BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485710
Length=2310
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G53360.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3642 0.0
> AT3G53360.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:19784502-19786808 FORWARD LENGTH=2307
Length=2307
Score = 3642 bits (1972), Expect = 0.0
Identities = 2189/2296 (95%), Gaps = 6/2296 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTAAGATTGGGAGCTAGAGTTTCCGTCAGCAACAGTCAGATACCGGCAACATCAAGT 60
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 10 ATGTTACGGTTGGGAGCTAGAGTTTCCGTCAGCAACAGTCAGATACTGGCAACATCAAGT 69
Query 61 GTTGTATCAACCATCAAGACCGAAGAGTTAATGAATGATCACATAAATTCCCTATGTAGA 120
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 70 GTTGTATCAACCATCAAGACCGAAGAATTAATGAATGATCACATTAATTCCCTATGTA-A 128
Query 121 AA-TAGTTTCTACAGGGAAGCACTT-GAAGCGTTTGATTTTGCACAGAAGAACTCAAGCT 178
|| || ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 129 AAGTAATTTCTACCGGGAAGCA-TTGGAAGCGTTTGATTTTGCGCAGAAGAACTCAAGCT 187
Query 179 TCAAGATAAGGTTAAGAACCTATATCTCTTTAATTTGTGCTTGCTCTTCATCGAGATCTC 238
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 188 TCAAGATAAGGTTAAGAACCTACATCTCTTTAATTTGTGCTTGCTCTTCATCGAGATCTC 247
Query 239 TAGCACAAGGTAGAAAGATACATGATCACATTTTGAATTCCAACTGCAAGTATGATACTA 298
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 248 TAGCACAAGGCAGAAAGATACATGATCACATTTTGAATTCCAACTGCAAGTATGATACTA 307
Query 299 TTCTTAATAACCACATTCTTAGTATGTATGGGAAATGTGGCTCGCTGAGGGATGCTAGAG 358
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 308 TTCTTAATAATCACATTCTAAGTATGTATGGAAAATGTGGCTCGCTGAGGGATGCCAGAG 367
Query 359 AAGTTTTTGATTTTATGCCTGAAAGGAATTTGGTCTCTTACACATCTGTCATTACTGGCT 418
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 AGGTTTTTGATTTTATGCCTGAAAGGAATTTGGTCTCTTACACATCTGTCATTACTGGCT 427
Query 419 ATTCACAGAACGGTCAGGAAGCCGAGGCAATCACATTGTACTTGAAAATGCTTCAGGCAG 478
|||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 428 ATTCACAGAACGGTCAGGGAGCCGAGGCTATCAGATTATACTTGAAAATGCTTCAGGAAG 487
Query 479 ATTTAGTTCCTGACCAGTTTGCATTTGGAAGTATCATCAAAGCATGTGCTTGT-GCTGGT 537
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | | ||
Sbjct 488 ATTTAGTTCCTGACCAGTTTGCATTTGGAAGCATTATCAAAGCATGTGCCAGTAG-TAGT 546
Query 538 GATGTTGTGTTAGGGAAGCAACTGCATGCTCAAGTCATTAAGTTGGAATCCAGTTCTCAT 597
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 GATGTTGGGTTAGGGAAGCAACTGCATGCTCAAGTCATTAAGTTGGAATCCAGTTCTCAT 606
Query 598 CTTATTGCTCAAAATGCTCTGATTGCTATGTATGTTCGCTTCAATCAAATGTCAGATGCT 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 CTTATTGCTCAAAATGCTCTGATTGCTATGTATGTTCGCTTCAATCAAATGTCAGATGCT 666
Query 658 AGCAAAGTGTTCTATGGTATCCCAGCGAAGGATCTTATTTCGTGGAGCTCAATCATCGCA 717
|||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 667 AGCAGAGTGTTTTATGGTATCCCAATGAAGGATCTAATTTCGTGGAGTTCAATCATTGCA 726
Query 718 GGGTTCTCGCAACTTGGGTTTGAGTTTGAAGCCCTGAGTCACCTAAAAGAAATGTTGTCT 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GGGTTCTCGCAACTTGGGTTTGAGTTTGAAGCCCTGAGCCACCTAAAAGAAATGTTGTCT 786
Query 778 TTTGGTGTTTTCCATCCAAATGAATATATATTTGGTAGTTCTTTAAAAGCTTGTAGCAGT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 TTTGGTGTTTTCCATCCAAATGAATATATATTTGGTAGTTCTTTAAAAGCTTGTAGCAGT 846
Query 838 CTCCTTAGACCAGATTATGGTAGCCAAATACATGGGTTATGCATTAAGTTGGAGTTAACT 897
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 847 CTCCTTAGACCAGATTATGGAAGCCAAATACATGGGTTATGCATTAAGTCGGAGTTAGCT 906
Query 898 GGAAACGCTATTGCAGGCTGTTCACTCTGTGACATGTATGCTAGATGCGGTTTCCTGGAT 957
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 907 GGAAACGCAATTGCAGGCTGTTCGCTCTGTGACATGTATGCTAGATGCGGTTTCCTGAAT 966
Query 958 TCTGCAAGGAGAGTATTTAATCAAATAGAAAGACCTGATACAGCATCATGGAATGTGATC 1017
|||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 TCTGCAAGGAGAGTGTTTGATCAGATAGAAAGACCCGATACAGCATCATGGAATGTGATC 1026
Query 1018 ATTGCTGGACTTGCAAATAATGGTTACGCTGATGAAGCTGTATCAGTTTTCTCTGAGATG 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1027 ATTGCTGGACTTGCAAATAATGGTTACGCTGATGAGGCTGTATCAGTTTTCTCTCAGATG 1086
Query 1078 AGGAATTCTGGTTTTATTCCTGATGCCATCTCCTTGCGTTCTTTGCTTTGTGCTCAGACA 1137
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 AGGAGTTCTGGTTTTATTCCTGATGCCATCTCCTTGCGTTCTTTGCTTTGTGCTCAGACA 1146
Query 1138 AAACCAATGGCTTTGTGTCAAGGTATGCAAATTCACTCTTTCATTATCAAGTGTGGTTTC 1197
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1147 AAACCAATGGCTTTGTCTCAAGGAATGCAAATTCACTCTTACATTATCAAGTGGGGTTTC 1206
Query 1198 CTGGCAGATCTTTCAGTTTGCAACTCTCTGCTTACCATGTACACCTTCTGCTCGGACTTG 1257
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1207 CTGGCAGATCTTACGGTTTGCAACTCTCTGCTTACCATGTACACCTTCTGCTCAGACTTG 1266
Query 1258 TATTGTTGCTTTAATTTATTTGAAGACTTCAGAAACAAAGCGGATTCTGTTTCTTGGAAT 1317
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1267 TATTGTTGTTTTAATTTATTTGAAGATTTCAGAAACAACGCAGATTCTGTTTCTTGGAAT 1326
Query 1318 GCTATTTTGACAGCATGTTTGCAACACGAACAGCCAGTAGAGATGTTGAGATTGTTTAAG 1377
||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 ACTATTCTGACGGCTTGTTTGCAACACGAACAGCCAGTAGAGATGTTGAGATTGTTTAAG 1386
Query 1378 CTGATGCTTGTGTCTGAATGCGAGCCAGATCACATAACCATGGGTAATCTGTTACGGGGC 1437
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1387 CTGATGCTTGTGTCTGAATGTGAGCCAGATCACATAACTATGGGTAATCTGTTGCGGGGT 1446
Query 1438 TGTGTGGAAATCTCATCTCTAAAATTGGGAAGTCAAGTCCATTGCTATAGTTGGAAAACC 1497
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1447 TGTGTGGAAATCTCATCTCTAAAGTTGGGAAGCCAAGTCCATTGCTATAGTTTGAAAACC 1506
Query 1498 GGGTTGGTGCTTGAGCAATTTATAAAAAATGGACTGATTGATATGTATGCCAAGTGTGGG 1557
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 GGGTTGGCGCCTGAGCAATTTATAAAAAATGGACTGATTGATATGTATGCCAAGTGTGGA 1566
Query 1558 TCATTGGGGCAAGCGAGAAGGATTTTTGATTCAATGGATAATGGAGATGTAGTTTCGTGG 1617
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1567 TCACTGGGGCAAGCGAGAAGGATTTTTGATTCAATGGATAACAGAGATGTAGTTTCGTGG 1626
Query 1618 AGCACCTTGATAGTTGGATATGCACAGTCTGGATTTGGAGAGGAAGCTCTCATATTGTTC 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 AGCACCTTGATAGTTGGATATGCACAGTCTGGATTTGGAGAGGAAGCTCTCATATTGTTC 1686
Query 1678 AGGGAAATGAAAAGTTCGGGCATAGAGCCAAATCATGTAACATTTGTCGGTGTTCTTACT 1737
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1687 AAGGAAATGAAAAGTGCGGGCATAGAGCCAAATCATGTAACTTTTGTCGGTGTTCTTACT 1746
Query 1738 GCCTGTAGTCATGTTGGGCTGGTGGAAGAAGGCTTGAAGCTGTATGCAATCATGCAAACT 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||
Sbjct 1747 GCCTGTAGTCATGTTGGGCTGGTGGAAGAAGGCTTGAAACTGTATGCGACCATGCAAACT 1806
Query 1798 GAACACGGGATTTCACCAACAAAAGAGCACTGCTCTTGCGTGGTCGATTTGCTGGCTCGT 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 1807 GAACACGGGATTTCACCAACAAAAGAGCACTGCTCTTGCGTGGTGGACTTACTGGCTCGT 1866
Query 1858 GCTGGCCATTTAAACGAAGCTGAGAGATTCATCGATGAAATGAAGTTGGAACCTGATGTT 1917
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 GCTGGCCGTTTAAATGAAGCTGAGAGATTCATCGATGAAATGAAGTTGGAACCTGATGTT 1926
Query 1918 GTTGTCTGGAAGACTCTACTGTCTGCATGTAAAACACAAGGAAATGTTGATCTTGCCCAA 1977
|| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1927 GTCGTGTGGAAGACTCTACTGTCTGCATGTAAAACCCAAGGAAATGTTCATCTCGCCCAA 1986
Query 1978 AAAGCTGCTGAAAATATTCTGAAGATCGATCCTTTCAACTCTACAGCTCATGTATTGCTC 2037
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987 AAAGCTGCTGAAAATATTCTGAAAATCGATCCTTTCAACTCTACAGCTCATGTATTGCTC 2046
Query 2038 TGCAGCATGCATGCTTCTTCTGGAAATTGGGAAGATGCTGCATTGTTGAGGAGCTCAATG 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 TGCAGCATGCATGCTTCTTCTGGAAATTGGGAAAATGCTGCATTGTTGAGGAGCTCAATG 2106
Query 2098 AAAAAGCATGATGTTaaaaaaaTTCCAGGACAGAGCTGGATCGATGTTGAGGACAAAATT 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2107 AAAAAGCATGATGTTAAAAAAATTCCAGGACAGAGCTGGATCGAAATTGAGGACAAAATT 2166
Query 2158 CATATATTCTTTGCTGAAGATGTTCTTCATCCAGAGAGGGATGATATATATACAGTCCTG 2217
||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2167 CATATATTCTTTGCTGAGGATATTTTTCATCCAGAGAGGGACGATATATATACAGTCCTG 2226
Query 2218 CACAACATCTGGTCGCAGATGCTAGATGAGTGTAATCCCCAACACAAGAAAAGATTCCAG 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2227 CACAACATCTGGTCGCAGATGCTAGATGAGTGTAATCCGCAACACAAGAAAAGACTCCAG 2286
Query 2278 TTTATCCATGAAACCG 2293
||||||||||||||||
Sbjct 2287 TTTATCCATGAAACCG 2302
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114658044780
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5