BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485917
Length=2793
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G54980.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4460 0.0
> AT3G54980.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:20370234-20373069 FORWARD LENGTH=2836
Length=2836
Score = 4460 bits (2415), Expect = 0.0
Identities = 2677/2804 (95%), Gaps = 15/2804 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTCTCTGCTGAAGATAGTT--GAG-AGAACC-CAAAAAGATGAGATCTTTATTGGGTT 56
||||||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 20 TTTTCTCTGCTGAAGATAGTTGAGAGAAGAACCTC-GAAAGATGAGATCTTTATTGGTTT 78
Query 57 TTAGAAAAATCCCTTCGGGGCTTCGCCTTCGTTGCTTGAGAAACAATAAACCCTTTTGTT 116
|||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 79 TTAGAAAAATCCCTTCACGGATTCGTCTTCGTAACTTGAGAAACAATAAACCCTTTTGTT 138
Query 117 CACAGTCTCGA-TTTCCTC-AAGAATCTGAGAATCCAAGTCAAGAGCAGAG---ACTAGT 171
||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 139 CACAGTCTC-AGTTTCC-CAAAGAATCTGAGAATCCAAGTCAAGAGCAGAGACTACTAGT 196
Query 172 TTGCGGATCCACTTCTGAAGAAAACCCAGTTACCTCCAAAGTGAGTCTTTTGGCTGCTAA 231
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 197 TTACGGATCCACTTCTGAAGAAAACCCAGTTACCTCCAAAGTGAGTCTTTTGTCTGCGAA 256
Query 232 GCCTGAACAGAAGGACGATGCATCTGTAATCGACGTTCTTCTCAATCGCAGGAACAACCC 291
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 257 GCCTGAACAGAAGGACGATGCATCTGTAATCGATGTTCTTCTCAATCGCAGGAACAACCC 316
Query 292 AGAAGCTGCTCTTCGTTTCTATAATTGGGCTAGACCATGGCGTGGAAGTTTTGAAGATGG 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 317 AGAAGCTGCTCTTCGTTTCTATAATTGGGCTAGACCATGGCGTGGAAGTTTTGAAGATGG 376
Query 352 TGACGTCTTCTGGGTACTCATTCATATTCTGGTTACTTCTCCTGAGACCTATGGACGCGC 411
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 377 TGACGTCTTCTGGGTACTCATTCATATTCTGGTCAGTTCTCCTGAGACCTATGGACGTGC 436
Query 412 AAGCGATTTGCTCATACGGTACGTTTCTACGAGCAATCCAACTCCAATGGCAAGTGTTTT 471
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 AAGTGATTTGCTCATACGGTACGTTTCTACGAGCAATCCAACTCCAATGGCAAGTGTTTT 496
Query 472 GGTCAGTAATTTGGTGGATTCGGCGAAGTTGTTTGGGTTTGAAGTCAATTCACGAGCTTT 531
||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 GGTCAGTAAATTGGTGGATTCGGCGAAATCATTTGGGTTTGAAGTCAATTCACGAGCTTT 556
Query 532 TAATTACTTGTTGAATGCTTATTCCAAAGATAGGCAAACGGATTGTGCGGTGGATATCGT 591
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 557 TAATTACTTATTGAATGCTTATTCTAAAGATAGGCAAACGGATCATGCGGTGGATATCGT 616
Query 592 CAATCAGATGTTGGAACTAGGTGTGATTCCATTTGTTCCATATGTGAATAGGACCTTGAG 651
||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 CAACCAGATGTTGGAACTAGATGTGATTCCATTTTTTCCATATGTGAATAGGACCTTGAG 676
Query 652 TGCTTTAGTTCAAAGGAATTCGTTAACTGAAGCTAAGGAACTCTACAGTAGGATGGTTGC 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 TGCTTTAGTTCAAAGGAATTCGTTAACTGAAGCTAAGGAACTCTACAGTAGGATGGTTGC 736
Query 712 CATTGGTGTTGATGGTGATAATGGCACAACGCAATTGTTAATGCGAGCTAGTTTGAGAGA 771
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 737 CATTGGTGTTGATGGTGATAATGTAACAACGCAATTGTTAATGAGAGCTAGTTTGAGAGA 796
Query 772 AGAGAAGCCTGCGGAGGCTTTGGAGGTTTTTAGTAGAGCTATTGAGAGAGGAGCAGAACC 831
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 797 AGAAAAGCCTGCGGAGGCTTTGGAGGTTTTAAGTAGAGCTATTGAGAGAGGAGCAGAACC 856
Query 832 GGATAGTTTACTGTATAGTCTTGCTGTTCAGGCTTGTTGCAAGACGCTCAATTTGGCTAT 891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 857 GGATAGTTTACTGTATAGTCTTGCTGTTCAGGCTTGTTGCAAGACGCTTGATTTGGCTAT 916
Query 892 GGCTAATAGTTTATTGAGAGAGATGAAGGAGAAGAAGTTGTGTGTCCCGTCGCAGGAAAC 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 917 GGCTAATAGTTTATTGAGAGAGATGAAGGAGAAGAAGTTGTGTGTCCCGTCGCAGGAAAC 976
Query 952 GTATACTTCTGTGATTTTGGCTTCCGTGAAGCAAGGTAACATGGAGGATGCAATTAGATT 1011
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 977 TTATACTTCTGTGATTTTGGCTTCTGTGAAGCAAGGTAATATGGATGATGCAATTAGATT 1036
Query 1012 GAAGGATGAGATGGTGAGTGATGGGATATCGATGAATGTAGTTGCTGCGACAAGTCTGAT 1071
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1037 GAAGGATGAGATGTTGAGTGATGGGATATCGATGAATGTAGTTGCTGCGACGAGTCTGAT 1096
Query 1072 CACGGGACACTGCAAGAACAATGACTTGGGTAGTGCTTTGGATTTGTTTTATAAGATGGA 1131
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1097 CACGGGACACTGCAAGAACAATGACTTGGTTAGTGCTTTGGTTTTGTTTGATAAGATGGA 1156
Query 1132 AAAGGAAGGCCCCTCTCCAAACAGCGTTACTTTTTCGGTTCTGATAGAACGGTTTAGTAA 1191
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1157 AAAGGAAGGCCCCTCTCCGAACAGCGTTACTTTTTCGGTTCTGATAGAATGGTTTCGTAA 1216
Query 1192 GAACGGGGAAATGGAAAAGGCGCTTGAATTCTACAAGAAAATGGAAAGT-TTAGGTCTTA 1250
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1217 GAACGGGGAAATGGAAAAGGCGCTTGAATTTTACAAGAAAATGGAA-GTCTTAGGTCTTA 1275
Query 1251 CTCCTTCTGTCTTTCATGTCCACACGATAATCCAAGGGTGGTTGAAAGGTCAGAAACATG 1310
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 CTCCTTCTGTCTTTCATGTCCACACGATAATTCAAGGGTGGTTGAAAGGTCAGAAACATG 1335
Query 1311 AAGAGGCACTGAAACTCTTTGACGAGTCTTTTGAAACCGGTCTTGCAAACGTGTTCATTT 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1336 AAGAGGCACTGAAACTCTTTGACGAGTCTTTTGAAACCGGTCTTGCAAACGTGTTTGTAT 1395
Query 1371 GTAACACTATATTATCCTGGTTATGCAAGCAAGGTAAGATAGACGAAGCTACGGAGTTAT 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1396 GTAACACTATATTATCCTGGTTATGCAAGCAAGGTAAGACAGACGAAGCTACAGAGTTAT 1455
Query 1431 TAAGGAAGATGGAAAGTAGAGGTATTGGACCGAATGTTGTTTCTTACAATAATGTGATGC 1490
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1456 TAAGCAAGATGGAAAGTAGAGGTATTGGACCGAATGTAGTTTCTTACAATAACGTGATGC 1515
Query 1491 TTGCCCATTGCAGAAAGAAAAACATGGACTTGGCTCGTACTGTTTTTTCAAATATGCTGG 1550
||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1516 TTGGCCACTGCAGACAGAAAAACATGGACTTGGCTCGTATTGTTTTTTCAAATATACTGG 1575
Query 1551 AAAAGGGTCTAAAGCCGAATAACTACACGTATTCCATTCTGATTGATGGATGTTTCAAGA 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1576 AAAAGGGTCTAAAGCCGAATAACTACACGTATTCCATTCTGATTGATGGATGTTTCAGGA 1635
Query 1611 ATCATGATGAACAAAACGTTTTGGAAGTCGTCAATCAAATGACTTCTTCCAATATTGAAG 1670
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 ATCATGATGAACAAAACGCTTTGGAAGTCGTCAATCATATGACTTCTTCCAATATTGAAG 1695
Query 1671 TCAACGGGGTTGTATACCAAACAATTATCAATGGTTTATGCAAAGTTGGTCAGACATCCA 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 TCAACGGGGTTGTATACCAAACAATTATCAATGGTTTATGCAAAGTTGGTCAGACATCCA 1755
Query 1731 AAGCAAGAGAACTGTTGGCAAATATGATCGAAGAAAAACGGTTTTGTGTTAGTTGCATGA 1790
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1756 AAGCAAGAGAATTGTTGGCAAATATGATCGAAGAAAAACGGTTATGTGTTAGTTGCATGA 1815
Query 1791 GTTACAATAGCATTATAGATGGATTTATCAAAGAAGGTGAAATGGATTATGCGGTTGCAG 1850
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1816 GTTACAATAGCATTATAGATGGATTTTTCAAAGAGGGTGAAATGGATTCTGCGGTTGCAG 1875
Query 1851 CATACGAAGAGATGTGTGCCAATGGTATTTCTCCAAACGTCATAACTTATACCAGCTTGA 1910
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1876 CATACGAAGAGATGTGTGGCAATGGTATTTCTCCAAACGTCATAACTTATACCAGCTTGA 1935
Query 1911 TGGATGGGTTATGCAAAAATAACAGAATGGATCAAGCATTGGAAATGAGAGACGAAATGA 1970
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 TGAATGGGTTATGCAAAAATAACAGAATGGATCAAGCATTGGAAATGAGAGACGAAATGA 1995
Query 1971 AGAACAAAGGTGTCAAACTCGATATTCCAGCTTATGGTGCTCTTATCCATGGGTTCTGCA 2030
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1996 AGAACAAAGGTGTCAAACTCGATATTCCAGCCTATGGTGCTCTTATCGATGGGTTCTGCA 2055
Query 2031 AAAAGAGTAACATGGAAAGCGCATCTGCTCTGTTCTCTGAACTCCTTGAAGAAGGATTGA 2090
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 AAAGGAGTAACATGGAAAGCGCATCTGCTCTGTTCTCTGAACTCCTTGAAGAAGGATTGA 2115
Query 2091 ATCCAAGCCAACCTGTGTACAACAGCTTGATTTCTGGATTTCGTAATTTGGGAAACATGG 2150
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2116 ATCCAAGCCAACCTATATACAACAGCTTGATTTCTGGATTTCGTAATCTGGGAAACATGG 2175
Query 2151 TAGCAGCCCTTGATTTGTACaaaaaaaTGTTGAAAGACGGTCTACGATGTGATCTGGGTA 2210
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176 TAGCAGCCCTTGATTTGTACAAGAAAATGTTGAAAGACGGTCTACGATGTGATCTGGGTA 2235
Query 2211 CATATACAACACTGATTGATGGATTGTTGAAAGAAGGAAATTTGATCCTGGCCTCTGATT 2270
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2236 CATATACAACACTGATTGATGGATTGTTGAAAGATGGAAATTTGATCCTGGCCTCTGAGT 2295
Query 2271 TGTACACAGAAATGCAGGCAGTGGGTCTTGTCCCTGATGAAATCATGTACACAGTAATTG 2330
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2296 TGTACACAGAAATGCAGGCGGTGGGTCTTGTCCCTGATGAAATCATTTACACAGTAATTG 2355
Query 2331 TAAACGGTCTTAGCAAGAAGGGACAGTTTGTAAAAGTGGTTAAGATGTTTGAGGAGATGA 2390
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 TAAACGGTCTTAGCAAGAAGGGGCAGTTTGTAAAAGTGGTTAAGATGTTTGAGGAGATGA 2415
Query 2391 AGAAGAATAATGTGACTCCAAATGTTCTTATCTACAACGCGGTGATCGCAGGACATTATA 2450
||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2416 AGAAGAATAATGTCACTCCGAATGTCCTTATCTACAACGCGGTGATTGCCGGACATTATA 2475
Query 2451 GAGAAGGAAATCTCGATGAGGCTTTTAGACTTCACGATGAGATGCTTGACAAGGGTATTC 2510
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2476 GAGAAGGAAATCTCGATGAGGCTTTTAGACTTCACGATGAGATGCTTGACAAGGGTATTT 2535
Query 2511 TACCTGATGGTGCTACATTTGATATTCTAGTTAGTGGGAAAGTCGGAAAATTTCAACCTA 2570
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||
Sbjct 2536 TACCCGATGGTGCTACATTTGATATTCTAGTTAGTGGGCAAGTCGGAAACCTCCAACCTG 2595
Query 2571 TACGTGCAGCAAGTTTGTAGTCTGGCAAAACCGGGCCACGTTATTGACTGGTTACTTAGC 2630
|||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||| | |||||||
Sbjct 2596 TACGTGCAGCAAGTTTGTAGTCTGCCAAAACCAGACCACATTATTGACTGATGACTTAGC 2655
Query 2631 TTTGGCTTTCCGTGTGACCC-GATAATCTGACTGCTTAAGGTGTGCACTTTTCAATTTGC 2689
||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2656 TTTGGCTTTTCGTGAGACCCCGATAATATGACTGCTTAAGGTGTGCACTTTTCATTTTGC 2715
Query 2690 ACGGTTTTAGTATGGATGTTTTTATTCATGAAAGAGGGAGACTTTATAGACTTTCTGTAA 2749
|||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2716 ACGGTTGTAGTATAAATGTTGTTATTCATGAAAGAGGGAGACTCTATAGACTTTCTGTAA 2775
Query 2750 AGAAACTAAGAACTGCCTTCTGTTTTTGTCAATTTTATAAAACA 2793
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2776 AGAAACTAAGAAGGGCCTTCTGTTTTTGTCAATTTTATAAAACA 2819
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138761764338
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5