BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485684
Length=3595
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G53090.1 | Symbols: UPL7 | ubiquitin-protein ligase 7 | chr3... 4065 0.0
> AT3G53090.1 | Symbols: UPL7 | ubiquitin-protein ligase 7 | chr3:19679208-19684644
FORWARD LENGTH=3685
Length=3685
Score = 4065 bits (2201), Expect = 0.0
Identities = 2401/2498 (96%), Gaps = 11/2498 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TAATTTCCGAATCCAATGGACCTGAATCGCAAACCCAAGGTGTCCCTTAGAGGTGCCAGC 60
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 51 TAATTTCCGATTCCAATGGACCTGAATCGCAAACACAAGGTGTCTCTTAGAGGTGCCAGC 110
Query 61 AGTGGGGAGATATCAAGGGATGCTTTGCTTGCTAAAGTCTCACAAGAAAGGGAGCTACGC 120
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 111 AGTGGGGAGATTTCAAGGGATGCTTTGCTTGCTAAAGTGTCTCAAGAAAGGGAGCTACGC 170
Query 121 AGTTTTGCAAGACGCGCTAATGCTGC-TGCTCTTTTTATTCAGAGAGTTTGGAGGTCTTA 179
|||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 171 AGTTATGCAAGACGCGCTAATGCTGCAT-CACTTTTTATTCAAAGAGTTTGGAGGTCTTA 229
Query 180 TATTGTCAGAAAGAAGGCAGCTATAGAGATCCGAGAGCAGTGGGAGAATTTACT-ACGTT 238
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||
Sbjct 230 CATTGTGAGAAAGAAGGCAGCTATAGAGATCCAAGAGGAGTGGGAGAATTTACTGA-GTT 288
Query 239 GCCATTCTGATT-CACTGACCAAATGTTGGGTATCAAGCAGAGTATTGAGACCGTTTCTC 297
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 GCCATTCTG-TTACACTGACCAAAAGTTGGGTATCAAGCAGAGTATTGAGACCGTTTCTC 347
Query 298 TTCTTTATCAGATCTTTATCTGTCCAACATCAAAAGATACAGTCTAGAGATATACACTGC 357
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||
Sbjct 348 TTCTTTGTCAGATCTTTGTCTGTCCAACATCAAAAGATACAGGCAAGAGAAATACACTGC 407
Query 358 ATGCAAACTTGCTTTAAGATTCTTTTGGAAAGCATCAACTCTAATGATCAGGGGTACAAT 417
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 ATGCAAACTTGCTTTAAGATTCTATTGGAAAGCATCAACTCTAATGATCAGGGGTACAAT 467
Query 418 TTTTGCTCTCTAGCAGTTGGTACATTTGAAGAAAGTAAAACATGGGCCTGTCAAACACGA 477
||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TTTTGTTCACTAGCAGTTGGTACATCTGAAGATAGTAAAACATGGGCCTGTCAAACACGA 527
Query 478 AGGATGGTTTCTCTCTGCTCTTTCCTTCTCATGGAGTGTAATTATTCACAGGAAAGGATA 537
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 528 AGGATGGTTTCTCTCTGCTCTTTCCTTCTCACGGAGTGTAATTATTCGCAGGAAAGGATA 587
Query 538 AAAGATGTTATTGGTGTCTGTGCCCTTCTATTACGTATTCTTATTGTTTTAACTGATCCC 597
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 AAAGATGTTATTGGTGTCAATGCCCTTCTATTACGTATTCTTATTGTTTTAACTGATCCC 647
Query 598 AAAAGCTGGAAGATCATTACAAAGGAAAACTTTGAAGATGCAGAAACAGCTGGAAAGATG 657
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 648 AAAAGCTGGAAGATTATTACAAATGAAAACTTTGAAGATGCAGAAACAGCTAAAAAGATA 707
Query 658 ATCATTCAGTTTATAGGGAACTTTAAAAGTGGATATTACTCAGCAGTTAGGAGATATATC 717
|| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 708 ATTATTCAGTTTATAGGGAGCTGTAAAAGTGGATATTACTCAGCAGTTCGGAGATATATC 767
Query 718 AAGACATTAACCAAACATAGAGATGAGAGACT-GCTGATTACTACAAGTGCAGTAACTTT 776
||||||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 AAGACATTAACCAAACATACAGACGAGAGACTAG-TGATTACTACAAGTGCAGTAACTTT 826
Query 777 GGCTCTACGACCATTCCACGTGAAACAGCCTGCTTTTGTTGATGACTACCAACCGGACTC 836
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 827 GGCTCTACGACCATTCCACGTGAAACAGCCTGCTTTTGTTGATGACAACCAACCGGACAC 886
Query 837 GAATTTGGCTATTGAAGAATATGTTTCTCTAATACTGACGATTCCTCGGCTCGTTTTCTG 896
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 887 GAATTTGGCTGTTGAAGAATATGTTTCTCTAATACTGACGATTCCTCGGCTTGTTTGCTA 946
Query 897 CCTGCCAAGCGCTCTCATACGTGCACTGAAGCACAAGAGCATACTAATGCCAAGCTTTCG 956
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 CCTGCCAAGCGCTCTCATACGTGCACTGAAGCACAAGAGCATACTAATGCCAAGCTTTCA 1006
Query 957 CACCATATTGCTTTTGAAGGACAAAATTTTGACCAGAATATCGGAAATGGAGCATTCAGA 1016
||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1007 CACCATATTGCTTTTGAAGGACAAAATCTTGAACATAATATCGGAAATGGAGAATTCAGA 1066
Query 1017 GAAGCAAAGTTGTACCATGGAGATACCTTCTGTTGGATGGGTTATCGGGAACATCATATC 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 GAAGCAAAGTTGTACCATGGAGATACCTTCTGTTGGATGGGTTATCGGGAACATCATATC 1126
Query 1077 CTTGGCAACAGTTAGTGAAACCGATTTTATGGATCCACAAGAATCAAATCCAGAGATGTT 1136
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 CCTCGCAACAGTTAGTGAAACCGATTTTATGGATCCACAAGAATCAAATCCAGAGATGTT 1186
Query 1137 TTATGTCTTGTATGTTCATGTTATTGTGACTCTCGCCGAGAATCTATTGTCTCAGGTTGA 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 TTATGTCTTGTATGTTCATGTTATTGTGACTCTCGCCGAGAATCTATTGTCTCAGGTTGA 1246
Query 1197 AAATGTTGGAATTCAGGATAGTCATCTTGATATTGAGGCCACATCAAATGAGACTGGGAA 1256
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 1247 AAGTGTTGGAATTCAGGATATTCATCTTGATATTGAGGCCACATCGAATGAGACAGAGAA 1306
Query 1257 AGGAAATTCAGATAAGATTTCTTTTGTGGAAATGCTTCGACCAGTATGTCAACAGTGGCA 1316
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 AGGAAATTCAGTTAAGATTTCTTTTGTGGAAATGCTTCGACCAGTATGTCAACAGTGGCA 1366
Query 1317 TCTCGCAAAACTGTTGGCAGCTTCTGGGAAAGAAATTCGTGTTATAGCAGATAAAGATGC 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 TCTCGCAAAACTGTTGGCAGCTTCTGGGAAAGAAATTCGTGTTATAGCAGATAAAGATGC 1426
Query 1377 ATCAACAACGAATAGTAAGAAAGGATCAGAAACACTAGGATTGCTTGATATAGCACGATT 1436
|||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1427 ATCAACGA-G--TAGTAAGAAAGGATCAGAAACACTAGGACTGCTTGATATAGCACGATT 1483
Query 1437 ATATTCGTGCATGTTGAGAATCTTCTGCGTGCTGAATCCTGTCCTTGGACCTTTGCCTGT 1496
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1484 ATATTCATGCATGTTGAGAATCTTCTGCGTGATGAATCCTGTTCTAGGACCTTTGCCTGT 1543
Query 1497 CCTTAACATGTTATCCTTCTGTCCTGGATACATTGTCTCTTTGTGGAATTCTCTAGAGAG 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 CCTTAACATGTTATCCTTCTGTCCTGGATACATTGTCTCTTTGTGGAATTCTCTAGAGAG 1603
Query 1557 TGTCCTAATCCCTGAAAATGGTCGCACTGCTGACGATGCATCTCATGGATCTGCTAAAAC 1616
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 TGTCCTACTCCCTGAAAATGGTTGCACTGCTGACGATGCATCTCATGGATCTGCTAAAAC 1663
Query 1617 TTCATGGAATACAAGAAGTCCTTCTGAGAAGAAATTGAAACATCTTAAGAATGACAGTGT 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1664 TTCATGGAATACAAGAAGTCCTTCTGAGAAGAAATTGAAACATCTCAAGAATGACAGTGT 1723
Query 1677 CAACAAGTGGGTGAATGTGCTAAACAAGTTTTCTGGTAAATCACCGGGACCGCGTGAACA 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1724 CAACAAGTGGGTGAATGTGCTAAACAAGTTTTCTGGTAAATCACCGGGACCACGTGAACA 1783
Query 1737 TGTGGAGTGTACTAGTGATCAACCAGGATCAAGCCAGGTTAATGAGACAACTAATGATGT 1796
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1784 TGTGGAGTGTACTAGTGATCAACCAGGATCAGGCCAGGTTAATGAGTCAACTAATGATGT 1843
Query 1797 ATGGGATGTGGAAACTCTGAGGGGTGGTCCTGTAGGTATCTCCAAAGAAGTGTCATGCCT 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 ATGGGATGTGGAAACTCTGAGGGGTGGTCCTGTAGGTATCTCCAAAGAAGTGTCATGCCT 1903
Query 1857 GCTTCATCTATTTTGTGCAACCTATGCGCATTTACTCGTTGTTCTTGATGACATACAGTT 1916
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 GCTTCATCTATTTTGTGCAACCTATGCACATTTACTCGTTGTTCTTGATGACATACAGTT 1963
Query 1917 TTATGAAAAGCAGGTCCCCTTTATGCTAGAGAAACAACGGAGAATTGCATCAATGCTTAA 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 TTATGAAAAGCAGGTCCCCTTTATGCTAGAGAAGCAACAGAGAATTGCATCAATGCTTAA 2023
Query 1977 TACACTCGTTTACAATGGATTGTTGCGAGGCATAGGTCCTGAGAGTAGACAACTGATGGA 2036
||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 TACACTCGTGTACTATGGATTGTTGCGAGGCACAGGTCCTGAGAGTAGACAACTGATGGA 2083
Query 2037 TTCTGCTATCAGATGTTTGCATTTATTGTATGAAAGAGATTGCAGGCACCCTTTTTGTCC 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2084 TTCTGCTATCAGATGTTTGCATTTATTGTATGAAAGAGATTGCAGGCACCCTTTTTGTGC 2143
Query 2097 TTCTGCCCTGTGGCTCTCACCTGGTAGAACTAGTAGACCTCCAATTGCATTTGCTGCCAG 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 TTCTGCCCTGTGGCTCTCACCTGGTAGAACTAGTAGACCTCCAATTGCATTTGCTGCCAG 2203
Query 2157 AACTCATGAGGTTTTACCAGCCAGTGATGTTCTTACGTCTCCAAGCATGGGTTCTGTTAT 2216
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 GACTCATGAGGTTTTACCAACCAGTGATGTTCTTACAACTCCAAGCATGGGTTCTGTTAT 2263
Query 2217 AACAATTACTCCGCATGTCTTTCCATTTGAGGAAAGGGTCCATGTGTTTAGAGAGTTTAT 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 AACAATTACTCCGCATGTCTTTCCATTTGAGGAGAGGGTCCATGTGTTTAGAGAGTTTAT 2323
Query 2277 AAGCAGGGATAAAGCTTCAAGGAAAATGGCTGGTGAAGTGGATGCACCTGGTGCAAGGTC 2336
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2324 AAGCAAGGATAAAGCTTCAAGGAAAATGGCTGGTGAAGTGGATGCACCTGGTGCGAGGTC 2383
Query 2337 AATAGAGATAGTCGTTCGTCGAGGTCATGTGGTTGAAGATGGATTTCAACAACTGAATTC 2396
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 AATAGAGATAGTTGTTCGTCGAGGTCATGTGGTTGAAGATGGATTTCAACAACTGAATTC 2443
Query 2397 AATTGGTAGCAGGCTAAAATCATCCATCCATGTCTCGTTTGTGAATGAGTCTGGCCTTCC 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2444 AATTGGTAGCAGGCTAAAATCATCCATCCATGTCTCGTTTGTGAATGAATCTGGCCTTCC 2503
Query 2457 TGAGGCTGGCCTAGACTATGGTGGGCTTTCAAAAGAGT 2494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 TGAGGCTGGCCTAGACTATGGTGGGCTTTCAAAAGAGT 2541
Score = 1890 bits (1023), Expect = 0.0
Identities = 1081/1109 (97%), Gaps = 4/1109 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2491 GAGTATGGGTTATTCTCGCAAACCCCTACTTCAGATAGGTTGCTTGTTCCTAGCCCATCT 2550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 GAGTATGGGTTATTCTCGCAAACCCCTACTTCAGATAGGTTGCTTGTTCCTAGCCCATCT 2636
Query 2551 GCACGGCACCTTGAGAACGGAATTCAGATGATTGAGTTTCTTGGAAGAATTGTTGGAAAA 2610
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 GCACGGCACCTTGAGAATGGGATTCAGATGATTGAGTTTCTTGGAAGAATTGTTGGAAAA 2696
Query 2611 GCTCTATACGAGGGAATACTGCTGGATTACTCTTTTTCACACGTTTTCATCCAGAAGCTT 2670
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 GCTCTATATGAGGGAATACTGCTGGATTACTCTTTTTCACACGTTTTCATCCAGAAGCTT 2756
Query 2671 TTGGGACGTTATAGCTTTATTGATGAACTATCAGGGCTTGATCCAGAGCTCTACAGGAAC 2730
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 TTGGGGCGTTATAGCTTTATTGATGAACTATCAGGGCTTGATCCAGAGCTCTACAGGAAC 2816
Query 2731 CTCATGTATGTCAAGCATTATGATGGTGATTTGAAGGAACTCTGTCTGGATTTCACAGTC 2790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 CTCATGTATGTCAAGCATTATGATGGTGATTTGAAGGAACTCTGTCTGGATTTCACAGTC 2876
Query 2791 ACTGAAGAGTTTTGTGGGAAAATGAGCATAACTGAGCTCAAACCCGGTGGGAAGGATATT 2850
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2877 ACTGAAGAGTTTTGTGGAAAAATGAGCATAATTGAACTCAAACCCGGTGGGAAGGATACT 2936
Query 2851 TCAGTCACGAATGAGAACAAAATGCAATATATTCATGCAATGGCTGACTATAAACTCAAC 2910
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2937 TCAGTCACGAATGAGAACAAAATGCAATATATTCATGCAATGGCTGACTATAAACTTAAC 2996
Query 2911 CGGCAGATTGTGCCCTTTTCAAATGCATTTTACAGAGGATTGACTGACCTTATATCTCCT 2970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 CGGCAGATTGTGCCCTTTTCAAATGCATTTTACAGAGGATTGACTGACCTTATATCTCCT 3056
Query 2971 GCTTGGTTGAAACTATTTAATGCCCATGAATTTAATCAGTTACTCTCTGGAGGAAACCAT 3030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3057 GCTTGGTTGAAACTATTTAATGCCCATGAATTTAATCAGTTACTCTCAGGAGGAAACCAT 3116
Query 3031 GATATCGATGTGGATGACTTACGGAGGAATACAAAATACACTGGTGGTTACAGTGATAGC 3090
||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3117 GATATTGATGTTGATGACTTAAGGAGGAATACAAAATACACTGGTGGTTACAGTGATAGC 3176
Query 3091 AGTCGAACAATCAAAATCTTCTGGGAGGTCATGAAAGGGTTTGAACCGAGTGAACGTTGC 3150
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3177 AGTCGAACAATCAAAATCTTCTGGGAGGTCATGAAAGGCTTTGAACCGAGTGAACGTTGC 3236
Query 3151 TTGCTCCTCAAATTTGTGACTAGTTGTTCTCGGGCACCACTCCTTGGTTTCAAATACTTG 3210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 TTGCTCCTCAAATTTGTGACTAGTTGTTCTCGGGCACCACTCCTTGGTTTCAAATACTTG 3296
Query 3211 CAGCCAACCTTCATCATCCATAAAGTCTCTTGTGATACCTCTCTTTGGGCTGCTATTGGA 3270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3297 CAGCCAACCTTCATCATCCATAAAGTCTCTTGTGATACCTCTCTTTGGGCTGCTATTGGA 3356
Query 3271 GGACAAGATGTAGAAAGGCTTCCATCTGCTTCTACGTGCTACAATACTCTTAAGCTTCCA 3330
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 GGACAAGATGTAGAAAGACTTCCATCTGCTTCTACGTGCTACAATACTCTTAAGCTTCCA 3416
Query 3331 ACGTATAAACGAGCAAGCACTATGAGGGAAAAACTATTGTATGCGATTACTTCAAATGCA 3390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 ACGTATAAACGAGCAAGCACTATGAGGGAAAAACTATTGTATGCGATTACTTCAAATGCA 3476
Query 3391 GGATTTGAACTCTCGTAGAGACCTCGGACCAGGTATTCATCTTGTGATGCAACTAGACCT 3450
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3477 GGATTTGAACTCTCGTAGAGACCTCTAACCAGGTATTCATCTTGTTATGCACCTAGACCT 3536
Query 3451 TTTATCCTTTATTCTATTCAATCTATATGGCTTCTGTCA-GTTAAATTAGTAGGGCTGGT 3509
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||
Sbjct 3537 TTTATCCTTTATTCTATTCAATGTATATGGCTTCTGTCAAGTTAAACTAGTAAGGCTGGT 3596
Query 3510 GTACACAGTGTGTTTGGTTTATCTTAAGAT---GGGAACTTGGTTCTTCTTGGTAGTTGT 3566
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3597 GTAAACAGTGTGTTTGGTTTATCTTAAGATTATGGGAACTTGTTTCTTCTTGGTAGTTGT 3656
Query 3567 ATATGAATATATGATAATCAACTAAGCTG 3595
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3657 ATATGAATATATGATAATCAACTAAGCTG 3685
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 178995652624
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5