BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485204
Length=4358
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G48430.1 | Symbols: REF6 | relative of early flowering 6 | c... 6540 0.0
> AT3G48430.1 | Symbols: REF6 | relative of early flowering 6 |
chr3:17935609-17940746 FORWARD LENGTH=4373
Length=4373
Score = 6540 bits (3541), Expect = 0.0
Identities = 4113/4387 (94%), Gaps = 48/4387 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGTTTCAGAGCAGAGTCAAGACGTGTTTCCATGGCTTAAATCGTTACCGGTTGCT 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGTTTCAGAGCAGAGTCAAGATGTGTTTCCATGGCTTAAATCGTTACCGGTTGCT 60
Query 61 CCAGAGTTCAGACCTACTTTAGCAGAGTTTCAAGATCCGATCGCTTACATTTTGAAGATT 120
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCAGAGTTCAGACCTACTCTAGCAGAGTTTCAAGATCCGATCGCTTACATTTTGAAGATT 120
Query 121 GAAGAAGAAGCTTCTAGATATGGAATCTGTAAAATTCTTCCTCCACTGCCTCCTCCTTCT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAAGAAGAAGCTTCTAGATATGGAATCTGTAAAATTCTGCCTCCACTGCCTCCTCCTTCC 180
Query 181 AAGAAAACCTCGATTTCTAACCTCAACCGTTCTCTGGCGGCAAGAGCGGCGGCGAGGGTT 240
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAAAAACCTCGATTTCTAATCTCAACCGTTCTCTGGCGGCAAGAGCGGCGGCGAGGGTT 240
Query 241 CGTGACGGCGGCTTTGGCGCGTGTGATTATGACGGTGGTCCCACATTCGCCACGCGGCAA 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 241 CGTGACGGCGGCTTTGGCGCGTGTGATTATGACGGTGGTCCCACATTCGCCACGCGCCAG 300
Query 301 CAGCAGATCGGGTTTTGCCCTAGGAAGCAGCGTCCGGTGCAGAGACCTGTGTGGCAGAGT 360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAGCAGATCGGGTTTTGCCCTAGGAAACAGCGTCCAGTGCAGAGACCTGTGTGGCAGAGT 360
Query 361 GGAGAGGAGTACTCTTTTGGTGAGTTCGAGTTTAAAGCTAAGAACTTTGAGAAGAATTAT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGAGAGGAGTACTCTTTTGGTGAGTTCGAGTTTAAAGCTAAGAACTTTGAGAAGAATTAT 420
Query 421 CTCAAGAAATGTGGTAAAAAGAGTCAACTCTCTGCCCTAGAAATCGAAACCCTTTACTGG 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 421 CTCAAGAAATGTGGTAAAAAGAGTCAACTCTCTGCCCTTGAAATTGAAACACTTTACTGG 480
Query 481 AGAGCAACAGTGGATAAACCCTTCTCTGTTGAGTATGCCAATGATATGCCTGGCTCTGCT 540
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 481 AGAGCCACTGTGGATAAACCCTTCTCTGTTGAGTATGCCAATGACATGCCTGGCTCGGCT 540
Query 541 TTTATCCCTCTGAGTCTGGCTGCTGCCAGGAGGAGAGAGTCTGGTGGTGACGGAGGAACA 600
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 TTTATCCCTCTGAGTCTGGCTGCTGCGAGGAGGAGAGAGTCTGGTGGTGAAGGAGGAACA 600
Query 601 GTTGGTGAGACTGCTTGGAACATGAGGGCAATGTCTAGAGCCGAAGGATCATTGCTTAAG 660
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTTGGTGAGACCGCTTGGAACATGAGGGCAATGTCTAGAGCCGAAGGATCATTGCTTAAG 660
Query 661 TTCATGAAAGAGGAGATCCCTGGAGTTACATCACCAATGGTGTATATTGCTATGATGTTT 720
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 661 TTCATGAAGGAAGAGATCCCTGGAGTTACATCACCAATGGTGTATGTTGCTATGATGTTT 720
Query 721 AGTTGGTTTGCTTGGCATGTGGAGGACCATGACCTTCATAGTCTCAATTACTTGCATATG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGTTGGTTTGCTTGGCATGTGGAGGACCATGACCTTCATAGTCTCAATTACTTGCATATG 780
Query 781 GGTGCTGGTAAGACTTGGTATGGCGTGCCAAAGGATGCTGCTGTGGCTTTTGAGGAGGTG 840
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 781 GGTGCTGGTAAGACTTGGTACGGTGTGCCAAAGGATGCTGCTCTGGCTTTTGAGGAGGTT 840
Query 841 GTTAGGGTTCATGGTTATGGTGGAGAGCTCAATCCTCTTGTGACATTTTCTACTCTTGGT 900
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTTAGGGTTCATGGTTACGGTGAAGAGCTCAATCCTCTTGTGACATTTTCTACTCTTGGT 900
Query 901 GAGAAGACAACTGTGATGTCTCCTGAAGTATTTGTTAAAGCCGGAATACCATGTTGCAGA 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 901 GAGAAGACAACTGTGATGTCTCCTGAAGTATTTGTTAAAGCCGGAATACCGTGTTGCAGG 960
Query 961 TTAGTGCAAAATCCTGGAGATTTTGTCGTCACCTTTCCGGGAGCTTATCATTCGGGATTT 1020
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTAGTGCAAAATCCTGGAGAGTTTGTCGTCACCTTTCCGGGAGCTTATCATTCGGGATTT 1020
Query 1021 AGTCATGGATTCAATTTTGGAGAAGCATCGAACATTGCAACTCCCGAATGGTTGAGAATG 1080
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGTCATGGATTTAATTTTGGAGAAGCATCTAACATTGCCACTCCCGAATGGTTGAGAATG 1080
Query 1081 GCTAAAGATGCTGCTATCCGGCGAGCTGCAATAAATTACCCTCCTATGGTTTCACATCTC 1140
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1081 GCTAAAGATGCTGCTATCCGGCGAGCTGCTATAAATTACCCTCCAATGGTTTCTCATCTC 1140
Query 1141 CAGCTACTTTATGACTTTGCATTGGCTCTAGGTTCTAGAGTGCCAACAAGCATCAATGCG 1200
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1141 CAGCTACTTTATGACTTTGTATTGGCTCTAGGTTCTAGAGTGCCAACAAGCATCAATCCC 1200
Query 1201 AAACCACGGAGTTCTAGATTAAAAGATAAGTTAAGAAGCGAAGGAGAAAGATTGACCAAA 1260
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAACCACGGAGTTCTAGATTAAAAGATAAGGCAAGAAGCGAAGGAGAAAGATTGACCAAA 1260
Query 1261 AAGCTATTTGTGCAAAACATTATCCACAACAACGAATTGCTTTCTTCTCTCGGAAAAGGA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAGCTATTTGTGCAAAACATTATCCACAACAACGAATTGCTTTCTTCTCTCGGAAAAGGA 1320
Query 1321 TCCCCAGTGGCCCTTCTCCCACAGAGTTCCTCAGATATATCAGTTTGTTCTGACCTGCGA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCCCCAGTGGCCCTTCTCCCACAGAGTTCCTCAGATATATCAGTTTGTTCTGACCTGCGA 1380
Query 1381 ATCGGATCCCATTTGATAACCAACCAGGAAAACCCAATCCTA-TTAAAGTCTGAGGACTT 1439
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||
Sbjct 1381 ATTGGATCCCATTTGATAACCAACCAGGAAAACCCAATCC-AGTTAAAGTGTGAGGACTT 1439
Query 1440 AAGTTCTGATAGTGTTATGGTTGGTCTCAGTAACGGTTTAAAGGATACAGTTTCAGTGAA 1499
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AAGTTCTGATAGTGTTGTGGTTGATCTCAGTAACGGTTTAAAGGATACAGTTTCAGTGAA 1499
Query 1500 AGAAAAATTTACATCCTTATGTGAAAGGAGCAGAAATCACCTAGCAAGCAGGGAGAAGGA 1559
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1500 AGAAAAATTTACATCTTTATGTGAAAGGAGCAGAAATCACCTAGCAAGCACGGAGAAGGA 1559
Query 1560 CACTCAAGAAACTCTATCTGATGCCGAAAGGAGGAAAAATGATGGAGCTGTTGCACTTTC 1619
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1560 CACTCAAGAAACTCTGTCTGATGCTGAAAGGAGGAAGAATGATGCAGCTGTTGCGCTTTC 1619
Query 1620 TGATCAAAGGCTTTTCTCTTGTGTTACATGTGGAGTCTTAAGCTTTGATTGTGTAGCTAT 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GGATCAAAGGCTTTTCTCTTGTGTTACATGTGGAGTCTTAAGCTTTGATTGTGTAGCTAT 1679
Query 1680 TGTTCAACCTAAAGAAGCAGCAGCTAGATATCTCATGTCTGCAGATTGTAGCTTCTTCAA 1739
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CGTTCAACCTAAAGAAGCAGCTGCTAGATATCTCATGTCTGCAGATTGTAGCTTCTTCAA 1739
Query 1740 TGATTGGACAGCTGCTTCCGGATCTGCAAATCTTGGTCAGGCTGCTAGATCACTTCATCC 1799
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1740 TGATTGGACAGCTGCTTCTGGATCTGCAAATCTTGGTCAGGCTGCAAGATCACTTCATCC 1799
Query 1800 GCTAAGCACCGAAAAGCATGATGTAAATTACTTCTACAATGATCCTGTTCAAACTATGGA 1859
| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TCAAAGCAAAGAGAAGCATGATGTAAATTACTTCTACAATGTTCCTGTTCAAACTATGGA 1859
Query 1860 TCATTCAATGAAGACTGGCGATCAAAGAACTTCAACAGCTTCCCTGACAATGGCGCATAA 1919
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1860 TCATTCAGTGAAGACTGGCGATCAAAAAACTTCAACAACTTCCCCGACAATAGCGCATAA 1919
Query 1920 AGATAATGGTGCTCTTGGGCTGTTAGCTTCAGCATATGGAGACTCTTCTGATTCCGAGGA 1979
|||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AGATAATGATGTTCTTGGGATGTTAGCTTCAGCATATGGAGACTCTTCTGATTCCGAGGA 1979
Query 1980 AGAAGGTCAAAAAGGCTTAGATGTCCCTACTTCCGAAGGGGAAACGAAAAA-GTATGATC 2038
||||| |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1980 AGAAGATCAAAAAGGCTTAGTTACCCCTAGTTCCAAAGGGGAAAC-AAAAACGTATGATC 2038
Query 2039 AAGAAGATGCAGATGGCAATGAGGAGGCTAGAGATGGTCGAACTTCTGATTTTAACAGCC 2098
|||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2039 AAGAAGGTTCAGATGGCCATGAGGAGGCTAGAGATGGTAGAACTTCTGATTTTAACTGCC 2098
Query 2099 AGAGACTTACCAGCGAACAGAATAGGTTAAGCAAAGGCGGAAATTCATCACTTCTGGAAA 2158
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGAGACTAACCAGCGAACAGAATGGGTTAAGCAAAGGCGGAAAATCATCACTTCTGGAAA 2158
Query 2159 TAGCTTTACCATTTATTCCAAGATCTGATGATGATTCATGTCGGTTGCACGTGTTTTGTC 2218
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TAGCTTTACCATTTATTCCAAGATCTGATGACGATTCATGTCGGTTGCACGTGTTTTGTC 2218
Query 2219 TTGAGCATGCTGCGGAAGTGGAACAACAACTTCGTCCTTTTGGGGGGATTCACATAATGC 2278
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2219 TTGAGCATGCTGCGGAAGTGGAACAGCAACTTCGTCCTTTTGGGGGGATTAACTTAATGT 2278
Query 2279 TACTATGCCATCCAGAGTACCCCAGGATAGAGGCTGAAGCAAAGATAGTTGCCGAAGAGC 2338
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TACTGTGCCATCCAGAGTACCCCAGGATAGAGGCTGAAGCAAAGATAGTTGCCGAAGAGC 2338
Query 2339 TCGTCATAAATCACGAATGGAATGATACTGAATTCAGGAATGTGACCCGAGAGGATGAGG 2398
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 TCGTCATCAATCACGAATGGAATGATACTGAATTCAGGAATGTGACCCGAGAGGATGAGG 2398
Query 2399 AAACGATTCAGGCAGCCTTGGATAATGTTGAAGCTAAGGGTGGGAACAGTGATTGGACTG 2458
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2399 AAACGATTCAGGCAGCGTTGGATAATGTTGAAGCTAAGGGTGGGAACAGTGATTGGACCG 2458
Query 2459 TAAAATTGGGTATTAACCTTTCTTACAGCGCTATTCTCAGTCGCTCTCCTCTGTACAGTA 2518
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TAAAATTGGGTGTTAACCTTTCTTACAGCGCTATTCTCAGTCGCTCTCCTCTGTACAGTA 2518
Query 2519 AGCAGATGCCGTACAACTCCGTCATATACAATGCATTCGGTCGCAGCTCTCCA-TCAACA 2577
||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| | | |
Sbjct 2519 AGCAGATGCCGTATAACTCCATCATATACAAGGCGTTCGGTCGCAGCTCTCCAGT-AGCG 2577
Query 2578 AGCTCACCCTTGAAACCCGAAGTCTCTGGTAAAAGATCTTCCAGACAGAGGAAATATGTT 2637
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 AGCTCACCCTCGAAACCCAAAGTCTCTGGTAAAAGATCGTCCAGACAGAGGAAATATGTT 2637
Query 2638 GTTGGAAAATGGTGTGGTAAGGTTTGGATGTCGCATCAGGTGCATCCCTTTTTGCTGGAG 2697
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 GTTGGAAAATGGTGTGGTAAGGTTTGGATGTCACATCAGGTGCATCCCTTTTTGCTGGAG 2697
Query 2698 CAGGACTTAGAGGGGGAAGAATCTGAAAGGAA-TTGTCATCTGCGAGGTGCTCTGGTTGA 2756
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||| ||| |||
Sbjct 2698 CAGGACTTAGAGGGGGAAGAATCTGAAAG-AAGTTGTCATCTTCGAGTTGCTATGGATGA 2756
Query 2757 GGATGTCACTAGAACGGGATTGTTTCCTTGTAATGTCTCTAGAGATGCAACTACAATGTT 2816
||||| |||| ||| | ||| ||||||| |||||| || || ||| | || ||||||||
Sbjct 2757 GGATGCCACTGGAAAGAGATCGTTTCCTAATAATGTTTCCAGGGATTCGACAACAATGTT 2816
Query 2817 TGGAAGAAAGTATTGTAGGAAGAGAAAGGTCAGGGCAAAGGCTGTGCCACGCAAGAAGCT 2876
|||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2817 TGGAAGAAAGTATTGTAGGAAGAGAAAGATAAGAGCAAAGGCGGTGCCACGCAAGAAGCT 2876
Query 2877 GACTTCTTTTAAGAGGGAAGATGGAGTTTCTGATGACACATCAGAAGATCATTCTTATAA 2936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TACTTCTTTTAAGAGGGAAGATGGAGTTTCTGATGACACATCAGAAGATCATTCTTATAA 2936
Query 2937 GCAGCAATGGAGGGCTTCCGGGAATGAGGAAGAGTCTTATTTTGAGACAGGGAATACAGT 2996
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2937 GCAGCAATGGAGGGCTTCCGGGAATGAGGAAGAGTCTTATTTTGAGACAGGGAACACAGC 2996
Query 2997 TTCTGGTGATTCGTCAAATCAAATGTCTGATCAGCAGCTCAAGGGAATTCGTC-GACACA 3055
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| || |||| |
Sbjct 2997 TTCTGGTGATTCATCAAATCAAATGTCTGATCCGCA-C--AAGGGAATTA-TCAGACATA 3052
Query 3056 GGGGTG-TCAAAGAATTTGAGTCGGATGATGAGGTTTCAGACCGTTCACTTGGGGAAGAA 3114
||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3053 AAGGTTAT-AAAGAATTTGAGTCAGATGATGAGGTTTCAGACCGTTCACTTGGGGAAGAG 3111
Query 3115 TATACTGTAAGGGGATGTGCAGCTTCAGAGAGCTCAATGGAGAATGGCTTTCAGCAGTCA 3174
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 3112 TATACTGTACGGGCATGTGCAGCTTCAGAGAGCTCAATGGAGAATGGCTCTCAGCATTCA 3171
Query 3175 ATGTatgatgatgatgatgatgatgatgatATCGACAGGCACCCTAGGGGAATTCCAAGG 3234
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 3172 ATGTATGACCATGATGATGATGATGATGATATCGACAGGCAGCCTAGGGGGATTCCAAGG 3231
Query 3235 AGCGAACGGATTACAGTTTTTAGGAATCCAGTTTCATATGATTCAGAAGAAAATGGCATT 3294
||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||
Sbjct 3232 AGCCAACAGACAAGAGTTTTTAGGAATCCAGTTTCATATGAGTCAGAAGATAATGGCGTT 3291
Query 3295 TATCATCAGAGAGGAAGAGTATCCCGAAGTAATAGGCAAGCTAATCGAATGGGTGGTGAA 3354
||||| || || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3292 TATCAGCAAAGCGGAAGAATATCCATAAGTAATAGGCAAGCTAATCGAATGGTTGGTGAA 3351
Query 3355 TATGATTCAGAAGAGAATTCTTTGGAGGAACAAGACTTTTGCAGTACAGGGAAAAGGCAA 3414
|||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 TATGATTCAGCAGAGAATTCTTTGGAGGAACGAGGCTTTTGCAGTACAGGGAAAAGGCAA 3411
Query 3415 ACCAGGTCCACAGCCAAACGAAAAGTTAAAATCGAGACAGTTCGGAGTCCGAGAGACACA 3474
|||||||| ||||||||||||| || |||| | ||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 3412 ACCAGGTCAACAGCCAAACGAATAGCAAAAACCAAGACAGTTCAGAGTTCGAGAGACACA 3471
Query 3475 AAAGGTCGCACTTTGCAAGAATTTGCATCTGGAAAGAAGAATGAAGAATTGGATTCATAC 3534
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3472 AAAGGTCGCTTTTTGCAAGAATTTGCATCTGGAAAGAAGAATGAAGAATTGGATTCATAC 3531
Query 3535 ATGGAGGGACCTAGCACACGGCTTAGGGTGAGAAACCTGAAGCCATTGAGAGCGG-CTTC 3593
||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| | ||||| || |||
Sbjct 3532 ATGGAGGGACCTAGCACACGGCTTAGGGTGAGACATCAGAAGCCGTCGAGAG-GGTCTTT 3590
Query 3594 AGAAACAAAACCAAAGAAGATTGGTAAGAAGAGAAGTGGTAATGCTTCCTTCTCCAGAGT 3653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3591 AGAAACAAAACCAAAGAAGATTGGTAAGAAGAGAAGTGGTAATGCTTCCTTCTCCAGAGT 3650
Query 3654 TGCAACTGAAGAAGATGTGGAGGAA---GATGAAGAAGCAGA-GAA--------TGAGGA 3701
|||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||||||
Sbjct 3651 TGCAACTGAAAAAGATGTGGAGGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAATGAGGA 3710
Query 3702 AGAGGAATGTGCGGCGTACCAATGTGACATGGAGGGTTGCACAATGAGTTTCAGTTCAGA 3761
|||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3711 AGAGGAATGTGCAGCATACCAATGTAACATGGAGGGTTGCACGATGAGTTTCAGTTCGGA 3770
Query 3762 AAAACAGTTGACATTGCATAAAAGAAACATCTGCCCTGTTAAAGGCTGTGGTAAAAACTT 3821
||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3771 AAAACAGTTGATGTTACACAAAAGAAACATATGCCCAATTAAAGGCTGTGGTAAAAACTT 3830
Query 3822 CTTCTCACACAAGTATTTGGTTCAACACCAGCGAGTTCACTCAGACGACCGTCCTCTGAA 3881
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3831 CTTCTCACACAAGTATTTGGTTCAACACCAGCGTGTTCACTCAGACGACCGTCCTCTGAA 3890
Query 3882 ATGTCCATGGAAAGGCTGTAAGATGACGTTCAAGTGGGCTTGGTCTAGAACCGAGCACAT 3941
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3891 ATGTCCATGGAAGGGATGTAAGATGACGTTCAAGTGGGCTTGGTCTAGAACCGAGCACAT 3950
Query 3942 AAGGGTTCACACAGGCGCTAGGCCTTATGTTTGCGCTGAACCAGG-TTGTGGTCAGACAT 4000
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||
Sbjct 3951 AAGGGTTCACACAGGCGCTAGGCCTTATGTTTGCGCTGAACC-GGATTGTGGTCAAACAT 4009
Query 4001 TCCGGTTTGTCTCAGATTTTAGCCGGCATAAAAGGAAGACAGGTCATTCGGTAAAGAAGA 4060
|| |||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 4010 TCAGGTTTGTCTCTGACTTCAGCCGGCATAAAAGGAAGACCGGTCATTCGGTTAAGAAGA 4069
Query 4061 CCAAGAAAAGGTAATTTAGGCTCTAACATTGGAATCTTTCATGAAGA-GATTACTCCATT 4119
|||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4070 CCAACAAAAGGTGATTTAGGCTCTAACAT-GGAATCTATCATGAAGAAGATTACTCCATT 4128
Query 4120 GATCTATTAGAAGAAAATTGGATTGTAGGGATTTTAGGGGTTTTCTAAGTGTGTATGTCT 4179
||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4129 GATCTATTAGAAGAAAATTGGATTGTACGAATATTAGGGGTTTTCTAAGTGTGTATGTCT 4188
Query 4180 CTCTGGTCCTTTGTCTATTTGGGATTATTATTCAGTCAAAAGTCTTAACATTTGGAAGAG 4239
|||||||||| |||| ||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 4189 CTCTGGTCCTCTGTCAATTCGGGATTATAA---AGTCAAA-GTCTTAACATTTGGAATAG 4244
Query 4240 CCATTGTTTGTTGCAG-CATTTTCACTTTCAGACAGATTATCTCTTTGTTGTACTATTGT 4298
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |
Sbjct 4245 CCATTGTTTGTTGCAGACGTTTTCACTTTCAGACAGATTCTCTCTTTGTTGTA-T-TC-T 4301
Query 4299 CTACTTT-GCAATTGAATGAATCTGTAGCAA-A-----TCCTGGTGTAGGAAAAGTATTG 4351
||| ||| ||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4302 CTATTTTTGCAGTTGAATGAATCTGTAACAACAACAAATCCTGGTGTAGGAAAAGCATTG 4361
Query 4352 TGTCACT 4358
||| |||
Sbjct 4362 TGTTACT 4368
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 217273030133
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5