BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485172
Length=3385
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G48110.1 | Symbols: EDD1, EDD | glycine-tRNA ligases | chr3:... 3127 0.0
> AT3G48110.1 | Symbols: EDD1, EDD | glycine-tRNA ligases | chr3:17763001-17771146
FORWARD LENGTH=3496
Length=3496
Score = 3127 bits (1693), Expect = 0.0
Identities = 1825/1888 (97%), Gaps = 11/1888 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGATAACACAAAA-C-ctctc--tctctctcGTCTTCC-AAAATCCACCACTACACATTG 55
||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||
Sbjct 20 GGATAACACAAAACCTCTCTCTATCTCTCTCGTCTTCCAAAAATCGAGCACTACACATTG 79
Query 56 ACTCTCTTCTACAAAGAGTCTGGT--CACTCATGGCCAtcctccatctt-tctcttcctc 112
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 80 ACTCTCTTCTACAAAGAGTCTGGTCACACTCATGGCCATCCTCCAT-TTCTCTCTTCCTC 138
Query 113 ttatcgtctctttccttcgtcctcacgcctctcctcgcttcttcctcctccctcactctc 172
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 139 TTATCGTCTCTTTCCTTCGTCCTCACGCCTCTCCTCGCTTCTTCCTCCTCCCTCGCTCTC 198
Query 173 tttctcattccccttttctctcccGCCGCCGTTTTCACCGTACCTCCGCCGTTTCCTCCG 232
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 TTTCTCAGTCCCCTTTCCTCTCCCGCCGCCGTTTTCACCGTACCTCCGCCGTTTCCTCCG 258
Query 233 CCGCTGTTCATCCCCAATCCTATCGTAAGCCCGACGATGATGTCACCCGCGCCGCGTCTG 292
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||
Sbjct 259 CCGCTGTTCATCACCAATCCTATCGTAATCCCGACGATGATGTTACCCGCGCGGTGTCTG 318
Query 293 TTCCTACATTCCAACAAGCGATTCAACGCCTCCAGGAATATTGGGCTTCCGTCGGATGTT 352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 319 TTCCTACATTCCAACAAGCGATTCAACGCCTCCAGGAATATTGGGCTTCCGTTGGATGTG 378
Query 353 CTGTTATGCAACCAAGTAACACTGAGGTCGGAGCTGGCACCATGAATCCTTGTACCTTTT 412
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 379 CCGTTATGCAACCAAGTAACACTGAGGTCGGAGCTGGCACCATGAATCCTTGTACCTTTT 438
Query 413 TGAGGGTTCTTGGTCCTGAACCATGGAATGTTGCTTATGTTGAGCCAAGTATACGTCCTG 472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 439 TGAGGGTTCTTGGTCCTGAACCATGGAATGTTGCTTATGTTGAGCCAAGCATACGTCCTG 498
Query 473 ATGACTCTCGCTATGGAGAGAA-CCCAAATAGGCTTCAAAGACATACTCAATTTCAGGTC 531
| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 499 ACGACTCTCGCTATGGAGAGAATCCC-AATAGGCTTCAAAGACACACTCAATTTCAAGTC 557
Query 532 ATATTGAAACCTGACCCTGGAAACTCTCAACAGCTCTTTATCAACAGTCTTTCTGCTTTA 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 558 ATATTGAAACCTGACCCTGGAAACTCTCAACAGCTCTTTATCAACAGTCTTTCTGCTCTA 617
Query 592 GGTATTGATGTGACTGCACACGATATACGGTTTGTAGAAGACAACTGGGAGAGCCCGGTG 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 618 GGTATTGATGTGACTGCACACGATATACGGTTTGTAGAAGACAACTGGGAGAGCCCGGTG 677
Query 652 CTTGGTGCTTGGGGGTTGGGCTGGGAGATTTGGATGGATGGTATGGAAATCACACAATTT 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 CTTGGTGCTTGGGGGTTGGGCTGGGAGATTTGGATGGATGGTATGGAAATCACACAATTT 737
Query 712 ACTTACTTCCAGCAGGCTGGAAGTCTTCCGTTGTCTCCAGTATCTGTTGAAATCACTTAT 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 738 ACTTACTTCCAGCAGGCTGGAAGTCTTCCGTTGTCTCCAGTATCTGTTGAAATAACTTAT 797
Query 772 GGGCTTGAGCGCATCATCATGTTGCTTCAGGAAGTTGACCATTTCAAAAAGATCGTATAT 831
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 798 GGGCTTGAGCGCATCATCATGTTACTTCAGGAAGTTGACCATTTCAAAAAGATCTTATAT 857
Query 832 GCTGATGGAATCACCTACGGGGAGCTTTTCTTGGAAAATGAGAAGGAAATGAGCTCATAT 891
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 858 GCTGATGGAATCACCTATGGGGAGCTTTTCTTGGAAAATGAGAAGGAAATGAGCTCATAT 917
Query 892 TATTTAGAGCATGCTAGCGTGGACCGCCTTCAAAAGCATTTCGATTATTTTGACGAAGAA 951
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 918 TATTTAGAGCATGCTAGTGTGGATCGCCTTCAAAAGCATTTCGATTATTTTGATGAAGAA 977
Query 952 GCACGTTCCTTGCTTGCCTTAGGACTTCCAATCCCTGCGTATGACCAGCTTCTGAAGACG 1011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 978 GCACGTTCCTTGCTTGCCTTAGGACTTCCAATCCCTGCGTATGACCAGCTTCTGAAGACA 1037
Query 1012 TCTCACGCTTTTAACATTTTAGACGCTAGAGGTTTCATTGGTGTAACTGAACGTGCTCGT 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1038 TCTCACGCTTTTAACATTTTAGACGCTAGAGGTTTCATTGGCGTAACTGAACGTGCTCGT 1097
Query 1072 TATTTTGGAAGAATGCGCAGCTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGT 1131
||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1098 TATTTCGGTCGAATGCGTAGCTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGT 1157
Query 1132 GAGTCTCTTGGACATCCTCTTGGTGTTGTCTCCGAACCAGTTCCTCCCGTTTGTCACAGA 1191
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158 GAGTCTCTTGGACATCCTCTTGGTGTTGCCTCCGAACCAGTTCCTCCCGTTTGTCACAGA 1217
Query 1192 GCTGCTTTGGAAAAAGTGGCTGAAAAGGTTCCTGAAGATCCAAGATCGTTTATTATCGAG 1251
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1218 GCTGCTCTGGAAAAAGTGGCTGAAAAGGTTTCTGAAGATCCAAGATCGTTTATTATTGAG 1277
Query 1252 ATAGGGACTGAAGAGATGCCACCTCAAGATGTTATCAATGCTAGTGAACAACTCAGGGTC 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 ATAGGGACTGAAGAGATGCCACCTCAAGATGTTATCAATGCTAGTGAACAACTCAGGGTC 1337
Query 1312 TTAGTGCTAGAATTACTAGAGGACCAAAGATTGCGGCATGGTGCTGTGAAGGCATTTGGC 1371
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1338 TTAGTGCTAGAATTACTAGAGAACCAAAGATTGCGGCATGGTGCTGTGAAAGCATTTGGC 1397
Query 1372 ACACCTCGCAGGCTAGTGGTTTTAGTAGATGCTATGTCTTCTAAGCAGCTGGAAGAGGAG 1431
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1398 ACACCTCGCAGGCTAGTGGTTTTAGTTGATGCTATGTCCTCGAAGCAGCTGGAAGAGGAG 1457
Query 1432 GTTGAAGTTCGAGGACCCCCTGCTTCTAAAGCTTTTGATGATCAAGGAAATCCTACAAAG 1491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1458 GTTGAAGTTCGAGGACCCCCTGCTTCTAAAGCTTTTGATGATGAAGGAAATCCTACAAAG 1517
Query 1492 GCTGCAGATGGTTTTAGTCGTAGATATGGCGTTCCATTGGAAAAATTGTACAGAAAAGTT 1551
||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 GCTGCTGAGGGTTTTAGCCGCAGATATGGCGTTCCATTGGAAAAATTGTACAGAAAAGTT 1577
Query 1552 TCTGGGAAGACAGAATATGTCCATGCACGAGTTACAGAGCCAGCTCGACTTGCTTTGGAG 1611
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 TCTGGGAAGACAGAATATGTACATGCACGAGTTACAGAGCCAGCTCGACTTGCTTTGGAG 1637
Query 1612 GTTCTGTCAGAAGATTTACCTGGTATACTGGCTAAAATATCGTTCCCAAAGTCGATGCGC 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1638 GTTCTGTCAGAAGATTTACCTGGTATACTGGCTAAAATATCGTTCCCAAAGTCAATGCGG 1697
Query 1672 TGGAACTCTTCAGTAATGTTTAGCAGGCCGATTCGCTGGGTTATGGCCTTACATGGGGAT 1731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1698 TGGAACTCTTCAGTAATGTTTAGCAGGCCGATTCGCTGGGTTATGGCCTTACATGGTGAT 1757
Query 1732 CTGGTTGTGCCATTCTCCTTTGCTGGCATCTCAAGTGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGC 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 CTGGTTGTGCCATTCTCCTTTGCTGGCATCTCAAGTGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGC 1817
Query 1792 AATACTGCTTCAGCATCACTATTTGTACAGAATGCAGAATCCTATGAAGATGCTATGAGG 1851
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1818 AATACTGCTTCAGCATCACTGTTGGTACAGAATGCAGAATCCTATGAAGATACTATGAGG 1877
Query 1852 AATTCTGGAATCAATATTGAGATTGAGG 1879
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 AATTCTGGAATCAATATTGAGATTGAGG 1905
Score = 2464 bits (1334), Expect = 0.0
Identities = 1420/1462 (97%), Gaps = 3/1462 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1925 AGGAAAGGAAGAAAATCATTCTTGAGAAGTCAAATGCACTAGCTAAGAGTGTGAATGGGC 1984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1903 AGGAAAGGAAGAAAATCATTCTTGAGAAGTCAAATGCACTAGCAAAGAGTGTGAGTGGGC 1962
Query 1985 GCCTTGTTGTCCCGCAGAACTTACTTAATGAGGTTGCAAATCTCGTCGAAGCTCCTGTGC 2044
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 GCCTTGTTGTTCCGCAGAACTTACTTAATGAAGTTGCAAATCTCGTCGAAGCTCCTGTGC 2022
Query 2045 CTTTAATTGGAAAGTTCAAGGAATCATTCTTAGAACTTCCAGAGGAGCTATTAACTATTG 2104
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 CCTTAATTGGAAAGTTCAAGGAATCATTCTTAGAACTTCCAGAGGAGCTATTAACTATTG 2082
Query 2105 TTATGCAGAAGCACCAGAAGTATTTTTCTATTATTGATGAGAGTGGACAGCTATTGCCTT 2164
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 TTATGCAGAAGCACCAGAAGTATTTTTCCATTATTGATGAGAGTGGACAGCTATTGCCTT 2142
Query 2165 ACTTTATTGCTGTTGCCAATGGTGCAATAAATGAGGATGTGGTGAAGAAAGGAAATGAAG 2224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 ACTTTATTGCTGTTGCCAATGGTGCAATAAATGAGGATGTGGTGAAGAAAGGAAATGAAG 2202
Query 2225 CAGTTCTCAGGGCACGTTATGAAGATGCGAAGTTCTTCTATGAGGTGGACACAAGGAAAA 2284
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 CAGTTCTCAGGGCACGTTATGAAGATGCAAAGTTCTTCTATGAGGTGGACACAAGGAAAA 2262
Query 2285 GGTTTTCTGAATTCCGAGATCAGCTACAGGGAATTCTTTTCCATGAAAAGCTGGGGACAA 2344
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2263 GATTTTCTGAATTCCGAGATCAGCTACAGGGAATTCTTTTCCATGAAAAGCTGGGGACGA 2322
Query 2345 TGCTGGATAAGATGAACCGCCTAAAAAAGATGGTATCTAAGCTTTGTTTGGCCCTCGAAA 2404
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2323 TGCTGGATAAGATGAACCGCCTCAAAAAGATGGTATCTAAACTTTGTTTGGCCCTCAAAA 2382
Query 2405 TTGATGAAGATCTGCTTCCGGTTGTAGAGGATGCTGCCTCACTTGCTATGTCAGACCTTG 2464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2383 TTGATGAAGATCTGCTTCCGGTTGTAGAGGATGCTGCCTCACTTGCTATGTCAGATCTTG 2442
Query 2465 CAACTGCTGTAGTTACAGAATTTACTGCGCTGTCAGGAATAATGGCTCGTCATTATGCTC 2524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CAACTGCTGTAGTTACAGAATTTACTGCGCTGTCAGGAATAATGGCTCGTCATTATGCTC 2502
Query 2525 TCAGAGATGGCTATTCAGAGCAGATAGCTGAAGCTTTGCTGGAAATTACACTTCCTAGAT 2584
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 TCAGAGATGGCTATTCAGAGCAGATAGCAGAAGCTTTGCTGGAAATTACACTTCCTAGAT 2562
Query 2585 TTTCTGGAGACGTCATCCCAAAAACAGATGCAGGAATGGTTTTGGCAATAGCG-GATAGA 2643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2563 TTTCTGGAGACGTCATCCCAAAAACAGATGCAGGAATGGTTTTGGCAATAG-GTGATAGA 2621
Query 2644 TTGGATAGCCTTGTTGGTTTATTTGCTGCTGGTTGCCAGCCAAGTTCAACAAATGACCCT 2703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 TTGGATAGCCTTGTTGGTTTATTTGCTGCTGGTTGCCAGCCAAGTTCAACAAATGACCCT 2681
Query 2704 TTTGGCCTTAGAAGAATATCATATGGCTTAGTTCAGATTTTGGTCGAGAAGGATAAAAAT 2763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2682 TTTGGCCTTAGAAGAATATCATATGGCTTAGTTCAGATTTTGGTCGAGAAGGATAAAAAT 2741
Query 2764 GTCAACTTCAAACGTGCTCTAGAACTTGCAGCTAGTGTACAACCGACCAAGGTTGAGGCA 2823
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2742 GTCAACTTCAAACGTGTTCTAGAACTTGCAGCCAGTGTACAACCGACGAAGGTTGAGGCA 2801
Query 2824 AACACTGTAGAAGATGTGTATCAATTTGTTACACGAAGACTGGAACAACTACTGGTTGAC 2883
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 2802 AACACTGTAGAAGATGTGTATCAATTTGTTACTCGAAGACTGGAACAGCTATTGGTTGAC 2861
Query 2884 AACGGAGTAAGCCCTGAAGTAGTTAGGTCTGTCCTAGCAGAGCGTGGAAACAATCCTTGT 2943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 AACGGAGTAAGCCCTGAAGTAGTTAGGTCTGTCCTAGCAGAGCGTGGAAACAATCCTTGT 2921
Query 2944 CTGGCAGCTCGGACTGCATACAAGATGGAAAAGCTAAGCAAAGGTGAGATATTTCCGAAG 3003
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2922 CTGGCAGCACGGACTGCATACAAGACGGAAAAGCTAAGCAAAGGTGAGATGTTTCCGAAG 2981
Query 3004 ATAGTGGAAGCATATTCTCGTCCCACACGCATTGTCCGAGGGAAAGACGTTGGTGTTGGA 3063
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2982 ATAGTGGAAGCATATTCTCGTCCCACACGCATTGTCCGTGGGAAAGATGTTGGTGTTGGA 3041
Query 3064 GTTGAGGTGGATGAGAATGCATTTGAGACTTCCCAAGAGAGAGCGTTGTGGAGTACTTAC 3123
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3042 GTTGAGGTGGATGAGAATGCATTTGAGACTCCCCAAGAGAGAACGTTGTGGAGTACTTAC 3101
Query 3124 ACCTCTATTAAAGATCGAATTCACACTGGCATAGAAATAGAGGAGTTCACCGAGGTATCC 3183
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||
Sbjct 3102 ACCTCTATCAAAGATCGAATTCACACTGGCATTGAAATCGAGGACTTCACCGAGATATCC 3161
Query 3184 ATGCAATTGGTGGAGCCACTCGAGGATTTCTTCAACAATGTATTCGTGATGGTGGAGGAA 3243
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 3162 ATGCAATTGGTGGAGCCACTCGAGGATTTCTTCAACAATGTATTTGTAATGGTGGAGGAA 3221
Query 3244 GAAAGAGTGAGGAAGAACAGACTCGCTCTGCTCAATAACATTGCCAATCTTCCCACAGGA 3303
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3222 GAAAGAGTGAGGAAGAACAGACTCGCTCTGCTTAATAACATTGCCAATCTTCCCAAAGGA 3281
Query 3304 GTCATTGACCTCTCATTTTTGCCTGGATTTTGAGCTTTTACTTGTTTCATAATCCCACTC 3363
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3282 GTCATTGACCTCTCATTTTTGCCCGGATTTTGATCTTT-ACTTGTTTCATAATCCCACTC 3340
Query 3364 AGGAATCATCAATTCATTGACC 3385
|||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 CGGAATCATCAATTCATTGACC 3362
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 168460594594
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5