BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485417
Length=1644
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G50690.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat (LRR) family prot... 2591 0.0
> AT3G50690.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat (LRR) family protein
| chr3:18834967-18837097 REVERSE LENGTH=1648
Length=1648
Score = 2591 bits (1403), Expect = 0.0
Identities = 1571/1652 (95%), Gaps = 12/1652 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGAGATTTGGGAAAAAGTTGTGGAAGCGGCTCTAGATGGTCAAACAGATAGGTTA 60
||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGAGATTTGGGAAAGAGCTGTAGAAGCGGCTCTAGATGGTCAAACAGATAGGTTA 60
Query 61 GCTACACGGACGCTAACACTTGATGGTGCTGTGAAACGCGTTCATGGACGTTTACCACCG 120
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 GCTACACGAACGCTAACACTTGATGGTGCTGTGAAATGCGTTCAGGGACGTTTACCACCA 120
Query 121 CCCAATGTTCTCGAGAAGTTTCAGAATCTTCAGCATCTTTCTATAGCTAACATCGGTATT 180
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 121 CCTAGTGTTCTCGAGAAGTTTCAGAATCTTCAGCATCTTTCTGTAGCTAACATCGGTGTT 180
Query 181 TCTTCGCTGGAGCAGTTTCCTAGACTTGGTAATTTACAGAAGCTAATCTTATCTGATAAT 240
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTTCTCTGGAACAGTTTCCTAGACTTGGTAATTTACAGAAGCTAATCTTATCTGATAAT 240
Query 241 CGGATCACTGTTGGCTTGGAGTTTCTTGTTGAAGCTGGGCTTGATTCGTTGC-GTGATTT 299
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 241 CGGATCACTGTTGGTTTAGAGTTTCTTGTTGAAGCTGGGCTTGATTCGTT-CTGTGATTT 299
Query 300 GGATTTGTCTAATAACCGGATCCAGTTTGTTGAGGATCTAGCTCCTTTGGCGGAGTTGAA 359
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGATTTATCTAATAACCGGATCCAGTTTGTTGAGGATCTAGCTCCTTTGGCGGAGTTGAA 359
Query 360 GCTTGTGTCTCTTGATCTGTATGAGTGTCCTGTCACTAGGGTTAAGGATTATCGATCTAG 419
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 GCTTGTGTCTCTTGATCTGTATGAGTGTCCTGTGACTAGGCTTAAGGATTATCGATCTAG 419
Query 420 GGTTTTTGGGTTGATTAAAACTTTGAAGTATTTAGATAAGActgatgctgaagggaatga 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGTTTTTGGGTTGATTAAAACTTTGAAGTATTTAGATAAGACTGATGCTGAAGGGAATGA 479
Query 480 gaggcctgaatctgatgatgaagatgatgaggaagatgaggaggatgaagaggaggagga 539
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||
Sbjct 480 GAGGCCTGAGTCTGATGATGAAGATGATGAGGAAGATGAAGAGGATGAAGAAGAAGAAGA 539
Query 540 ggagggtgatgaagaggatcctggaattggggaggttgatggagATGAAAGAGCAGAGGC 599
||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GGAAGGTGATGAGGAGGATCCTGGAAGTGGGGAGATTGATGGAGATGAAAGAGCAGAGGC 599
Query 600 TCCTAGGCTGAGTAATGGGCATAGTGAAAGGCTAGATGGTGTTGTTGATGTTGATGAGGA 659
|||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCCTCGGATGAGTAATGGCCATAGTGAAAGGGTAGATGGTGTTGTTGATGTTGATGAGGA 659
Query 660 TGAAGAGAGTGATGCAGAGGATGATGAGTCAGAGCAGGCTACTGGAGTGAACGGGACGAG 719
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGAAGAGAGTGATGCTGAGGATGATGAGTCAGAGCAGGCTACTGGAGTGAACGGGACGAG 719
Query 720 TTATCGGCCTAATGGATCCCGTCTTCAAGCTGTAAATGGGGAAGAAGTAGGGGAAGATGA 779
||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 TTATCGGGCTAATGGATTCCGTCTTGAAGCTGTTAATGGGGAAGAAGTAAGGGAAGATGA 779
Query 780 TGGGGATGATAGTGAGTCTGGTGAGGAGGAAGTAGGGGAAGATAATGATGTGGTTGAGGT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGGGGATGATAGTGAGTCTGGTGAGGAGGAAGTAGGGGAAGATAATGATGTGGTTGAGGT 839
Query 840 GCatgagattgaagatagtgataatgaggaagatggggttgatgatgaagaagatgatga 899
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCATGAGATTGAAGATAGTGAGAATGAGGAAGATGGGGTTGATGATGAAGAAGATGATGA 899
Query 900 ggaggatgaggaggaagaggaagttgataatgatgatCGTGGTCTTGGTGGGTCAGGGAG 959
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGAGGATGAGGAGGAAGAGGAAGTTGATAATGCTGATCGTGGTCTTGGTGGGTCAGGGAG 959
Query 960 CACAGGCAGGTTGATGAATGCAGGAGAGATTGATGGGCATGAGCAAGGGGATGACGATGA 1019
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 960 CACAAGCAGGTTGATGAACGCAGGAGAGATTGATGGGCATGAACAAGGAGATGACGATGA 1019
Query 1020 AGACGGTGATGGTGAGACTGGGGAAGATGACCAAGGGGTTGAGGACGATGGAGAGTTTGC 1079
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1020 AGATGGTGATGGCGAGACTGGGGAAGATGACCAAGGGGTTGAGGATGATGGAGAGTTTGC 1079
Query 1080 GGATGAAGATGATGATGTTGAAGAGGAGGATGAAGAATCCGGTGAAGGGTACCTTGTTCA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGATGAAGATGATGATGTTGAAGAGGAGGATGAAGAATCTGGTGAAGGGTACCTTGTTCA 1139
Query 1140 GCCAATCTCTCAAGTGGAAGATCATGATGCTGTGGGTAGTGACATCGAGCCGATCAATGA 1199
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GCCAGTTTCTCAAGTGGAAGATCATGATGCTGTGGGTAATGACATCGAGCCGATCAATGA 1199
Query 1200 GGACAATGATCCAGATGAAGAAGAAGAAGTCGAAGATGACCTGCCAATCCCTGACAAGTC 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1200 GGACAATGATCCAGATGAAGAAGAAGAAGTCGAAGATGACCTGCCAATTCCTGACCAGTC 1259
Query 1260 CTTGCCATCATCATCTCGCCCAAAGAGAAAACGAgatgacgatgatgatggtgaggacga 1319
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1260 CTTGGCTTCATCATCTCGCCCAAAGAGAAAACGAGATGACGATGATGACGGTGAGGATGA 1319
Query 1320 tgacgatgatgatgatgattgttgatgatACAGATCAGAATCTCTAGTTTGATGAGTTTT 1379
||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGACGATGATGATGAGGAACGTTGAACATACAGATCAGAATCTCTAGTTTGATGAGTTTT 1379
Query 1380 AGATGGAAGAA-AAGCTCTGCTCCTTCTGGATTAAGGCGGCTATATATGAATGTTCAAAT 1438
|||||||| || |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1380 AGATGGAA-AAGAAGCTCGGCTCCTTCTTGATTCAGGCGGCTATATCTGAATGTTCAAAT 1438
Query 1439 GTCAGTTATGGTCAGGCTGGTGGATTTTCAAATGACGGTTACTCAGCTTGGATTTACCGC 1498
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTCAGTTATGGTCAGGCTGGTAGATTTTCAAATGACGGTTACTCAGCTTGGATTTACCGC 1498
Query 1499 CTTTTTAGAAACCCCACTTTATGGAGGGAAAGGAAAAACACAAA----CACAAAGGAAGA 1554
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1499 CCTTTTAGAAACCCCACTTTATGGAGGGAAAG-AAAAACACAAAAAAACACAAAGGAAGA 1557
Query 1555 GTTTCGAGACCTTGTTTCTCTGTTAGAGGGTCTTGTAAGAATGCTT--GTGGATAAATCT 1612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1558 GTTTCGAGACCTTGTTTCTCTGTTAGAGGGTCTTGTAAGAATGCTTATGTGGATAAATCT 1617
Query 1613 TTTTGAGTTATATCGTCTTTTGTTTTACATCC 1644
||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TTT-GAGTTATATCGTCTTTTGTTTTACATCC 1648
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81224481810
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5