BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg486216
Length=5037
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G57660.1 | Symbols: NRPA1 | nuclear RNA polymerase A1 | chr3... 8061 0.0
> AT3G57660.1 | Symbols: NRPA1 | nuclear RNA polymerase A1 | chr3:21353746-21362814
FORWARD LENGTH=5013
Length=5013
Score = 8061 bits (4365), Expect = 0.0
Identities = 4831/5051 (96%), Gaps = 52/5051 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTCACGTTCAAACCACAGAGGTGTGTTTGAGTTTTCACCGCTCCGTATTGTTTCCC 60
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTCACGCTCAAACCACAGAGGTGTGTTTGAGTTTTCACCGCTCTTTATTGTTTCCC 60
Query 61 ATGGGAGCTTCCCAGGTGGTTGAATCTGTTAGATTCAGTTTCATGACAGAGCAAGATGTT 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATGGGAGCTTCCCAGGTGGTCGAATCTGTTAGATTCAGTTTCATGACAGAGCAAGATGTT 120
Query 121 CGAAAGCATAGTTTTCTGAAAGTTACGAGTCCTATATTACTCGATAACGTGGGCGAA-CC 179
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || ||
Sbjct 121 CGAAAGCATAGTTTCCTGAAAGTTACCAGTCCTATTTTACACGATAACGTGGGC-AATCC 179
Query 180 TTATCCTGGTGGTCTCTATGATCCTAAACTT-GGTCCTATAGAGGATAAAAAAGCTTGTG 238
|| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||| ||||| |||||||
Sbjct 180 TTTTCCTGGTGGTCTCTATGATCTTAAA-TTAGGTCCTAAAGATGATAAGCAAGCTTGCA 238
Query 239 ATACATGTGGTCAGCTCAATCTTGCTTGTCCAGGACATTGTGGTCATATCGAGCTTGTCT 298
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 ATTCATGTGGTCAGCTCAAACTTGCTTGTCCAGGACATTGTGGTCATATCGAGCTTGTCT 298
Query 299 ATCCTATTTACCATCCTTTGCTCTTCAATCTTCTTTACAATTTTTTGCAGAGGACCTGTT 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 299 TTCCTATTTACCATCCTTTGCTCTTCAATCTTCTTTTCAATTTCTTGCAGAGGGCCTGTT 358
Query 359 TCATCTGTCATCATTTTATGGCAAAACCTTACGATGTTGAAAGAGCTGTTTCTCAGCTGA 418
|| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCTTCTGTCATCACTTTATGGCAAAACCGGAAGATGTTGAAAGAGCTGTTTCTCAGCTGA 418
Query 419 AACTCATCATTAAAGGTGATATAGTTTCTGCAAAGCAATTGGAGTCCAACACTCCCACTA 478
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AACTCATCATTAAAGGTGATATAGTTTCCGCGAAGCAATTGGAGTCCAACACTCCCACTA 478
Query 479 AGTC-AGATTCTAGTGATGTAAGCTGTGAATCAGGTGTAACCACTGATTCATCCGAAGGA 537
|||| | | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 AGTCTA-AGTCTAGTGATGAAAGCTGTGAATCAGTTGTAACCACTGATTCATCCGAAGAA 537
Query 538 TGTGAAGATTCTGACATGGAAGATCAGAGATGGACATCTCTTCAGTTTGCTGAAGTCACT 597
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TGTGAAGATTCTGACGTGGAAGATCAGAGATGGACATCTCTTCAGTTTGCTGAAGTCACT 597
Query 598 GCTGTCATGAAGAATTTTATGAGGTTGTCATCAAAGTCGTGTAATAGATGCAAAGCAGTA 657
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |
Sbjct 598 GCTGTCTTGAAGAATTTTATGAGGTTGTCATCAAAGTCGTGTAGTAGATGCAAAGGAATT 657
Query 658 AATCCTCAACTAGAGAAGCCTATGTTCGGATGGGTTCGCATGAAAGCAATGAAAGGA-TC 716
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||
Sbjct 658 AATCCTAAACTCGAGAAGCCTATGTTCGGATGGGTTCGCATGAGAGCAATGAAA-GACTC 716
Query 717 CGACATTGTAGCTAATGTAATTCGAGGGCTTAAGCTAAAGAAGTCCACTAGCAGTGTTGA 776
||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 CGATGTTGGAGCTAATGTCATTCGAGGGCTTAAGCTAAAGAAGTCCACTAGCAGTGTTGA 776
Query 777 AAATCCAGATGACTTTGATGATAGTGGCATCGATGCATTATCAGAAGTTGAAGATGGTGA 836
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 AAATCCAGATGGCTTTGATGATAGTGGCATTGATGCATTATCAGAAGTTGAAGATGGTGA 836
Query 837 TAAAGAGACAAGAGAAAAGTCTACAGAAGTAG-TGAAAGAGTTTGAAGAGCATAACAATA 895
||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||| | |
Sbjct 837 TAAAGAGACAAGAGAAAAGTCCACGGAAGTAGCTG-CAGAGTTTGAAGAGCAT----A-A 890
Query 896 GTTCTAAAAGAGACCTTTTGCCGACTGAGGTCAGGGAA-ATCTTAAAAGATCTGTGGGAG 954
|||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||
Sbjct 891 -TTCTAAAAGAGACCTTTTACCGAGTGAGGTCA-GGAATATCTTAAAACATCTGTGGCAG 948
Query 955 AATGAGCACGACTTTTGCTCCTTCATTGGTGATCTTTGGCAGAGTGGATCTGAAAAAATT 1014
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 949 AATGAGCACGAGTTTTGCTCCTTCATTGGTGATCTTTGGCAGAGTGGGTCTGAAAAAATT 1008
Query 1015 GACTACTCTATGTTCTTTTTGGAGAGTGTTCTAGTGCCCCCTATTAAATTTAGACCTTCA 1074
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1009 GACTACTCTATGTTTTTTTTGGAGAGTGTTCTTGTGCCCCCTACTAAATTTAGACCTCCA 1068
Query 1075 ACAAAAGGAGGTGATAGTGTTATGGAACATCCTCAAACCGTAGGACTAAATAAGGTCTTA 1134
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1069 ACAACAGGAGGTGATAGTGTTATGGAACATCCTCAAACCGTAGGACTAAATAAGGTCATA 1128
Query 1135 GGTTCCAAT-ATACAACTCGGGAATGCGTGTACTAACAAATTAGATCAGTCTAAGATAA- 1192
| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1129 GAATCCAATAATA-TACTCGGGAATGCCTGTACTAACAAATTAGATCAGTCGAAGGTAAT 1187
Query 1193 TTTCTAGATGGATGAATCTTCAAGAATCAGTCAATGTCTTGTTTGATAGCAAAACTGCGA 1252
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1188 TTTC-AGATGGAGGAATCTTCAAGAATCAGTCAATGTCTTGTTTGATAGCAAAACTGCCA 1246
Query 1253 CAGTTCAAAGCCAGAGAGAGGGCTCTGGAATATGTCAATTGCTGGAGAAGAAAGAGGGAC 1312
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1247 CAGTTCAAAGCCAGAGAGACAGCTCTGGAATATGTCAATTGCTGGAGAAGAAAGAGGGGC 1306
Query 1313 TATTTCGGCAAAAAATGATGGGAAAGAGAGTGAATCATGCATGCAGATCTGTGATATCTC 1372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1307 TATTTCGGCAAAAAATGATGGGAAAGAGAGTGAATCATGCGTGCAGATCTGTGATATCTC 1366
Query 1373 CAGATCCTTATATCGCTGTTAATGACATTGGAATTCCTCCTTGTTTTGCTTTGAAATTGA 1432
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 CAGATCCTTATATCGCTGTTAATGACATCGGAATTCCTCCTTGTTTTGCTTTGAAATTGA 1426
Query 1433 CGTATCCCGAGAGGGTGACTCCTTGGAATGTGGAGAAGTTAAGGGAAGCTATCATTAATG 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 CGTATCCCGAGAGGGTGACTCCTTGGAATGTGGAGAAGTTAAGGGAAGCTATCATTAATG 1486
Query 1493 GTCCTGATATTCATCCTGGAGCTACACATTACTCTGACAAATTATCTACAGTGAAGTTGC 1552
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1487 GTCCTGACATTCATCCTGGAGCTACACATTACTCTGACAAATCATCTACAATGAAGTTGC 1546
Query 1553 CTTCTACCGAAAAAGCACGAAGAGCAATTGCAAGAAAATTACTGTCCTCACGAGGAGCCA 1612
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 CCTCTACCGAAAAAGCACGAAGGGCAATTGCAAGAAAATTACTGTCCTCACGAGGAGCCA 1606
Query 1613 CTACAGAACTTGGGAAAACTTGTGATATCAACTTTGAAGGTAAAACTGTCCATCGACATA 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 CTACAGAACTTGGGAAAACTTGTGATATCAACTTTGAAGGTAAAACTGTCCATCGACATA 1666
Query 1673 TGCGAGATGGTGACGTCGTCCTTGTGAATCGTCAGCCAACATTACATAAACCTAGCTTAA 1732
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 TGCGAGATGGTGACATCGTCCTTGTGAATCGTCAGCCAACATTACATAAACCTAGCTTAA 1726
Query 1733 TGGCGCACATCGTCCGTGTTCT-AAGGGGGGAGAAAACACTTCGTCTCCACTATGCAAAT 1791
||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 TGGCGCACAAGGTCCGTGTTCTGAA-GGGGGAGAAAACACTTCGTCTCCACTATGCAAAT 1785
Query 1792 TGCAGTACATACAATGCAGATTTTGATGGTGATGAGATGAATGTGCATTTTCCACAAGAT 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TGCAGTACATACAATGCAGATTTTGATGGTGATGAGATGAATGTGCATTTTCCACAAGAT 1845
Query 1852 GAGATTTCACGTGCTGAGGCCTACAATATTGTCAATGCTAACAACCAATATGCTAGGCCC 1911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 GAGATTTCACGTGCTGAGGCCTACAATATTGTCAATGCTAACAACCAATATGCTAGGCCT 1905
Query 1912 TCTAATGGCGATCCACTTCGAGCTTTAATTCAGGATCATATCGTCAGTTCCGTTTTGCTT 1971
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1906 TCTAATGGCGAGCCACTTCGAGCTTTAATTCAGGATCATATTGTCAGTTCCGTTTTGCTT 1965
Query 1972 ACTAAAAGGGACACATTTTTGGACAAAGATCATTTTAATCAGCTTCTCTTCAGTTCCGGT 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 ACTAAAAGGGACACATTTTTGGACAAAGATCATTTTAATCAGCTTCTCTTCAGTTCCGGT 2025
Query 2032 GTGACTGACATGGTACTCAGTTCTTTTTCTGGAAGATCTGGCAAGAAAGTCATGGTATCA 2091
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 GTCACTGACATGGTACTCAGTACTTTTTCTGGAAGATCTGGCAAGAAAGTCATGGTATCA 2085
Query 2092 GCTTCTGATGCAGAACTGTTGACAGTCACGCCTGCTATTTTGAAACCAGTGCCTCTTTGG 2151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2086 GCTTCTGATGCAGAACTGTTGACAGTCACGCCTGCTATTTTGAAGCCAGTGCCTCTTTGG 2145
Query 2152 ACTGGGAAGCAGGTCATCACTGCAGTGTTGAATCAGATAACCAAAGGTCACCCGCCGTTC 2211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2146 ACTGGGAAGCAGGTCATCACTGCAGTGTTGAATCAGATAACCAAAGGTCACCCGCCTTTC 2205
Query 2212 ACCGTAGAGAAAGCTACCAAACTTCCAGTTGATTTCTTCAAATGTAGATCTAGAGAAGTA 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 ACCGTAGAGAAAGCTACCAAACTTCCAGTTGATTTCTTCAAATGTAGATCTAGAGAAGTA 2265
Query 2272 AAACCTAACAGTGGAGATTTGACCAAAAAGAAAAAGATTGACGAGTCATGGAAACAGAAT 2331
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 AAACCTAACAGTGGAGATTTGACCAAAAAGAAAGAGATTGACGAGTCATGGAAACAGAAT 2325
Query 2332 CTTAATGAAGATAAATTGCTCATCAGAAAAAATGAATTTGTCTGCGGTGTGATTGACAAG 2391
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2326 CTTAATGAAGATAAATTGCACATCAGAAAAAATGAATTCGTCTGCGGTGTGATCGACAAG 2385
Query 2392 GCTCAGTTTGCTGACTATGGGTTGGTTCATACAGTGCATGAGCTTTATGGTTCAAATGCT 2451
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 GCTCAGTTTGCTGACTATGGGCTGGTTCATACAGTGCATGAGCTTTATGGTTCAAATGCT 2445
Query 2452 GCAGGAAATCTGCTCTCCGTTTTTAGTCGTCTCTTTACAGTCTTTCTTCAGATTCACGGT 2511
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2446 GCAGGAAATCTGCTCTCTGTTTTTAGTCGTCTCTTTACAGTCTTTCTTCAGACCCACGGT 2505
Query 2512 TTCACCTGTGGAGTTGATGATCTTATTATTTTAAAAGATATGGATGAAGAGAGGACGAAG 2571
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 TTCACCTGTGGCGTTGATGATCTTATTATTTTAAAAGATATGGATGAAGAGAGGACGAAG 2565
Query 2572 CAACTTCAAGAGTGTGAAAATGTTGGTGAAAGAGTACTCCGTAAGACCTTTGGCATAGAT 2631
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2566 CAACTTCAAGAATGTGAAAATGTTGGTGAAAGAGTACTCCGTAAAACCTTTGGCATAGAT 2625
Query 2632 GTTGATGTTCAGATAGATCCTCAGGACATGAGATCCAGAATAGAACGAATTCTTTATGAG 2691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 GTTGATGTTCAGATAGATCCTCAGGACATGAGATCCAGAATAGAACGAATTCTTTATGAG 2685
Query 2692 GACGGGGAATCTGCTTTGGCATCTTTGGACAGGAGCATCGTAAATGATCTCAATCAGTGT 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 2686 GACGGGGAATCTGCTTTGGCATCTTTGGACAGGAGCATCGTAAATTATCTCAACCAGTGT 2745
Query 2752 TCAAGCAAGGGTGTGATGAACGATTTGCTGTCTGATGGGTTACTGAAAACACCCGGAATG 2811
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |
Sbjct 2746 TCAAGCAAGGGTGTGATGAACGATTTACTGTCTGATGGGTTACTAAAAACACCTGGAAGG 2805
Query 2812 AATTGTATATCGCTAATGACTATATCTGGGGCTAAGGGCAGTAAGGTCAACTTCCAGCAA 2871
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2806 AATTGTATATCGCTAATGACGATATCTGGGGCTAAGGGCAGTAAGGTTAACTTCCAGCAA 2865
Query 2872 ATCTCTTCGCATCTTGGCCAGCAAGATTTAGAAGGAAAAAGAGTTCCCCGAATGGTTTCT 2931
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2866 ATCTCTTCACACCTTGGCCAGCAAGATTTAGAAGGAAAAAGAGTTCCCCGAATGGTTTCT 2925
Query 2932 GGGAAGACATTACCTTGTTTCCATCCATGGGACTGGTCCCCTAGAGCTGGGGGATTTATT 2991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2926 GGGAAGACATTACCTTGTTTCCATCCATGGGACTGGTCCCCTAGAGCTGGGGGATTTATT 2985
Query 2992 AGTGACAGATTCCTTAGTGGTCTTCGCCCCCAAGAATATTACTTCCATTGCATGGCTGGA 3051
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2986 AGTGACAGATTCCTAAGTGGTCTTCGCCCCCAAGAATATTACTTCCATTGCATGGCTGGA 3045
Query 3052 CGAGAAGGGTTAGTTGATACTGCAGTGAAGACATCGCGTAGTGGGTATCTGCAAAGATGC 3111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3046 CGAGAAGGGTTAGTTGATACTGCAGTGAAGACATCGCGTAGTGGGTATCTGCAAAGATGC 3105
Query 3112 TTGATGAAAAATCTTGAGAGCCTTAAAGTCAACTATGATTGTACTGTCCGGGATGCTGAC 3171
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3106 TTGATGAAAAATCTTGAGAGTCTTAAAGTCAACTATGATTGTACTGTCCGGGATGCTGAT 3165
Query 3172 GGGTCCATCATTCAGTTCCAATATGGTGAAGATGGTGTGGATGTTCATCGGTCTAGCTTC 3231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3166 GGGTCCATCATTCAGTTCCAATATGGTGAAGATGGTGTGGATGTTCATCGGTCTAGCTTC 3225
Query 3232 ATTGAAAAGTTCAAAGAACTGGCAATAAATCAAGATATGGTCCTTCAAAGATGCAGTGAA 3291
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3226 ATTGAAAAGTTCAAAGAACTGACAATAAATCAAGATATGGTCCTTCAAAAATGCAGTGAA 3285
Query 3292 GACATGCTATCTGGAGCCAGTAGTTACATCAGTGATCTGCCTATTAGTCTTAAGAACGGA 3351
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3286 GACATGCTATCTGGAGCTAGTAGTTACATCAGTGATCTGCCTATTAGTCTTAAGAAGGGA 3345
Query 3352 GCTGAGAAGTTTGTAGAGGCAATGCCTATGAATGAACGTATTGCTTCTAAATTTGTGAGA 3411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3346 GCTGAGAAGTTTGTAGAGGCAATGCCTATGAATGAACGTATTGCTTCTAAATTTGTGAGA 3405
Query 3412 CAAGAAGAACTACTGAAGCTGGTGAAGTCAAAATTCTTTGCAAGTCTTGCGCAGCCAGGG 3471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3406 CAAGAAGAACTACTGAAGCTGGTGAAGTCAAAATTCTTTGCAAGTCTTGCGCAGCCAGGG 3465
Query 3472 GAGCCTGTAGGTGTACTTGCTGCTCAATCTGTAGGAGAGCCATCAACACAGATGACGTTG 3531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466 GAGCCTGTAGGTGTACTTGCTGCTCAATCTGTAGGAGAGCCATCAACACAGATGACGTTG 3525
Query 3532 AATACTTTCCATCTTGCTGGACGTGGAGAGATGAATGTGACACTTGGAATTCCACGTTTA 3591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3526 AATACTTTCCATCTTGCTGGACGTGGAGAGATGAATGTGACACTTGGAATTCCACGTTTA 3585
Query 3592 CAAGAGATTTTGATGACAGCTGCAGCAGACATTAAGACACCAATAATGACATGCCCGTTG 3651
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3586 CAAGAGATTTTGATGACAGCTGCAGCAAACATTAAGACACCAATAATGACATGCCCGTTG 3645
Query 3652 CTGAAAGGCAAAACAAAGGAGGATGCAAATGATATCACTGGTAAGTTGAGGAAGATTACG 3711
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||
Sbjct 3646 CTGAAAGGCAAAACAAAGGAGGATGCAAATGATATTACTGATAGGTTGAGGAAGATAACG 3705
Query 3712 GTGGCAGATATAATAAAGAGTATGGACCTTTCAATTGTACCATATACGGTTTATGAGAAT 3771
|||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3706 GTGGCAGATATAATAAAGAGCATGGAACTGTCAGTTGTACCATATACGGTTTATGAGAAT 3765
Query 3772 GAAGTTTGTAGTATTCACAAGCTTAAGATAAATCTCTATAAGCCAGAGCATTATCCGAAG 3831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3766 GAAGTTTGTAGTATTCACAAGCTTAAGATAAATCTCTATAAGCCAGAGCATTATCCGAAG 3825
Query 3832 CACACTGATATCACCGAAAAAGACTGGGAAGAGACGATGACGGTTGTGTTTTTGAGGAAG 3891
||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||
Sbjct 3826 CACACCGATATCACTGAAGAAGACTGGGAAGAGACGATGAGGGCTGTATTTTTAAGGAAG 3885
Query 3892 TTGGAGGACGCTATAGAGATCCACATGAAAATGCTCCATAGAATAAGGGGCATATGCAAT 3951
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3886 TTGGAGGACGCTATAGAGACCCACATGAAAATGCTCCATAGAATAAGGGGCATACACAAT 3945
Query 3952 GA---CA-AGGGTCCAGA-AGCTGGAAATGAAACTGATAATGATGATTCTGTAAGTGGAA 4006
|| || ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3946 GATGTCACAGG-TCCA-ATAGCTGGAAATGAAACTGATAATGATGATTCTGTAAGTGGAA 4003
Query 4007 AGCAGAATAAAGATGATGGTGATGATGATGGCGAGGGTACAGAGGTTGATGATCTTGGTT 4066
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4004 AGCAGAATGAAGATGATGGTGATGATGATGGCGAGGGTACAGAAGTTGATGATCTTGGTT 4063
Query 4067 CAGATGCACAGAAGCAGAAGAAACAAGCAACAGATGAGATGGATTATGAAGAAAACTCTG 4126
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4064 CAGATGCACAGAAACAGAAGAAACAAGAAACAGATGAGATGGATTATGAGGAAAACTCTG 4123
Query 4127 AAGATGAAACGAACGAACCATCGTCAATCAGTGGAGTAGAGGACCCTGAGATGGATAGTG 4186
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4124 AAGATGAGACGAACGAACCATCTTCAATCAGTGGAGTAGAGGACCCTGAGATGGATAGTG 4183
Query 4187 AGAATGAGGACGCAGAAGTTAGCAAGGAAGATACTCCGGAACCGCAGGAAGAGGCAGATG 4246
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4184 AGAATGAGGACACAGAAGTTAGCAAGGAAGATACTCCGGAACCGCAGGAAGAG-----T- 4237
Query 4247 TTAGCAAGGAAGAGACTATGGAACCACAAAAAGAGGTAAAAGCGGTAAAGAATGTCAAAG 4306
| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4238 ----C-----------TATGGAACCTCAAAAAGAGGTAAAAGGGGTAAAGAATGTCAAAG 4282
Query 4307 AACAGAGTaaaaaaaaGAGACGGAAATTTGTTGGAGTTAAAAGTGACAGACATATCTTCG 4366
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4283 AACAGAGTAAAAAAAAGAGACGGAAATTTGTTCGAGCTAAAAGTGACAGACATATCTTTG 4342
Query 4367 TGAGAGGTGAAGGAGAGAAATTTGAGGTCCATTTCCAGTTTGCTACAGATGACCCTCATA 4426
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4343 TGAAAGGTGAAGGAGAGAAATTTGAGGTCCATTTCAAGTTTGCTACAGATGACCCTCATA 4402
Query 4427 TTTTACTTGCCCAGATTGCTCAAAAAACAGCGCAGAAGGTTTACATCCAGAATTCTGGGA 4486
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4403 TTTTACTTGCCCAGATTGCTCAACAAACGGCGCAGAAGGTTTACATCCAGAATTCTGGGA 4462
Query 4487 AGATTGAACGATGCACAGTGGCTAATTGTGGTGATCCTCAGGTGATCTACCATGGAGACA 4546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4463 AGATTGAACGATGCACAGTGGCTAATTGTGGTGATCCTCAGGTGATCTACCATGGAGACA 4522
Query 4547 ATCCAAAGGAGAGAAGAGAAATATCCAACGATGAAAAGAAAGCCTCGCCAGCTCTCCACG 4606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4523 ATCCAAAGGAGAGAAGAGAAATATCCAACGATGAAAAGAAAGCCTCACCAGCTCTCCACG 4582
Query 4607 CATCAGGAGTTGATTTCCCTGCACTCTGGGAATTCCAAGATAAACTTGACGTCAGGTACT 4666
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4583 CATCAGGAGTTGATTTCCCTGCACTGTGGGAATTCCAAGATAAACTTGACGTCAGGTACT 4642
Query 4667 TGTACAGCAACAGCATTCACGATATGCTCAACGTTTTTGGAGTTGAAGCAGCTAGAGAAA 4726
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4643 TGTATAGCAACAGCATTCACGATATGCTCAACATTTTTGGAGTTGAAGCAGCTAGAGAAA 4702
Query 4727 CAATAATCAGGGAAATAAACCATGTCTTCAAATCATATGGTATTTCTGTAAGCATCAGAC 4786
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4703 CAATAATCAGGGAAATAAACCACGTCTTCAAATCATATGGCATTTCTGTAAGCATCAGAC 4762
Query 4787 ACTTGAACCTCATTGCGGATTATATGACCTTTTCTGGTGGATACCGACCAATGAGCCGTA 4846
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4763 ACTTGAACCTCATTGCAGATTATATGACCTTTTCCGGTGGATACCGACCAATGAGCCGTA 4822
Query 4847 TGGGAGGAATTGCAGAATCAACTTCACCATTCTGCAGAATGACATTTGAAACAGCCACTA 4906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4823 TGGGAGGAATTGCAGAATCAACTTCACCATTCTGCAGAATGACTTTTGAAACAGCCACTA 4882
Query 4907 AGTTCATTGTCCAAGCAGCTACTTATGGAGAAAAGGACACATTAGAAACTCCCTCTGCTA 4966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4883 AGTTCATTGTCCAAGCAGCTACTTATGGAGAAAAGGACACATTAGAAACCCCCTCTGCTA 4942
Query 4967 GAATCTGTCTCGGCTTGCCCGCGCTTTCAGGAACCGGATGCTTCGATTTGATGCAGAGAG 5026
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4943 GAATCTGTCTTGGCTTGCCTGCGCTTTCAGGAACTGGATGCTTCGATTTGATGCAGAGAG 5002
Query 5027 TGGAGCTCTGA 5037
|||||||||||
Sbjct 5003 TGGAGCTCTGA 5013
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 251336384430
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5