BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg486043
Length=2946
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G56040.1 | Symbols: UGP3 | UDP-glucose pyrophosphorylase 3 |... 4747 0.0
> AT3G56040.1 | Symbols: UGP3 | UDP-glucose pyrophosphorylase 3
| chr3:20792477-20797572 REVERSE LENGTH=2954
Length=2954
Score = 4747 bits (2570), Expect = 0.0
Identities = 2824/2949 (96%), Gaps = 8/2949 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATATGCTTGGAGTATCTCTCCTTATCCCTCCTTGGGGTTCTCTTCAAAACCCCTTCTTCC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 ATATGCTTGGAGTATCTCTCCTTATCCCTCCTTGGGGTTCTCTTCAAAACCCCTTCTTCC 62
Query 61 TTCTCCTTCTCTAACCATCTTCTTCGCCATGGCTAATCCTCAAGCTTCTCCCATTCTCCA 120
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 63 TTCTCCTTCTGTAACCATCTTCTTCACCATGGCTAATCCTCAAGCTTCTCCAATTCTCCA 122
Query 121 TCACCCCCAAAATCACCTCTCTCTCTTCCACTTTCGTACTACTACATCTCCTCGCTCCTT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 123 TCACCCCCAAAATCACCTCTCTCTCTTCCACTTTCGCACTACAACATCTCCTCGCTCCTT 182
Query 181 CAGCTCTCTGCATTTCAGAAAACCTCTGCTCTTTCTCCCTTCTTCTTCTTCATTTTCCTC 240
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 183 CAGCTCTCTGCATTTCAGAAAACCACTCCTCTTTCTCTCTTCTTCTTCGTCATTTTCCTC 242
Query 241 GAAATTACAGCAGAGCGAGCAGCAATGTGACAATCACCAGGTGAGACACGTGTCCACCGT 300
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GAAATTACAGCAGAGCGAGCAGCAATGTAATAATCACCAGGTGAGACACGTGTCCACCGT 302
Query 301 ACCTGTCGAGTATTCCACTCCGACTCCTCCTGAATCCGACGATTTCTTATCGGAAATCGA 360
||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 ACCTGTCGAGTATTCTACACCGACTCCTCCGGAATCCGACGATTTCTTATCGGAAATCGA 362
Query 361 TCGGCTTAACTCTCTCCGT-GCGAAACTAGACGTTTCCAAGGATTTACGCCGGAAGGACG 419
||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 363 TCGGCTTAAGTCTCTCC-TATCGAAACTAGACGTTTCCAAGGATTTACGAAGGAAGGACG 421
Query 420 CGGTTATCGACGCTGATTCCAGAGTTCGTCGATTCTTCAGCGAGAATCGAGGCGGTTTAT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 CGGTTATCGACGCTGATTCCAGAGTTCGTCGATTCTTCAGCGAGAATCGAGGCGGTTTAT 481
Query 480 CTCAGGTTTTAGGTTCA-CTTGGTTTGAATTCGAAAGAGATGTTTCTCGTTAAGTGTGTT 538
|| ||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 CTAAGGTTTTTGGTT-ATCTTGGTTTGAATTCGAATGAGATGTTTCTCGTTAAGTGTGTT 540
Query 539 ATCGCGGCGGGGCAAGAACATGCTCTATGTATGAATTACGAGGAAGCATTTGAACAAGAG 598
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||
Sbjct 541 ATCGCGGCGGGGCAAGAACACGCTCTATGTATGAATTATGAGGAAGCATTTGGAGAAGAA 600
Query 599 GAGGAAGAGTATACAGTGAGAAGTTCGGTGAAGAACGCGCTCTACGCATTGGTGGAGATG 658
||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAGGAGGAGTATACAGTGAGAAGCTCAGTGAAGAACGCACTTTACGCATTGGTGGAGATG 660
Query 659 ATTGAGCGATTCGATGTGAATAGTAGCGGCTATAAAGGTAGAAGAGAGATTGGTACAGTT 718
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 ATTGAGAGATTCGATGTGAATAGTAGCGGCTATAAAGGTAGAAGAGAGATGGGTACAGTT 720
Query 719 TTAGATGCAGAGGAGATTTCTCACTTTAGAAAATTCTTGACATTTCTGGAAGAAATTGAA 778
|||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTAGATTCAGAGGAGATTGCTCATTTTAGAAAATTCTTGACGTTTCTGGAAGAAATTGAA 780
Query 779 CAGTTCTACGACTGCATTGGAGGAATCATCGGATATCAGGTTATGGTTCTTGAGCTTCTT 838
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CAGTTCTACGACTGCATTGGAGGAATCATTGGATATCAGGTTATGGTTCTTGAGCTTCTT 840
Query 839 CATCAATCATCTAAGAGACGTAATACTAACCGGTCACATCTTGTTGAAGAATCCTTGGGT 898
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 841 CATCAGTCATCTAAGAGACGTAATACTAACCGGTCACAACTTGTTGAAGAATCATTGGGT 900
Query 899 TGCCAGTACTTAGAAATGCATACTCCTAGTGTTCTTGACCTCACTCAGAAGGCAGATTAT 958
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||
Sbjct 901 TGCCAGTATTTAGAAATGCATACTCCTAGTGTTCTTGATCTCACTCAGGAGGAAGATTAT 960
Query 959 GCCTCGCAGGCGGCAATATGGGGAATTGAGGGATTGCCAGACCTAGGTGAAATATATCCC 1018
|| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GCTTCACAGGCGGCTCTGTGGGGAATTGAGGGATTGCCAGACCTAGGTGAAATATATCCC 1020
Query 1019 CTAGGAGGTGCAGCAGACAGACTAGGTTTGGTTGATTCAGAAACAGGAGAATGCCTTCCT 1078
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 CTAGGAGGTGCTGCAGACAGACTAGGTTTGATTGATTCAGAAACTGGAGAATGCCTTCCT 1080
Query 1079 GCAGCAATGCTTGCTCATTGTGGACGAACTTTGTTGGAAGGACTTATTAGAGATCTTCAG 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCAGCAATGCTTGCTCATTGTGGACGAACTTTGTTGGAGGGACTTATTAGAGATCTTCAG 1140
Query 1139 GCTAGAGAGTTTCTTTACTTCAAACTTTATGGAAAGCAATGTGTCACACCTGTTGCCATT 1198
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GCTAGAGAGTTCCTTTACTTCAAACTTTATGGAAAGCAATGTGTCACACCTGTTGCCATT 1200
Query 1199 ATGACAAGTGCTGCAAAGAACAACCATGAGCATGTAAGTTCCCTTTGTGAAAGGCTCAAA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1201 ATGACAAGTGCTGCAAAGAACAACCATGAGCATGTAAGTTCGCTTTGTGAAAGGCTTAAA 1260
Query 1259 TGGTTTGGAAGAGGTCAATCAAATTTCAGACTCTTTGAACAGCCTCTCGTCCCAGCTGTC 1318
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGGTTTGGCAGAGGTCAATCAAATTTCCGACTCTTTGAACAGCCTCTCGTCCCAGCTGTC 1320
Query 1319 AGTGCTGAAGATGGTCAATGGATAGTATCAAAGCCCTATGTGCCAGTTAGTAAACCTGGT 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGTGCTGAAGATGGTCAATGGATAGTATCAAAGCCCTTTGTTCCAGTTAGTAAACCTGGT 1380
Query 1379 GGTCATGGTGTGATTTGGAAATTGGCTTATGACAAAGGTGTCTTTAACTGGTTTTACGAT 1438
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GGTCATGGTGTAATTTGGAAATTGGCTTATGACAAAGGTGTCTTTAACTGGTTTTACGAT 1440
Query 1439 CATGGAAGAAAGGGAGCAACTGTTAGGCAAGTTAGTAACGTTGTGGCTGCCACAGATGTT 1498
||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1441 CATGGAAGAAAAGGAGCAACCGTTCGGCAAGTTAGTAACGTTGTGGCTGCTACAGATGTT 1500
Query 1499 ACCCTCTTGGCCCTTGCTGGGATTGGCTTACGGTACAATAAGAAACTTGGGTTTGCATCC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ACCCTCTTGGCCCTTGCTGGGATTGGCTTACGGTATAATAAGAAACTTGGGTTTGCATCC 1560
Query 1559 TGTAAAAGGAATGCTGGAGCAACTGAAGGGATTAATGTATTGATGGAGAAGAAGAATTTC 1618
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TGTAAAAGGAATGCTGGAGCAACCGAAGGGATTAATGTTTTGATGGAGAAGAAGAATTTC 1620
Query 1619 GATGGGAAGTGGGAATATGGTATATCGTGCATTGAGTACACAGAATTTGATAAATTCGGA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1621 GATGGGAAGTGGGAATATGGTATATCGTGCATTGAGTACACAGAATTTGATAAATTC-GA 1679
Query 1679 -ATCTCCAACAGATCACCTTCTTCAAATGGTTTGCAGGCTGATTTCCCGGCCAATACAAA 1737
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1680 TATCTCCAACAGATCACCTTCTTCAAATGGTTTGCAGGCTGATTTTCCTGCCAATACAAA 1739
Query 1738 CATTCTATATGTAGACTTACATTCTGCCGAGTTAATTGGGTCGAGCAGTAATGCAAAAAG 1797
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1740 CATTCTATATGTAGACTTACATTCGGCCGAGTTAATTGGGTCAAGCAGTAATGCAAAAAG 1799
Query 1798 TTTGCCAAATATGGTTCTCAATACAAAGAAGCGAATTGAGTACATTGATCAGTATGGAGA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1800 TTTGCCAAATATGGTTCTCAATACAAAGAAGCGAATTGAGTACCTTGATCAGTATGGAGA 1859
Query 1858 CTATCACAGCGTTTTGGGTGGTAGATTGGAATGCACGATGCAAAACATAGCAGACAAttt 1917
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1860 CTATCACAGCGTTATGGGTGGTAGATTGGAATGCACGATGCAAAACATAGCAGACAACTT 1919
Query 1918 ttttAATAAGTTTCCATCTAGATGCCAGGGCAGTCTAGAAGACAAACTGGATACATATAT 1977
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTTTAATAAGTTTCCATCTAGATGCCACGGCAGTCTAGAAGACAAACTGGATACATATAT 1979
Query 1978 TGTATACAACGAACGAAGAAGGGTCACTTCATCAGCTAAGAAGAAGAAACCACATGCAAG 2037
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1980 TGTGTACAACGAACGAAGAAAGGTCACTTCATCAGCTAAGAAGAAGAAACCACACGCAAG 2039
Query 2038 TGCTGCATTACACCAGACTCCAGATGGTGCATTGTTAGATATACTCCGGAATGCATATGA 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2040 TGCTGCATTACACCAGACTCCAGATGGTGCATTGTTGGATATACTCCGGAATGGATATGA 2099
Query 2098 CCTCCTTACGGAGTGTGATATTAAACTCCCCATGATTGAAGCTAATGATAAATATGTTGA 2157
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CCTCCTTACGGAGTGTGATATCAAACTCCCCATGATTGAAGCTAATGATAAATATGTTGA 2159
Query 2158 TTCCCCACCTCCGTATCTCATTCTTCTGCATCCTGCCCTCGGCCCTCTTTGGGAAGTTTC 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TTCCCCACCTCCGTATCTCATTCTTCTGCATCCTGCCCTCGGCCCTCTTTGGGAAGTTTC 2219
Query 2218 GAGACAGAAATTCAAGGGAGGGTCTATTTCCAGTTGCTCAGAACTGCAACTAGAGATTGC 2277
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GAGACAGAAATTCAAGGGAGGGTCCATTTCCAGTTGCTCAGAACTGCAACTAGAGATTGC 2279
Query 2278 AGAGTTCTCATGGAACAATGTTCAGGTTGATGGTAGCTTGATCATCACTGCTGAAAATGC 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2280 AGAGTTCTCATGGAACAATGTTCAGGTTGATGGTAGCTTGATCGTTACTGCTGAAAATGC 2339
Query 2338 CATGGGTTCAACAACACCTAACGATAATGGTGAACCAATATTACAATACGGATTAAGGTG 2397
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2340 CATGGGTTCAACAACACCTAATGATAATGGTGAACCAATATTGCAATACGGGTTAAGGTG 2399
Query 2398 TGGTAAGTGTAAACTGCATAATGTCAAGGTAGTGAACCGAGGAATCGATTGGAACAGTAA 2457
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TGGTAAGTGTAAACTGCATAACGTGAACGTAGTGAACCGAGGAATCGATTGGAACAGTAA 2459
Query 2458 ATCAAATGTTTACTGGAGAAACGATGTGAACCGGCTTGAGACTTGTAAAATCATACTCCA 2517
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2460 ATCAAATGTTTACTGGAGAAACGATGTGAACAGGCTTGAGACCTGTAAAATCATACTGCA 2519
Query 2518 CGGAAATGCAGAATTCGAAGCCAGCAATGTAACTATAGAGGAAAACCATGTTTTTGAAGT 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2520 CGGAAATGCAGAATTCGAAGCCAGCAATGTAACTATAGAGGGACACCATGTTTTTGAAGT 2579
Query 2578 ACCCGACGGTCACAAACTTAAGATCACACCAGGAAATGCAGGTTTAAGCATCAACTTGGA 2637
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 ACCCGACGGTCACAAACTGAAGATCACATCAGGAAATGCAGGTTTAAGCATCAACTTGGA 2639
Query 2638 AGCAATGAAAGAAGAGGTAAAGGAAACAGGAAGCTGGTATTGGAACTACCAACTCAATGG 2697
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AGCACTGAAAGAAGAGGTAATGGAAACAGGAAGCTGGTATTGGAACTACCAACTCAATGG 2699
Query 2698 ATCCCACATTCATCTTCAACAAGTAGAGGTTTCACAAAACTAACCCCACCCAAATAATTG 2757
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||
Sbjct 2700 ATCCCATATTCATCTTCAACAAGTAGAGGTTTCACAAAGCTAACCCAACCCGAATAATTT 2759
Query 2758 GGAGCTAAGCCTCCCAAAGTAGAAAAAAGTTAATAACCTCTCCTTGTCTTTGAAAATAAA 2817
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2760 GGAGCTAAGCCTCCCAAAGTAGAAAAAAGTTTATTACCTCTCCTTGTCCATGAAAATAAA 2819
Query 2818 AATAGAAAGTCTACTTTGCTGTAAATGTTTGCTCCTCTGTAAATTAAACAAAACAGTTCA 2877
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 AATAGAAAGTGTAATTTGCTGTAAATGTTTGCTCCTCTGTAAATTAAACAAAACAGTTCA 2879
Query 2878 CCATCTCTATATGATGTGTTCTCTTTCATGTAAAAAGCCCGAGAATTGTACAATTCATAG 2937
|||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2880 CCATCT--ATCTGATGTGTTCTCTTTCATGAAAAAAGCTCGACAATTGTACAATTCATAA 2937
Query 2938 ATTCATACT 2946
|||||||||
Sbjct 2938 ATTCATACT 2946
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146437306617
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5