BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485820
Length=3450
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G54230.2 | Symbols: SUA | suppressor of abi3-5 | chr3:200731... 5319 0.0
> AT3G54230.2 | Symbols: SUA | suppressor of abi3-5 | chr3:20073102-20080384
FORWARD LENGTH=3615
Length=3615
Score = 5319 bits (2880), Expect = 0.0
Identities = 3227/3391 (95%), Gaps = 37/3391 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 69 TTTATACGGCTACTTCATCGCTCGAGCTCTCTCG-CTCTCTATCGATCGCTGCGTATCTG 127
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 127 TTTATACGGCTACTTCATCGCTCGAGCTCTCTCGTTTCTGTATCGATCGCAGCGTATCTG 186
Query 128 ATTTGTCACCGGTTTCAGCTCGTCTCCATCTTCCATTCACTGGTGTCTTTGGTCCGGCGT 187
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 ATTTGTCACCGGTTTCAGCTCATCTTCATCTTCCATTCACTGGTGTCTTTGGTCCGGCGT 246
Query 188 C-TTCGGGGTTGCTTTCAGTTCATCAGAGGAAAGAGCTTTAAACATTGAGGTTTCAATAT 246
| || | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||| |||||
Sbjct 247 CGTT--GTGCTGCTTTCAGTTCATCACAGGAAAGAGCTTTAAATATTAAGCTTTGAATAT 304
Query 247 TCTCTTTGACCATCAAAGATTTGCTTGGTGTACTGGCGGGAAATGGATCCTAGTCGATAT 306
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 TCTCTCAGACCATCAAAGATTTGCTTGGTGCACTGGCCGGAAATGGATCCTAGTCGATAT 364
Query 307 GGTCATCAGCAAGAATGGGATAATAACAGTGCTCCGGAGGGTTTTGGTTCTCAGCACGAT 366
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||
Sbjct 365 GGTCGTCAGCAAGAATGGGATAATAACAGTGCTCCGGAGGGTTATGGTACTCAGCATGAT 424
Query 367 CCAAATCATCGGTTTGGCGTATCATATGATGAGGGATATCCTGATGAAAGGTTGATGCGG 426
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 CCAAATCATCGGTTTGGCGTATCATATGATGACGGATATCCTGATGAAAGGTTGATGCGG 484
Query 427 GATGATGTCTACAATTATCCACCTGGGCATAATACTCTGGGTGCCTTGCCTCAATCTAGA 486
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 485 GATGATGTCTACAACTATCCACCTGGACATAATACTCTGGGTGACTTGCCTCAATCTAGA 544
Query 487 AGGCGAAACTATGAAGAAAATTATCATC-GTGAACATCGCAGGCAAGAAAAGCCTTACAT 545
| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 AAGCGAAACTATGAAGAAAATTATC-CCAGTGAACTTCGCAGGCAAGAAAAGCCTTACAT 603
Query 546 CGATTCAAATTATGCTGCTGACTATTATCACGATAGTGAAGCTGGGAGTCGTAATGGATA 605
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 604 CGATTCAAATTATGCTGCTGACTATTATCATGATAGTGAAGCTGGGAGTCGTAATGGACA 663
Query 606 TTACCGTGATCATGAACACGAAAGGTCGTCCCGATATGATGGCCGCGATGACTATTCTTG 665
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 664 TTACCGTGATCATGAACACGAAAGGTCGTCCAGATATGATGGCTGCGATGACTATTCTTG 723
Query 666 TAACGATAATAACTATAGATCTAGAAATTACCATCATAGCAGAGATGATGGTCGTGAAAA 725
||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 TAATGATAACAACTATAGATCGAAAAATTACCATCATAGCAGAGATGATGGTCGTGAAAA 783
Query 726 AGATTATGATTATTCTCGCCGGAGTTATGATTCTGATTATGAAAGAGG-CAGTGTAAGAG 784
||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||
Sbjct 784 AGATTATGATTATACTCGCCGAAGTTATGATTCTGAGTATGAAAG-GGCCAGTGTGAGAG 842
Query 785 ATGGCAGTCGAAAGAGCCGTGATACGCAGGATAGAGAACGGAATTCACGAGATAGAGAAT 844
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 843 ATGGCAGTCGAAAGAGCCGTGATCCGCAGGACAGAGAACGGAATTCTCGAGATAGAGAAT 902
Query 845 GGGACTCACGTGATAGGGAGTGGGACAAAAGATGTTTCAGCCGCGAAAGAGATGAGAGTC 904
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 GGGATTCACGTGATAGGGAGTGGGACAAAAGATGTTACAGCCGCGAAAGAGATGAGAGTC 962
Query 905 CTCATAAGAGATATGAGAAATCACGATCTCGATCTACCGGACGTGGTGAGTTCTCTAGAT 964
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 963 CTCATAAGAGATATGAGAAGTCACGATCTCGATCTACCGGACGTGGGGAGTTCTCTAGAT 1022
Query 965 CAAGATCTCCTAGAGGTCGGAGCCATGGGCGGAGTTACCGGGAGGACAGCTATGAGGGGG 1024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 CAAGATCTCCTAGAGGTCGGAGCCATGGGCGGAGTTACCGGGAGGACAGCTATGAGGGGG 1082
Query 1025 ATCACTGGAATGAAAGTGAGAGGCGAAGAGAATATGAAGATAGACATGACCAGGATCATT 1084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1083 ATCACTGGAATGAAAGTGAGAGGCGAAGAGAATATGAAGATAGACATAACCAGGATCATT 1142
Query 1085 TTTCTGCTACCCCATCCGCCACTGTTGTTGTGAAGGGTCTCTCGATGAAATCAACAGAAG 1144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1143 TTTCTGCTACCCCATCCGCCACTGTTGTTGTGAAGGGTCTCTCTATGAAATCAACAGAAG 1202
Query 1145 AAGATCTATACCAGATTCTGGCTGAATGGGGTCCTTTGCATCATGTTCGTGTGATTCGGG 1204
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1203 AAGATCTATACCAGATTCTGGCTGAATGGGGTCCTTTGCATCATGTTCGTGTTATTCGGG 1262
Query 1205 AGCAAAATTCTGGGATTTCTCGTGGATTTGCTTTTATTGATTTCTCCACTGTGGATGCCG 1264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1263 AGCAAAATTCTGGGATTTCTCGTGGATTTGCTTTTATTGATTTCCCCACGGTGGATGCCG 1322
Query 1265 CACGCACCATGATGGATAGACTTGAGCATGATGGTATAGTTTTGGATGGAAGGAAGC-TA 1323
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1323 CACGCACCATGATGGATAGAATTGAGCATGATGGTATAGTTTTGGATGGAAGGAAACTTA 1382
Query 1324 AGTTTCCATTACAGCAGCCAACCTATTGGTAGGGCTGGTGTGTCCCGTAGGCAGGAACAT 1383
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 TG-TTCCATTACAGCAGCCAACCTACTGGTAGGGCTGGTGTGTCCCGTAGGCAGGAACAT 1441
Query 1384 GCTTCTAGACACAGTTATGGTGGAAGTCGAAACATGATAGTTCCCACAGATTGGATCTGT 1443
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 GCTTCTAGACGCAGTTATGGTGGAAGTCGAAACATGATAGTTCCCACAGATTGGATCTGT 1501
Query 1444 ACAATCTGTGGCTGTATCAATTTTGCGCGGCGAACCTCCTGCTTTCAGTGTAATGAACCA 1503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 ACAATCTGTGGCTGTATCAATTTTGCGCGGCGAACCTCTTGCTTTCAGTGTAATGAACCA 1561
Query 1504 AAGACCAAGGATTCTCCTTCAGCTGATGTAGGTTTATCAAACTCAGCACCAGGAAAACGA 1563
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1562 AAGACCAAGGATTCTCCTTCAGCGGATGTAGGTTTATCAAACTCTGCAGCAGGAAAACGA 1621
Query 1564 ATTTCTGAGACAGGTCCAACTCATGTCCTGGTTGTACGTGGGTTGGATGAAGATGCTGAT 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 ATTTCTGAGACAGGTCCAACTCATGTCCTGGTTGTACGTGGGTTGGATGAAGATGCTGAT 1681
Query 1624 GAGGAAATGCTTCGGTATGAATTTTCCAAACATGCTCCTATCAAGGATCTTCGTCTTGTG 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 GAGGAAATGCTTCGGTATGAATTTTCCAAACATGCTCCTATCAAGGATCTTCGTCTTGTG 1741
Query 1684 AGAGACAAATTCACTCATGTTTCACGAGGATTTGCATTCGTACATTTCTGTTCGGTTGAG 1743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1742 AGAGACAAATTCACTCATGTTTCACGAGGATTTGCATTCGTGCATTTCTATTCGGTTGAG 1801
Query 1744 GATGCTACTAAGGCACTTGAAGCAACAAACGGAACAGCTCTTGAAAGGAATGGTAAAATT 1803
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 GATGCTACTAAGGCACTTGAAGCAACAAACAGAACAGCTCTTGAAAGGAATGGTAAAATT 1861
Query 1804 CTTAGAGTTGCATATGCAAAGAGTGTTCATGGTTCTGGAACTGGTATATCAGCACCCTCT 1863
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 CTTAGAGTTGCGTATGCAAAGAGTGTTCATGGTTCTGGAACTGGTATATCAGCACCCTCG 1921
Query 1864 CACTCCAACAACCTCGCTGCTGCTGCAATTGAAGCAGCAACATTTTCGCAACAGTATGAC 1923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1922 CACTCCAACAACCTCGCTGCTGCTGCAATTGAAGCAGCAACGTTTTCTCAACAGTATGAC 1981
Query 1924 GGTGTTGGATGGGCTCCAAAGGAATACAATCCTGATGAGAAACAAACCACTGGATGGCAG 1983
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1982 GGTGTTGGATGGGCTCCAAAGGAATACAATACTGGTGAGAAACAAAACACTGGAGGGCAG 2041
Query 1984 GCCCAGGGTGTTGGGGAAATTGAATCCCAGAAAGGAACTTCTGCTCCACAGTCTGGCTAT 2043
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 GCCCAGGGTGTTGGGGAAATTGAATCCCAGAAAGGGACTTCTGCTCCACAGTCTGGCTAT 2101
Query 2044 GTGTGGGATGAAGCATCTGGTTATTACTATGATGCGGCTTCTGGATACTACTACGATGGA 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 GTGTGGGATGAAGCATCTGGTTATTACTATGATGCGGCTTCTGGATACTACTACGATGGA 2161
Query 2104 AATTCAGGTCTTTATTATGACAGCAATAGTGGGCTTTGGTACTCGTATGACCAGCAAACG 2163
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 AATTCAGGTCTCTATTATGACAGCAATAGTGGGCTTTGGTACTCGTATGACCAGCAAACA 2221
Query 2164 CAACAATACGTTCCTTGTCCTGATCAGAACAATGAGAGTAAATTAACAGAAAACCAACCA 2223
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2222 CAACAATATGTTCCTTGTCCTGATCAGAACAATGAGAGTAAAGTAACAGAAAACCAACCA 2281
Query 2224 GACTCTGCCAAGAAGGAGAAATCCAGTCAACAAAAAGTTATTATCTCGGCGGCTACTACC 2283
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282 GACTCTGCCAAGAAGGAGAAATCCAGTCAACAAAAGGTTATTATCTCGGCGGCTACTACC 2341
Query 2284 CCTAATGTAGAAAAAGCTCTGTCCTTACCAGATGCGGTTCAGGCGGCTGCAGCGGCAGCA 2343
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2342 CCTAATGTAGAAAAAGTTCTGTCCTTACCAGATGCGGTTCAGGCGGCTGCTGCAGCAGCA 2401
Query 2344 ATTGCATCagagaagagagagaaagagagagTGAAGGAGATAAAACTTGCGTCAAAGACT 2403
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2402 ATTGCATCAGAGAAGAGAGAGAAAGAGAGAGTGAAAGAGATAAAACTTGCATCAAAGACT 2461
Query 2404 AGCCTACTGGCTAGCAAGaaaaaaaTGAATAACGTTTTAACAATGTGGAAGCAGCGGAGC 2463
|||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 AGCCTACTCGCCAGCAAGAAAAAAATGAGTAACGTTTTAACAATGTGGAAGCAGCGGAGC 2521
Query 2464 CATGAAACCCAAATACAACGTCCCTCACCCTCACTTGTTGACAATCCACCTACAGTT-CT 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2522 CATGAAACCCAAATACAACGTCCCTCACCCTCACTTGGTGACAATCCACCTACAGTTTC- 2580
Query 2523 GGCTGAAGCGAGGTCGTCTTTCTCCACTGGACAATCCATGGAAAAACTGAAATCTGATGT 2582
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2581 GGCTGAAGCAAGGTCGTCTTTCTCCACTGGACAATCCATGGGCAAACTGAAATCTGATGT 2640
Query 2583 AATTATTGCGAAGGAGAGGAGTAATTCCAATCATGGAGTTTCTGCTCTGACAACTGCAGA 2642
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2641 AATTATTGCGAAGGAGAGAAGTACCTCCAATCATGGAGTTTCTGCCCTGACAACTGCAGA 2700
Query 2643 AAGCTCGAGCAGCAGTACAACAGGAGGACCTTTGATGGGGGTGATGAGAGGTTCTTTTGG 2702
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 AAGCTCGAGCAGCAGTACAACAGGAGGAACTTTGATGGGGGTGATGAGAGGTTCTTTTGG 2760
Query 2703 AGGAACTGTGGGAGGAGCTTCTTCTTCAGCTAGTGTACAAGTGCCGCCAGTTTTACCTTC 2762
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||
Sbjct 2761 AGGAACTTTGGGTGGAGCTTCTTCTTCAGCTAGTGTACAAATGCCGCCAATATTACCTTC 2820
Query 2763 TGCTTCTTCAGTTTCGGCTCCGGTTTCAGTTTCCGGGAGTGGGAGAAGAAGGTTCTCTGA 2822
||||||| ||| ||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 TGCTTCTCCAGCTTCGG-T----TT-CAGTTTCTGGGAGTGGGAGAAGAAGGTTCTCTGA 2874
Query 2823 AAAACCGACTGCAGTGCCTACTCACAGAGAACAGCCTCAGACATCATACAGGGACCGTGC 2882
|| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2875 AACACCGACTGCAGGGCCTACTCATAGAGAACAGCCTCAGACATCATACCGGGACCGTGC 2934
Query 2883 TGCAGAAAGAAGAAACTTATACGGCTCATCAACTTCAAGTGGAAATGATGTTATTGATTC 2942
|||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 TGCAGAAAGAAGAAACTTGTATGGCTCATCAACATCAAGTGGAAATGATGTTATTGATTC 2994
Query 2943 AAGTGAGGATTTAATGGGGTTGAGGAAAGGTTCATTGGATCCAACACCTTTTCCTCCTGG 3002
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2995 AAGTGAGGATTTAATGGGGTTGAGGAAAGGTTCATCGGATCCAACACCATTTCCTCCTGG 3054
Query 3003 TGTGGGTGGACGTGGGATTACAACAACCACCGAAGTCAGTAGTTTCGATGTGATTACAGA 3062
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3055 TGTGGGTGGACGTGGGATTACAACAAGCACCGAAGTCAGTAGTTTCGATGTGATTACAGA 3114
Query 3063 AGAGAGAGCAATAGACGAGAGTAACGTGGGAAACAGAATGCTGAGGAACATGGGGTGGCA 3122
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3115 AGAGAGAGCAATAGATGAGAGTAACGTGGGAAACAGAATGCTGAGGAACATGGGTTGGCA 3174
Query 3123 TGAAGGATCGGGTTTGGGGAAAGACGGGAGCGGAATGAAAGAACCGGTGCAAGCACAAGG 3182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3175 CGAAGGATCGGGTTTGGGGAAAGACGGGAGCGGAATGAAAGAACCGGTGCAAGCGCAAGG 3234
Query 3183 CGTTGATAGGAGAGCAGGACTTGGGAGTCAGCAGAAGAAAGTTGATGCTGAGTTTGAGGT 3242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3235 CGTTGATAGGAGAGCAGGACTTGGGAGTCAGCAGAAGAAAGTTGATGCTGAGTTTGAGGT 3294
Query 3243 TCAGCCTGGTGACACTTACAGAACTCTTCTCCATAAGAAAGCACTTGCGAGGTTTCGTGA 3302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3295 TCAGCCTGGTGACACTTACAGAACTCTTCTCCATAAGAAAGCACTTGCGAGATTTCGTGA 3354
Query 3303 CATGTCTGACAATAATTGACTGTTTCTGTGTGTAAAGTCAGTTAGAAATGTTTT---TTG 3359
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| || | ||
Sbjct 3355 CATGTCTGACAATAATTGACTCTCTCTGTGTGTAAAGTCAGTTGGAAAC-TTCTAAATTC 3413
Query 3360 AAGGTTGTG-TTCAAACTGTGAAAGTGATTTTGACTTTGTTCTTTCAAGTCTTTTGTTGA 3418
| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |
Sbjct 3414 C-G-TTGTGCTT-AAACTGTGAAAGTGATTTTGATTTTGTTCTTT----T-T---GTT-A 3461
Query 3419 ATTATTATTATTAATAAAAAGAGACGGATTA 3449
| |||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 3462 A--ATTATTATTAATGAAAAGAGACAGATTA 3490
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171721445889
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5