BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485844
Length=3543
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G54440.3 | Symbols: | glycoside hydrolase family 2 protein ... 5437 0.0
> AT3G54440.3 | Symbols: | glycoside hydrolase family 2 protein
| chr3:20148292-20157067 REVERSE LENGTH=3613
Length=3613
Score = 5437 bits (2944), Expect = 0.0
Identities = 3201/3325 (96%), Gaps = 17/3325 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 229 AGGGGCTTTGAGGTACTGGTATCAGCGCAATAACGTGGATCTCACCGTATCAAAATCTGC 288
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 216 AGGGGCTTTGAGGTACTGGTATCAGCGGAACAACGTGGATCTCACCGTATCAAAATCTGC 275
Query 289 TGTTTGGAATGATGATGCTGTTCAAGCTGCTCTTGATAGCGCTGCTTTTTGGGTCGATGG 348
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 276 TGTTTGGAATGATGATGCTGTTCAAGCTGCTCTTGATAGCGCTGCTTTTTGGGTTGACGG 335
Query 349 CTTGCCCTTTGTTAAGTCTTTATCTGGTTACTGGAAGTTTTTCTTGGCTCCTAAACCTGC 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 336 CTTGCCCTTTGTTAAGTCTTTATCTGGTTACTGGAAGTTTTTCTTGGCTCCTAAACCTGC 395
Query 409 TAATGTTCCTGACAAATTTTATGATGCTGCATTTCCTGATTCAGACTGGAACGCTTTACC 468
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 396 TAATGTTCCTGACAAATTTTATGATGCTGCCTTTTCTGATTCAGACTGGAATGCTTTACA 455
Query 469 CGTTCCTTCCAATTGGCAGTGTCATGGATTTGATCGGCCTATCTATACGAATGTGGTGTA 528
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 456 GGTTCCTTCCAACTGGCAGTGTCATGGATTTGATCGGCCTATCTATACGAATGTGGTGTA 515
Query 529 CCCTTTCCCGAATGACCCGCCTCATGTTCCTGAGGATAATCCTACTGGTTGCTACAGAAC 588
||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 CCCTTTCCCGAATGATCCTCCTTATGTTCCTGAGGATAATCCTACTGGTTGCTACAGAAC 575
Query 589 CTACTTCCAGATTCCCAAAGAATGGAAGGACAGAAGAATACTTCTTCACTTTGAAGCTGT 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 576 CTACTTCCAGATTCCCAAAGAATGGAAGGACAGAAGAATACTTCTTCACTTTGAAGCTGT 635
Query 649 AGACTCCGCATTCTTTGCTTGGATAAATGGCAACCCTGTTGGGTACAGTCAAGACAGCAG 708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 AGACTCCGCATTCTTTGCTTGGATAAATGGCAACCCTGTTGGGTACAGTCAAGACAGCAG 695
Query 709 GTTACCGGCTGAATTTGAAATATCTGATTATTGCTATCCATGGGACTCGGGGAAACAAAA 768
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 696 GTTACCTGCTGAATTTGAAATATCTGATTATTGCTATCCATGGGACTCGGGAAAACAAAA 755
Query 769 TGTTCTTGCTGTTCAAGTCTTTAGATGGAGTGATGGTTCATACCTTGAAGACCAAGATCA 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 TGTTCTTGCTGTTCAAGTCTTTAGATGGAGTGATGGTTCATACCTTGAAGACCAAGATCA 815
Query 829 TTGGTGGTTGTCTGGTATTCATCGAGATGTGCTTTTGTTAGCAAAGCCCAAGGTATTCAT 888
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 816 TTGGTGGTTGTCTGGTATTCATCGAGATGTGCTTTTGTTAGCAAAGCCCAAGGTCTTCAT 875
Query 889 TGCTGACTACTTTTTCAAGTCAAAATTGGCAGATGACTTTTCCTACGCAGACATCCAGGT 948
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 876 TGCTGACTACTTTTTCAAGTCAAAATTGGCAGATGACTTTTCATACGCAGACATCCAGGT 935
Query 949 TGAAGTGAAGATAGACAATATGCAGGAGTCCTCAAAGCATCTTGTTCTTTCTAACTTCAT 1008
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 TGAAGTGAAGATTGACAATATGCAGGAGTCCTCAAAGGATCTTGTTCTTTCTAACTTCAT 995
Query 1009 CATAGAGGCTGCCGTATTTGATACTAAAAATTGGTACAACTCTGAAGGATTTAATTGTGA 1068
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 996 CATAGAGGCTGCCATATTTGATACAAAAAATTGGTACAACTCTGAAGGATTTAGTTGTGA 1055
Query 1069 ACTTTCTCCCAAGGTGGCTCATTTGAAGCTTAATCCTTCTCCAAGCCCAACTCTTGGATT 1128
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 ACTTTCTCCCAAGGTGGCTAATTTGAAGCTTAATCCTTCTCCAAGCCCAACTCTTGGATT 1115
Query 1129 TCATGGTTATTTGCTTGAGGGAAAACTGGATTCGCCAAATCTCTGGTCAGCTGAACAACC 1188
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 TCATGGTTACTTGCTTGAGGGAAAACTGGATTCGCCAAATCTCTGGTCAGCTGAACAACC 1175
Query 1189 AAATGTTTACATCCTCGTTTTAACCCTAAAAGATACATCTGGGAAAGTCCTTGATTCTGA 1248
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176 AAATGTTTACATCCTCGTTTTAACTCTAAAAGATACATCTGGGAAAGTCCTTGATTCTGA 1235
Query 1249 ATCAAGCATTGTTGGCATTCGGCAAGTATCAAAGGCCTTCAAACAGCTTCTTGTTAATGG 1308
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1236 ATCAAGCATTGTGGGCATTCGGCAAGTATCAAAGGCCTTTAAACAGCTTCTTGTTAATGG 1295
Query 1309 GCACCCAGTCGTGATAAAAGGTGTAAACAGGCATGAGCACCATCCACGTGTTGGGAAGAC 1368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 GCACCCAGTCGTGATAAAAGGTGTAAACAGGCATGAGCACCATCCACGTGTTGGGAAGAC 1355
Query 1369 GAATATAGAGGCCTGCATGGTCAAGGATTTAATCATGATGAAAGAATATAATATCAATGC 1428
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 GAATATAGAGGCATGCATGGTCAAGGATTTAATTATGATGAAAGAATATAATATCAATGC 1415
Query 1429 GGTGCGGAACAGTCATTATCCTCAACATCCCCGCTGGTATGAATTATGTGATTTGTTCGG 1488
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 GGTGCGAAACAGTCATTATCCTCAACATCCCCGCTGGTATGAATTATGTGATTTGTTCGG 1475
Query 1489 CATGTACATGATCGATGAAGCCAATATAGAGACACACGGTTTTGATCTCTCTGGGCATCT 1548
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 CATGTACATGATCGATGAAGCCAATATAGAGACACATGGTTTTGATCTCTCTGGGCATCT 1535
Query 1549 GAAGCACCCTGCAAAAGAGCCAAGCTGGGCAGCCGCTATGCTGGATCGAGTAGTTGGGAT 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 GAAGCACCCTGCAAAAGAGCCAAGCTGGGCAGCTGCTATGCTGGATCGAGTAGTTGGGAT 1595
Query 1609 GGTTGAAAGAGATAAAAACCATACATGCATAATTTCTTGGTCACTGGGAAATGAGGCTGG 1668
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1596 GGTTGAAAGAGACAAAAACCATACATGCATAATTTCTTGGTCACTTGGAAATGAGGCTGG 1655
Query 1669 CTATGGGCCTAATCATTCTGCTATGGCAGGTTGGATTAGGGAAAAGGACCCCTCACGGCT 1728
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1656 CTATGGGCCCAATCATTCTGCCATGGCAGGTTGGATTAGGGAAAAGGACCCCTCACGGTT 1715
Query 1729 GGTGCATTATGAGGGTGGTGGTTCCAGAACAAGTTCTACTGATATAGTCTGCCCTATGTA 1788
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 GGTGCACTATGAAGGTGGTGGTTCCAGAACAAGTTCTACAGATATAGTCTGCCCTATGTA 1775
Query 1789 CATGCGGGTTTGGGACATCATCAAGATTGCACTTGATCAAAATGAATCACGGCCATTGAT 1848
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1776 CATGCGGGTTTGGGACATCATCAAGATTGCACTTGATCAAAATGAATCACGGCCGTTGAT 1835
Query 1849 ATTATGCGAGTATCAACATGCTATGGGTAACAGCAACGGGAATATAGACGAGTACTGGGA 1908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1836 ATTATGCGAGTATCAACATGCTATGGGTAACAGCAACGGGAATATAGATGAGTACTGGGA 1895
Query 1909 GGCAATTGACAATACCTTTGGCCTGCAAGGAGGTTTCATATGGGACTGGGTTGACCAGGG 1968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1896 GGCAATTGACAATACCTTTGGCCTGCAAGGAGGTTTCATATGGGACTGGGTTGACCAGGG 1955
Query 1969 GCTATTGAAACTGGGGTCAGATGGCATTAAGCGTTGGGCATATGGAGGGGACTTTGGTGA 2028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 GCTATTGAAACTGGGGTCAGATGGCATTAAGCGTTGGGCATATGGAGGGGACTTTGGTGA 2015
Query 2029 CCAGCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTCAATGGGCTTATATGGCCTGACCGAACTCCTCA 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 CCAGCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTCAATGGGCTTATATGGCCTGACCGAACTCCTCA 2075
Query 2089 TCCAGCACTTCATGAGGTTAAGCATTGCTATCAGCCAACCAAGGTTTCATTGACGGATGG 2148
||||||||| ||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 TCCAGCACTCCATGAGGTTAAGCATTGTTACCAACCAATCAAGGTTTCATTGACGGATGG 2135
Query 2149 CTTGATAAAGGTTGCAAACACTTACTTTTTCCACACAACAGAAGAATTGGAGTTTAGTTG 2208
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2136 CATGATAAAGGTTGCAAACACTTACTTTTTCAACACAACAGAAGAATTGGAGTTTAGCTG 2195
Query 2209 GAAAATTCATGGGGATGGTCTTGAACTTGGATCTGGAACTCTCTCTATTCCTGTGATAAA 2268
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2196 GACAATTCATGGGGATGGTCTTGAACTTGGATCTGGGACTCTCTCTATTCCTGTGATAAA 2255
Query 2269 GCCACAAAATAGTTTTGAGATAGAGTGGAAGTCAGGTCCATGGTTTTCCTTCTGGAATGA 2328
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2256 GCCACAAAATAGTTTTGAGATGGAGTGGAAGTCAGGTCCATGGTTTTCTTTCTGGAATGA 2315
Query 2329 CTCAAATGCTGGAGAATTGTTTCTGACAATAAATGCCAAGCTTCTAAATCCTACTCGTTC 2388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2316 CTCAAATGCTGGAGAATTGTTTCTGACAATAAATGCCAAGCTTTTAAATCTTACTCGTTC 2375
Query 2389 GCTTGAAGCTGGTCATCTTTTGTCTTCAACGCAGATTCCTTTACCAGCAAAGAGACAAAT 2448
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2376 GCTTGAAGCCGGTCATCTTTTGTCTTCAACGCAGATTCCTTTACCAGCAAAGGGACAAAT 2435
Query 2449 AATACCGCAGGCGATAAAAAAGACAGACACTATTATCACTTGTGAAACTGTTGGAGATTT 2508
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2436 AATACCGCAGGCGATAAAAAAGACAGACACTAGTATCACTTGTGAAACTGTTGGAGATTT 2495
Query 2509 CATTAAGATCAGCCAGCAAGATTCATGGGAGCTAATGATAAATGTCCGAAAAGG-AGCTA 2567
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||
Sbjct 2496 CATTAAGATCAGCCAGAAAGATTCATGGGAGCTAATGGTAAATGTCCGAAAAGGGA-CTA 2554
Query 2568 TTGAAGGTTGGAAGATTCAAGGAGTTCTCCTTATGAAGGAAGCTATACTGCCATGCTTTT 2627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 TTGAAGGTTGGAAGATTCAAGGAGTTCTCCTTATGAACGAAGCTATACTGCCATGCTTTT 2614
Query 2628 GGCGAGCACCTACAGACAATGATAAAGGTGGAGGTGACTCTAGTTATTTTTTGAGGTGGA 2687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2615 GGCGAGCACCTACAGACAATGATAAAGGTGGAGGTGACTCTAGTTATTTTTCGAGGTGGA 2674
Query 2688 AAGCAGCACAGTTGGATAATGTGGAGTTCCTTGTTGAAAGCTGTTCAGTGAAGAGCATCA 2747
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2675 AAGCGGCACAGTTAGATAATGTGGAGTTCCTTGTTGAAAGCTGTTCAGTAAAGAGCATCA 2734
Query 2748 CTGATAAAGCCGTAGAGATAGAGTTCATTTACCTTGGTTCTTCAGCTTCTGGCTCTTCAA 2807
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 CTGATAAATCCGTAGAGATAGAGTTCATTTACCTTGGTTCTTCAGCTTCTGGCTCTTCAA 2794
Query 2808 AGACAGATGCCTTATTCAAAGTCAATGTTACATATCTGATCTATGGTTCCGGAGATATCA 2867
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 AGTCAGATGCCTTATTCAAAGTCAATGTGACATATCTGATCTATGGTTCCGGAGATATCA 2854
Query 2868 TCACCAATTGGTCTGTAGAACCAAACTCTGATCTTCCACCGCTACCACGTGTAGGTATAG 2927
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 TCACCAATTGGTTTGTAGAACCAAACTCTGATCTTCCACCGCTACCACGTGTAGGTATAG 2914
Query 2928 AATTTCACATTGAAAAAACACTGGACCGTGTAGAATGGTATGGCAAAGGTCCATTTGAGT 2987
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2915 AATTCCACATTGAAAAAACACTGGACCGTGTAGAATGGTATGGCAAAGGTCCATTTGAGT 2974
Query 2988 GTTACCCAGACCGAAAAGCAGCAGCCCATGTGGCCATATATGAACACAATGTTGGAGACA 3047
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2975 GTTACCCAGACCGAAAAGCAGCAGCCCATGTGGCGATATATGAACACAATGTTGGAGACA 3034
Query 3048 TGCATGTCCCTTATATTGTTCCAGGAGAAAGTGGTGGTAGAACAGATGTTAGGTGGGTGA 3107
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3035 TGCATGTCCCTTATATTGTTCCAGGAGAAAATGGAGGTAGAACAGATGTTAGGTGGGTAA 3094
Query 3108 CATTCCGAAACAAAGATGGTGTAGGAATATATGCTTCAACATATGGTAACTCTTCCCCAA 3167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 3095 CATTCCGAAACAAAGATGGTGTAGGAATATATGCTTCAACATATGGTAGCTCTTCTCTAA 3154
Query 3168 TGCAGATGAATGCTAGTTACTATACAACAGGTGAGCTTAATCGTGCAACGCATGAAGAGG 3227
|||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 3155 TGCAAATGAATGCTAGTTATTATACAACCGGTGAGCTTCACCGTGCAACGCATGAAGAGG 3214
Query 3228 ATCTTATCAAAGGACAAAACATTGAGGTGCATCTGGACCACAAACACATGGGTCTTGGGG 3287
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3215 ATCTTATCAAAGGACAAAACATCGAGGTGCATCTGGACCACAAACACATGGGTCTTGGGG 3274
Query 3288 GAGATGATAGCTGGACTCCATGTGTTCACGATAAGTATCTGATTCCACCCAAACCA-TAT 3346
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || | |||
Sbjct 3275 GAGATGATAGCTGGACTCCATGTGTTCACGATAAGTTTCTGATTCCGCCTGCAC-AGTAT 3333
Query 3347 TCATTCTCTCTAAGGTTGTGCCCAATTACTGCATCCACTTCGG-TCTTGGACATCTACAA 3405
|| || ||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||
Sbjct 3334 TCGTTTTCTCTCAGGCTATGCCCAATTACTGCATCCACCTCGGGT-TTGAACATCTACAA 3392
Query 3406 GGACCAACTTCCCTGCTAGAAATATCTTCTTGCCTATAAGTTGAATGCTATAACAACAAC 3465
||| ||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3393 GGATCAACTCCCCTGCTAGAAATCTGTTCTTGCATATAAGTTGAATGCTATAA-A-CAAC 3450
Query 3466 TAGACTT-GAGAGTGTTGCAATGTTTCTAAGTTAGATTCCTCAAGTGAAAAA-------C 3517
||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |
Sbjct 3451 TAGACTTAGTGAGTCTTGCAATGTTTCTAAGTTTGATTTCTCAAATGAAAAAAAAAAAAC 3510
Query 3518 CTAAATAAACTGAAACATTCGATTC 3542
|||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 3511 CTAA-TAAACTAAAACATTCGATTC 3534
Score = 267 bits (144), Expect = 7e-70
Identities = 157/163 (96%), Gaps = 1/163 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 69 TCCGTAAATTCACAGCTAGT-AAGTAAGTAAGCATGGTTTCGTTAGCGACCCAAATGATT 127
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 16 TCCTTAAATTCACAGCTAGTAAAGTAAGTAAGCATGGTTTCGTTAGCGACCCAAATGATT 75
Query 128 CTTCCTTCCGAAAATGGGTATAGAGTTTGGGAGGATCAGACCCTTTTCAAGTGGCGCAAG 187
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 76 CTTCCATCTGAAAATGGGTATAGAGTTTGGGAGGATCAGACCCTTTTCAAATGGCGTAAG 135
Query 188 AGAGATCCTCATGTCACCTTGCGTTGCCATGAATCCGTCCAAG 230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 136 AGAGATCCTCATGTCACCTTGCGTTGCCATGAATCCGTCCAAG 178
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 176386971588
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5