BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg486447
Length=2514
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G59820.2 | Symbols: | LETM1-like protein | chr3:22098028-22... 4109 0.0
> AT3G59820.2 | Symbols: | LETM1-like protein | chr3:22098028-22102164
REVERSE LENGTH=2696
Length=2696
Score = 4109 bits (2225), Expect = 0.0
Identities = 2394/2477 (97%), Gaps = 5/2477 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TGTTCTCTTCCGGGAGATGTCCTGGTGATTCATCTTTGCACAACAAGGGTTTTTACAAAA 61
|||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 94 TGTTCTCTTCTGGGAGATGTTCAGGTGATTCATCTTTGCACAACAAGGGATTTGACAAAA 153
Query 62 TGGCGTCAAGAGCGATCGTTAGGAGAAAGAACATCATTTCCGATTACTTGAATGTCTATG 121
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 154 TGGCGTCAAGAGCGATCGTTAGGAGAAAGAATATCATTTCCGATTACTTGAATGTCTATG 213
Query 122 CTCGCTCAATTCAGAGCTTTCAGTCCATTGGAAACTCCTCTCAGACGGTTCATTCACATG 181
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 214 CTCGCTCTATTCAGAGCTTTCAGTACATTGGAAACTCCTCTCAGACGGTTCATTCACATG 273
Query 182 CTTACCACTCTGGTGTTAACCGTCCTCCTGTGGAAACTAAACGTGTGACCCAACACAAGT 241
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 274 CTTACCACTCTGGTATTAACCGTCCTCCCGTGGAAACTAAACCTGTGACTGAACACAAGT 333
Query 242 CCTTTACAAGAAGAGATGGTCTTCTATTGCTTTCTAGAAACGGATATTTCAATCGTAGCT 301
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 334 CCTTTACAAGAAGAGATGGTCTTCTATTGCTTTCTAGAAATGGATATTTCAATCGTAGCT 393
Query 302 TTCATGGTTTTCACTCCTCGGGCA-TTGGTTATGGAAGTTCAGGAGTTGGTCCTTCTCTG 360
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 394 TTCATGGTTTTCACTCCTCGGG-ATTTGGTTATGGAAGTTCAGAAGTTGGTCCTTCTCTG 452
Query 361 GGGATGAGATATGTAAGCCTATCCATTCGTAATGCTACTACAGTTGCAGCTAAGCAACCG 420
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 453 GGGATGAGATACATGAGCCTATCCATTCGTAATGCTACTACAGTTGCAGCTAAGAAACCG 512
Query 421 GAAGAAGAGGATAAAAAAGTTGATGAGCTTGCTAAGAACAGGAAAGAAGCATCTCCTGAG 480
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 513 GAAGAAGAGGATAAAAAGGTTGATGAGCTTGCTAAGAACAGGAAAGAAGCATCTCCTGAG 572
Query 481 GAATGTGACCAAGCTGTTGAAAGTCTGAGCAGTGTTAAAGCAAAAGCGAAAGCTAAACGT 540
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 573 GAATGTGATCAAGCTGTTGAAAGTCTGAGCAGTGTTAAAGCAAAGGCGAAAGCTAAACGT 632
Query 541 CTTCAAGAATCGAAAAAGGTTGCTCGATCTATAGTACAGAGGGCATGGGGAATTGTTCTT 600
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 633 CTTCAAGAATCCAAAAAGGTTGCTCGATCGATAGTACAGAGGGCATGGGCAATTGTTCTT 692
Query 601 AAGATAGGACCTGCTTTAAGAGCTGTTGCCTCCATGAGCAGGGCGGATTGGGCAAAAAAG 660
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 AAGATAGGACCTGCTATAAAAGCTGTTGCCTCCATGAACAGGGCGGATTGGGCAAAAAAG 752
Query 661 CTCTCTCACTGGAAACAAGAGTTTGTATCAACATTGAAACATTATTGGCTGGGGACCAAA 720
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 753 CTCACTCACTGGAAACATGAGTTTGTATCAACATTGAAACATTATTGGCTGGGGACCAAA 812
Query 721 TTACTCTGGGCAGACACTAGAATCAGTTCAAGATTGCTGCTCAAGTTGGCTGGTGGAAAG 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 TTACTCTGGGCAGACACTAGAATCAGTTCAAGATTGCTGCTCAAGTTGGCTGGTGGAAAA 872
Query 781 AGTCTCTCCAGAAGAGAAAGGCAACAGCTAACTCGAACAACAGCTGATATCTTTAGATTA 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 873 AGTCTCTCCAGAAGAGAAAGGCAACAGCTAACTCGAACGACAGCTGATATCTTTAGATTA 932
Query 841 GTGCCATTTGCTGTGTTCATCCTTGTGCCGTTTATGGAGTTTTTGCTGCCAGTTTTCTTG 900
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 933 GTGCCATTTGCAGTGTTCATCCTTGTGCCGTTTATGGAGTTTTTGCTCCCAGTTTTCTTG 992
Query 901 AAGCTCTTCCCTAATATGCTACCGTCAACTTTCCAGGACAAGATGAAAGAAGAGGAAGCT 960
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 993 AAGCTCTTCCCTAATATGTTACCATCAACTTTCCAGGACAAGATGAAAGAAGAGGAAGCT 1052
Query 961 TTGAAAAGGAAATTACTTGCAAGAATAGAATATGCTAAGTTTCTTCAGGAAACGGCCAAA 1020
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1053 TTGAAAAGGAAATTACTTGCAAGGATAGAATATGCTAAGTTTCTTCAGGAAACCGCCAGA 1112
Query 1021 GAGATGGCTAAGGAAGTTAAACATTCAAGAACTGGAGAAGTAAAGAAAACCGCTGAAGAC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1113 GAGATGGCTAAGGAAGTTAAACATTCAAGAACTGGAGAAGTAAAGCAAACCGCTGAAGAC 1172
Query 1081 CTGGATGAGTTTCTAGACAAGGTTCGAAGGGGTCAAATAGTCCAAAATGACGAACTTTTG 1140
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1173 CTGGATGAGTTTCTAGACAAGGTTCGAAGAGGTCAAATAGTCCATAATGATGAACTTTTG 1232
Query 1141 GGCTTTGCAAAGCTTTTCAATGATGAGCTTACTTTGGATAACATTAGCAGGCCTCGCTTG 1200
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 GGCTTTGCAAAGCTTTTCAACGATGAGCTTACTTTGGATAACATTAGCAGGCCTCGCTTG 1292
Query 1201 GTTAGCATGTGCAAATATATGGGTATTAGCCCATATGGAACAGATGCTTATCTGCGGTAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1293 GTTAGCATGTGCAAATATATGGGTATTAGCCCATATGGAACAGATGCTTATCTGCGGTAT 1352
Query 1261 ATGCTCAGAAAAAGACTGAGGAGCATTAAGGAAGATGATAAACTGATTAGAGCTGAGGGT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353 ATGCTCAGAAAAAGACTGAGGAGCATTAAGGAAGATGATAAACTGATTAGAGCTGAGGGT 1412
Query 1321 GTGGATTCCCTTTCAGAAGCTGAGCTACGGGAAGATTGCAGGGAACGTGGAATGCTGGGA 1380
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1413 GTGGATTCCCTTTCAGAAGCTGAGTTACGCGAAGATTGCAGGGAACGGGGAATGCTGGGA 1472
Query 1381 CTGGTTTCAGTTGAAGAGATGAGGCAACAGCTTCGCGATTGGATGGATTTGTCACTTAAT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473 CTGGTTTCAGTTGAAGAGATGAGGCAACAGCTTCGCGATTGGATGGATTTGTCACTTAAT 1532
Query 1441 CATTCTGTCCCCTCGTCGTTATTGATCCTCTCTAGGGCATTCACGGTTGCTGGAAGAGTT 1500
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 CATTCTGTCCCCTCTTCGTTATTGATCCTCTCTAGGGCATTCACGGTTGCTGGAAGAGTT 1592
Query 1501 AAAGCAGAGGATGCTGTCCGAGCTACTCTTTCTTCTCTACCAGACGAGGTTGTGGATACT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1593 AAAGCAGAGGATGCTGTCCGAGCTACTCTTTCTTCTCTACCTGACGAGGTTGTGGATACT 1652
Query 1561 GTTGGTATTACTTCTCTGCCATCTGAAGACCCTGTTTCTGAGCgaagaaggaaattagag 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1653 GTTGGTATTACTTCTCTGCCATCTGAAGACCCTGTTTCTGAGCGAAGACGGAAATTAGAG 1712
Query 1621 taccttgagatgcaagaagaactgatcaaggaagaagaagagaaagaagaagaagaGCTT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 TACCTTGAGATGCAAGAAGAACTGATCAAGGAAGAAGAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGCTT 1772
Query 1681 ACAAGGATTAAGGATGTTAAAGGTGGTGAAGAGGATAAGGCACTGCAAGAGATGACCATA 1740
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 ACAAGGATTAAGGATGTTAAAGGTGGTGACGAGGATAAGGCACTGCAAGAGATGACCATA 1832
Query 1741 CCAACAGCTAGCGAAGCACAAGAACAGGCCAGAGCTAGAGTTCTTGAACAACAAGATGAT 1800
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 CCAACAGCCAGCGAAGCACAAGAACAGGCCAGAGCTAGAGTTCTTGAACAACAAGATGAT 1892
Query 1801 CTTTGCAAACTTAGCCGTGCATTGGGCGTTTTGGCTTCTGCTTCTTCGGTGTGTAGAGAG 1860
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 CTTTGCAAACTTAGCCGCGCCTTGGGCGTTTTGGCTTCCGCTTCTTCGGTGTGTAGAGAG 1952
Query 1861 CGCGAAGAATTCCTGAGATTGGTCAAGAAAGAGATGGAGTTCTATAACACAATGGTCGAG 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 CGCGAAGAATTCCTGAGATTGGTCAAGAAAGAGGTGGAGTTCTATAACACAATGGTCGAG 2012
Query 1921 AGAGAAGATGTAGATGGTGAAAAAGCTGCAATGAAGGCATACAAAGCAGCTAGAGAAGAT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2013 AGAGAAGATGTAGATGGTGAAAAAGCTGCAATGAAGGCATACAAAGCAGCTAGAGTAGAT 2072
Query 1981 ATTGACCAATCTGATGAAGTTGCTGAAGCAGACGAGGTTTCCTCTGCACTAATGGAAAAG 2040
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2073 ATTGACCAAGCTGATGAAGTTGCTGAAGCAGACGAGGTTTCCTCTGCACTAATGGAGAAG 2132
Query 2041 GTTGATGGTCTGATACAAAACCTAGAGAAGGAAATTGATGATGTGGATATCAAAATTGGC 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 GTTGATGGTCTGATACAAAACCTAGAGAAGGAAATTGATGATGTGGATATCAAAATTGGC 2192
Query 2101 AAAGGCTGGCAGCTTCTTGACAGGGATCGAGATGGAAAGGTCACACCTGATGAAGTTGCA 2160
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 AAAGGCTGGCAGCTTCTTGACAGAGATCGAGATGGAAAAGTCACACCTGATGAAGTTGCG 2252
Query 2161 GCTGCTGCAATGTACCTGAAAGACACACTCGCTAAGGACGGCCTTCAACAACTAATCAGT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 GCTGCTGCAATGTACCTGAAAGACACACTCGCTAACGACGGCCTTCAACAACTAATCAGT 2312
Query 2221 AGTCTCTCCAAAGATAAAGAGGGAAGAATTATGGTGGAAGACATTGTAAGGTTGGGGAGA 2280
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2313 AGTCTCTCCAAAGATAAAG-GG-AAGAATTATGGTGGAAGACATTGTAAGGTTGGGGAGA 2370
Query 2281 TTGGGAAGCAAGCCAGAAGAAAATGCAACGGAAGAAGAATCAAACTGAAGGAAATAATAC 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2371 TTGGGAAGCAAGCCAGAAGAAAATGCAACGGAAGAAGAATCAAGCTGAAGGAAATAATAC 2430
Query 2341 TAAGATTTTAAGACACTTTTAGACTTTT-AGTAGTAGTGAAGAGAGTTTTATTGAGAGAA 2399
|| ||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2431 TATGATTTTAAGACACACATAGACTTTTTAATACTAGTGAAGAGAGTTTTATTGAGAGAA 2490
Query 2400 ACTCTATTTCAGGTTTTGCTGCTTAGACACAAGCAGTCTACTTACATATACAAGCGGCTA 2459
||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2491 GCTCTACTTCATGTTTTGCTGCTTAGACATAAGCAGGCTACTTACATATACAAGCGGCTA 2550
Query 2460 AGAGTGTGAGACCTTTT 2476
||| | ||||||||||
Sbjct 2551 AGAATACGAGACCTTTT 2567
Score = 67.6 bits (36), Expect = 6e-10
Identities = 38/39 (97%), Gaps = 0/39 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2476 TAACATTACGCCAAGAATGATATCTTGAGCGTATTATTT 2514
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2602 TAACATTACGCCAAGAATGATATCTTGAGCGTTTTATTT 2640
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124765187241
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5