BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg486431
Length=2146
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G59660.1 | Symbols: | C2 domain-containing protein / GRAM d... 3136 0.0
> AT3G59660.1 | Symbols: | C2 domain-containing protein / GRAM
domain-containing protein | chr3:22034171-22038658 REVERSE
LENGTH=2214
Length=2214
Score = 3136 bits (1698), Expect = 0.0
Identities = 1957/2076 (94%), Gaps = 41/2076 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 90 TTTTT-ACTCCGTTGATCGAGATGGTACAGTCAGCGGTGGAAGTTCTATTACCGTCGTCG 148
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 154 TTTTTAACTCCGTTGATCGAGATGGTACAGTCAGCGGTGGAAGTTCTATTACCGTCGGCG 213
Query 149 TGGGAGATTGAGGTTGCGGTGGTCGCTTCTGTATTTTTGATTGCTTCTTATTGGTTATTC 208
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||
Sbjct 214 TGGGAGATTGAGGTCGCGGTGGTCGCTTCTGTGTTTTTAATCGCTTCCTATTGGCTATTC 273
Query 209 GCTTACAGAGGAGGCGGAGATGACGATGTCGTTGGTGTTGGATTTGATCGGTCTCGTCTC 268
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 274 GCTTACAGAGGAGGCGGAGATGACGATGTCGTCGGTGTTGGATTTGATCGGTCTCGTCTC 333
Query 269 ATGCAGAATCTCGATTCCGGTGACGCCATCTTTGACAAAGACAAGATAGGACAGTTGAGA 328
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 334 ATGCAGAATCTCGATTCCGGTGACG-C--CTTTGACAAAGACAAGATAGGACACTTGAGA 390
Query 329 GGAGACACTCAAACTAATGCTGCTTATATAATCAAGGTGGAACTGTTGGCTGCTAAGAAT 388
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 391 GGAGACACTCAAACTAATGCTGCTTATATAGTCAAGGTGGAACTCTTGGCTGCTAAGAAT 450
Query 389 CTAATTGGTGCAAACTTAAATGGAACATCCGATCCTTATGCTATTGTTAATTGTGGATCA 448
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 CTAATTGGTGCTAACTTAAATGGAACATCAGATCCTTATGCTATTGTTAATTGTGGATCA 510
Query 449 GAAAAGCGATTCAGTTCTATGGTCCCTGGCTCGAGAAATCCAATGTGGGGTGAAGAGTTC 508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 GAAAAGCGATTCAGTTCTATGGTCCCTGGCTCGAGAAATCCAATGTGGGGTGAAGAGTTC 570
Query 509 AATTTTCCCACAGATGAGCTTCCTGTTAAGATCAATGTAACAATTCATGATTGGGATATC 568
||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 AATTTTCCCACAGATGAACTTCCTGCTAAGATTAATGTAACAATTCATGATTGGGATATC 630
Query 569 ATTTGGAAAAGTACTGTTCTTGGCTCAGTAACTATTAATGTTGAACGTGAAGGCCAAACG 628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 ATTTGGAAAAGTACTGTTCTTGGCTCAGTAACTATTAATGTTGAACGTGAAGGCCAAACG 690
Query 629 GGTCCAGTGTGGCACTCATTAGACAGCCCATCTGGGCAGGTTTGCCTTAATATTAATGCA 688
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 691 GGTCCAGTGTGGCACTCATTAGACAGCCCGTCTGGGCAGGTTTGCCTTAACATTAATGCA 750
Query 689 ATCAAACTACCTATAAACGCTCCTAGGGCTGTAACTGGATATGCTGGAGCCGGTAGAAGA 748
||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 751 ATCAAACTACCCGTGAATGCTCCTAGGGCTGTAACTGGATATGCTGGAGCCGGTAGAAGA 810
Query 749 AGGGTCACATTGGATCAGCAAGGCCCAACAATTGTACATCAAAAACCAGGGCCTCTGCAG 808
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 811 AGGGTCACATTGGATCAGCAAGGCCCAACAATTGTACATCAAAAGCCAGGGCCTCTGCAG 870
Query 809 ACGATATTTGATCTCCTCCCGGATGAGGTTGTTGAGCACAGTTATTCATGTGCCCTGGAG 868
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 ACGATATTTGATCTCCTCCCGGATGAGGTTGTCGAGCACAGTTATTCATGTGCCCTGGAG 930
Query 869 AGGTCATTCCTGTATCATGGCCGAATGTATGTTTCCGCGTGGCACATATGTTTTCACTCC 928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 931 AGGTCATTCCTGTATCATGGCCGAATGTATGTTTCCGCGTGGCACATATGTTTCCACTCC 990
Query 929 AATGTTTTCTCTAAGCAAATGAAGGTTGTTGTCCCTCTGGGAGATATAGATGAGATCCGT 988
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 991 AATGTTTTCTCTAAGCAAATGAAGGTTGTTGTCCCTCTCGGAGATATAGATGAGATTCGT 1050
Query 989 AGAAGTCAACACGCATTGATAAACCCAGCTATAACAATCATTCTACGGATGGGTGCTGGT 1048
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1051 AGAAGTCAACACGCGTTGATAAACCCAGCTATAACAATCATACTACGGATGGGTGCTGGT 1110
Query 1049 GGACATGGTGTTCCCCCTCTTGGGACTCCTGATGGTAGAGTGAGGTATAAATTTGCGTCG 1108
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1111 GGACATGGTGTTCCCCCTCTTGGGACTCCTGATGGTAGAGTGAGGTATAAATTTGCATCA 1170
Query 1109 TTTTGGAACAGGAACCATACACTAAAAGCATTGCAACGTGCAGTTAATAATTATCATGCA 1168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1171 TTTTGGAACAGGAACCATACACTAAAAGCATTGCAACGTGCGGTGAATAATTATCATGCA 1230
Query 1169 ATGTTAGAAGTTGAAAAGAAGGAGAGAGCAGAGTCTGCTTTACGTGCTCATAGTAGCTCT 1228
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1231 ATGTTAGAAGTCGAAAAGAAGGAGAGAGCACAGTCTGCTTTGCGTGCTCATAGTAGCTCT 1290
Query 1229 GTGAAAGGAGGTGGTAAAGTACAGGTCAAAGCTCCTGAAGATACTGCAGCTGTACCTGTA 1288
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 GTGAAAGGAGGTGGTAAAGTACAAGTGAAAGCTCCTGAAGATACTGCAGCTGTACCTGTA 1350
Query 1289 AAGTTTCAGGCTTTCATCAAGGAAGAAGTCCTTGTCAACATCTACAATGATGTTTTTGCC 1348
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 AAGTTTCAGGCTTTCATCAAAGAAGAAGTCCTTGTTAACATCTACAATGATGTTTTTGCC 1410
Query 1349 AGCACACCTGAGCAAGTCCTGAACGTCTTGTTGGCTGATGATTCCACTTATACTAATGAG 1408
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 AGTACACCTGAGCAAGTCCTGAACGTCTTGTTGGCTGATGATTCCACTTATACTAATGAG 1470
Query 1409 TACAGATCTGCACGGAAGGATAAAAATCTCAATATTGAGCCGTGGCATACTGCTGAAGAA 1468
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 TACAGATCTGCACGGAAGGATAAAAATCTTAATATTGAGCCGTGGCATACTGCTGAAGAA 1530
Query 1469 TATGATGGTCAAGTTAGAGAGATTAAGTTCAGATCCATTTGTAATAGTCCGATGTGTCCA 1528
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 TATGATGGTCAAGTTAGAGAGATTAAGTTTAGATCCATTTGTAATAGTCCGATGTGTCCA 1590
Query 1529 CCAGACACTGCTGTGACGGAATGGCAGCACGTTGTTCTATCACCAGATAAGAAAGTGCTG 1588
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 CCAGACACTGCTGTGACGGAATGGCAGCATGTTGTTCTATCACCAGATAAGAAAGTGCTG 1650
Query 1589 GTTTTTGAAACTGTGCAACAGCCACATGATGTTCCTTTTGGTTCTTACTTTGAGGTCCAC 1648
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 GTTTTTGAAACAGTGCAACAGCCACATGATGTTCCTTTTGGTTCTTACTTTGAGGTCCAC 1710
Query 1649 TGTCGATGGCGCTTGGAAGCTAAAGACGAGACTTCATCTGTTATAGATATAAGAGTCGGT 1708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 TGTCGATGGCGCTTGGAAGCTAAAGACGAGACTTCATCTGTTATAGATATAAGAGTCGGT 1770
Query 1709 GTACATTTCAAAAAATGGTGTTTGATGCAATCGAAGATTAAAGCAGGGGCAATTGACGAG 1768
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 GTACATTTCAAGAAATGGTGTTTGATGCAATCGAAGATTAAAGCAGGGGCAATTGACGAG 1830
Query 1769 GCGTCATTTTTGTCTGATGCATTTGTTTTTGACACTTTACACAAAGTGGCATTGTCGTAT 1828
|| | | || | || | | | | | | | |||||||||||||||
Sbjct 1831 TA--CAAGAAAGAA-G-TGGAAGTGAT---G-C--T--AGA-A--GTGGCATTGTCGTAT 1875
Query 1829 CTCTCAAGTCACACTCATCCTCAAGTAGCCTTGGTGATATAGACAAGTCTGCTCTATCAT 1888
||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1876 CTC--AAGTCACACTCTTCCTCAAGTAGCCATGGTGATATAGACAAGTCTGCTCTATCAT 1933
Query 1889 CTCCAACACCAGAAAACATCAGCTAAAACCTAATTTACCAAAATCAAGAAGCTTCTCAAA 1948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1934 CTCCAACACCAGAAAACATCAGCTAAAACCTAATTTACCAAAATCAAAAAGCTTCTCAAA 1993
Query 1949 GTTTCATTCTCCAGCCAGC----------CA---A--AT-ATTTTTCTTCCTT-TTTTAC 1991
||||||||||||||||||| || | || |||||||||| || ||||||
Sbjct 1994 GTTTCATTCTCCAGCCAGCTAATTAAGATCATCCACCATCATTTTTCTTC-TTCTTTTAC 2052
Query 1992 ATGTGAAAGTGTATATGCGGTAACGGTAATTA-GAATGAATATTTACAGGGGCTTGTCTG 2050
|||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 2053 ATGTTAAAGTGTATATGTGGTAACAGTAATTATGAATGGATATTTACAGAGGCTTGTCTG 2112
Query 2051 ATTTCTGGTACTTCCGACAGATAACAAAAGAAAACTTTGAGTTCTCTCACAACTCTATCT 2110
||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 2113 ATTTCTGGTACTTGTGACA-ATAACAAAGGAAAAGTTTGGGTTCTCTCACAACTCTATTT 2171
Query 2111 ATATTGGCAAATACTAAGTATGTAACAATTCCAATT 2146
||||||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 2172 GTATTGGCAAATACAAAGTAAGTGACAATTCCAATT 2207
Score = 143 bits (77), Expect = 8e-33
Identities = 86/90 (96%), Gaps = 2/90 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTCTTCTTCTTCTAAAGAAGGCGAAGTTTCTTCTCTCCAGAATAATGTTGATTCTCTGT 60
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 CTTGTTCTTCTTCTAAAGAAGGCGAAGTTTCTTCTCTCCAGAATAATGTTGATTCTCTGT 81
Query 61 CGT-GTGATCCTCCATAGGATTAATCCCTA 89
|| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 82 -GTTGTGATCCTCCATAGGATAAATCCCTA 110
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106425155400
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5