BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485514
Length=2631
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G51620.2 | Symbols: | PAP/OAS1 substrate-binding domain sup... 4290 0.0
> AT3G51620.2 | Symbols: | PAP/OAS1 substrate-binding domain superfamily
| chr3:19143652-19148056 FORWARD LENGTH=2809
Length=2809
Score = 4290 bits (2323), Expect = 0.0
Identities = 2530/2632 (96%), Gaps = 6/2632 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGGTTAGtttttagttttttttttttGTATTTCAATGGCCGCGGATCTCGATGATTTG 60
|||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 176 TTTGGTTAGTTTTTAG---GTTTTTGTTGTTTTTC-ATGGCTGCGGATCTCGATGATTTG 231
Query 61 GAAGAAGAGAGTTCGTCCTCATTGTCACCACCGCTTATTCCGCCGCCTCGGTCTCCGTCG 120
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 232 GAAGAAGAGAGTTCTTCCTCATTATCACCACCGCTTCTTCCGCCGCCTCGGTCTCCGTTG 291
Query 121 AATCAGCCGGAGTTTTGGATGAGAGTTGAGGAAGCAACCCGTGAAATTATAGAGCAGGTT 180
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 AATCAGCCGGAGTTGTGGATGAGAGTTGAGGAAGCAACCCGTGAAATTATAGAGCAGGTT 351
Query 181 CATCCAACACTTGTGTCCGAGGATCGACGAAGAGATGTGATTCTATATGTTCAAAAACTT 240
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 CATCCAACTCTTGTCTCCGAGGATCGACGAAGAGATGTGATTCTATATGTTCAAAAACTT 411
Query 241 ATCAGAATCACACTTGGATGCGAGGTACATTCTTTTGGATCGGTTCCATTGAAAACGTAT 300
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 ATCAGAATGACACTTGGATGCGAGGTACATTCTTTTGGATCGGTTCCATTGAAAACGTAT 471
Query 301 CTTCCTGATGGAGACATTGATCTCACTGCTTTTGGTGGGCTGTATCATGAGGAAGAACTG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 CTTCCTGATGGAGACATTGATCTCACTGCTTTTGGTGGGCTGTATCATGAGGAAGAACTG 531
Query 361 GCCGCCAAAGTTTTCGCTGTACTTGAGAGGGAAGAACATAACGTGTCTTCCCATTTTGTG 420
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||
Sbjct 532 GCTGCCAAAGTTTTTGCTGTACTTGAGAGGGAAGAGCATAACTTGTCCTCCCAATTTGTG 591
Query 421 GTTAAGGATGTGCAGTTAATACGGGCTGAGGTTAAGCTTGTTAAATGTCTGGTGCAAAAC 480
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 GTTAAGGATGTGCAGTTAATACGGGCTGAGGTCAAGCTTGTTAAATGTCTGGTGCAAAAC 651
Query 481 ATCGTTGTTGATATCTCTTTCAATCAGATTGGTGGGATTTGTACTCTCTGCTTTCTCGAG 540
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 652 ATCGTGGTTGATATCTCTTTCAATCAGATTGGTGGGATTTGCACCCTCTGCTTTCTCGAG 711
Query 541 AAGATCGATCACCTCATTGGAAAGGACCATCTCTTCAAGCGAAGTATCATACTAATTAAA 600
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 AAGATTGATCACCTCATTGGAAAGGACCATCTCTTTAAGCGAAGTATCATACTAATTAAA 771
Query 601 GCTTGGTGCTACTACGAGAGCCGTATTCTCGGGGCTTTCCATGGATTAATATCAACATAT 660
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 GCTTGGTGCTACTATGAGAGCCGTATTCTCGGGGCTTTCCATGGATTAATATCAACATAT 831
Query 661 GCTTTGGAGACATTGGTCTTATATATCTTCCATCTGTTTCACTCATCATTGAATGGTCCA 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 832 GCTTTGGAGACATTGGTCTTATATATCTTCCATCTGTTCCACTCATCATTGAATGGACCA 891
Query 721 CTAGCAGTTCTATACAAATTTTTGGACTACTTCAGCAAGTTTGACTGGGATAACTATTGC 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 892 CTAGCAGTTCTATACAAATTTTTGGACTACTTCAGCAAGTTTGACTGGGATAGCTATTGC 951
Query 781 ATTAGCCTGAATGGTCCTGTCTGCCTTTCCTCTCTACCAGAAATTGTTGTTGAGACTCCG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 952 ATTAGCCTGAATGGTCCTGTCTGCCTTTCCTCTCTACCAGATATTGTTGTTGAGACTCCG 1011
Query 841 GAAAATgggggggATGATCTTCTGCTGACCAGTGAGTTCCTCAAGGAATGTATGGAGATG 900
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1012 GAAAATGGAGGGGAAGATCTTCTGCTGACCAGTGAGTTCCTCAAGGAATGTCTGGAGATG 1071
Query 901 TACTCTGTACCATCACGAGGATTTGAGACAAACCAACGTGGGTTTCAATCAAAGCATCTT 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TACTCTGTACCATCACGAGGATTTGAGACAAACCCACGCGGGTTTCAATCAAAGCATCTT 1131
Query 961 AATATAGTCGATCCGCTTAAAGAAACTAACAATCTTGGACGCAGCGTAAGCAAAGGTAAC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 AATATAGTCGATCCGCTTAAAGAAACTAACAATCTTGGACGCAGCGTAAGCAAAGGTAAC 1191
Query 1021 TTTTATCGTATACGAAGTGCATTCACATATGGTGCTCGGAAGCTTGGGCAAAtttttttG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1192 TTTTATCGTATACGAAGTGCATTCACATATGGTGCTCGGAAGCTTGGGCAACTTTTTTTG 1251
Query 1081 CAGTCAGATGAAGCCATAAAATCTGAGCTTCGTAAGTTCTTCTCTAACATGTTACTCAGG 1140
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1252 CAGTCAGATGAAGCCATAAGTTCTGAGCTTCGTAAGTTCTTCTCTAACATGCTACTCAGG 1311
Query 1141 CATGGGAGTGGCCAGAGGCCCGATGTCCTTGATGCTGTTCCATTTGTAAGGTACAACAGG 1200
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1312 CATGGGAGTGGCCAGAGGCCCGATGTCCATGATGCTATTCCATTTTTAAGGTACAACAGG 1371
Query 1201 TACAATGCCCTATCACCAGCTTCCAACCATTTCCAAGAAGGCCAAGTGGTTTATGAATCA 1260
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1372 TACAATGCCATATTGCCAGCTTCCAACCATTTCCAAGAAGGCCAAGTGGTTAATGAATCA 1431
Query 1261 GAATCCTCCAGTTCTTCTGGTGCTACTGGAAATGGTAGACATGACCAAGAAGACTCGTTG 1320
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GAATCCTCCAGTTCGTCTGGTGCTACTGGAAATGGTAGACATGACCAAGAAGACTCGTTG 1491
Query 1321 GATGCAGGAGTAAGTATATCGAGTACAACTGGGCATGAATTAAGTGGATCACCTGGTGAA 1380
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 GATGCAGGAGTAAGTATACCGAGTACAACTGGGCCTGATTTAAGTGGATCACCTGGTGAA 1551
Query 1381 ACAGCCCCATCGGTTTCAGAGGAACGATTTTCGGGTGACGCAAAAGACTTGGCTACTTTG 1440
|||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 ACAGTGCCTTCGGTTTCAGAGGAACGATTTTCGGGAGACGCAAAAGACTTGGCTACTTTG 1611
Query 1441 AGGATCCAAAAGCTAGAGATTTCCGATGATGCAATGAAATCTCCGTGCCTTAGTGATAAG 1500
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 AGGATCCAAAAGTTAGAGATTTCCGATGATGCAATGAAATCTCCGTGCCTTAGTGATAAG 1671
Query 1501 GAAAGTGTCTCTCCTTTGAATGGTAAGCATCATTCTTTTCATCAGATGAGAAATGGAGAA 1560
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 GAAAGTGACTCTCCTTTGAATGGTAAGCATCATTCTTTTAATCAGATGAGAAATGGAGAA 1731
Query 1561 GTTTTAAATGGAAACGGGGTGGGGAAACAGCAAGAGAATTCCTGGCTTGCTGATTCCAGA 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 1732 GTTTTAAATGGAAACGGGGTGGGGAAACAGCAAGAGAATTCCTGGCATACTGGTTCCAGA 1791
Query 1621 AGAGTTAAAGATATACATAGTAATGAGAATGAGAACGAGCATGTTGGTCATGAAGACCTG 1680
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1792 AGAGTTAAAGATATACATATTAATGAGAATGAGAATGAGCATGTTGGTTATGAAGACCTG 1851
Query 1681 CCGTTTACAGGTGCAGTACCTTGGCCACAGGAGGACATGCATCTCCACTACTCAGGTCAT 1740
|| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 CCATTCGCAAGTGCAGTACCTTGGCCACAGGAGGACATGCATCTCCACTACTCAGGTCAT 1911
Query 1741 TGTGTTTCTGGCACTCCGAATATGCTGTCTGACCTCTCAGGCGATTACGAGAGTCAGCTT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 TGTGTTTCTGGCACTCCGAATATGCTGTCTGACCTCTCAGGCGATTACGAGAGTCAGCTT 1971
Query 1801 AACAGTTTGCGATTTGGGCGCTGGTGGTTTGATTATGTCCAAAATGGTCCTATGTCTCCA 1860
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 AACAGTTTGCGATTTGGTCGCTGGTGGTTTGATTATGTCCAAAATGGTCCTATGTCTCCA 2031
Query 1861 CTATCACCTCCTGGGCTGCCTCAGCTGCCGAACAACAATTCATGGGAAGTAATTCGGCAT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2032 CTATCACCTCCTGGGCTGCCTCAGCTGCCGAACAACAATTCATGGGAAGTAATGCGGCAT 2091
Query 1921 GCTCTGCCATTCAGGCGAAATGCGCCAACTCCAGTAAACGCCAATGGAGTTGTTCCGAGA 1980
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GCTCTGCCATTCAGACGAAATGCGCCCACTCCAGTAAATGCAAATGGAGTTGTTCCGAGA 2151
Query 1981 CAGGttttttttCATGTGAACCCTCAGATGATTCCAGGTCCTGGTTTTGGTATCGAGGAA 2040
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 CAGGTTTTCTTTCATGTGAACCCTCAGATGATTCCAGGTCCTGGTTTTGGTATCGAGGAA 2211
Query 2041 TTACCTAAGCCACGAGGAACTGGAACATACTTCCCCAATGCGAACCATTACAGGGATAGA 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 TTACCTAAGCCACGAGGAACTGGAACATACTTCCCCAATGCGAACCATTACAGGGATAGA 2271
Query 2101 CCGTTCTCCCCAAGAGGAAGGAGCTCACACCAAGCTAGGTCGCCGCGTAACAATGGCCGA 2160
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 CCGTTCTCCCCAAGAGGAAGGAACTCACACCAAGCTAGGTCGCCGCGTAACAATGGCCGA 2331
Query 2161 AGCATGGT-ACAGGCGCACTCAGAAATGAATTTTCCTGACAGAAACACTCGTGAGAGACA 2219
|||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2332 AGCATG-TCACAAGCGCACTCAGAAATGAATTTTCCTGACAGAAACACCCGTGAGAGACA 2390
Query 2220 GCTTCATTATCCCAACCAAACAAATGGTTCATGTGATATGAGTCACACTGATTCACTTGA 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 GCTTCATTATCCCAACCAAACAAATGGTTCATGCGATATGAGTCACACTGATTCACTTGA 2450
Query 2280 AAGCTTTCCTGATACCAATGGCTCTACAAATCATCCATATGAAAAGGCTCCAAATTTTAG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2451 TAGCTTTCCTGATACCAATGGCTCTACAAATCATCCATATGAAAAGGCTCCAGACTTTAG 2510
Query 2340 GCCTACGGAGCCTCTACCAGTGGAAGTACTCTCCCCTCCTGAGGGCAGCAAGCCAAGAGA 2399
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2511 GCCTACAGAGCCTCTACCAGTGGAAGTACTCTCCCCTCCTGAGGACAGCAAGCCAAGAGA 2570
Query 2400 TAGCATTGAAGGTCATCATAATCGGCCACATCGTCCAAAATCTATACCGTCATCCACACA 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || || |||||
Sbjct 2571 TAGCATTGAAGGTCATCATAATCGGCCACATCGTCCAAAACCTAGACCCTCCTCAACACA 2630
Query 2460 GGAAGATCGGGTAACGCCTACGCAGTCATACCATTTGACAGATGATCATGAGTTCCCTCC 2519
|||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2631 GGAAGAACGGGTAACACCTACACAGTCATACCATTTGACGGATGATGATGAGTTCCCTCC 2690
Query 2520 TTTGTAGCTGTGGTCTGAATTACAAACGCTTGCTCTCTAGACCGTTATAGGAACAGGTAT 2579
||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 TTTGTAGCTCTGGCCTGAATTACAAATGCATGCTCTCTAGACCGTTATAGGAACAGGTAT 2750
Query 2580 AGTTTTCTAACTTGGTTTGTCTCCTAAGTTATTTGTTTTTACCTCCTGCAAG 2631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2751 AGTTTTCTAACTTGGTTTGTCTCCTAAGTTATTTGTTTTTACCTCCTGCAAG 2802
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130634719572
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5