BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485499
Length=3074
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G51480.1 | Symbols: ATGLR3.6, GLR3.6 | glutamate receptor 3.... 4874 0.0
> AT3G51480.1 | Symbols: ATGLR3.6, GLR3.6 | glutamate receptor
3.6 | chr3:19100676-19104825 FORWARD LENGTH=3338
Length=3338
Score = 4874 bits (2639), Expect = 0.0
Identities = 2956/3105 (95%), Gaps = 37/3105 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTGAGTGGTATGTTTGGTATTTGAAGGAGCTTCTGACCGTGATGTGGAAGTAATCATAT 60
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCTGAGTGGTATGTTTAGTATTTGAAGGAGCTTCTCACTGTGATGTGGAAGTAATCATAT 299
Query 61 GAGATTGA-AAGTGGGTT-TGGGAAAGATGAAGGATTTGAGTGAGTGAGA---G----T- 110
|||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 300 GAGATT-AGAAGTGGGTTGGGGGAAATATGAAGGATTTGAGTGAGTGAGAGTTGAATCTG 358
Query 111 TG-G------------AAGAGGATCTCCACTTTGCACCTACTATAATGGGTACTCGATTA 157
|| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 359 TGAGTACCATTACATAAAGAAGATCTCCACTTTACACCTACTATAATGGGCACTCAATTA 418
Query 158 CTTCCTCCACCATTCCCTCACGCTTAAT--CAGAAAGTGACCGGAAAGCTTC-GATATTG 214
|||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| || || || | || ||||
Sbjct 419 CTTCCTCCACCATTGCCTCATGCTTAGTGAGAGAAAGTGACAGG-AATCTCCTGAAATTG 477
Query 215 AGAAGATGAAGTGGTTTCTGCTTATGATCATCATCTGCGATGCAGTT-CTCTTACAAGGA 273
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |||||||||
Sbjct 478 AGAAGATGAAGTGGTTTCTGCTTATGCTCATCATCTGCAATGCTGTTCCT-TTACAAGGA 536
Query 274 CTCGCCAACAGTGTCTCCGAGAGACCCCAAGTTGTGAACATCGGCGCGGTTTTCACATTT 333
||| |||| | |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 537 CTCACCAAAATTGTCTCTGCGAGACCCCAAGTTGTGAACATCGGTTCGGTTTTCACATTT 596
Query 334 AATTCTCTCATCGGTAAAGTCATCAAAGTTGCTATGGATGCTGCTGTTGAAGACGTCAAT 393
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AATTCTCTCATTGGTAAAGTCATCAAAGTTGCTATGGATGCTGCTGTTGAAGACGTCAAT 656
Query 394 GCTAGCCCCAACATTCTTAACACCACTACACTTAAGATCATCATGCATGACACCAAATTC 453
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 657 GCTAGCCCCAGCATTCTTAACACCACTACACTTAGGATCATCATGCATGACACCAAATAC 716
Query 454 AATGGATTCATGAGCATCATGGAACCTCTACAGTTCATGGAGTCTGAGACAGTGGCCATA 513
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 717 AATGGATTCATGAGCATCATGGAACCTCTGCAGTTCATGGAATCTGAGACAGTGGCCATA 776
Query 514 ATTGGCCCTCAGAGATCTACGACCGCCTGTGTAGTAGCTCATGTTGCAACAGAACTAAAA 573
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 ATTGGCCCTCAGAGATCTACGACCGCCCGTGTAGTAGCTCATGTTGCAACAGAACTAAAA 836
Query 574 ATTCCTATACTATCCTTCTCTGCCACAGACCCTACTATGTCTCCTCTGCAGTTCCCTTTC 633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 ATTCCTATACTATCCTTCTCTGCCACAGACCCTACTATGTCTCCTCTGCAGTTCCCTTTC 896
Query 634 TTCATCAGAACTTCACAAAATGATCTCTTCCAGATGGCCGCCATAGCAGACATTGTTCAA 693
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 897 TTCATCAGAACTTCACAAAATGATCTCTTTCAGATGGCCGCCATAGCAGATATTGTTCAA 956
Query 694 TTCTATGGTTGGAGAGAGGTGGTAGCAATATACGGCGATGATGATTATGGACGAAATGGG 753
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 957 TTCTATGGTTGGAGAGAGGTGGTAGCAATATACGGCGATGATGATTATGGCCGAAATGGG 1016
Query 754 GTAGCTGCCTTGGGAGATAGGTTAGCGGAGAAGCGCTGCAGAATCTCATACAAAGCAGCT 813
||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GTAGCTGCCTTGGGAGACAGGTTATCAGAGAAGCGCTGCAGAATCTCATACAAAGCAGCT 1076
Query 814 TTAcccccc-cAACCTACCAGAGAGAACATCACAGATTTGCTGATTAAGGTAGCTTTGAG 872
|| |||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TTGCCCCCCGC-ACCTACCAGAGAGAATATCACCGATTTGCTGATTAAGGTAGCTTTGAG 1135
Query 873 TGAGTCAAGGATCATTGTCGTTCACGCTTCTTTCATCTGGGGCTTAGAGTTGTTCAATGT 932
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1136 TGAGTCAAGGATTATCGTCGTTCACGCTTCTTTCATCTGGGGCCTAGAGTTGTTCAATGT 1195
Query 933 GGCTCGGAATCTTGGTATGATGAGCACTGGTTACGTGTGGATTGCTACAAACTGGCTTTC 992
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1196 GGCTCGGAATCTTGGTATGATGAGCACTGGTTATGTGTGGATTGCTACCAACTGGCTTTC 1255
Query 993 TACAATCATAGACACAGACTCTCCTTTGCCATTAGACACCATAAATAACATTCAAGGGGT 1052
|||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TACAATTATAGACACAGACTCTCCTCTCCCATTGGACACCATAAATAACATTCAAGGGGT 1315
Query 1053 CATTACACTGCGCCTGCACACTCCCAACTCTATCATGAAGCAGAACTTCGTTCAAAGGTG 1112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CATTACACTGCGCCTGCACACTCCCAACTCTATCATGAAGCAGAACTTCGTTCAAAGGTG 1375
Query 1113 GCATAACTTAACTCATGTTGGACTGAGCACTTATGGACTGTATGCTTATGACACTGTCTG 1172
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GCATAACTTAACTCATGTTGGACTTAGCACTTATGCACTGTATGCTTATGACACTGTCTG 1435
Query 1173 GCTGCTTGCTCACGCGATTGATGATTTCTTCCAAAAAGGTGGAAGCGTTTCCTTTTCGAA 1232
|||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1436 GCTGCTTGCTCAGGCGATTGATGATTTCTTCAAAAAAGGTGGAAACGTTTCCTTTTCGAA 1495
Query 1233 GAATCCGATTGTATCTGAGCTTGGGGGTGGAAACTTGCACCTTGATGCTCTGAAAGTCTT 1292
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GAATCCGATTATATCTGAGCTTGGGGGTGGAAACTTGCACCTTGATGCTCTGAAAGTCTT 1555
Query 1293 TGATGGAGGCAAGATATTTCTTGAGAGCATCTTACAGGTTGATAGAATCGGCTTAACCGG 1352
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1556 TGATGGAGGAAAGATATTTCTTGAGAGCATCTTACAGGTTGATAGAATTGGCTTAACCGG 1615
Query 1353 TAGGATGAAGTTTACCAGAGACAGAAACCTTGTAGATCCAGCATTTGATGTGCTTAATGT 1412
||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TAGGATGAAGTTTACTAGTGACAGAAACCTTGTAAATCCAGCATTTGATGTGCTTAATGT 1675
Query 1413 CATTGGCACTGGTTACACGACCATTGGTTACTGGTATAATCATTCAGGCTTGTCTGTGAT 1472
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CATTGGCACTGGTTACACGACTATTGGTTACTGGTTTAATCATTCAGGCTTGTCTGTGAT 1735
Query 1473 GCCGGCTGACGAGCTGGAGAACACATCTTTTTCGGGACAGAAGCTTCATAGTGTTATCTG 1532
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1736 GCCGGCTGACGAGATGGAGAACACATCTTTTTCGGGACAGAAGCTTCATAGTGTTGTCTG 1795
Query 1533 GCCAGGACACACAATACAAATACCACGTGGATGGGTGTTCTCGAACAATGGAAGGCATTT 1592
||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GCCAGGACATTCAATAAAAATACCACGTGGCTGGGTGTTCTCGAACAATGGAAGGCATTT 1855
Query 1593 GAGGATTGGAGTTCCAAATCGTTACAGGTTCGAAGAGGTAGTCTCAGTTAAAAGCAATGG 1652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 GAGGATTGGAGTTCCAAATCGTTACAGGTTCGAAGAGGTAGTCTCAGTTAAAAGCAATGG 1915
Query 1653 GATGATCACTGGCTTCTGTGTGGATGTCTTCATTGCCGCTATTAACTTATTACCTTACGC 1712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GATGATCACTGGCTTCTGTGTGGATGTCTTCATTGCCGCTATTAACTTATTACCTTACGC 1975
Query 1713 AGTCCCATTTGAGCTTGTAGCTTTCGGGAATGGTCATGACAATCCAAGTAACTCTGAGCT 1772
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1976 AGTCCCATTTGAGCTTGTAGCTTTTGGGAATGGTCATGACAACCCAAGTAACTCTGAGCT 2035
Query 1773 TGTGCGCTTGATAACGACTGGGGTCTACGATGCGGGTGTTGGTGATATCACCATCATCAC 1832
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2036 TGTGCGCTTGATAACGACTGGGGTCTATGATGCAGGTGTTGGTGATATCACCATCATAAC 2095
Query 1833 AGAGAGAACCAAAATGGCAGATTTTACTCAGCCGTATGTGGAGTCAGGGCTAGTGGTGGT 1892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 AGAGAGAACCAAAATGGCAGATTTTACTCAGCCGTATGTGGAGTCAGGGCTAGTGGTGGT 2155
Query 1893 GGCTCCTGTTCGGAAGTTGGGTTCCAGTGCTATGGCGTTCTTGAGGCCGTTCACACCCCA 1952
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GGCTCCTGTTCGGAAGTTGGGCTCCAGTGCTATGGCGTTCTTGAGGCCGTTCACACCCCA 2215
Query 1953 GATGTGGCTTGTTGCAGCTGCATCTTTCCTCATAGTCGGTGCTGTCATTTGGTGTCTGGA 2012
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2216 GATGTGGCTTATTGCAGCTGCGTCTTTCCTCATAGTCGGTGCTGTCATTTGGTGTCTTGA 2275
Query 2013 GCACAAACACAATGACGAGTTTCGAGGCCCTCCTCGTAGACAAGTCATCACTACTTTCTG 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2276 GCACAAACACAATGACGAGTTTCGAGGCCCTCCTCGTAGACAAGTGATCACTACTTTCTG 2335
Query 2073 GTTCAGCTTTTCAACTCTTTTCTTCTCGCATAGAGAGACTACCACCAGTAACCTTGGAAG 2132
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2336 GTTTAGCTTTTCAACTCTTTTCTTCTCTCATAGAGAGACTACCACCAGCAACCTAGGAAG 2395
Query 2133 AATAGTGCTGATAATATGGCTATTCGTAGTTCTCATAATTAACTCAAGTTATACCGCAAG 2192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2396 AATAGTGCTGATAATATGGCTATTCGTAGTTCTCATAATTAACTCTAGTTATACCGCAAG 2455
Query 2193 CCTCACGTCAATCCTCACAGTTCATCAGCTGTCTTCGCCAATTAAAGGCATAGAAACTTT 2252
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 CCTCACGTCAATCCTCACAGTTCATCAGCTGTCTTCACCAATTAAAGGCATAGAAACTTT 2515
Query 2253 GCAAACAAACCATGATCCTATTGGGTATCCACAAGGCTCCTTTGTCAGAGACTATCTGGT 2312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2516 GCAAACAAACCATGATCCTATTGGGTATCCACAAGGCTCCTTTGTCAGAGACTATCTGAT 2575
Query 2313 CCACGAACTCAATATCCATGTTTCAAGACTTGTCCCCCTTCGGTCTCCAGAGGAATATGA 2372
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 CCACGAACTCAATATCCATGTGTCAAGACTTGTCCCTCTCCGGTCTCCAGAGGAATATGA 2635
Query 2373 TAAGGCCTTGAGAGATGGTCCCGGGAAAGGTGGTGTTGCTGCTGTTGTTGATGAACGTGC 2432
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 TAAGGCCTTGAGAGATGGTCCTGGGAAAGGTGGTGTTGCGGCTGTTGTTGATGAACGTGC 2695
Query 2433 TTACATAGAGCTTTTCCTCTCAAACAGATGTGAGTTCGGCATAGTTGGTCAAGAGTTCAC 2492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 TTACATAGAGCTTTTCCTCTCAAACAGATGTGAGTTCGGCATAGTTGGTCAAGAGTTCAC 2755
Query 2493 GAAAAACGGATGGGGATTTGCATTTCCGCGTAACTCGCCATTGGCTGTGGACGTCTCCGC 2552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 GAAAAACGGATGGGGATTTGCATTTCCGCGTAACTCGCCATTGGCTGTGGACGTCTCCGC 2815
Query 2553 TGCAATTTTGCAGCTATCAGAAAATGGAGATATGCAGAGAATTCGGGACAAATGGTTGCT 2612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 TGCAATTTTGCAGCTATCAGAAAATGGAGATATGCAGAGAATTCGGGACAAATGGTTGCT 2875
Query 2613 TAGAAAAGCATGCTCTCTGCAAGGCGCAGAGATAGAAGTGGATAGGCTGGAGCTTAAGAG 2672
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 TAGAAAAGCTTGCTCTCTGCAAGGCGCAGAGATAGAAGTGGATAGGCTGGAGCTTAAGAG 2935
Query 2673 CTTTTGGGGGTTGTTTGTGTTGTGTGGAGTGGCATGCGTTCTTGCTCTTGCAGTGTATAC 2732
||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 CTTTTGGGGATTATTTGTGGTGTGTGGAGTGGCATGTGTTCTTGCTCTTGCAGTGTATAC 2995
Query 2733 AGTGTTGATGATACGTCAGTTCAGAC-GACAATGCCCTGAAGAAGCAGAGGGGTCGATCA 2791
||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2996 AGTGTTGATGATACGTCAGTTTGGACAG-CAATGCCCTGAAGAAGCAGAAGGGTCGATCA 3054
Query 2792 GGAGAAGAAGCTCACCATCCGCGCGTATCCACTCCTTTCTCTCCTTTGTGAAAGAGAAAG 2851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3055 GGAGAAGAAGCTCACCATCCGCGCGTATCCACTCCTTTCTCTCCTTTGTAAAAGAGAAAG 3114
Query 2852 AAGAAGACGCCAAGGCTCGGTCCTCTAGGGAAAGGCAGCTTGAAGATATCTCTGCTAATG 2911
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3115 AAGAAGACGCCAAGGCTAGGTCCTCTAGGGAAAGGCAGCTTGAAGATATCTCTGCAAATG 3174
Query 2912 GTTCAAGTCGCTGCAACTAAAGTAGTTCCAGAAAATTAATTGCACCAGAGAGACCTCATA 2971
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 3175 GTTCAAGTCGCTGCAACTAAAGTATTTCCAGCAAATTAGTTGCACCAAAGAGACCTCATA 3234
Query 2972 ATGGCTATAGTATGTAC-TAATCCCTCTTTGTTGCTACACTGTTTGTATTCAATCTCATG 3030
|||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 3235 ATGGCTCTAGTATGTACATA-TCCCTCTTTGTTGTTACACTGTTTGTATTTAATCTCCTG 3293
Query 3031 GTGATTTGACTTGTACAACaaaaaa-taaaaaTTTGGTTAATGTC 3074
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3294 GTGATTTGACTTGTACAACAAAAAAATAAAAATTTGGTTAATGTC 3338
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152858675321
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5