BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg486159
Length=1993
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G57150.1 | Symbols: NAP57, AtNAP57, CBF5, AtCBF5 | homologue... 3195 0.0
> AT3G57150.1 | Symbols: NAP57, AtNAP57, CBF5, AtCBF5 | homologue
of NAP57 | chr3:21153973-21156009 REVERSE LENGTH=2037
Length=2037
Score = 3195 bits (1730), Expect = 0.0
Identities = 1919/2007 (96%), Gaps = 26/2007 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCTACAACTTTTTACGCCTCCTCCTCCATTTTTCAAAACCCTAATCCAG-CCGGAGCCAT 59
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1 GCTACAACTTTTAACGCCTCCTCCTCCATTTTTCAAAACCCTAATCC-GACCGGAGCCAT 59
Query 60 GGCGGAGGTCGAAATCTCACACTCGGAGAAGAAGAAGCAAGGCAAGACGGAGAACGATGC 119
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 60 GGCGGAGGTCGACATCTCACACTCGAAGAAGAAGAAGCAAGACAAAACGGAGAACGATGC 119
Query 120 CGCCGACACCGGAGACTACATGATCAAGCCACAGAGCTTCACTCCCGCCATCGACACTTC 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 120 CGCCGACACCGGAGACTACATGATCAAGCCACAGAGTTTCACTCCAGCCATCGACACTTC 179
Query 180 TCAGTGGCCCATCCTCCTCAAGAACTACGACCTCCTCAACGTCCGTACCGGTCACTACAC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCAGTGGCCCATCCTCCTCAAGAACTACGACCGCCTCAACGTCCGTACCGGTCACTACAC 239
Query 240 TCCAATCAGCGCCGGTTACTCTCCTCTGAAGCGTCCTCTTCAAGAGTATATCAGGTACGG 299
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCCAATCAGCGCCGGTCACTCTCCTCTGAAACGTCCTCTTCAAGAGTATATCAGGTACGG 299
Query 300 TGTCATCAATCTTGATAAACCCGCGAACCCTTCTTCTCACGAGGTCGTTGCTTGGATTAA 359
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGTCATCAATCTCGATAAACCCGCGAACCCTTCTTCTCACGAGGTCGTTGCTTGGATTAA 359
Query 360 GCGTATCCTCCGTGTCGAGAAAACGGGTCACAGTGGTACTCTTGACCCGAAAGTCACTGG 419
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 GCGTATCCTCCGTGTTGAGAAAACCGGTCACAGTGGTACTCTTGACCCAAAAGTCACTGG 419
Query 420 AAACCTCATTGTCTGTATTGACCGAGCCACACGGCTTGTGAAATCGCAGCAAGGTGCGGG 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAACCTCATTGTCTGTATTGACCGAGCCACACGGCTTGTGAAATCGCAGCAAGGTGCGGG 479
Query 480 TAAAGAGTACGTTTGTGTTGCTCGGCTTCACTCTGCTGTCCCTGATGTTGCTAAAGTGGC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 TAAAGAGTACGTTTGTGTTGCTCGGCTTCACTCAGCTGTCCCTGATGTTGCTAAAGTAGC 539
Query 540 TAGAGCTCTTGAATCGCTCACTGGAGCTGTCTTTCAGAGGCCTCCTTTGATCTCTGCTGT 599
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAGAGCTCTTGAATCGCTCACTGGAGCTGTGTTTCAGAGGCCTCCTTTGATCTCTGCTGT 599
Query 600 TAAAAGACAGCTTAGAATTAGGACAATCTATGAAAGCAAGCTGCTTGAGTATGATGCTGA 659
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TAAAAGACAGCTTAGGATTAGGACAATCTATGAAAGCAAGCTGCTTGAGTATGATGCTGA 659
Query 660 TAGGCATTTGGTTGTTTTCTGGGTTTCTTGTGAGGCGGGTACTTACATTAGGACTATGTG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAGGCATTTGGTTGTTTTCTGGGTTTCTTGTGAGGCGGGTACTTACATTAGGACTATGTG 719
Query 720 TGTTCACTTGGGTTTGCTTCTTGGGGTTGGTGGGCATATGCAGGAGCTTAGGAGGGTTAG 779
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGTTCACTTGGGTTTACTTCTTGGGGTTGGTGGGCATATGCAGGAGCTTAGGAGGGTTAG 779
Query 780 GTCTGGGATTTTGGGTGAGAATGATAACATGGTTACTATGCATGATGTGATGGATGCCCA 839
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTCTGGGATTTTGGGTGAGAATAATAACATGGTTACTATGCATGATGTGATGGATGCCCA 839
Query 840 GTTTGTGTATGACAATTCCAGGGATGAGTCTTATCTTAGGAGGGTGATTATGCCTCTTGA 899
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATTTGTGTATGACAACTCCAGAGATGAGTCTTATCTTAGGAGGGTGATTATGCCTCTTGA 899
Query 900 GGTGATATTGACGAGTTACAAGAGACTTGTTGTCAAGGATTCTGCTGTGAATGCTATCTG 959
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GATGATATTGACGAGTTACAAGAGACTTGTTGTCAAGGATTCTGCTGTGAATGCTATCTG 959
Query 960 CTATGGTGCTAAGTTGATGATTCCCGGGTTGTTGAGATTCGAGAATGACATTGATGTTGG 1019
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTATGGTGCTAAGTTGATGATTCCTGGGTTGTTGAGATTCGAGAATGACATTGATGTTGG 1019
Query 1020 TACTGAAGTTGTTCTTATGACGACCAAGGGTGAGGCGATTGCTGTTGGGATTGCTGAGAT 1079
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1020 TACTGAAGTCGTTCTTATGACTACCAAGGGTGAGGCGATTGCCGTTGGGATTGCTGAGAT 1079
Query 1080 GACGACATCTGTGATGGCTACTTGTGATCACGGTGTGGTAGCTAAGATCAAACGTGTGGT 1139
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1080 GACAACATCTGTGATGGCTACTTGTGATCATGGTGTGGTAGCTAAGATCAAGCGTGTGGT 1139
Query 1140 GATGGATAGAGATACTTACCCAAGGAAGTGGGGATTGGGACCAAGGGCTTCGATGAAGAA 1199
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 GATGGATAGAGATACCTACCCGAGGAAGTGGGGATTGGGACCAAGGGCTTCTATGAAGAA 1199
Query 1200 GAAGCTAATTGCTGATGGGAAATTGGATAAGCACGGGAAGCCTAATGAGAAAACTCCGGT 1259
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1200 GAAGCTTATTGCTGATGGGAAATTGGATAAGCATGGGAAGCCTAATGAGAAGACTCCGGT 1259
Query 1260 TGAGTGGAGCAGGAATGTGGTTTTGCCTACCGGCGGAGATGCTATTATTGCTGGTGCTGC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1260 TGAGTGGAGCAGGAATGTGGTTTTGCCTACCGGTGGAGATGCTATAATTGCTGGTGCTGC 1319
Query 1320 TGCTGCTCCTGTGGAGATAAATGCTGA-GACTGAGAATGGAGAAGCAGGGGAAGCGCGTA 1378
||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGCTGCTCCTGAGGAGATAAAGGCTGACG-CTGAGAATGGAGAAGCAGGGGAAGCGCGTA 1378
Query 1379 AGCGTAAGCATGATGATAGCAGTGATAGCCCTGCTCCTGTATCAACCAAGAAATCTAAAA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGCGTAAGCATGATGATAGCAGTGATAGCCCTGCTCCTGTAACAACCAAGAAATCTAAAA 1438
Query 1439 CCAaagaagttgaaggagacgaggctgaagagaaggtaaagtcttctaagaagaagaaga 1498
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CCAAAGAAGTTGAAGGAGAAGAGGCTGAAGAGAAGGTGAAGTCTTCTAAGAAGAAGAAGA 1498
Query 1499 agaaggataagggagaggagaaagaagaggaagttgggtctgagaagaaggaaaagaaga 1558
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGAAGGATAAGGAAGAGGAGAAAGAAGAGGAAGCCGGGTCTGAGAAGAAGGAAAAGAAGA 1558
Query 1559 agaagaaagataagaaggaagaggttaaagaagaggtagcttcgccaaagtctgagaaga 1618
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1559 AGAAGAAAGATAAGAAGGAGGAGGTTATAGAAGAGGTAGCTTCACCAAAGTCTGAGAAGA 1618
Query 1619 agaagaaaaagaagagcaaggacacagaagctgctgttgactcagaagatga----g-a- 1672
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| | |
Sbjct 1619 AGAAGAAAAAGAAGAGCAAAGACACCGAAGCTGCTGTTGACGCAGAAGATGAATCAGCAG 1678
Query 1673 -agag-----tgagaagaaaaagaaaaagaaggataagaagaagaagaacaaagaCAGTG 1726
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CAGAGAAGAGTGAGAAGAAAAAGAAAAAGAAGGATAAGAAGAAGAAGAACAAAGACAGTG 1738
Query 1727 AGGATGATGAGGAATGAGATGGGTTTGTGTTATGGTGCTATTTTAAGTTTTGAACTCTTT 1786
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGGATGATGAGGAATGAGATGGGTTTGCGTTATGGTGCT-TTTTAAGTTTTGAACTCTTT 1797
Query 1787 TGATTTTGTGGTATCTATCTACTCTGGAACAAAGTGAGACAAAAGGCATTTTATGCTTGT 1846
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TGATTTTGCGGTATCTATCTACTCTGGAACAAAGTGAGACAAAAGGCATTTTATGCTTGT 1857
Query 1847 ATTCTACGTCTCACTTACGTTTACCAGTTTTTATGTTTTTGTAAGGTTAGTTTCAGTTCT 1906
|||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ATTCTACGTCTCGCTTACGTT-ACCAGATTTTATGTTTTTGTAAGGTTAGTTTCAGTTCT 1916
Query 1907 AAGCAGATTCTCCCTTTAGATATATGACTATGGtctctctctctctctctctGTTTTTGG 1966
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1917 AAGCAGATTCTCCCTTTAGTTATATGACTGTGGTCTCTCTCTCT--------GTTTTTGG 1968
Query 1967 TCTTTACCCTTCTTGTTTGTCTGTTTG 1993
||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1969 TCTTTGCCCTTCTTGTCTGTCTGTTTG 1995
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98744472015
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5