BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485214
Length=2186
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G48560.1 | Symbols: CSR1, ALS, AHAS, TZP5, IMR1 | chlorsulfu... 3369 0.0
> AT3G48560.1 | Symbols: CSR1, ALS, AHAS, TZP5, IMR1 | chlorsulfuron/imidazolinone
resistant 1 | chr3:18001312-18003581 REVERSE
LENGTH=2270
Length=2270
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 2058/2168 (95%), Gaps = 28/2168 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 CAACATCTTCTTCGATCTCCTTCCCCACC-AA--A---CCTTCCTCCTCCAAATCTCCAT 64
||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 65 CAACATCTTCTTCGATCTCCTTCTCCACCAAACCATCTCCTTCCTCCTCCAAATCACCAT 124
Query 65 TACCAATCTCCAGATTCTCCCTCCCATTCGCACTAAACCCCAACAAATCATCCTCCTCCT 124
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 125 TACCAATCTCCAGATTCTCCCTCCCATTCTCCCTAAACCCCAACAAATCA---TCCT-C- 179
Query 125 CTTCCTCCCGCCGCCGCGGTATCAAATCCAGCTCT--CT-CTCCATCTCCGCCGTGCTCA 181
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 180 C-TCCTCCCGCCGCCGCGGTATCAAATCCAGCTCTCCCTCCTCCATCTCCGCCGTGCTCA 238
Query 182 ACACAACCACCAATGTCACAACCACTCCCTCTCCAACAAAACCTACCAAACCCGAAAAAT 241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 239 ACACAACCACCAATGTCACAACCACTCCCTCTCCAACCAAACCTACCAAACCCGAAACAT 298
Query 242 TCATCTCCCGATTCGCTCCAGATCAACCACGCAAAGGCGCTGATATCCTCGTCGAAGCTT 301
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TCATCTCCCGATTCGCTCCAGATCAACCCCGCAAAGGCGCTGATATCCTCGTCGAAGCTT 358
Query 302 TAGAACGTCAAGGCGTAGAAACCGTCTTCGCTTACCCTGGAGGTGCATCAATGGAGATTC 361
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TAGAACGTCAAGGCGTAGAAACCGTATTCGCTTACCCTGGAGGTGCATCAATGGAGATTC 418
Query 362 ACCAAGCCCTAACTCGCTCCTCGTCAATCCGTAACGTCCTTCCTCGTCACGAACAAGGAG 421
|||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ACCAAGCCTTAACCCGCTCTTCCTCAATCCGTAACGTCCTTCCTCGTCACGAACAAGGAG 478
Query 422 GTGTTTTCGCCGCCGAAGGATACGCTCGATCCTCAGGTAAACCAGGTATCTGTATAGCCA 481
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GTGTATTCGCAGCAGAAGGATACGCTCGATCCTCAGGTAAACCAGGTATCTGTATAGCCA 538
Query 482 CTTCAGGTCCCGGAGCTACGAATCTCGTTAGCGGATTAGCCGATGCGTTGTTAGATAGTG 541
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CTTCAGGTCCCGGAGCTACAAATCTCGTTAGCGGATTAGCCGATGCGTTGTTAGATAGTG 598
Query 542 TTCCTCTTGTAGCAATCACAGGTCAAGTCCCTCGTAGGATGATTGGTACTGATGCGTTTC 601
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 599 TTCCTCTTGTAGCAATCACAGGACAAGTCCCTCGTCGTATGATTGGTACAGATGCGTTTC 658
Query 602 AAGAAACTCCAATTGTTGAGGTAACGCGTTCGATTACGAAGCATAACTATCTTGTGATGG 661
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AAGAGACTCCGATTGTTGAGGTAACGCGTTCGATTACGAAGCATAACTATCTTGTGATGG 718
Query 662 ATGTTGAAGATATTCCTAGGATTGTTGAGGAAGCTTTCTTTTTAGCTACTTCTGGTAGAC 721
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ATGTTGAAGATATCCCTAGGATTATTGAGGAAGCTTTCTTTTTAGCTACTTCTGGTAGAC 778
Query 722 CTGGACCTGTTTTGGTTGATGTTCCTAAAGATATTCAACAACAGCTTGCGATTCCTAATT 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CTGGACCTGTTTTGGTTGATGTTCCTAAAGATATTCAACAACAGCTTGCGATTCCTAATT 838
Query 782 GGGATCAGGCTATGAGGTTACCTGGTTATATGTCTAGGATGCCTAAACCTCCGGAAGATT 841
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GGGAACAGGCTATGAGATTACCTGGTTATATGTCTAGGATGCCTAAACCTCCGGAAGATT 898
Query 842 CTCATTTGGAGCAGATTGTTAGGTTGATTTCGGAGTCTAAGAAGCCTGTGTTGTATGTTG 901
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CTCATTTGGAGCAGATTGTTAGGTTGATTTCTGAGTCTAAGAAGCCTGTGTTGTATGTTG 958
Query 902 GTGGTGGTTGTTTGAATTCGAGCGATGAATTGGGTAGGTTTGTTGAACTTACGGGGATCC 961
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 959 GTGGTGGTTGTTTGAATTCTAGCGATGAATTGGGTAGGTTTGTTGAGCTTACGGGGATCC 1018
Query 962 CTGTTGCGAGTACGTTGATGGGGTTGGGGTCTTATCCTTGTGATGATGAGTTGTCCTTGC 1021
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1019 CTGTTGCGAGTACGTTGATGGGGCTGGGATCTTATCCTTGTGATGATGAGTTGTCGTTAC 1078
Query 1022 ATATGCTTGGAATGCATGGGACGGTGTATGCGAATTACGCTGTGGAGCATAGTGATTTGT 1081
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATATGCTTGGAATGCATGGGACTGTGTATGCAAATTACGCTGTGGAGCATAGTGATTTGT 1138
Query 1082 TGTTGGCTTTTGGGGTGCGGTTTGATGATCGTGTCACGGGTAAACTTGAGGCTTTTGCTA 1141
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGTTGGCGTTTGGGGTAAGGTTTGATGATCGTGTCACGGGTAAGCTTGAGGCTTTTGCTA 1198
Query 1142 GTAGGGCTAAGATTGTTCATATTGATATTGACTCGGCTGAGATTGGGAAGAATAAGACTC 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTAGGGCTAAGATTGTTCATATTGATATTGACTCGGCTGAGATTGGGAAGAATAAGACTC 1258
Query 1202 CTCATGTGTCTGTGTGTGGAGATGTTAAGCTGGCTTTGCAAGGGATGAACAAGGTTCTTG 1261
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1259 CTCATGTGTCTGTGTGTGGTGATGTTAAGCTGGCTTTGCAAGGGATGAATAAGGTTCTTG 1318
Query 1262 AGAACCGAGCAGAGGAACGTAAGCTTGATTTTGGAGTTTGGAGGAATGAGTTGAACGTAC 1321
|||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGAACCGAGCGGAGGAGCTTAAGCTTGATTTTGGAGTTTGGAGGAATGAGTTGAACGTAC 1378
Query 1322 AGAAGCAAAAGTTTCCGTTGAGCTTCAAGACGTTTGGGGAAGCAATTCCTCCACAGTATG 1381
|||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGAAACAGAAGTTTCCGTTGAGCTTTAAGACGTTTGGGGAAGCTATTCCTCCACAGTATG 1438
Query 1382 CGATTCAGCTCCTTGATGAGCTGACTGATGGAAAAGCTATTATAAGCACCGGTGTCGGGC 1441
||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||
Sbjct 1439 CGATTAAGGTCCTTGATGAGTTGACTGATGGAAAAGCCATAATAAGTACTGGTGTCGGGC 1498
Query 1442 AACATCAAATGTGGGCGGCGCAGTTTTACAAGTACAAGAAACCAAGGCAGTGGCTATCAT 1501
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AACATCAAATGTGGGCGGCGCAGTTCTACAATTACAAGAAACCAAGGCAGTGGCTATCAT 1558
Query 1502 CAGGAGGCCTTGGAGCTATGGGTTTTGGACTTCCTGCTGCGATTGGAGCGTCCGTCGCCA 1561
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1559 CAGGAGGCCTTGGAGCTATGGGATTTGGACTTCCTGCTGCGATTGGAGCGTCTGTTGCTA 1618
Query 1562 ACCCTGATGCGATTGTTGTGGATATTGACGGAGATGGAAGCTTCATAATGAATGTGCAAG 1621
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1619 ACCCTGATGCGATAGTTGTGGATATTGACGGAGATGGAAGCTTTATAATGAATGTGCAAG 1678
Query 1622 AGCTGGCCACAATCCGTGTAGAGCAA-CTTCCAGTGAAGATACTTTTATTAAACAACCAG 1680
|||| ||||| || ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AGCTAGCCACTATTCGTGTAGAG-AATCTTCCAGTGAAGGTACTTTTATTAAACAACCAG 1737
Query 1681 CATCTTGGCATGGTTATGCAATGGGAAGATCGGTTCTACAAAGCTAACCGAGCTCACACA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 CATCTTGGCATGGTTATGCAATGGGAAGATCGGTTCTACAAAGCTAACCGAGCTCACACA 1797
Query 1741 TATCTCGGGGACCCGGCACAGGAGGACGAGATATTCCCGAACATGCTGCAGTTTGCATCA 1800
| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||
Sbjct 1798 TTTCTCGGGGATCCGGCTCAGGAGGACGAGATATTCCCGAACATGTTGCTGTTTGCAGCA 1857
Query 1801 GCTTGCGGGATTCCAGCGGCGAGGGTGACAAAGAAAGCAGATCTCCGAGAAGCTATTCAG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GCTTGCGGGATTCCAGCGGCGAGGGTGACAAAGAAAGCAGATCTCCGAGAAGCTATTCAG 1917
Query 1861 ACAATGCTGGATACACCAGGGCCTTACTTGTTGGATGTCATTTGTCCGCACCAAGAACAT 1920
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 ACAATGCTGGATACACCAGGACCTTACCTGTTGGATGTGATTTGTCCGCACCAAGAACAT 1977
Query 1921 GTGTTGCCGATGATCCCGAGTGGTGGCACTTTCAACGATGTCATAACGGAAGGAGATGGC 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GTGTTGCCGATGATCCCGAGTGGTGGCACTTTCAACGATGTCATAACGGAAGGAGATGGC 2037
Query 1981 CGGACTAAATACTGAGAGATGAAACCGGTGATTATCAGAACCTTTCATGGTATT-GTATG 2039
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 2038 CGGATTAAATACTGAGAGATGAAACCGGTGATTATCAGAACCTTTTATGGTCTTTGTATG 2097
Query 2040 CATATGGTAAAAA--CTTAGTTTGCAATTTCCAGTTTGTTTTGGTAATTTGAGTTTCTT- 2096
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CATATGGTAAAAAAACTTAGTTTGCAATTTCCTGTTTGTTTTGGTAATTTGAGTTTCTTT 2157
Query 2097 -AGTTGTTGAACTGC-T--TTTT-GGTTTACCTCAGACTCTACTACTGCTGTTGTTGTTT 2151
||||||||| |||| | |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TAGTTGTTGATCTGCCTGCTTTTTGGTTTACGTCAGACT--ACTACTGCTGTTGTTGTTT 2215
Query 2152 GGTTTCCT 2159
||||||||
Sbjct 2216 GGTTTCCT 2223
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108433177200
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5