BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485693
Length=2846
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G53180.1 | Symbols: | glutamate-ammonia ligases;catalytics;... 4392 0.0
> AT3G53180.1 | Symbols: | glutamate-ammonia ligases;catalytics;glutamate-ammonia
ligases | chr3:19706894-19711439 FORWARD
LENGTH=2984
Length=2984
Score = 4392 bits (2378), Expect = 0.0
Identities = 2653/2785 (95%), Gaps = 21/2785 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 GAGATGGAGTTTAAG-GAGTTAAAAGAAGCAATAGAGAAGATAGAGCTCGTTGATGCTCA 132
|||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 GAGATGGAGTTT-AGTGAGTTAAAGGAAGCAATAGAGAAGATAGAGCTCGTTGATGCTCA 230
Query 133 CGCACACAACATTGTCTCTCTTGATTCGTCTTTCCCGTTCATCGGAACTTTCTCCGAGGC 192
|||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 CGCACACAACATTGTCTCTCTTGACTCATCTTTTCCGTTCATCGGAACTTTCTCCGAGGC 290
Query 193 TGCCGGCGAAGCTTTAACCTTCGCTCCTCATTCTCTCTCTTTCAAGAGGAATTTGAGGGA 252
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 291 TGCCGGCGACGCTTTAACCTTCGCTCCTCATTCTCTCTCCTTCAAGAGGAACTTGAGGGA 350
Query 253 GATTGCTCAACTCTATGGCACTGAAGTATCTTTAGAAGCGATTGAGGAACATCGTAAAAC 312
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 351 GATTGCTCAACTTTATGGCACTGAAGTATCTTTAGAAGCGGTTGAGGAACATCGTAAAAC 410
Query 313 CTCGGGTTTGGATTCTTTTACTTCCAAGTGTTTTAAAGAAGCTCGAATCTCTGCTCTCCT 372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 CTCGGGTTTGGATTCTTTTACTTCCAAGTGTTTTAAAGAAGCTCGAATCTCTGCTCTCCT 470
Query 373 CATTGATGATGGATTGAAGCTAGACAAGAAACATGACATTGAATGGCATAGAAACTTTGT 432
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 CATTGATGATGGATTAAAGCTAGACAAGAAACATGATATTGAATGGCATAGAAACTTTGT 530
Query 433 TCCATTTGTTGGTCGAGTCTTGCGTATCGAAACTCTCGCCGAGCAAATCCTCGAAGAGGA 492
|||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 531 TCCATTCGTTGGTAGAGTGTTGCGTATCGAAACTCTTGCCGAGCAAATCCTCGAAGAGGA 590
Query 493 GTGTCCTGATGATGGTTATTTCTATGGTTCTAAGAGTACTGAACCGCCTGTTTGGGATTT 552
|||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 GTGTCCTG--G-TGGTTATTTCTATGGTTCTGAGAGTACTGAACCGCCTGTTTGGGATTT 647
Query 553 GGATTCTTTCACAAAAACCTTTGTTGAAAGATTAAATTCGCTTGTTCCAAAGATTGTTGC 612
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 648 AGATTCTTTCACCAAAACCTTTGTTGAAAGATTAAATTCGCTTGTTCCAGAGATTGTTGC 707
Query 613 TTTGAAAACTATTGCTGCTTATCGTAGCGGTTTGGATATTGATACTTATGTGAGTAAAGC 672
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 TTTGAAAACTATTGCTGCATATCGTAGCGGTTTGGATATTGATACTTATGTGAGTAAAGA 767
Query 673 TGTTGCTGAGAATGGCCTAGTTGAAGTCTTGCGAGCTGG-AAGTCCTGTCCGTATAGGAA 731
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||
Sbjct 768 AGTTGCTGAGAATGGCCTTGTTGAAGTCTTGCGAGCTGGAAAG-CCTGTCCGCATAGGAA 826
Query 732 ACAAAGGCTTGATTGATTACATTGTTACCATTAGTTTGGAGGTCGCTGTGCGTCGCGACT 791
|||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 ACAAGGGCTTGATTGACTACATCCTTACCATTAGTTTGGAGGTCGCTGTGCGTCGCGACT 886
Query 792 TGCCCTTGCAGATTCACACCGGTTTTGGTGACAGGGATTTGGATTTGAGGTTGTCAAATC 851
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 887 TGCCCTTGCAGATTCACACCGGTTTTGGTGACAAGGATTTGGATTTGAGGTTGTCGAATC 946
Query 852 CTCTTCACCTTAGAAACCTTCTTGAAGACAAAAGATTTGCAAAGTGTCGTATCGTTCTTC 911
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 947 CTCTTCACCTTAGAACCCTTCTTGAAGACAAAAGATTTGGAAAGTGTCGTATAGTTCTTC 1006
Query 912 TTCATGCAGCTTATCCATTCTCAAAGGAAGCATCCTTTCTGTCTTCAGTTTATCCTCAGG 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 TTCATGCAGCTTATCCATTCTCAAAGGAAGCATCCTTTCTGTCTTCAGTTTATCCTCAGG 1066
Query 972 TTTACCTTGATTTCGGCTTGGCGGTTCCAAAGCTTAGTGTCCATGGTATGGTTTCTTCAG 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 TTTACCTTGATTTCGGCTTGGCGGTTCCAAAGCTTAGTGTCCATGGTATGGTTTCTTCAG 1126
Query 1032 TTAAAGAGCTCCTTGACTTAGCCTCAATAAAGAAGGTTATGTTCAGCACTGATGGGTATG 1091
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 TTAAAGAGCTCCTTGACTTAGCATCAATAAAGAAGGTTATGTTCAGCACTGATGGGTATG 1186
Query 1092 CATCTCCTGAGACCTACTATTTAGGTGCAAAGAAAGCACGTGAGGTCATCTTCTTAGTTC 1151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1187 CATCTCCTGAGACCTACTATTTAGGTGCAAAGAAAGCACGTGAGGTTATCTTCTTAGTTC 1246
Query 1152 TGAGTGATGCGTGTGCCAGTAGTGATCTCTCACTCATGGAAGCTATTGATGCAGCTAAAG 1211
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 TGAGTGATGCTTGTGCCAGTGGTGATCTCTCACTCATGGAAGCTATTGATGCAGCTAAAG 1306
Query 1212 ACATTTTTTCACGAAATTCGATTAAATTTTATAAGCTTAAAATAGACTCAAATTCTTGTA 1271
|||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| || |||||| ||
Sbjct 1307 ACATATTCTCACGAAATTCTATTGGATTTTATAAGCTTAATATAGACACAGATTCTTCTA 1366
Query 1272 GTCCACAAAGTATAATATCTCCCAAATTAGA-GATGAAGGAGCCTGATGTTCAAGAAGAT 1330
||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 GTCCACAAAATATAATATCTCCCAAATT-GAAGATAAAGGAGCCTGATGTTCAAGAAGAT 1425
Query 1331 AGTAGTTCTTTTGTACGCATTATTTGGGTTGATACATCTGGACAACAACGATGCCGTGCT 1390
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1426 AGTAGTTCTTTTGTACGCATTATTTGGGTTGATACATCTGGACAACAAAGATGCCGTGCT 1485
Query 1391 GTTCAAGCGCAGCGTTTTAACAGAAGTGTGAAGAAGAACGGCGTCGGTCTGACTTTTGCA 1450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1486 GTTCAAGCGCAGCGTTTTAACAGAAGTGTGAAGAAGAACGGCGTTGGTCTGACCTTTGCA 1545
Query 1451 TCAATGGGGATGACTTCATTTACTGATGGACCAGCAGAAGAGTCTAATTTGACGGGTGTG 1510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1546 TCAATGGGGATGACTTCATTTACTGATGGACCAGCAGAAGAGTCTAAATTGACAGGTGTG 1605
Query 1511 GGTGAGATTAGACTGGTTCCAGATCTCTCAACCAAGCAGACAATACCTTGGACGAAGCAA 1570
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 GGTGAGATTAGACTTGTTCCAGATCTATCAACCAAGCAGACAATACCTTGGACGAAGCAA 1665
Query 1571 GAGAGCATGGTTTTAGCTGACATGCAATTGAAGCCTGGTGAAGCATGGGAGTACTGTCCA 1630
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1666 GAGAGCATGGTTTTAGCTGATATGCAATTGAAGCCTGGTGAAGCATGGGGGTACTGTCCA 1725
Query 1631 AGAGAGACCTTAAGAAGGGTCGCAAAAGTTCTCAAAGATGAATTTAACTTGGTAATGAAC 1690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1726 CGAGAGACCTTAAGAAGGGTCGCAAAAGTTCTCAAAGATGAATTTGACTTGGTAATGAAC 1785
Query 1691 GCTGGTTTTGAGAATGAGTTTTATCTCCTCAAAAACGTTGTGCGGGAAGGGAAAGAAGAG 1750
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 GCTGGTTTTGAGAATGAGTTTTATCTCCTCAAGAACGTTGTGCGGGAAGGGAAAGAAGAG 1845
Query 1751 TATGTGCCTTTTGAATTTGGTCCTTACTGTTCCACATCCTCATTCGATGTTGCATCTCCG 1810
||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1846 TATATGCCTTTTGACTTTGGTCCTTACTGTGCCACATCCTCATTCGATGCTGCATCTCCG 1905
Query 1811 ATTTTCCACGAAATTGTACCCGCGCTCGAGTCCTTGAACATTGAAGTTGAACAGTTTCAT 1870
|| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1906 ATCTTCCATGATATTGTACCCGCACTCGAGTCCTTGAACATCGAAGTTGAACAGTTTCAT 1965
Query 1871 GCTGAATCCGGGAAAGGTCAGTTTGAAGTATCTCTCGGTCACACCGTTGCATCCCATGCT 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1966 GCTGAATCCGGGAAAGGTCAGTTTGAAGTATCTCTCGGTCACACCATTGCATCCCATGCT 2025
Query 1931 GCCGATAACTTGGTTTACACACGTGAAGTTATAAGAGCGGTTGCAAGAAAACATGGACTG 1990
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||
Sbjct 2026 GCCGACAACTTGGTCTACACACGTGAAGTTATAAGATCGGTTGCAAGGAAACAGGGATTG 2085
Query 1991 CTCGCGACCTTTGTTCCAAAGTATGATTTTTGTGACATTGGTTCTGGATCACATGTGCAT 2050
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 CTCGCAACCTTTGTTCCAAAGTATGATTATTGTGACATTGGTTCTGGATCACATGTGCAT 2145
Query 2051 CTAAGTCTTTGGAAAAACGGCGAAAATGTCTTCCCGGCATCTAATAACTCATCTGCTCAC 2110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2146 CTAAGTCTTTGGAAAAACGGCGAAAATGTCTTCCCGGCATCTAATAACTCATCTTCTCAT 2205
Query 2111 GGAATCTCTTCCGTTGGGGAAGAGTTCATGGCCGGAGTTCTATTTCACCTTCCATCAATC 2170
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2206 GGAATCTCTTCCGTTGGAGAAGAGTTCATGGCCGGAGTTCTATTTCATCTTCCATCAATC 2265
Query 2171 TTAGCAATTATAGCTCCACTCCCAAACAGCTATGACCGAATCCAACCTAATACATGGAGT 2230
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 TTAGCTATTATAGCTCCACTCCCAAACAGCTACGACCGAATCCAACCTAATACATGGAGT 2325
Query 2231 GGAGCATTCCAATGCTGGGGCAAAGAAAACCGCGAAGCGGCAATAAGAGCAGCTTCTCCA 2290
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2326 GGAGCATTCCAATGTTGGGGCAAAGAAAACCGCGAAGCAGCGTTAAGAGCAGCTTCTCCA 2385
Query 2291 CCAGGAACTCCTGATGGTTTAGTTACTAACTTTGAGATAAAGTCTTTTGATGGCTCTGCA 2350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 CCAGGAACTCCTGATGGTTTAGTTACTAACTTTGAGATAAAGTCTTTTGATGGCTCTGCA 2445
Query 2351 AATCCTCACCTTGGTCTGGCCGTTATAATGGCTGCCGGTATTGATGGTCTCCGGCGACAT 2410
||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 AATCCTCACCTTGGTTTGGCTGTTATAATGGCTGCTGGTATTGATGGTCTCCGGCGACAT 2505
Query 2411 CTCCAACTTCCTACTCCAATAGATATAAATCCGGCAGATGTGGCTGCTACATTGAACAGA 2470
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 CTTCAACTTCCTACTCCAATAGATATAAATCCGGCGGATGTGGCTGCTACATTGAACAGA 2565
Query 2471 CTTCCTGAAACGCTCTCAGAAGCTGTTGAAGCTCTGGACAAAGACGAAGTTCTCCACGAT 2530
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2566 CTTCCGGAAACGCTCTCAGAAGCTGTTGAAGCTCTGGACAAAGACAAAGTTCTCCACGAT 2625
Query 2531 TTGCTTGGACAAAAGCTTTTAGTTGCCATAAAAGGAGTCCGTAAGTCTGAGTTTGAGTAT 2590
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct 2626 TTGCTCGGACAAAAGCTTTTAGTTGCCATAAAAGGAGTCCGTAAGGCTGAGGTCGAGTAT 2685
Query 2591 TATTCGAAGAATCCAGATGCATATAAGCAACTCATTCACAGATACTAATCCTTTGAGCAT 2650
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2686 TATTCGAAGAATCCGGATGCATATAAGCAACTCATTCACCGATACTAATCCTTTGAGCAT 2745
Query 2651 CTGGATGATGATTGTTCGATCATTTGGTTTTATTGTGGACTTTGTGTCACATGAAGGGTC 2710
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2746 CTCTATGATGATTGTTGGATCATTTGGTTTTATTGTGGACTTTGTGTCACATGAAGGGTC 2805
Query 2711 GTATTTGCAAAATACTTGCCTACTTAAAGATGTGGATCAGAAAtttttttAACTAAATTT 2770
|||||||||||||||||| | | | |||||||||| ||||||| || | ||||||||||
Sbjct 2806 GTATTTGCAAAATACTTGAC-A-T-AAAGATGTGGTTCAGAAAATTAATAAACTAAATTT 2862
Query 2771 CATATTTCGAGACGCATGCTCATGCTG-A--A------GTATTTCTTACTTTTTCTTCCC 2821
||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2863 CATATTTCGAGACGCATGCTCATGCTGGAGTACTATTTGTATTTCTTACTTTTTCGTCCC 2922
Query 2822 ATGCTTTCAAAAGCCTCAAGAATAT 2846
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2923 ATGCTTTCAAAAGCCTCAAGAATAT 2947
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141420612317
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5