATGCTAATACCCGGAAGTGAGCTATCTCAA 2237
Query 2217 CACATCAGCACAGCAGGCATGGAGGCAAGTGGTACCAGCAATATGAAATTCGCTCTCAAC 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 CACATCAGCACAGCAGGCATGGAGGCAAGTGGTACCAGCAATATGAAATTCGCTCTCAAC 2297
Query 2277 GGTTGTCTTATTATAGGAACCCTTGATGGGGCTAATGTTGAGATAAGAGAGGAGGTTGGC 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 GGTTGTCTTATTATAGGAACCCTTGATGGGGCTAATGTTGAGATAAGAGAGGAGGTTGGC 2357
Query 2337 GAAGAAAATTTCTTTCTTTTTGGTGCAACAGCTGATCAGGTCCCTCGACTGCGTAAAGAA 2396
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 GAAGAAAATTTCTTTCTTTTTGGTGCAACGGCCGATCAGGTCCCTCGACTGCGTAAAGAA 2417
Query 2397 AGAGAAGACGGACTATTCAAACCCGATCCTCGTTTCGAAGAGGCGAAGCAGTTTGTCAAA 2456
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2418 CGAGAAGACGGACTGTTCAAACCCGATCCTCGGTTCGAAGAGGCAAAGCAGTTTGTCAAA 2477
Query 2457 AGTGGAGTGTTTGGGAGCTACGATTATGGTCCGCTCCTTGATTCTCTTGAGGGTAACACA 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2478 AGTGGAGTGTTTGGGAGCTACGATTATGGTCCACTCCTTGATTCTCTTGAGGGTAACACA 2537
Query 2517 GGTTTTGGACGTGGTGATTACTTCCTGGTTGGGTATGACTTCCCCAGCTACATGGATGCT 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2538 GGTTTTGGACGTGGTGATTACTTCCTGGTTGGGTATGACTTCCCCAGCTACATGGACGCT 2597
Query 2577 CAGGCCAAAGTTGATGAAGCTTATAAGGACCGGAAGGGGTGGCTGAAAATGTCGATATTG 2636
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2598 CAGGCCAAAGTTGACGAAGCTTATAAGGACCGGAAGGGGTGGCTGAAAATGTCGATATTG 2657
Query 2637 AGCACAGCCGGGTCAGGAAAGTTCAGCAGTGACCGTACGATAGCTCAGTATGCCAAAGAG 2696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2658 AGCACAGCCGGGTCAGGAAAGTTCAGCAGTGACCGTACAATAGCTCAGTATGCCAAAGAG 2717
Query 2697 ATTTGGAACATCGAGGCTTGTCCTGTTCCATAAGTCCTTGTATCGTTCGCACAGACGATA 2756
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| ||
Sbjct 2718 ATTTGGAACATTGAGGCTTGTCCTGTTCCCTAAGTCCTTATACCGTTCGCATAGACGCTA 2777
Query 2757 CCTTCCTT-ACCAAGGCATCTCCATATCCACACAGTTCCAAAGTCGATAT-TACTTATAT 2814
||| |||| | |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| || | ||||
Sbjct 2778 CCTGCCTTTATAAAGGCATCTCCACATCCACGCAGCTCCAAAGTCGATATATA-TCATAT 2836
Query 2815 CAGATCTCATAAGAATATAACCAAAATAAA-T----GATAAACCTTTTCGTATGTATATG 2869
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2837 -AGATCTCATAAGAATATAACCAAAATAAAATAAATGATAAACCTTTTCGTATGTATATG 2895
Query 2870 TTCTTGATGTTTGCAATATTTTAATTTTACTCAAGGAAAACGTTCTGTAAAATGCTATAT 2929
|| ||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2896 TTTTTGATGTATGCAATATTTTGATTTTGTTCAAAGAAAACGTTATGTAAAATGCTATAT 2955
Query 2930 GAATGAATGAATTTGGTTTAATGATT 2955
|||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2956 GAATGAATGAATTTGGGTTAGTGATT 2981
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146888809104
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5